# TARGET T0437 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0437.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.5273 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.101 0.026 0.008 0.023 0.019 0.027 0.096 0.002 0.001 0.004 0.694 2 K 0.028 0.011 0.002 0.016 0.012 0.019 0.060 0.001 0.001 0.001 0.849 3 D 0.042 0.014 0.002 0.026 0.018 0.022 0.130 0.001 0.001 0.002 0.744 4 V 0.061 0.053 0.003 0.029 0.029 0.047 0.103 0.001 0.001 0.003 0.672 5 V 0.043 0.092 0.004 0.042 0.039 0.087 0.156 0.002 0.001 0.004 0.532 6 D 0.083 0.136 0.006 0.043 0.030 0.066 0.109 0.003 0.001 0.006 0.517 7 K 0.136 0.305 0.009 0.033 0.025 0.045 0.098 0.007 0.001 0.006 0.335 8 C 0.138 0.335 0.011 0.034 0.033 0.058 0.067 0.014 0.001 0.005 0.306 9 S 0.125 0.274 0.018 0.025 0.040 0.063 0.055 0.018 0.001 0.005 0.376 10 T 0.136 0.237 0.017 0.025 0.023 0.033 0.070 0.014 0.001 0.005 0.440 11 K 0.182 0.185 0.024 0.027 0.024 0.033 0.097 0.014 0.001 0.011 0.405 12 G 0.357 0.049 0.021 0.017 0.039 0.059 0.082 0.012 0.001 0.011 0.353 13 C 0.096 0.038 0.099 0.079 0.037 0.032 0.121 0.005 0.001 0.005 0.487 14 A 0.032 0.022 0.011 0.098 0.154 0.228 0.055 0.002 0.001 0.003 0.395 15 I 0.011 0.011 0.003 0.171 0.173 0.182 0.072 0.001 0.001 0.003 0.374 16 D 0.016 0.011 0.002 0.214 0.192 0.271 0.045 0.001 0.001 0.003 0.247 17 I 0.012 0.017 0.003 0.323 0.109 0.224 0.082 0.001 0.001 0.005 0.227 18 G 0.022 0.013 0.002 0.363 0.151 0.286 0.064 0.001 0.001 0.004 0.095 19 T 0.020 0.018 0.003 0.339 0.199 0.184 0.056 0.001 0.001 0.004 0.176 20 V 0.013 0.018 0.004 0.141 0.229 0.314 0.030 0.001 0.001 0.002 0.249 21 I 0.009 0.013 0.003 0.157 0.258 0.321 0.049 0.002 0.001 0.003 0.184 22 D 0.018 0.010 0.004 0.088 0.243 0.288 0.092 0.003 0.001 0.005 0.249 23 N 0.016 0.009 0.005 0.082 0.099 0.168 0.163 0.002 0.001 0.007 0.449 24 D 0.011 0.004 0.004 0.024 0.019 0.031 0.437 0.001 0.001 0.033 0.436 25 N 0.249 0.006 0.012 0.011 0.017 0.021 0.311 0.001 0.001 0.169 0.202 26 C 0.207 0.023 0.012 0.021 0.027 0.027 0.251 0.001 0.001 0.029 0.400 27 T 0.038 0.035 0.014 0.056 0.120 0.164 0.225 0.001 0.001 0.009 0.339 28 S 0.028 0.036 0.005 0.043 0.279 0.316 0.071 0.001 0.001 0.008 0.214 29 K 0.018 0.029 0.002 0.059 0.261 0.290 0.086 0.001 0.001 0.003 0.250 30 F 0.017 0.033 0.003 0.061 0.280 0.420 0.032 0.001 0.001 0.002 0.151 31 S 0.011 0.038 0.002 0.061 0.294 0.426 0.039 0.001 0.001 0.001 0.127 32 R 0.016 0.034 0.002 0.066 0.221 0.370 0.036 0.001 0.001 0.002 0.253 33 F 0.035 0.060 0.003 0.044 0.238 0.361 0.059 0.002 0.001 0.002 0.194 34 F 0.072 0.079 0.009 0.030 0.141 0.331 0.066 0.004 0.001 0.004 0.265 35 A 0.058 0.133 0.010 0.027 0.057 0.139 0.128 0.004 0.001 0.005 0.439 36 T 0.047 0.051 0.002 0.005 0.006 0.017 0.290 0.001 0.001 0.002 0.578 37 R 0.128 0.094 0.003 0.004 0.003 0.007 0.124 0.001 0.001 0.003 0.634 38 E 0.012 0.131 0.002 0.001 0.001 0.002 0.269 0.001 0.001 0.002 0.581 39 E 0.034 0.283 0.001 0.001 0.001 0.001 0.455 0.001 0.001 0.001 0.223 40 A 0.009 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.025 41 E 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 42 S 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 43 F 0.010 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.012 44 M 0.006 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.005 45 T 0.003 0.976 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.012 46 K 0.014 0.937 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.038 47 L 0.021 0.954 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.015 48 K 0.006 0.968 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.015 49 E 0.007 0.919 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.063 50 L 0.033 0.914 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 0.039 51 A 0.023 0.953 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.013 52 A 0.011 0.932 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.037 53 A 0.063 0.834 0.006 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 0.001 0.001 0.072 54 A 0.151 0.761 0.008 0.002 0.001 0.002 0.003 0.024 0.001 0.001 0.047 55 S 0.113 0.620 0.017 0.006 0.009 0.014 0.017 0.052 0.001 0.001 0.152 56 S 0.132 0.334 0.084 0.012 0.018 0.025 0.040 0.054 0.001 0.004 0.297 57 A 0.147 0.222 0.033 0.021 0.018 0.026 0.059 0.025 0.001 0.006 0.443 58 D 0.067 0.085 0.039 0.020 0.019 0.023 0.287 0.009 0.001 0.024 0.428 59 E 0.244 0.044 0.047 0.016 0.027 0.029 0.221 0.005 0.001 0.042 0.326 60 G 0.058 0.016 0.011 0.021 0.011 0.015 0.164 0.001 0.001 0.009 0.693 61 A 0.134 0.023 0.030 0.065 0.111 0.104 0.133 0.002 0.001 0.009 0.389 62 S 0.024 0.014 0.003 0.080 0.099 0.100 0.159 0.001 0.001 0.003 0.517 63 V 0.016 0.017 0.004 0.094 0.282 0.284 0.047 0.001 0.001 0.002 0.252 64 A 0.010 0.018 0.002 0.125 0.209 0.366 0.066 0.001 0.001 0.003 0.201 65 Y 0.016 0.019 0.002 0.065 0.209 0.336 0.071 0.001 0.001 0.004 0.277 66 K 0.029 0.020 0.002 0.067 0.217 0.332 0.066 0.001 0.001 0.003 0.263 67 I 0.033 0.031 0.005 0.045 0.165 0.398 0.039 0.001 0.001 0.003 0.280 68 K 0.024 0.045 0.003 0.039 0.243 0.362 0.057 0.003 0.001 0.003 0.221 69 D 0.023 0.018 0.003 0.017 0.118 0.204 0.050 0.002 0.001 0.003 0.561 70 L 0.073 0.057 0.011 0.024 0.128 0.261 0.063 0.004 0.001 0.007 0.374 71 E 0.056 0.036 0.009 0.017 0.044 0.086 0.250 0.002 0.001 0.015 0.485 72 G 0.249 0.025 0.010 0.014 0.032 0.037 0.130 0.002 0.001 0.029 0.473 73 Q 0.450 0.034 0.024 0.013 0.047 0.054 0.075 0.002 0.001 0.014 0.285 74 V 0.106 0.043 0.025 0.056 0.194 0.189 0.072 0.002 0.001 0.003 0.309 75 E 0.006 0.010 0.002 0.039 0.319 0.483 0.028 0.001 0.001 0.001 0.111 76 L 0.004 0.006 0.001 0.038 0.409 0.487 0.007 0.001 0.001 0.001 0.047 77 D 0.005 0.008 0.002 0.064 0.327 0.520 0.013 0.001 0.001 0.001 0.060 78 A 0.004 0.005 0.001 0.048 0.404 0.480 0.009 0.001 0.001 0.001 0.048 79 A 0.005 0.004 0.001 0.041 0.306 0.567 0.015 0.001 0.001 0.001 0.060 80 F 0.009 0.006 0.002 0.052 0.399 0.471 0.012 0.001 0.001 0.001 0.049 81 T 0.005 0.005 0.002 0.026 0.348 0.489 0.025 0.001 0.001 0.001 0.100 82 F 0.003 0.004 0.001 0.018 0.375 0.518 0.014 0.001 0.001 0.001 0.067 83 S 0.004 0.005 0.001 0.017 0.291 0.529 0.026 0.001 0.001 0.001 0.126 84 C 0.005 0.008 0.001 0.014 0.280 0.505 0.028 0.001 0.001 0.001 0.158 85 Q 0.013 0.036 0.004 0.016 0.246 0.497 0.060 0.001 0.001 0.001 0.128 86 A 0.008 0.052 0.001 0.021 0.268 0.498 0.023 0.001 0.001 0.001 0.127 87 E 0.012 0.157 0.002 0.012 0.246 0.373 0.057 0.001 0.001 0.001 0.139 88 M 0.033 0.319 0.001 0.016 0.117 0.221 0.061 0.001 0.001 0.001 0.230 89 I 0.021 0.542 0.006 0.012 0.144 0.177 0.022 0.002 0.001 0.001 0.074 90 I 0.007 0.571 0.003 0.007 0.115 0.218 0.014 0.002 0.001 0.001 0.063 91 F 0.010 0.567 0.004 0.018 0.144 0.160 0.014 0.005 0.001 0.001 0.078 92 E 0.011 0.735 0.007 0.007 0.065 0.104 0.009 0.007 0.001 0.001 0.054 93 L 0.012 0.813 0.005 0.006 0.030 0.055 0.010 0.007 0.001 0.001 0.062 94 S 0.038 0.540 0.010 0.014 0.027 0.074 0.039 0.013 0.001 0.001 0.244 95 L 0.094 0.566 0.016 0.017 0.013 0.029 0.023 0.016 0.001 0.002 0.225 96 R 0.092 0.588 0.021 0.012 0.012 0.023 0.031 0.012 0.001 0.002 0.207 97 S 0.145 0.407 0.017 0.013 0.009 0.014 0.064 0.015 0.001 0.002 0.314 98 L 0.220 0.484 0.019 0.008 0.012 0.023 0.022 0.016 0.001 0.002 0.194 99 A 0.155 0.379 0.019 0.015 0.020 0.051 0.043 0.018 0.001 0.002 0.298