# TARGET T0437 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0437.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.5273 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.064 0.034 0.032 0.031 0.060 0.057 0.010 0.711 2 K 0.024 0.012 0.013 0.014 0.026 0.060 0.004 0.846 3 D 0.051 0.021 0.024 0.033 0.050 0.104 0.006 0.711 4 V 0.125 0.059 0.044 0.045 0.082 0.145 0.010 0.491 5 V 0.061 0.116 0.042 0.050 0.080 0.082 0.006 0.563 6 D 0.056 0.121 0.040 0.061 0.103 0.096 0.008 0.514 7 K 0.160 0.144 0.033 0.034 0.056 0.143 0.016 0.414 8 C 0.128 0.276 0.052 0.059 0.107 0.054 0.020 0.303 9 S 0.082 0.258 0.044 0.074 0.103 0.074 0.017 0.350 10 T 0.090 0.166 0.046 0.032 0.047 0.081 0.021 0.517 11 K 0.206 0.141 0.058 0.048 0.074 0.061 0.048 0.363 12 G 0.186 0.068 0.058 0.045 0.046 0.117 0.029 0.451 13 C 0.062 0.054 0.134 0.108 0.118 0.085 0.010 0.429 14 A 0.057 0.037 0.114 0.067 0.149 0.076 0.009 0.491 15 I 0.058 0.031 0.119 0.179 0.204 0.043 0.004 0.361 16 D 0.026 0.027 0.133 0.134 0.209 0.076 0.004 0.391 17 I 0.025 0.026 0.100 0.154 0.260 0.062 0.004 0.368 18 G 0.018 0.024 0.084 0.184 0.440 0.070 0.006 0.173 19 T 0.054 0.025 0.083 0.224 0.210 0.194 0.006 0.204 20 V 0.021 0.040 0.115 0.224 0.332 0.017 0.005 0.247 21 I 0.023 0.054 0.145 0.185 0.432 0.041 0.004 0.116 22 D 0.012 0.031 0.036 0.273 0.374 0.038 0.005 0.231 23 N 0.027 0.030 0.038 0.082 0.210 0.096 0.014 0.503 24 D 0.042 0.014 0.020 0.029 0.042 0.397 0.036 0.419 25 N 0.349 0.010 0.017 0.014 0.015 0.108 0.170 0.317 26 C 0.141 0.035 0.122 0.059 0.042 0.249 0.030 0.322 27 T 0.030 0.029 0.070 0.078 0.117 0.438 0.009 0.228 28 S 0.038 0.014 0.054 0.268 0.435 0.045 0.003 0.144 29 K 0.017 0.029 0.085 0.147 0.333 0.121 0.004 0.264 30 F 0.016 0.024 0.063 0.321 0.385 0.040 0.002 0.148 31 S 0.013 0.070 0.103 0.166 0.361 0.057 0.004 0.226 32 R 0.031 0.066 0.067 0.140 0.247 0.074 0.005 0.370 33 F 0.061 0.141 0.117 0.067 0.188 0.125 0.010 0.289 34 F 0.105 0.191 0.072 0.077 0.138 0.066 0.014 0.337 35 A 0.054 0.168 0.050 0.025 0.057 0.124 0.011 0.511 36 T 0.066 0.151 0.010 0.004 0.010 0.309 0.012 0.438 37 R 0.113 0.297 0.013 0.002 0.006 0.046 0.014 0.509 38 E 0.009 0.221 0.004 0.001 0.001 0.190 0.002 0.571 39 E 0.010 0.178 0.001 0.001 0.001 0.675 0.002 0.134 40 A 0.052 0.909 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.027 41 E 0.012 0.979 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 42 S 0.003 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 43 F 0.009 0.966 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.019 44 M 0.010 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 45 T 0.017 0.947 0.005 0.001 0.001 0.007 0.006 0.019 46 K 0.008 0.976 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.011 47 L 0.009 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 48 K 0.009 0.978 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 49 E 0.005 0.967 0.002 0.001 0.001 0.004 0.003 0.020 50 L 0.011 0.965 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.015 51 A 0.009 0.980 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 52 A 0.009 0.953 0.016 0.001 0.001 0.002 0.005 0.014 53 A 0.073 0.842 0.006 0.001 0.001 0.004 0.020 0.052 54 A 0.097 0.821 0.017 0.002 0.003 0.002 0.018 0.040 55 S 0.058 0.736 0.028 0.011 0.007 0.020 0.033 0.108 56 S 0.102 0.218 0.036 0.017 0.016 0.032 0.038 0.540 57 A 0.182 0.145 0.061 0.016 0.017 0.062 0.041 0.476 58 D 0.136 0.099 0.047 0.041 0.028 0.206 0.036 0.407 59 E 0.149 0.081 0.037 0.023 0.019 0.179 0.029 0.483 60 G 0.073 0.053 0.031 0.010 0.018 0.185 0.022 0.608 61 A 0.274 0.040 0.079 0.123 0.116 0.079 0.027 0.261 62 S 0.054 0.042 0.131 0.105 0.112 0.106 0.008 0.443 63 V 0.014 0.018 0.062 0.258 0.305 0.027 0.002 0.315 64 A 0.014 0.045 0.103 0.187 0.429 0.064 0.003 0.156 65 Y 0.020 0.021 0.042 0.267 0.394 0.037 0.003 0.216 66 K 0.028 0.051 0.092 0.159 0.345 0.073 0.007 0.244 67 I 0.041 0.045 0.058 0.256 0.326 0.026 0.006 0.242 68 K 0.016 0.041 0.047 0.230 0.383 0.048 0.005 0.231 69 D 0.035 0.030 0.020 0.078 0.175 0.059 0.008 0.594 70 L 0.074 0.080 0.044 0.106 0.255 0.080 0.018 0.343 71 E 0.059 0.066 0.018 0.042 0.054 0.303 0.022 0.437 72 G 0.161 0.051 0.019 0.026 0.040 0.108 0.070 0.523 73 Q 0.447 0.043 0.038 0.021 0.032 0.092 0.099 0.227 74 V 0.087 0.033 0.093 0.383 0.168 0.062 0.008 0.166 75 E 0.011 0.024 0.052 0.196 0.388 0.069 0.004 0.255 76 L 0.009 0.005 0.015 0.459 0.472 0.006 0.001 0.034 77 D 0.008 0.021 0.064 0.261 0.488 0.034 0.003 0.122 78 A 0.008 0.007 0.032 0.483 0.414 0.010 0.001 0.044 79 A 0.006 0.019 0.109 0.213 0.504 0.032 0.003 0.115 80 F 0.010 0.006 0.036 0.399 0.482 0.010 0.002 0.056 81 T 0.011 0.014 0.142 0.229 0.427 0.044 0.005 0.127 82 F 0.009 0.007 0.064 0.327 0.414 0.018 0.002 0.160 83 S 0.011 0.017 0.084 0.131 0.336 0.089 0.004 0.328 84 C 0.018 0.020 0.023 0.168 0.243 0.067 0.003 0.459 85 Q 0.016 0.047 0.021 0.084 0.196 0.269 0.004 0.363 86 A 0.020 0.150 0.014 0.059 0.125 0.094 0.003 0.536 87 E 0.009 0.407 0.018 0.101 0.238 0.052 0.003 0.172 88 M 0.013 0.754 0.011 0.024 0.045 0.038 0.002 0.113 89 I 0.004 0.903 0.009 0.019 0.041 0.002 0.001 0.021 90 I 0.003 0.958 0.005 0.006 0.020 0.001 0.001 0.007 91 F 0.009 0.915 0.008 0.020 0.028 0.001 0.003 0.016 92 E 0.008 0.939 0.010 0.006 0.014 0.001 0.006 0.017 93 L 0.032 0.830 0.021 0.018 0.026 0.008 0.017 0.047 94 S 0.028 0.743 0.032 0.015 0.021 0.036 0.028 0.096 95 L 0.122 0.551 0.066 0.018 0.025 0.030 0.046 0.142 96 R 0.100 0.478 0.082 0.028 0.025 0.059 0.028 0.199 97 S 0.086 0.409 0.049 0.020 0.024 0.080 0.023 0.309 98 L 0.094 0.439 0.063 0.033 0.063 0.046 0.018 0.244 99 A 0.075 0.422 0.046 0.034 0.046 0.091 0.017 0.269