# TARGET T0437 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0437.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.5273 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.155 0.221 0.311 0.088 0.101 0.033 0.037 0.010 0.030 0.012 0.002 2 K 0.362 0.139 0.306 0.085 0.029 0.026 0.026 0.005 0.013 0.006 0.004 3 D 0.249 0.188 0.265 0.105 0.067 0.060 0.028 0.010 0.022 0.005 0.001 4 V 0.453 0.202 0.184 0.088 0.021 0.031 0.006 0.001 0.014 0.001 0.001 5 V 0.582 0.160 0.136 0.076 0.012 0.015 0.008 0.001 0.009 0.001 0.001 6 D 0.589 0.103 0.101 0.096 0.036 0.027 0.028 0.007 0.009 0.003 0.001 7 K 0.499 0.176 0.108 0.127 0.039 0.020 0.009 0.001 0.020 0.001 0.001 8 C 0.520 0.139 0.178 0.082 0.016 0.029 0.009 0.001 0.023 0.001 0.001 9 S 0.696 0.068 0.109 0.078 0.012 0.013 0.011 0.003 0.006 0.003 0.002 10 T 0.524 0.067 0.047 0.286 0.026 0.013 0.019 0.004 0.011 0.002 0.001 11 K 0.169 0.076 0.100 0.491 0.022 0.009 0.108 0.006 0.017 0.002 0.001 12 G 0.037 0.017 0.050 0.023 0.090 0.008 0.191 0.454 0.007 0.122 0.001 13 C 0.110 0.323 0.384 0.058 0.069 0.019 0.013 0.002 0.017 0.003 0.001 14 A 0.113 0.358 0.331 0.069 0.027 0.070 0.012 0.002 0.016 0.001 0.003 15 I 0.062 0.625 0.177 0.023 0.077 0.018 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 16 D 0.078 0.262 0.340 0.027 0.056 0.168 0.020 0.002 0.040 0.004 0.003 17 I 0.119 0.435 0.251 0.109 0.024 0.020 0.014 0.001 0.027 0.001 0.001 18 G 0.080 0.064 0.082 0.025 0.412 0.016 0.038 0.161 0.008 0.113 0.002 19 T 0.032 0.642 0.149 0.013 0.130 0.007 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 20 V 0.089 0.575 0.195 0.013 0.013 0.089 0.004 0.001 0.019 0.001 0.001 21 I 0.102 0.620 0.140 0.033 0.053 0.024 0.003 0.001 0.024 0.001 0.001 22 D 0.139 0.170 0.290 0.098 0.071 0.106 0.056 0.009 0.036 0.021 0.005 23 N 0.334 0.150 0.102 0.205 0.060 0.025 0.070 0.018 0.021 0.013 0.003 24 D 0.261 0.066 0.067 0.365 0.045 0.015 0.122 0.032 0.012 0.015 0.001 25 N 0.144 0.072 0.092 0.320 0.054 0.021 0.242 0.036 0.013 0.007 0.001 26 C 0.186 0.196 0.335 0.148 0.040 0.041 0.033 0.005 0.013 0.002 0.001 27 T 0.303 0.278 0.171 0.197 0.011 0.021 0.010 0.001 0.008 0.001 0.001 28 S 0.157 0.432 0.213 0.059 0.088 0.026 0.010 0.002 0.012 0.001 0.001 29 K 0.165 0.532 0.132 0.033 0.066 0.038 0.014 0.001 0.018 0.001 0.001 30 F 0.057 0.597 0.235 0.017 0.043 0.030 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 31 S 0.268 0.403 0.178 0.035 0.042 0.044 0.009 0.001 0.018 0.001 0.001 32 R 0.095 0.599 0.123 0.031 0.106 0.017 0.005 0.001 0.022 0.001 0.001 33 F 0.136 0.516 0.165 0.064 0.041 0.050 0.010 0.001 0.016 0.001 0.001 34 F 0.101 0.353 0.251 0.069 0.140 0.031 0.020 0.004 0.026 0.005 0.001 35 A 0.341 0.137 0.258 0.121 0.038 0.043 0.030 0.006 0.015 0.008 0.003 36 T 0.224 0.109 0.212 0.232 0.080 0.071 0.023 0.007 0.033 0.008 0.001 37 R 0.859 0.013 0.081 0.030 0.003 0.006 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 38 E 0.980 0.003 0.008 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 E 0.965 0.007 0.007 0.017 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 A 0.988 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 E 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 S 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 F 0.985 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 M 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 K 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 L 0.990 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 K 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 E 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 L 0.952 0.001 0.002 0.045 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 A 0.921 0.004 0.020 0.042 0.001 0.001 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 52 A 0.926 0.007 0.015 0.036 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 53 A 0.726 0.034 0.093 0.112 0.007 0.009 0.008 0.002 0.007 0.001 0.001 54 A 0.670 0.039 0.159 0.106 0.006 0.010 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 55 S 0.507 0.115 0.136 0.172 0.015 0.021 0.019 0.003 0.010 0.002 0.001 56 S 0.274 0.180 0.207 0.144 0.068 0.045 0.022 0.004 0.049 0.004 0.001 57 A 0.629 0.064 0.172 0.091 0.010 0.012 0.008 0.002 0.007 0.002 0.004 58 D 0.313 0.122 0.162 0.250 0.034 0.044 0.027 0.008 0.034 0.005 0.001 59 E 0.342 0.105 0.202 0.257 0.013 0.007 0.050 0.001 0.019 0.001 0.002 60 G 0.059 0.034 0.103 0.032 0.078 0.015 0.236 0.346 0.008 0.086 0.002 61 A 0.080 0.262 0.509 0.044 0.060 0.019 0.011 0.004 0.009 0.003 0.001 62 S 0.061 0.329 0.410 0.043 0.045 0.075 0.017 0.003 0.014 0.001 0.002 63 V 0.028 0.723 0.169 0.009 0.022 0.033 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 64 A 0.121 0.442 0.260 0.063 0.041 0.052 0.005 0.001 0.012 0.001 0.002 65 Y 0.044 0.543 0.128 0.049 0.187 0.017 0.006 0.001 0.026 0.001 0.001 66 K 0.092 0.523 0.233 0.024 0.047 0.048 0.012 0.001 0.020 0.001 0.001 67 I 0.141 0.509 0.222 0.040 0.022 0.040 0.009 0.001 0.017 0.001 0.001 68 K 0.244 0.417 0.193 0.044 0.053 0.022 0.006 0.001 0.019 0.002 0.001 69 D 0.138 0.212 0.353 0.050 0.063 0.115 0.022 0.004 0.035 0.005 0.003 70 L 0.454 0.194 0.200 0.067 0.024 0.027 0.004 0.001 0.027 0.002 0.001 71 E 0.412 0.141 0.207 0.172 0.007 0.009 0.033 0.001 0.015 0.001 0.003 72 G 0.048 0.016 0.030 0.063 0.165 0.004 0.142 0.437 0.004 0.090 0.001 73 Q 0.048 0.245 0.253 0.126 0.090 0.026 0.158 0.036 0.013 0.003 0.002 74 V 0.007 0.699 0.220 0.010 0.046 0.010 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 75 E 0.008 0.664 0.232 0.012 0.023 0.045 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 76 L 0.002 0.799 0.106 0.007 0.066 0.010 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 77 D 0.007 0.735 0.083 0.009 0.121 0.019 0.010 0.001 0.015 0.001 0.001 78 A 0.001 0.746 0.106 0.002 0.133 0.004 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 79 A 0.004 0.804 0.076 0.003 0.086 0.014 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 80 F 0.001 0.752 0.131 0.001 0.096 0.010 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 81 T 0.004 0.888 0.043 0.002 0.031 0.022 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 82 F 0.003 0.671 0.190 0.003 0.096 0.024 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 83 S 0.051 0.628 0.117 0.017 0.048 0.103 0.014 0.001 0.020 0.001 0.001 84 C 0.130 0.487 0.175 0.015 0.146 0.030 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 85 Q 0.553 0.268 0.045 0.041 0.037 0.029 0.015 0.001 0.013 0.001 0.001 86 A 0.426 0.249 0.086 0.011 0.210 0.007 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 87 E 0.946 0.037 0.004 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 M 0.785 0.132 0.012 0.005 0.060 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 89 I 0.878 0.105 0.005 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 90 I 0.896 0.075 0.014 0.003 0.004 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 91 F 0.754 0.145 0.029 0.032 0.013 0.014 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 92 E 0.825 0.083 0.031 0.014 0.005 0.024 0.010 0.001 0.007 0.001 0.001 93 L 0.808 0.076 0.041 0.036 0.005 0.018 0.007 0.001 0.008 0.001 0.001 94 S 0.736 0.035 0.077 0.081 0.024 0.019 0.011 0.002 0.013 0.003 0.001 95 L 0.648 0.026 0.068 0.217 0.007 0.014 0.012 0.001 0.005 0.001 0.001 96 R 0.773 0.052 0.037 0.067 0.022 0.007 0.027 0.006 0.005 0.002 0.001 97 S 0.627 0.086 0.136 0.077 0.022 0.026 0.011 0.002 0.011 0.001 0.001 98 L 0.645 0.082 0.075 0.160 0.006 0.019 0.005 0.001 0.008 0.001 0.001 99 A 0.628 0.122 0.105 0.061 0.026 0.014 0.023 0.004 0.014 0.003 0.001