# TARGET T0437 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0437.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.5273 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.085 0.249 0.090 0.031 0.175 0.023 0.035 0.115 0.081 0.075 0.041 2 K 0.071 0.158 0.072 0.033 0.135 0.039 0.066 0.193 0.100 0.086 0.048 3 D 0.121 0.167 0.066 0.013 0.222 0.015 0.034 0.149 0.062 0.092 0.058 4 V 0.123 0.195 0.044 0.011 0.204 0.013 0.023 0.174 0.084 0.084 0.044 5 V 0.082 0.130 0.050 0.019 0.154 0.023 0.024 0.334 0.108 0.042 0.035 6 D 0.044 0.057 0.028 0.016 0.072 0.021 0.048 0.523 0.121 0.051 0.021 7 K 0.069 0.063 0.027 0.013 0.074 0.013 0.060 0.385 0.097 0.165 0.034 8 C 0.071 0.167 0.056 0.017 0.175 0.014 0.022 0.312 0.090 0.046 0.031 9 S 0.038 0.038 0.026 0.019 0.045 0.028 0.059 0.510 0.163 0.049 0.024 10 T 0.055 0.046 0.034 0.026 0.053 0.035 0.124 0.303 0.110 0.177 0.036 11 K 0.054 0.334 0.118 0.051 0.138 0.031 0.054 0.087 0.041 0.064 0.027 12 G 0.089 0.051 0.059 0.109 0.057 0.047 0.032 0.091 0.078 0.250 0.137 13 C 0.064 0.305 0.131 0.028 0.220 0.022 0.035 0.076 0.054 0.037 0.029 14 A 0.258 0.106 0.021 0.007 0.352 0.010 0.024 0.056 0.040 0.063 0.063 15 I 0.157 0.224 0.044 0.010 0.427 0.013 0.021 0.032 0.019 0.017 0.036 16 D 0.305 0.104 0.036 0.012 0.366 0.017 0.026 0.030 0.014 0.027 0.062 17 I 0.215 0.109 0.033 0.037 0.287 0.039 0.039 0.065 0.059 0.070 0.046 18 G 0.151 0.105 0.075 0.099 0.211 0.060 0.040 0.060 0.061 0.078 0.059 19 T 0.127 0.217 0.056 0.008 0.436 0.008 0.016 0.041 0.028 0.019 0.044 20 V 0.321 0.106 0.018 0.004 0.361 0.006 0.019 0.036 0.021 0.041 0.067 21 I 0.157 0.190 0.065 0.021 0.319 0.028 0.035 0.043 0.026 0.042 0.075 22 D 0.099 0.180 0.160 0.110 0.171 0.050 0.037 0.058 0.033 0.054 0.049 23 N 0.065 0.079 0.070 0.099 0.085 0.070 0.082 0.195 0.122 0.097 0.035 24 D 0.032 0.055 0.052 0.058 0.042 0.061 0.071 0.181 0.195 0.213 0.040 25 N 0.093 0.099 0.057 0.037 0.104 0.029 0.039 0.119 0.108 0.238 0.078 26 C 0.097 0.166 0.074 0.038 0.173 0.034 0.047 0.113 0.082 0.123 0.053 27 T 0.210 0.121 0.041 0.020 0.275 0.019 0.025 0.093 0.054 0.078 0.064 28 S 0.137 0.239 0.038 0.011 0.419 0.014 0.017 0.056 0.025 0.016 0.026 29 K 0.246 0.139 0.029 0.007 0.391 0.010 0.031 0.065 0.018 0.021 0.043 30 F 0.273 0.126 0.020 0.007 0.392 0.008 0.009 0.051 0.023 0.031 0.059 31 S 0.154 0.180 0.028 0.013 0.397 0.022 0.027 0.090 0.036 0.017 0.036 32 R 0.197 0.117 0.035 0.008 0.356 0.010 0.030 0.120 0.049 0.031 0.047 33 F 0.182 0.106 0.030 0.015 0.203 0.018 0.071 0.158 0.061 0.084 0.071 34 F 0.102 0.195 0.080 0.018 0.205 0.022 0.036 0.126 0.052 0.065 0.097 35 A 0.038 0.167 0.097 0.037 0.075 0.065 0.078 0.183 0.078 0.137 0.046 36 T 0.071 0.361 0.148 0.010 0.134 0.007 0.009 0.096 0.030 0.103 0.029 37 R 0.005 0.014 0.003 0.001 0.009 0.001 0.002 0.665 0.276 0.021 0.004 38 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.908 0.084 0.002 0.001 39 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.937 0.045 0.012 0.001 40 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.944 0.036 0.016 0.001 41 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.033 0.001 0.001 42 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.987 0.009 0.001 0.001 43 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.019 0.009 0.001 44 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.954 0.043 0.002 0.001 45 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.951 0.046 0.001 0.001 46 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.966 0.017 0.006 0.001 47 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.937 0.045 0.013 0.001 48 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.924 0.072 0.001 0.001 49 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.974 0.018 0.001 0.001 50 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.925 0.055 0.014 0.001 51 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.880 0.105 0.004 0.001 52 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 0.785 0.173 0.017 0.001 53 A 0.010 0.005 0.004 0.001 0.007 0.002 0.103 0.733 0.080 0.053 0.002 54 A 0.055 0.081 0.022 0.004 0.101 0.011 0.051 0.392 0.158 0.104 0.022 55 S 0.041 0.051 0.029 0.013 0.052 0.028 0.129 0.343 0.156 0.125 0.032 56 S 0.082 0.204 0.122 0.016 0.182 0.012 0.026 0.151 0.066 0.094 0.045 57 A 0.058 0.095 0.045 0.015 0.081 0.023 0.078 0.314 0.186 0.076 0.029 58 D 0.064 0.059 0.048 0.028 0.067 0.043 0.076 0.273 0.168 0.131 0.044 59 E 0.043 0.178 0.097 0.057 0.086 0.052 0.129 0.169 0.077 0.086 0.026 60 G 0.093 0.047 0.052 0.067 0.065 0.034 0.028 0.083 0.069 0.328 0.134 61 A 0.081 0.348 0.050 0.017 0.318 0.019 0.024 0.053 0.035 0.029 0.026 62 S 0.287 0.115 0.022 0.005 0.425 0.008 0.015 0.034 0.015 0.025 0.049 63 V 0.209 0.183 0.030 0.009 0.454 0.012 0.015 0.025 0.013 0.015 0.035 64 A 0.292 0.106 0.022 0.010 0.445 0.013 0.014 0.025 0.012 0.016 0.046 65 Y 0.207 0.176 0.035 0.010 0.404 0.018 0.020 0.035 0.022 0.023 0.051 66 K 0.224 0.160 0.037 0.006 0.427 0.009 0.016 0.033 0.015 0.019 0.054 67 I 0.222 0.172 0.027 0.007 0.359 0.008 0.013 0.063 0.036 0.038 0.055 68 K 0.096 0.257 0.060 0.013 0.363 0.018 0.031 0.078 0.031 0.018 0.034 69 D 0.222 0.124 0.111 0.017 0.208 0.012 0.030 0.120 0.043 0.041 0.071 70 L 0.074 0.069 0.054 0.040 0.090 0.061 0.073 0.311 0.130 0.062 0.036 71 E 0.026 0.271 0.130 0.124 0.048 0.104 0.114 0.071 0.059 0.036 0.016 72 G 0.030 0.034 0.061 0.166 0.024 0.057 0.040 0.037 0.043 0.350 0.157 73 Q 0.147 0.238 0.052 0.021 0.283 0.016 0.022 0.024 0.028 0.093 0.075 74 V 0.183 0.201 0.008 0.002 0.555 0.004 0.007 0.005 0.005 0.007 0.024 75 E 0.264 0.097 0.008 0.002 0.595 0.003 0.004 0.002 0.002 0.002 0.023 76 L 0.315 0.087 0.009 0.006 0.528 0.008 0.007 0.003 0.003 0.006 0.029 77 D 0.261 0.078 0.010 0.005 0.574 0.010 0.010 0.003 0.003 0.007 0.041 78 A 0.250 0.064 0.003 0.001 0.657 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 79 A 0.256 0.070 0.005 0.002 0.621 0.005 0.007 0.002 0.001 0.003 0.028 80 F 0.280 0.051 0.006 0.001 0.627 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 81 T 0.356 0.090 0.009 0.006 0.449 0.013 0.013 0.006 0.005 0.008 0.046 82 F 0.194 0.133 0.052 0.007 0.516 0.009 0.008 0.005 0.004 0.006 0.066 83 S 0.378 0.100 0.013 0.015 0.301 0.017 0.020 0.019 0.018 0.040 0.080 84 C 0.098 0.251 0.101 0.027 0.346 0.030 0.031 0.029 0.022 0.017 0.049 85 Q 0.252 0.132 0.031 0.022 0.240 0.020 0.031 0.097 0.051 0.053 0.073 86 A 0.110 0.147 0.034 0.023 0.226 0.026 0.030 0.205 0.106 0.045 0.048 87 E 0.091 0.073 0.014 0.012 0.170 0.023 0.039 0.446 0.081 0.026 0.024 88 M 0.153 0.049 0.007 0.004 0.311 0.005 0.011 0.380 0.044 0.013 0.023 89 I 0.147 0.042 0.004 0.004 0.293 0.003 0.017 0.451 0.027 0.004 0.008 90 I 0.191 0.019 0.005 0.003 0.201 0.002 0.015 0.516 0.024 0.004 0.018 91 F 0.077 0.044 0.008 0.005 0.146 0.004 0.023 0.636 0.036 0.006 0.015 92 E 0.093 0.025 0.005 0.005 0.065 0.002 0.034 0.710 0.034 0.010 0.015 93 L 0.038 0.042 0.010 0.006 0.054 0.005 0.040 0.700 0.074 0.019 0.012 94 S 0.036 0.057 0.017 0.006 0.051 0.005 0.033 0.686 0.074 0.023 0.013 95 L 0.015 0.020 0.005 0.004 0.022 0.004 0.018 0.687 0.187 0.031 0.008 96 R 0.010 0.028 0.011 0.007 0.016 0.010 0.055 0.678 0.150 0.028 0.007 97 S 0.021 0.039 0.012 0.004 0.034 0.006 0.036 0.610 0.139 0.083 0.015 98 L 0.023 0.032 0.011 0.004 0.032 0.008 0.026 0.552 0.208 0.090 0.016 99 A 0.026 0.081 0.027 0.010 0.053 0.018 0.046 0.512 0.157 0.053 0.017