# TARGET T0437 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0437.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.5273 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.680 0.162 0.105 0.039 0.012 0.003 0.001 2 K 0.788 0.147 0.052 0.010 0.002 0.001 0.001 3 D 0.531 0.239 0.143 0.065 0.018 0.004 0.001 4 V 0.509 0.272 0.155 0.044 0.016 0.004 0.001 5 V 0.198 0.186 0.191 0.281 0.118 0.026 0.001 6 D 0.581 0.261 0.114 0.034 0.009 0.002 0.001 7 K 0.340 0.355 0.182 0.086 0.030 0.007 0.001 8 C 0.136 0.109 0.148 0.276 0.254 0.071 0.005 9 S 0.347 0.313 0.181 0.116 0.033 0.010 0.001 10 T 0.503 0.241 0.136 0.072 0.035 0.012 0.002 11 K 0.306 0.233 0.189 0.143 0.081 0.039 0.009 12 G 0.138 0.182 0.180 0.180 0.167 0.120 0.033 13 C 0.075 0.114 0.121 0.172 0.188 0.231 0.099 14 A 0.059 0.088 0.126 0.175 0.198 0.219 0.135 15 I 0.027 0.046 0.067 0.115 0.213 0.316 0.217 16 D 0.019 0.049 0.096 0.171 0.216 0.229 0.220 17 I 0.004 0.005 0.011 0.026 0.111 0.437 0.407 18 G 0.010 0.038 0.100 0.184 0.268 0.267 0.133 19 T 0.015 0.073 0.131 0.199 0.236 0.252 0.093 20 V 0.012 0.023 0.061 0.133 0.275 0.407 0.089 21 I 0.018 0.036 0.079 0.224 0.383 0.227 0.032 22 D 0.187 0.347 0.267 0.138 0.047 0.012 0.001 23 N 0.450 0.290 0.158 0.072 0.024 0.006 0.001 24 D 0.496 0.312 0.122 0.051 0.013 0.004 0.001 25 N 0.262 0.289 0.222 0.138 0.070 0.018 0.001 26 C 0.143 0.202 0.226 0.240 0.145 0.043 0.002 27 T 0.203 0.301 0.246 0.163 0.063 0.022 0.002 28 S 0.114 0.193 0.197 0.249 0.178 0.064 0.006 29 K 0.142 0.247 0.287 0.205 0.081 0.033 0.005 30 F 0.033 0.042 0.066 0.180 0.357 0.285 0.037 31 S 0.090 0.214 0.280 0.254 0.115 0.041 0.005 32 R 0.106 0.235 0.228 0.205 0.140 0.077 0.008 33 F 0.076 0.137 0.246 0.277 0.191 0.069 0.004 34 F 0.081 0.123 0.191 0.297 0.230 0.076 0.003 35 A 0.393 0.335 0.190 0.064 0.015 0.003 0.001 36 T 0.554 0.290 0.118 0.027 0.008 0.002 0.001 37 R 0.521 0.308 0.130 0.035 0.006 0.001 0.001 38 E 0.621 0.303 0.050 0.022 0.003 0.001 0.001 39 E 0.240 0.382 0.267 0.086 0.023 0.002 0.001 40 A 0.014 0.029 0.090 0.275 0.483 0.107 0.001 41 E 0.114 0.450 0.262 0.147 0.024 0.002 0.001 42 S 0.236 0.523 0.150 0.066 0.020 0.004 0.001 43 F 0.030 0.083 0.226 0.334 0.268 0.057 0.001 44 M 0.013 0.043 0.168 0.397 0.289 0.087 0.004 45 T 0.297 0.432 0.220 0.039 0.009 0.002 0.001 46 K 0.063 0.278 0.359 0.202 0.080 0.016 0.001 47 L 0.006 0.013 0.028 0.119 0.396 0.412 0.026 48 K 0.045 0.191 0.357 0.284 0.097 0.024 0.003 49 E 0.191 0.437 0.246 0.089 0.028 0.009 0.001 50 L 0.015 0.074 0.196 0.336 0.299 0.074 0.005 51 A 0.010 0.020 0.060 0.179 0.438 0.268 0.024 52 A 0.085 0.346 0.319 0.167 0.065 0.018 0.001 53 A 0.107 0.337 0.291 0.186 0.065 0.012 0.001 54 A 0.042 0.059 0.092 0.237 0.367 0.192 0.012 55 S 0.282 0.299 0.225 0.141 0.043 0.010 0.001 56 S 0.551 0.298 0.094 0.042 0.012 0.003 0.001 57 A 0.569 0.255 0.119 0.040 0.014 0.003 0.001 58 D 0.413 0.270 0.162 0.105 0.039 0.010 0.001 59 E 0.390 0.329 0.143 0.094 0.036 0.008 0.001 60 G 0.369 0.270 0.176 0.118 0.052 0.015 0.001 61 A 0.184 0.204 0.200 0.235 0.141 0.036 0.002 62 S 0.268 0.353 0.211 0.113 0.039 0.014 0.001 63 V 0.058 0.078 0.147 0.293 0.316 0.103 0.005 64 A 0.228 0.383 0.225 0.123 0.030 0.010 0.001 65 Y 0.138 0.208 0.191 0.270 0.158 0.033 0.002 66 K 0.278 0.386 0.213 0.094 0.023 0.005 0.001 67 I 0.054 0.081 0.155 0.325 0.306 0.078 0.002 68 K 0.362 0.365 0.182 0.075 0.014 0.002 0.001 69 D 0.556 0.323 0.088 0.025 0.006 0.001 0.001 70 L 0.270 0.194 0.242 0.212 0.073 0.008 0.001 71 E 0.608 0.241 0.111 0.035 0.005 0.001 0.001 72 G 0.727 0.201 0.060 0.010 0.002 0.001 0.001 73 Q 0.433 0.369 0.125 0.057 0.013 0.003 0.001 74 V 0.115 0.203 0.220 0.253 0.175 0.033 0.001 75 E 0.207 0.324 0.231 0.169 0.053 0.015 0.001 76 L 0.040 0.062 0.118 0.254 0.358 0.159 0.008 77 D 0.146 0.341 0.273 0.176 0.047 0.015 0.002 78 A 0.038 0.085 0.117 0.241 0.347 0.156 0.015 79 A 0.137 0.335 0.240 0.197 0.062 0.026 0.004 80 F 0.034 0.065 0.107 0.272 0.344 0.165 0.012 81 T 0.163 0.324 0.272 0.155 0.059 0.023 0.003 82 F 0.036 0.062 0.102 0.240 0.333 0.203 0.025 83 S 0.169 0.315 0.260 0.174 0.053 0.025 0.005 84 C 0.082 0.123 0.142 0.257 0.240 0.137 0.019 85 Q 0.161 0.246 0.261 0.184 0.093 0.044 0.011 86 A 0.064 0.073 0.091 0.172 0.234 0.274 0.091 87 E 0.090 0.136 0.150 0.209 0.202 0.160 0.052 88 M 0.110 0.178 0.205 0.204 0.140 0.118 0.046 89 I 0.066 0.082 0.104 0.164 0.221 0.264 0.099 90 I 0.062 0.064 0.078 0.130 0.198 0.300 0.168 91 F 0.088 0.099 0.110 0.184 0.211 0.231 0.077 92 E 0.172 0.185 0.222 0.194 0.131 0.072 0.024 93 L 0.139 0.109 0.108 0.204 0.213 0.177 0.050 94 S 0.375 0.247 0.195 0.100 0.047 0.029 0.007 95 L 0.303 0.204 0.155 0.165 0.108 0.056 0.009 96 R 0.467 0.219 0.147 0.098 0.046 0.021 0.003 97 S 0.486 0.214 0.149 0.082 0.045 0.020 0.003 98 L 0.443 0.182 0.142 0.127 0.070 0.032 0.004 99 A 0.665 0.191 0.089 0.036 0.013 0.005 0.001