# TARGET T0437 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0437.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.5273 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.240 0.133 0.128 0.141 0.127 0.099 0.061 0.036 0.019 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 2 K 0.447 0.168 0.140 0.086 0.063 0.038 0.028 0.011 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 3 D 0.267 0.146 0.128 0.136 0.119 0.087 0.050 0.033 0.016 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 4 V 0.184 0.126 0.120 0.153 0.156 0.101 0.074 0.039 0.026 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 5 V 0.169 0.116 0.124 0.147 0.145 0.109 0.077 0.051 0.033 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 6 D 0.452 0.178 0.132 0.087 0.057 0.040 0.024 0.012 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 7 K 0.192 0.172 0.135 0.157 0.137 0.101 0.051 0.025 0.017 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 8 C 0.069 0.075 0.074 0.145 0.191 0.165 0.119 0.081 0.043 0.020 0.010 0.005 0.002 0.001 9 S 0.293 0.188 0.170 0.127 0.081 0.060 0.039 0.015 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 10 T 0.302 0.161 0.149 0.112 0.092 0.072 0.051 0.020 0.021 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 11 K 0.040 0.050 0.061 0.118 0.176 0.187 0.140 0.102 0.054 0.034 0.017 0.012 0.007 0.002 12 G 0.048 0.047 0.064 0.104 0.147 0.152 0.138 0.119 0.082 0.057 0.019 0.014 0.006 0.003 13 C 0.022 0.014 0.016 0.035 0.065 0.093 0.150 0.154 0.145 0.132 0.078 0.061 0.026 0.009 14 A 0.015 0.021 0.029 0.050 0.086 0.114 0.130 0.155 0.131 0.084 0.098 0.049 0.020 0.020 15 I 0.008 0.010 0.012 0.021 0.040 0.056 0.097 0.112 0.139 0.161 0.173 0.085 0.054 0.030 16 D 0.009 0.021 0.027 0.055 0.089 0.111 0.129 0.151 0.143 0.111 0.071 0.040 0.021 0.023 17 I 0.001 0.002 0.003 0.007 0.018 0.040 0.075 0.103 0.179 0.199 0.173 0.101 0.068 0.031 18 G 0.004 0.009 0.017 0.032 0.064 0.092 0.134 0.170 0.156 0.143 0.086 0.047 0.025 0.019 19 T 0.010 0.012 0.019 0.032 0.051 0.067 0.104 0.127 0.148 0.159 0.109 0.090 0.047 0.024 20 V 0.008 0.013 0.015 0.034 0.052 0.098 0.123 0.147 0.171 0.132 0.083 0.071 0.039 0.016 21 I 0.015 0.022 0.032 0.055 0.104 0.127 0.181 0.172 0.106 0.071 0.067 0.026 0.014 0.009 22 D 0.051 0.112 0.116 0.169 0.166 0.131 0.095 0.074 0.045 0.021 0.014 0.004 0.002 0.002 23 N 0.109 0.133 0.141 0.203 0.144 0.125 0.060 0.045 0.022 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 24 D 0.325 0.175 0.157 0.115 0.078 0.063 0.047 0.016 0.014 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 25 N 0.247 0.174 0.163 0.123 0.103 0.086 0.050 0.023 0.019 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 26 C 0.089 0.076 0.072 0.125 0.166 0.160 0.131 0.096 0.043 0.026 0.010 0.005 0.002 0.001 27 T 0.111 0.098 0.109 0.137 0.157 0.117 0.095 0.067 0.055 0.029 0.016 0.006 0.002 0.002 28 S 0.077 0.043 0.051 0.069 0.090 0.106 0.107 0.127 0.109 0.089 0.064 0.044 0.020 0.005 29 K 0.102 0.107 0.110 0.136 0.144 0.117 0.096 0.078 0.048 0.027 0.022 0.008 0.003 0.003 30 F 0.025 0.018 0.026 0.044 0.071 0.104 0.118 0.135 0.153 0.125 0.086 0.057 0.030 0.009 31 S 0.089 0.093 0.095 0.133 0.149 0.126 0.122 0.083 0.054 0.029 0.019 0.005 0.002 0.002 32 R 0.104 0.080 0.101 0.127 0.137 0.126 0.099 0.081 0.060 0.040 0.025 0.012 0.005 0.002 33 F 0.046 0.064 0.067 0.130 0.191 0.159 0.136 0.101 0.056 0.028 0.013 0.005 0.002 0.001 34 F 0.091 0.083 0.091 0.145 0.169 0.148 0.100 0.079 0.049 0.024 0.011 0.006 0.003 0.001 35 A 0.377 0.251 0.151 0.095 0.056 0.035 0.018 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 36 T 0.295 0.147 0.156 0.129 0.114 0.082 0.043 0.013 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 37 R 0.165 0.155 0.275 0.160 0.111 0.071 0.038 0.010 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 38 E 0.764 0.137 0.057 0.024 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 E 0.246 0.326 0.262 0.086 0.039 0.029 0.007 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 A 0.012 0.016 0.025 0.095 0.241 0.205 0.201 0.123 0.066 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 41 E 0.194 0.357 0.253 0.103 0.046 0.033 0.009 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 S 0.688 0.236 0.044 0.017 0.006 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 F 0.016 0.043 0.069 0.201 0.259 0.251 0.109 0.030 0.018 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 44 M 0.007 0.017 0.043 0.127 0.279 0.251 0.145 0.087 0.036 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 45 T 0.672 0.228 0.075 0.015 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 K 0.213 0.255 0.241 0.160 0.078 0.039 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 L 0.005 0.008 0.013 0.059 0.146 0.226 0.296 0.157 0.068 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 48 K 0.029 0.105 0.186 0.263 0.226 0.123 0.043 0.015 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 E 0.725 0.218 0.037 0.011 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 L 0.023 0.056 0.100 0.237 0.263 0.207 0.071 0.026 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 51 A 0.009 0.015 0.034 0.086 0.171 0.192 0.234 0.170 0.065 0.012 0.008 0.002 0.002 0.001 52 A 0.255 0.304 0.167 0.142 0.077 0.038 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 A 0.441 0.273 0.135 0.072 0.035 0.033 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 A 0.045 0.046 0.064 0.165 0.265 0.209 0.122 0.056 0.019 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 55 S 0.211 0.206 0.194 0.159 0.118 0.069 0.029 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 S 0.698 0.158 0.063 0.036 0.021 0.014 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 A 0.477 0.169 0.150 0.082 0.057 0.033 0.021 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 58 D 0.329 0.175 0.169 0.114 0.091 0.064 0.037 0.009 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 59 E 0.331 0.176 0.122 0.122 0.100 0.070 0.044 0.017 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 60 G 0.135 0.105 0.092 0.148 0.180 0.134 0.084 0.054 0.035 0.019 0.007 0.004 0.001 0.001 61 A 0.056 0.037 0.046 0.083 0.127 0.147 0.135 0.129 0.087 0.071 0.038 0.029 0.011 0.003 62 S 0.106 0.099 0.102 0.135 0.157 0.125 0.090 0.073 0.053 0.026 0.020 0.007 0.003 0.003 63 V 0.027 0.015 0.023 0.038 0.065 0.094 0.114 0.141 0.145 0.135 0.102 0.064 0.030 0.007 64 A 0.053 0.075 0.087 0.127 0.164 0.145 0.134 0.092 0.063 0.029 0.020 0.005 0.002 0.003 65 Y 0.095 0.056 0.067 0.096 0.109 0.123 0.101 0.096 0.093 0.072 0.047 0.029 0.012 0.004 66 K 0.124 0.144 0.130 0.162 0.155 0.113 0.079 0.045 0.027 0.011 0.006 0.001 0.001 0.001 67 I 0.048 0.048 0.065 0.114 0.170 0.161 0.137 0.103 0.081 0.036 0.019 0.011 0.005 0.002 68 K 0.202 0.185 0.171 0.158 0.122 0.072 0.044 0.023 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 69 D 0.551 0.219 0.103 0.052 0.031 0.024 0.012 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 70 L 0.115 0.127 0.127 0.179 0.183 0.140 0.070 0.033 0.017 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 71 E 0.259 0.187 0.164 0.151 0.114 0.057 0.043 0.011 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 72 G 0.424 0.226 0.132 0.082 0.049 0.046 0.024 0.007 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 73 Q 0.164 0.159 0.138 0.150 0.156 0.107 0.066 0.023 0.021 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 74 V 0.030 0.034 0.047 0.088 0.144 0.172 0.157 0.141 0.075 0.056 0.028 0.017 0.010 0.002 75 E 0.037 0.053 0.061 0.130 0.182 0.158 0.122 0.109 0.071 0.038 0.022 0.010 0.004 0.004 76 L 0.009 0.006 0.008 0.018 0.032 0.054 0.086 0.111 0.157 0.188 0.130 0.126 0.062 0.013 77 D 0.014 0.026 0.034 0.071 0.126 0.138 0.152 0.157 0.107 0.063 0.060 0.025 0.010 0.017 78 A 0.003 0.002 0.004 0.005 0.012 0.025 0.050 0.064 0.151 0.230 0.207 0.141 0.083 0.023 79 A 0.009 0.016 0.019 0.046 0.090 0.118 0.165 0.194 0.125 0.088 0.066 0.027 0.017 0.021 80 F 0.003 0.002 0.003 0.007 0.014 0.030 0.055 0.067 0.156 0.226 0.172 0.161 0.080 0.024 81 T 0.012 0.026 0.033 0.070 0.110 0.139 0.170 0.195 0.109 0.069 0.033 0.017 0.009 0.008 82 F 0.018 0.011 0.012 0.023 0.044 0.073 0.119 0.105 0.164 0.171 0.119 0.089 0.038 0.014 83 S 0.015 0.035 0.045 0.107 0.149 0.190 0.170 0.148 0.074 0.038 0.013 0.007 0.003 0.003 84 C 0.065 0.035 0.035 0.054 0.090 0.111 0.166 0.127 0.094 0.078 0.081 0.038 0.019 0.007 85 Q 0.068 0.117 0.108 0.168 0.165 0.162 0.094 0.062 0.033 0.014 0.004 0.003 0.001 0.001 86 A 0.089 0.037 0.048 0.060 0.092 0.124 0.165 0.158 0.081 0.054 0.057 0.020 0.012 0.004 87 E 0.123 0.095 0.080 0.140 0.176 0.159 0.107 0.062 0.032 0.015 0.005 0.003 0.002 0.001 88 M 0.224 0.107 0.153 0.142 0.126 0.097 0.063 0.044 0.021 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 89 I 0.177 0.070 0.057 0.114 0.196 0.140 0.120 0.063 0.032 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 90 I 0.152 0.100 0.136 0.144 0.141 0.128 0.080 0.062 0.030 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 91 F 0.292 0.083 0.067 0.089 0.153 0.101 0.105 0.055 0.023 0.015 0.011 0.003 0.002 0.001 92 E 0.179 0.150 0.158 0.169 0.121 0.102 0.054 0.037 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 93 L 0.214 0.062 0.076 0.087 0.139 0.119 0.130 0.082 0.037 0.023 0.020 0.006 0.003 0.001 94 S 0.241 0.165 0.166 0.166 0.096 0.092 0.038 0.019 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 95 L 0.214 0.080 0.107 0.134 0.150 0.117 0.093 0.054 0.024 0.013 0.009 0.003 0.002 0.001 96 R 0.290 0.154 0.144 0.139 0.126 0.069 0.041 0.018 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 97 S 0.179 0.090 0.119 0.130 0.146 0.119 0.086 0.061 0.034 0.018 0.010 0.004 0.002 0.001 98 L 0.129 0.066 0.052 0.095 0.149 0.143 0.151 0.107 0.052 0.024 0.019 0.007 0.004 0.001 99 A 0.295 0.175 0.170 0.129 0.091 0.065 0.034 0.018 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001