This file specifies which residues will be varied Column 2: Chain Column 4-7: sequential residue number Column 9-12: pdb residue number Column 14-18: id (described below) Column 21-40: amino acids to be used NATAA => use native amino acid ALLAA => all amino acids NATRO => native amino acid and rotamer PIKAA => select inividual amino acids POLAR => polar amino acids APOLA => apolar amino acids The following demo lines are in the proper format A 1 3 NATAA A 2 4 ALLAA A 3 6 NATRO A 4 7 NATAA B 5 1 PIKAA DFLM B 6 2 PIKAA HIL B 7 3 POLAR ------------------------------------------------- start A 1 1 NATAA M A 2 2 NATAA A A 3 3 NATAA K A 4 4 NATAA K A 5 5 NATAA T A 6 6 NATAA S A 7 7 NATAA S A 8 8 NATAA R A 9 9 NATAA R A 10 10 NATAA R A 11 11 NATAA Q A 12 12 NATAA T A 13 13 NATAA G A 14 14 NATAA E A 15 15 NATRO P A 16 16 NATRO P A 17 17 NATAA L A 18 18 NATAA E A 19 19 NATAA N A 20 20 NATAA G A 21 21 NATAA L A 22 22 NATAA I A 23 23 NATRO P A 24 24 NATAA Y A 25 25 NATAA L A 26 26 NATAA G A 27 27 NATRO C A 28 28 NATAA A A 29 29 NATAA L A 30 30 NATAA Q A 31 31 NATAA F A 32 32 NATAA G A 33 33 NATAA A A 34 34 NATAA N A 35 35 NATRO P A 36 36 NATAA L A 37 37 NATAA E A 38 38 NATAA F A 39 39 NATAA L A 40 40 NATAA R A 41 41 NATAA A A 42 42 NATAA N A 43 43 NATAA Q A 44 44 NATAA R A 45 45 NATAA K A 46 46 NATAA H A 47 47 NATAA G A 48 48 NATAA H A 49 49 NATAA V A 50 50 NATAA F A 51 51 NATAA T A 52 52 NATRO C A 53 53 NATAA K A 54 54 NATAA L A 55 55 NATAA M A 56 56 NATAA G A 57 57 NATAA K A 58 58 NATAA Y A 59 59 NATAA V A 60 60 NATAA H A 61 61 NATAA F A 62 62 NATAA I A 63 63 NATAA T A 64 64 NATAA N A 65 65 NATRO P A 66 66 NATAA L A 67 67 NATAA S A 68 68 NATAA Y A 69 69 NATAA H A 70 70 NATAA K A 71 71 NATAA V A 72 72 NATAA L A 73 73 NATRO C A 74 74 NATAA H A 75 75 NATAA G A 76 76 NATAA K A 77 77 NATAA Y A 78 78 NATAA F A 79 79 NATAA D A 80 80 NATAA W A 81 81 NATAA K A 82 82 NATAA K A 83 83 NATAA F A 84 84 NATAA H A 85 85 NATAA F A 86 86 NATAA A A 87 87 NATAA T A 88 88 NATAA S A 89 89 NATAA A A 90 90 NATAA K A 91 91 NATAA A A 92 92 NATAA F A 93 93 NATAA G A 94 94 NATAA H A 95 95 NATAA R A 96 96 NATAA S A 97 97 NATAA I A 98 98 NATAA D A 99 99 NATRO P A 100 100 NATAA M A 101 101 NATAA D A 102 102 NATAA G A 103 103 NATAA N A 104 104 NATAA T A 105 105 NATAA T A 106 106 NATAA E A 107 107 NATAA N A 108 108 NATAA I A 109 109 NATAA N A 110 110 NATAA D A 111 111 NATAA T A 112 112 NATAA F A 113 113 NATAA I A 114 114 NATAA K A 115 115 NATAA T A 116 116 NATAA L A 117 117 NATAA Q A 118 118 NATAA G A 119 119 NATAA H A 120 120 NATAA A A 121 121 NATAA L A 122 122 NATAA N A 123 123 NATAA S A 124 124 NATAA L A 125 125 NATAA T A 126 126 NATAA E A 127 127 NATAA S A 128 128 NATAA M A 129 129 NATAA M A 130 130 NATAA E A 131 131 NATAA N A 132 132 NATAA L A 133 133 NATAA Q A 134 134 NATAA R A 135 135 NATAA I A 136 136 NATAA M A 137 137 NATAA R A 138 138 NATRO P A 139 139 NATRO P A 140 140 NATAA V A 141 141 NATAA S A 142 142 NATAA S A 143 143 NATAA N A 144 144 NATAA S A 145 145 NATAA K A 146 146 NATAA T A 147 147 NATAA A A 148 148 NATAA A A 149 149 NATAA W A 150 150 NATAA V A 151 151 NATAA T A 152 152 NATAA E A 153 153 NATAA G A 154 154 NATAA M A 155 155 NATAA Y A 156 156 NATAA S A 157 157 NATAA F A 158 158 NATRO C A 159 159 NATAA Y A 160 160 NATAA R A 161 161 NATAA V A 162 162 NATAA M A 163 163 NATAA F A 164 164 NATAA E A 165 165 NATAA A A 166 166 NATAA G A 167 167 NATAA Y A 168 168 NATAA L A 169 169 NATAA T A 170 170 NATAA I A 171 171 NATAA F A 172 172 NATAA G A 173 173 NATAA R A 174 174 NATAA D A 175 175 NATAA L A 176 176 NATAA T A 177 177 NATAA R A 178 178 NATAA R A 179 179 NATAA D A 180 180 NATAA T A 181 181 NATAA Q A 182 182 NATAA K A 183 183 NATAA A A 184 184 NATAA H A 185 185 NATAA I A 186 186 NATAA L A 187 187 NATAA N A 188 188 NATAA N A 189 189 NATAA L A 190 190 NATAA D A 191 191 NATAA N A 192 192 NATAA F A 193 193 NATAA K A 194 194 NATAA Q A 195 195 NATAA F A 196 196 NATAA D A 197 197 NATAA K A 198 198 NATAA V A 199 199 NATAA F A 200 200 NATRO P A 201 201 NATAA A A 202 202 NATAA L A 203 203 NATAA V A 204 204 NATAA A A 205 205 NATAA G A 206 206 NATAA L A 207 207 NATRO P A 208 208 NATAA I A 209 209 NATAA H A 210 210 NATAA M A 211 211 NATAA F A 212 212 NATAA R A 213 213 NATAA T A 214 214 NATAA A A 215 215 NATAA H A 216 216 NATAA N A 217 217 NATAA A A 218 218 NATAA R A 219 219 NATAA E A 220 220 NATAA K A 221 221 NATAA L A 222 222 NATAA A A 223 223 NATAA E A 224 224 NATAA S A 225 225 NATAA L A 226 226 NATAA R A 227 227 NATAA H A 228 228 NATAA E A 229 229 NATAA N A 230 230 NATAA L A 231 231 NATAA Q A 232 232 NATAA K A 233 233 NATAA R A 234 234 NATAA E A 235 235 NATAA S A 236 236 NATAA I A 237 237 NATAA S A 238 238 NATAA E A 239 239 NATAA L A 240 240 NATAA I A 241 241 NATAA S A 242 242 NATAA L A 243 243 NATAA R A 244 244 NATAA M A 245 245 NATAA F A 246 246 NATAA L A 247 247 NATAA N A 248 248 NATAA D A 249 249 NATAA T A 250 250 NATAA L A 251 251 NATAA S A 252 252 NATAA T A 253 253 NATAA F A 254 254 NATAA D A 255 255 NATAA D A 256 256 NATAA L A 257 257 NATAA E A 258 258 NATAA K A 259 259 NATAA A A 260 260 NATAA K A 261 261 NATAA T A 262 262 NATAA H A 263 263 NATAA L A 264 264 NATAA V A 265 265 NATAA V A 266 266 NATAA L A 267 267 NATAA W A 268 268 NATAA A A 269 269 NATAA S A 270 270 NATAA Q A 271 271 NATAA A A 272 272 NATAA N A 273 273 NATAA T A 274 274 NATAA I A 275 275 NATRO P A 276 276 NATAA A A 277 277 NATAA T A 278 278 NATAA F A 279 279 NATAA W A 280 280 NATAA S A 281 281 NATAA L A 282 282 NATAA F A 283 283 NATAA Q A 284 284 NATAA M A 285 285 NATAA I A 286 286 NATAA R A 287 287 NATAA N A 288 288 NATRO P A 289 289 NATAA E A 290 290 NATAA A A 291 291 NATAA M A 292 292 NATAA K A 293 293 NATAA A A 294 294 NATAA A A 295 295 NATAA T A 296 296 NATAA E A 297 297 NATAA E A 298 298 NATAA V A 299 299 NATAA K A 300 300 NATAA R A 301 301 NATAA T A 302 302 NATAA L A 303 303 NATAA E A 304 304 NATAA N A 305 305 NATAA A A 306 306 NATAA G A 307 307 NATAA Q A 308 308 NATAA K A 309 309 NATAA V A 310 310 NATAA S A 311 311 NATAA L A 312 312 NATAA E A 313 313 NATAA G A 314 314 NATAA N A 315 315 NATRO P A 316 316 NATAA I A 317 317 NATRO C A 318 318 NATAA L A 319 319 NATAA S A 320 320 NATAA Q A 321 321 NATAA A A 322 322 NATAA E A 323 323 NATAA L A 324 324 NATAA N A 325 325 NATAA D A 326 326 NATAA L A 327 327 NATRO P A 328 328 NATAA V A 329 329 NATAA L A 330 330 NATAA D A 331 331 NATAA S A 332 332 NATAA I A 333 333 NATAA I A 334 334 NATAA K A 335 335 NATAA E A 336 336 NATAA S A 337 337 NATAA L A 338 338 NATAA R A 339 339 NATAA L A 340 340 NATAA S A 341 341 NATAA S A 342 342 NATAA A A 343 343 NATAA S A 344 344 NATAA L A 345 345 NATAA N A 346 346 NATAA I A 347 347 NATAA R A 348 348 NATAA T A 349 349 NATAA A A 350 350 NATAA K A 351 351 NATAA E A 352 352 NATAA D A 353 353 NATAA F A 354 354 NATAA T A 355 355 NATAA L A 356 356 NATAA H A 357 357 NATAA L A 358 358 NATAA E A 359 359 NATAA D A 360 360 NATAA G A 361 361 NATAA S A 362 362 NATAA Y A 363 363 NATAA N A 364 364 NATAA I A 365 365 NATAA R A 366 366 NATAA K A 367 367 NATAA D A 368 368 NATAA D A 369 369 NATAA I A 370 370 NATAA I A 371 371 NATAA A A 372 372 NATAA L A 373 373 NATAA Y A 374 374 NATRO P A 375 375 NATAA Q A 376 376 NATAA L A 377 377 NATAA M A 378 378 NATAA H A 379 379 NATAA L A 380 380 NATAA D A 381 381 NATRO P A 382 382 NATAA E A 383 383 NATAA I A 384 384 NATAA Y A 385 385 NATRO P A 386 386 NATAA D A 387 387 NATRO P A 388 388 NATAA L A 389 389 NATAA T A 390 390 NATAA F A 391 391 NATAA K A 392 392 NATAA Y A 393 393 NATAA D A 394 394 NATAA R A 395 395 NATAA Y A 396 396 NATAA L A 397 397 NATAA D A 398 398 NATAA E A 399 399 NATAA N A 400 400 NATAA G A 401 401 NATAA K A 402 402 NATAA T A 403 403 NATAA K A 404 404 NATAA T A 405 405 NATAA T A 406 406 NATAA F A 407 407 NATAA Y A 408 408 NATRO C A 409 409 NATAA N A 410 410 NATAA G A 411 411 NATAA L A 412 412 NATAA K A 413 413 NATAA L A 414 414 NATAA K A 415 415 NATAA Y A 416 416 NATAA Y A 417 417 NATAA Y A 418 418 NATAA M A 419 419 NATRO P A 420 420 NATAA F A 421 421 NATAA G A 422 422 NATAA S A 423 423 NATAA G A 424 424 NATAA A A 425 425 NATAA T A 426 426 NATAA I A 427 427 NATRO C A 428 428 NATRO P A 429 429 NATAA G A 430 430 NATAA R A 431 431 NATAA L A 432 432 NATAA F A 433 433 NATAA A A 434 434 NATAA I A 435 435 NATAA H A 436 436 NATAA E A 437 437 NATAA I A 438 438 NATAA K A 439 439 NATAA Q A 440 440 NATAA F A 441 441 NATAA L A 442 442 NATAA I A 443 443 NATAA L A 444 444 NATAA M A 445 445 NATAA L A 446 446 NATAA S A 447 447 NATAA Y A 448 448 NATAA F A 449 449 NATAA E A 450 450 NATAA L A 451 451 NATAA E A 452 452 NATAA L A 453 453 NATAA I A 454 454 NATAA E A 455 455 NATAA G A 456 456 NATAA Q A 457 457 NATAA A A 458 458 NATAA K A 459 459 NATRO C A 460 460 NATRO P A 461 461 NATRO P A 462 462 NATAA L A 463 463 NATAA D A 464 464 NATAA Q A 465 465 NATAA S A 466 466 NATAA R A 467 467 NATAA A A 468 468 NATAA G A 469 469 NATAA L A 470 470 NATAA G A 471 471 NATAA I A 472 472 NATAA L A 473 473 NATRO P A 474 474 NATRO P A 475 475 NATAA L A 476 476 NATAA N A 477 477 NATAA D A 478 478 NATAA I A 479 479 NATAA E A 480 480 NATAA F A 481 481 NATAA K A 482 482 NATAA Y A 483 483 NATAA K A 484 484 NATAA F A 485 485 NATAA K A 486 486 NATAA H A 487 487 NATAA H A 488 488 NATAA H A 489 489 NATAA H A 490 490 NATAA H A 491 491 NATAA H