# TARGET T0429 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 30 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.022 0.007 0.005 0.023 0.113 0.829 2 H 0.045 0.039 0.022 0.047 0.206 0.641 3 H 0.051 0.023 0.041 0.049 0.344 0.492 4 H 0.056 0.023 0.066 0.050 0.367 0.438 5 H 0.049 0.024 0.044 0.039 0.390 0.454 6 H 0.051 0.055 0.045 0.037 0.401 0.410 7 H 0.029 0.057 0.037 0.033 0.508 0.336 8 S 0.019 0.015 0.073 0.046 0.639 0.208 9 S 0.024 0.014 0.073 0.046 0.604 0.239 10 G 0.034 0.025 0.038 0.033 0.552 0.318 11 R 0.069 0.055 0.017 0.031 0.336 0.492 12 E 0.070 0.051 0.019 0.042 0.263 0.555 13 N 0.063 0.030 0.030 0.057 0.349 0.472 14 L 0.068 0.021 0.081 0.103 0.394 0.333 15 Y 0.068 0.016 0.087 0.106 0.380 0.344 16 F 0.099 0.023 0.139 0.134 0.355 0.249 17 Q 0.132 0.025 0.121 0.185 0.288 0.248 18 G 0.141 0.020 0.106 0.147 0.293 0.294 19 M 0.178 0.042 0.070 0.143 0.244 0.322 20 W 0.188 0.043 0.039 0.128 0.271 0.330 21 D 0.140 0.048 0.038 0.119 0.309 0.346 22 E 0.082 0.022 0.021 0.031 0.673 0.171 23 T 0.052 0.005 0.033 0.018 0.740 0.152 24 E 0.095 0.017 0.037 0.011 0.652 0.189 25 L 0.269 0.036 0.036 0.010 0.484 0.166 26 G 0.504 0.013 0.018 0.013 0.148 0.303 27 L 0.818 0.031 0.009 0.008 0.040 0.094 28 Y 0.851 0.010 0.006 0.012 0.039 0.083 29 K 0.804 0.015 0.005 0.019 0.066 0.090 30 V 0.425 0.012 0.011 0.051 0.203 0.297 31 N 0.142 0.004 0.034 0.087 0.415 0.317 32 E 0.153 0.010 0.041 0.128 0.414 0.255 33 Y 0.336 0.044 0.035 0.159 0.226 0.201 34 V 0.372 0.036 0.027 0.184 0.205 0.175 35 D 0.270 0.014 0.035 0.198 0.273 0.210 36 A 0.161 0.018 0.064 0.309 0.266 0.181 37 R 0.140 0.037 0.057 0.299 0.276 0.191 38 D 0.065 0.020 0.069 0.321 0.279 0.246 39 T 0.014 0.004 0.028 0.773 0.113 0.068 40 N 0.006 0.001 0.027 0.819 0.096 0.050 41 M 0.003 0.001 0.005 0.955 0.028 0.009 42 G 0.005 0.001 0.004 0.943 0.038 0.009 43 A 0.013 0.001 0.003 0.904 0.044 0.034 44 W 0.023 0.002 0.003 0.937 0.020 0.014 45 F 0.035 0.002 0.004 0.921 0.019 0.019 46 E 0.118 0.005 0.003 0.844 0.015 0.015 47 A 0.199 0.001 0.007 0.694 0.043 0.056 48 Q 0.433 0.009 0.007 0.459 0.045 0.046 49 V 0.774 0.006 0.007 0.121 0.048 0.044 50 V 0.692 0.002 0.006 0.118 0.078 0.104 51 R 0.805 0.008 0.003 0.044 0.048 0.092 52 V 0.790 0.010 0.002 0.027 0.045 0.125 53 T 0.631 0.018 0.002 0.040 0.082 0.228 54 R 0.345 0.022 0.006 0.029 0.153 0.446 55 K 0.125 0.023 0.013 0.031 0.229 0.581 56 A 0.051 0.012 0.026 0.026 0.313 0.571 57 P 0.029 0.020 0.065 0.034 0.472 0.380 58 S 0.021 0.029 0.075 0.026 0.635 0.213 59 R 0.027 0.027 0.103 0.033 0.618 0.192 60 D 0.021 0.016 0.088 0.029 0.616 0.229 61 E 0.031 0.036 0.076 0.027 0.572 0.257 62 P 0.042 0.055 0.047 0.035 0.381 0.439 63 C 0.049 0.051 0.038 0.036 0.375 0.452 64 S 0.046 0.034 0.034 0.037 0.440 0.409 65 S 0.046 0.033 0.062 0.066 0.454 0.338 66 T 0.039 0.019 0.103 0.088 0.493 0.258 67 S 0.057 0.020 0.101 0.090 0.515 0.216 68 R 0.089 0.025 0.074 0.092 0.464 0.257 69 P 0.069 0.024 0.053 0.076 0.419 0.359 70 A 0.051 0.041 0.034 0.052 0.424 0.398 71 L 0.027 0.019 0.049 0.075 0.411 0.419 72 E 0.018 0.007 0.425 0.067 0.391 0.092 73 E 0.032 0.005 0.346 0.022 0.487 0.108 74 D 0.108 0.006 0.286 0.009 0.438 0.154 75 V 0.625 0.006 0.020 0.003 0.177 0.169 76 I 0.879 0.004 0.004 0.001 0.031 0.081 77 Y 0.970 0.001 0.001 0.001 0.007 0.021 78 H 0.985 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 79 V 0.970 0.003 0.001 0.001 0.005 0.021 80 K 0.932 0.003 0.001 0.001 0.020 0.045 81 Y 0.585 0.021 0.030 0.002 0.247 0.115 82 D 0.167 0.010 0.079 0.005 0.612 0.127 83 D 0.172 0.031 0.084 0.003 0.606 0.103 84 Y 0.225 0.141 0.018 0.003 0.444 0.168 85 P 0.063 0.046 0.013 0.004 0.829 0.045 86 E 0.016 0.005 0.053 0.009 0.898 0.018 87 N 0.017 0.001 0.027 0.003 0.935 0.016 88 G 0.171 0.010 0.008 0.002 0.750 0.058 89 V 0.626 0.013 0.001 0.001 0.051 0.309 90 V 0.927 0.017 0.001 0.001 0.015 0.040 91 Q 0.939 0.005 0.001 0.001 0.013 0.042 92 M 0.838 0.012 0.001 0.001 0.031 0.117 93 N 0.623 0.014 0.003 0.003 0.096 0.261 94 S 0.350 0.014 0.093 0.020 0.343 0.180 95 R 0.174 0.010 0.204 0.027 0.444 0.141 96 D 0.137 0.019 0.229 0.041 0.442 0.132 97 V 0.091 0.031 0.148 0.104 0.352 0.273 98 R 0.063 0.004 0.027 0.072 0.276 0.558 99 A 0.057 0.007 0.169 0.267 0.249 0.251 100 R 0.111 0.015 0.155 0.297 0.256 0.167 101 A 0.114 0.011 0.243 0.274 0.241 0.117 102 R 0.161 0.006 0.154 0.249 0.196 0.234 103 T 0.289 0.015 0.114 0.229 0.174 0.179 104 I 0.475 0.037 0.049 0.097 0.170 0.172 105 I 0.427 0.032 0.028 0.044 0.195 0.274 106 K 0.305 0.027 0.034 0.025 0.278 0.332 107 W 0.033 0.003 0.649 0.030 0.231 0.055 108 Q 0.028 0.004 0.643 0.027 0.231 0.068 109 D 0.077 0.007 0.565 0.021 0.246 0.085 110 L 0.157 0.018 0.073 0.017 0.338 0.398 111 E 0.223 0.050 0.015 0.008 0.363 0.342 112 V 0.453 0.044 0.007 0.005 0.267 0.226 113 G 0.299 0.002 0.004 0.004 0.362 0.330 114 Q 0.747 0.005 0.002 0.002 0.107 0.138 115 V 0.954 0.005 0.001 0.001 0.009 0.031 116 V 0.977 0.001 0.001 0.001 0.005 0.016 117 M 0.962 0.002 0.001 0.002 0.010 0.024 118 L 0.937 0.005 0.001 0.001 0.013 0.043 119 N 0.743 0.006 0.002 0.003 0.061 0.185 120 Y 0.418 0.049 0.003 0.003 0.135 0.393 121 N 0.083 0.064 0.003 0.002 0.732 0.116 122 P 0.011 0.005 0.011 0.003 0.929 0.042 123 D 0.005 0.004 0.011 0.002 0.948 0.030 124 N 0.015 0.019 0.011 0.001 0.929 0.025 125 P 0.048 0.020 0.046 0.006 0.651 0.229 126 K 0.112 0.060 0.117 0.010 0.465 0.236 127 E 0.262 0.038 0.136 0.006 0.392 0.167 128 R 0.366 0.041 0.030 0.008 0.261 0.293 129 G 0.343 0.016 0.015 0.005 0.235 0.386 130 F 0.522 0.022 0.008 0.007 0.138 0.303 131 W 0.640 0.015 0.017 0.010 0.148 0.170 132 Y 0.714 0.007 0.016 0.007 0.138 0.118 133 D 0.895 0.002 0.006 0.003 0.052 0.041 134 A 0.938 0.003 0.002 0.002 0.022 0.033 135 E 0.966 0.002 0.001 0.002 0.010 0.019 136 I 0.972 0.001 0.001 0.003 0.010 0.013 137 S 0.930 0.002 0.001 0.006 0.026 0.035 138 R 0.838 0.008 0.004 0.012 0.071 0.067 139 K 0.627 0.010 0.009 0.019 0.176 0.159 140 R 0.372 0.020 0.018 0.025 0.394 0.172 141 E 0.234 0.017 0.022 0.036 0.413 0.277 142 T 0.130 0.018 0.010 0.030 0.457 0.355 143 R 0.146 0.020 0.009 0.022 0.412 0.391 144 T 0.242 0.041 0.007 0.008 0.281 0.421 145 A 0.200 0.019 0.099 0.068 0.473 0.142 146 R 0.337 0.003 0.106 0.064 0.340 0.151 147 E 0.796 0.004 0.027 0.021 0.096 0.056 148 L 0.929 0.004 0.004 0.009 0.024 0.029 149 Y 0.964 0.003 0.001 0.006 0.009 0.017 150 A 0.977 0.001 0.001 0.003 0.006 0.013 151 N 0.963 0.001 0.001 0.005 0.008 0.022 152 V 0.970 0.003 0.001 0.003 0.008 0.015 153 V 0.951 0.004 0.002 0.004 0.014 0.024 154 L 0.754 0.009 0.008 0.007 0.119 0.102 155 G 0.273 0.010 0.008 0.004 0.421 0.285 156 D 0.065 0.008 0.014 0.004 0.660 0.250 157 D 0.095 0.021 0.023 0.009 0.618 0.234 158 S 0.193 0.057 0.023 0.017 0.358 0.352 159 L 0.288 0.044 0.038 0.025 0.490 0.114 160 N 0.169 0.007 0.028 0.025 0.638 0.134 161 D 0.181 0.009 0.030 0.014 0.632 0.134 162 C 0.534 0.012 0.007 0.006 0.285 0.156 163 R 0.868 0.006 0.002 0.003 0.028 0.094 164 I 0.962 0.005 0.001 0.001 0.005 0.027 165 I 0.960 0.006 0.001 0.001 0.004 0.028 166 F 0.856 0.008 0.002 0.005 0.017 0.113 167 V 0.406 0.006 0.102 0.050 0.160 0.275 168 D 0.147 0.002 0.320 0.032 0.324 0.174 169 E 0.157 0.005 0.292 0.032 0.380 0.135 170 V 0.420 0.019 0.071 0.035 0.226 0.229 171 F 0.795 0.030 0.018 0.017 0.065 0.074 172 K 0.834 0.004 0.010 0.022 0.052 0.078 173 I 0.706 0.007 0.009 0.026 0.078 0.174 174 E 0.375 0.024 0.005 0.030 0.132 0.434 175 R 0.144 0.013 0.008 0.021 0.317 0.496 176 P 0.057 0.023 0.007 0.016 0.261 0.635 177 G 0.004 0.005 0.004 0.008 0.156 0.823 178 E 0.004 0.013 0.034 0.158 0.314 0.478