# TARGET T0429 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.11429 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.123 0.071 0.050 0.087 0.079 0.089 0.131 0.115 0.113 0.086 0.055 2 H 0.223 0.211 0.101 0.160 0.110 0.070 0.060 0.029 0.020 0.011 0.006 3 H 0.197 0.133 0.088 0.138 0.119 0.098 0.098 0.059 0.040 0.022 0.009 4 H 0.261 0.126 0.055 0.112 0.104 0.086 0.103 0.064 0.048 0.029 0.012 5 H 0.173 0.137 0.090 0.154 0.129 0.088 0.100 0.055 0.040 0.023 0.011 6 H 0.146 0.136 0.067 0.132 0.113 0.095 0.125 0.077 0.056 0.035 0.017 7 H 0.210 0.143 0.084 0.156 0.127 0.096 0.086 0.045 0.028 0.016 0.008 8 S 0.330 0.170 0.081 0.114 0.087 0.065 0.070 0.037 0.026 0.014 0.007 9 S 0.313 0.205 0.091 0.143 0.090 0.054 0.051 0.025 0.016 0.008 0.003 10 G 0.489 0.165 0.061 0.092 0.062 0.045 0.040 0.020 0.013 0.008 0.004 11 R 0.149 0.189 0.099 0.168 0.129 0.094 0.086 0.042 0.025 0.014 0.006 12 E 0.301 0.168 0.137 0.159 0.093 0.058 0.043 0.019 0.012 0.006 0.003 13 N 0.194 0.143 0.132 0.180 0.117 0.081 0.077 0.036 0.023 0.011 0.005 14 L 0.174 0.107 0.127 0.123 0.103 0.097 0.118 0.067 0.046 0.026 0.012 15 Y 0.134 0.144 0.148 0.186 0.129 0.095 0.080 0.037 0.025 0.014 0.008 16 F 0.053 0.063 0.092 0.097 0.098 0.126 0.183 0.111 0.087 0.059 0.033 17 Q 0.176 0.142 0.215 0.217 0.115 0.058 0.042 0.016 0.010 0.005 0.002 18 G 0.334 0.167 0.162 0.124 0.078 0.051 0.042 0.018 0.013 0.007 0.005 19 M 0.078 0.102 0.086 0.147 0.124 0.120 0.133 0.080 0.064 0.042 0.024 20 W 0.092 0.070 0.058 0.084 0.096 0.116 0.173 0.112 0.101 0.062 0.034 21 D 0.223 0.182 0.223 0.179 0.087 0.049 0.032 0.012 0.007 0.003 0.002 22 E 0.257 0.188 0.112 0.162 0.103 0.072 0.057 0.023 0.015 0.008 0.005 23 T 0.144 0.068 0.044 0.087 0.084 0.102 0.130 0.102 0.103 0.081 0.056 24 E 0.366 0.202 0.093 0.148 0.085 0.052 0.033 0.010 0.006 0.003 0.002 25 L 0.036 0.053 0.050 0.120 0.120 0.134 0.182 0.121 0.094 0.061 0.030 26 G 0.085 0.106 0.062 0.165 0.155 0.136 0.132 0.069 0.045 0.028 0.017 27 L 0.013 0.019 0.028 0.072 0.071 0.082 0.161 0.157 0.166 0.138 0.092 28 Y 0.004 0.011 0.025 0.058 0.092 0.128 0.215 0.171 0.144 0.094 0.059 29 K 0.026 0.086 0.096 0.224 0.178 0.122 0.121 0.064 0.045 0.024 0.014 30 V 0.016 0.014 0.011 0.043 0.055 0.066 0.158 0.178 0.195 0.160 0.104 31 N 0.106 0.145 0.073 0.204 0.176 0.114 0.093 0.042 0.029 0.012 0.006 32 E 0.108 0.070 0.042 0.117 0.106 0.115 0.195 0.114 0.071 0.042 0.020 33 Y 0.039 0.049 0.040 0.154 0.157 0.155 0.166 0.096 0.065 0.047 0.032 34 V 0.009 0.009 0.010 0.015 0.015 0.025 0.084 0.139 0.242 0.255 0.196 35 D 0.010 0.035 0.034 0.157 0.172 0.155 0.157 0.113 0.084 0.050 0.033 36 A 0.020 0.016 0.019 0.018 0.016 0.025 0.075 0.117 0.195 0.247 0.253 37 R 0.031 0.042 0.041 0.185 0.209 0.160 0.158 0.085 0.052 0.023 0.013 38 D 0.021 0.043 0.030 0.066 0.070 0.086 0.171 0.146 0.154 0.125 0.090 39 T 0.077 0.081 0.066 0.184 0.178 0.133 0.117 0.066 0.050 0.031 0.017 40 N 0.191 0.120 0.071 0.129 0.127 0.124 0.126 0.049 0.037 0.017 0.009 41 M 0.038 0.037 0.023 0.080 0.088 0.104 0.185 0.152 0.130 0.102 0.062 42 G 0.033 0.049 0.033 0.081 0.098 0.129 0.183 0.128 0.130 0.081 0.055 43 A 0.038 0.023 0.038 0.049 0.037 0.047 0.130 0.132 0.170 0.178 0.159 44 W 0.015 0.016 0.045 0.088 0.122 0.160 0.191 0.129 0.104 0.079 0.051 45 F 0.008 0.013 0.067 0.039 0.024 0.027 0.094 0.125 0.198 0.226 0.180 46 E 0.003 0.008 0.037 0.056 0.057 0.074 0.149 0.152 0.163 0.162 0.139 47 A 0.007 0.007 0.088 0.024 0.017 0.026 0.094 0.119 0.199 0.230 0.189 48 Q 0.005 0.011 0.065 0.129 0.179 0.185 0.235 0.099 0.055 0.027 0.011 49 V 0.001 0.003 0.028 0.012 0.008 0.012 0.053 0.079 0.196 0.278 0.329 50 V 0.002 0.008 0.024 0.071 0.127 0.194 0.295 0.139 0.088 0.038 0.014 51 R 0.080 0.167 0.159 0.216 0.141 0.109 0.087 0.025 0.011 0.004 0.001 52 V 0.001 0.003 0.008 0.014 0.022 0.035 0.093 0.145 0.234 0.264 0.181 53 T 0.018 0.074 0.049 0.189 0.208 0.150 0.166 0.069 0.042 0.021 0.013 54 R 0.047 0.082 0.049 0.146 0.175 0.138 0.173 0.095 0.055 0.028 0.012 55 K 0.128 0.207 0.129 0.245 0.133 0.079 0.047 0.017 0.008 0.004 0.002 56 A 0.164 0.152 0.062 0.159 0.139 0.109 0.102 0.051 0.032 0.022 0.009 57 P 0.376 0.177 0.058 0.132 0.087 0.051 0.049 0.026 0.019 0.015 0.009 58 S 0.327 0.241 0.087 0.131 0.076 0.044 0.045 0.019 0.014 0.009 0.006 59 R 0.254 0.129 0.074 0.143 0.097 0.090 0.094 0.046 0.035 0.024 0.014 60 D 0.398 0.190 0.056 0.131 0.080 0.052 0.041 0.020 0.015 0.010 0.006 61 E 0.253 0.152 0.071 0.131 0.100 0.079 0.080 0.046 0.039 0.031 0.019 62 P 0.290 0.173 0.075 0.149 0.101 0.066 0.063 0.033 0.025 0.018 0.009 63 C 0.094 0.077 0.046 0.116 0.118 0.119 0.147 0.101 0.088 0.061 0.032 64 S 0.152 0.170 0.087 0.186 0.130 0.084 0.078 0.045 0.034 0.022 0.012 65 S 0.278 0.149 0.086 0.166 0.103 0.068 0.065 0.035 0.026 0.016 0.008 66 T 0.391 0.104 0.061 0.109 0.084 0.068 0.073 0.043 0.035 0.022 0.011 67 S 0.283 0.192 0.078 0.130 0.084 0.060 0.069 0.039 0.033 0.021 0.011 68 R 0.158 0.126 0.058 0.139 0.108 0.103 0.123 0.073 0.058 0.037 0.017 69 P 0.372 0.139 0.061 0.106 0.077 0.064 0.070 0.040 0.034 0.022 0.015 70 A 0.146 0.130 0.074 0.132 0.109 0.094 0.117 0.075 0.060 0.042 0.023 71 L 0.085 0.127 0.057 0.149 0.128 0.123 0.126 0.081 0.063 0.040 0.020 72 E 0.185 0.145 0.095 0.187 0.158 0.101 0.070 0.031 0.018 0.007 0.003 73 E 0.255 0.139 0.148 0.193 0.111 0.067 0.052 0.020 0.010 0.004 0.002 74 D 0.019 0.065 0.065 0.234 0.218 0.172 0.135 0.052 0.026 0.010 0.004 75 V 0.002 0.002 0.002 0.008 0.015 0.032 0.117 0.196 0.236 0.232 0.157 76 I 0.004 0.014 0.033 0.136 0.186 0.198 0.192 0.108 0.066 0.040 0.022 77 Y 0.001 0.004 0.013 0.029 0.043 0.080 0.218 0.211 0.207 0.134 0.061 78 H 0.004 0.015 0.016 0.145 0.173 0.164 0.207 0.131 0.076 0.045 0.023 79 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 0.046 0.111 0.248 0.310 0.270 80 K 0.029 0.131 0.105 0.365 0.240 0.081 0.036 0.008 0.004 0.001 0.001 81 Y 0.004 0.011 0.010 0.030 0.044 0.075 0.202 0.197 0.207 0.149 0.072 82 D 0.138 0.187 0.085 0.253 0.172 0.078 0.052 0.019 0.009 0.004 0.002 83 D 0.387 0.267 0.067 0.137 0.071 0.034 0.024 0.007 0.003 0.001 0.001 84 Y 0.024 0.040 0.011 0.065 0.084 0.105 0.171 0.160 0.145 0.120 0.076 85 P 0.323 0.239 0.057 0.134 0.096 0.065 0.042 0.019 0.013 0.007 0.004 86 E 0.528 0.123 0.049 0.105 0.065 0.047 0.042 0.018 0.012 0.007 0.004 87 N 0.230 0.226 0.079 0.180 0.110 0.070 0.055 0.024 0.015 0.008 0.003 88 G 0.205 0.130 0.048 0.132 0.107 0.111 0.104 0.061 0.051 0.032 0.019 89 V 0.049 0.048 0.045 0.126 0.127 0.117 0.143 0.108 0.097 0.079 0.062 90 V 0.036 0.053 0.087 0.123 0.119 0.145 0.189 0.106 0.076 0.043 0.022 91 Q 0.063 0.127 0.125 0.344 0.182 0.081 0.047 0.017 0.008 0.003 0.001 92 M 0.022 0.014 0.017 0.020 0.028 0.043 0.109 0.135 0.197 0.206 0.209 93 N 0.095 0.246 0.162 0.249 0.138 0.061 0.032 0.009 0.005 0.002 0.001 94 S 0.102 0.113 0.068 0.124 0.113 0.110 0.150 0.082 0.068 0.043 0.026 95 R 0.369 0.187 0.116 0.162 0.086 0.043 0.025 0.007 0.003 0.001 0.001 96 D 0.174 0.151 0.102 0.223 0.154 0.098 0.065 0.019 0.009 0.004 0.002 97 V 0.005 0.012 0.015 0.022 0.021 0.033 0.093 0.138 0.216 0.239 0.207 98 R 0.012 0.024 0.048 0.101 0.155 0.212 0.241 0.105 0.062 0.027 0.013 99 A 0.109 0.105 0.373 0.188 0.086 0.057 0.045 0.018 0.011 0.005 0.003 100 R 0.009 0.028 0.055 0.138 0.176 0.201 0.223 0.092 0.045 0.023 0.010 101 A 0.008 0.005 0.030 0.013 0.010 0.013 0.066 0.118 0.215 0.256 0.267 102 R 0.004 0.008 0.066 0.165 0.249 0.235 0.162 0.060 0.031 0.015 0.005 103 T 0.014 0.041 0.468 0.183 0.114 0.082 0.059 0.021 0.011 0.005 0.002 104 I 0.005 0.013 0.045 0.079 0.116 0.173 0.279 0.137 0.083 0.046 0.023 105 I 0.005 0.004 0.014 0.009 0.012 0.023 0.113 0.150 0.225 0.251 0.192 106 K 0.043 0.158 0.280 0.317 0.140 0.040 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 107 W 0.018 0.029 0.083 0.081 0.106 0.114 0.185 0.126 0.128 0.079 0.050 108 Q 0.287 0.170 0.133 0.194 0.109 0.056 0.036 0.010 0.004 0.002 0.001 109 D 0.093 0.150 0.087 0.214 0.140 0.122 0.121 0.039 0.021 0.009 0.004 110 L 0.007 0.005 0.006 0.014 0.018 0.034 0.085 0.122 0.203 0.229 0.278 111 E 0.244 0.319 0.165 0.168 0.062 0.027 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 112 V 0.024 0.038 0.037 0.086 0.075 0.089 0.199 0.140 0.141 0.109 0.061 113 G 0.111 0.104 0.052 0.152 0.148 0.114 0.117 0.069 0.058 0.039 0.038 114 Q 0.011 0.052 0.053 0.221 0.220 0.166 0.158 0.066 0.032 0.014 0.006 115 V 0.002 0.006 0.009 0.037 0.078 0.143 0.232 0.187 0.146 0.099 0.061 116 V 0.001 0.001 0.002 0.006 0.007 0.015 0.073 0.152 0.246 0.269 0.227 117 M 0.001 0.001 0.002 0.008 0.014 0.027 0.118 0.200 0.252 0.228 0.149 118 L 0.001 0.002 0.005 0.009 0.010 0.019 0.066 0.131 0.252 0.273 0.231 119 N 0.001 0.003 0.004 0.017 0.022 0.040 0.136 0.202 0.256 0.200 0.120 120 Y 0.003 0.006 0.006 0.028 0.047 0.077 0.197 0.217 0.207 0.143 0.069 121 N 0.028 0.091 0.038 0.170 0.179 0.137 0.159 0.096 0.059 0.030 0.012 122 P 0.045 0.053 0.028 0.112 0.128 0.135 0.170 0.129 0.108 0.061 0.032 123 D 0.348 0.196 0.053 0.144 0.097 0.059 0.047 0.025 0.015 0.009 0.006 124 N 0.227 0.273 0.043 0.149 0.101 0.070 0.065 0.033 0.022 0.012 0.006 125 P 0.131 0.063 0.018 0.070 0.087 0.112 0.141 0.115 0.113 0.086 0.064 126 K 0.466 0.229 0.051 0.131 0.064 0.029 0.018 0.006 0.003 0.002 0.001 127 E 0.113 0.122 0.083 0.190 0.158 0.134 0.110 0.045 0.027 0.013 0.007 128 R 0.021 0.034 0.018 0.099 0.120 0.141 0.193 0.142 0.107 0.077 0.048 129 G 0.043 0.045 0.022 0.076 0.101 0.130 0.185 0.138 0.124 0.086 0.048 130 F 0.018 0.024 0.022 0.080 0.096 0.114 0.205 0.163 0.139 0.092 0.048 131 W 0.010 0.016 0.018 0.068 0.079 0.112 0.190 0.163 0.151 0.118 0.075 132 Y 0.004 0.007 0.010 0.028 0.031 0.046 0.142 0.195 0.227 0.191 0.120 133 D 0.006 0.024 0.035 0.149 0.145 0.138 0.162 0.130 0.103 0.072 0.036 134 A 0.014 0.015 0.033 0.035 0.037 0.057 0.151 0.172 0.221 0.169 0.097 135 E 0.030 0.062 0.100 0.261 0.207 0.139 0.123 0.046 0.022 0.008 0.002 136 I 0.005 0.009 0.021 0.022 0.021 0.032 0.121 0.163 0.241 0.231 0.134 137 S 0.018 0.055 0.117 0.271 0.213 0.134 0.107 0.045 0.027 0.011 0.004 138 R 0.116 0.131 0.175 0.180 0.133 0.100 0.096 0.040 0.020 0.008 0.003 139 K 0.072 0.101 0.136 0.195 0.149 0.127 0.117 0.055 0.029 0.014 0.005 140 R 0.168 0.128 0.121 0.147 0.110 0.101 0.115 0.054 0.033 0.017 0.006 141 E 0.322 0.165 0.153 0.153 0.085 0.048 0.040 0.017 0.010 0.005 0.002 142 T 0.194 0.203 0.176 0.162 0.095 0.061 0.056 0.026 0.016 0.008 0.003 143 R 0.162 0.100 0.103 0.117 0.113 0.115 0.124 0.068 0.051 0.032 0.016 144 T 0.173 0.189 0.159 0.162 0.104 0.075 0.071 0.031 0.020 0.011 0.006 145 A 0.105 0.085 0.115 0.162 0.158 0.134 0.119 0.057 0.038 0.019 0.007 146 R 0.165 0.106 0.156 0.203 0.125 0.091 0.078 0.036 0.023 0.012 0.006 147 E 0.047 0.083 0.170 0.211 0.159 0.123 0.102 0.049 0.032 0.016 0.009 148 L 0.015 0.011 0.037 0.037 0.038 0.057 0.152 0.178 0.197 0.169 0.108 149 Y 0.009 0.029 0.078 0.182 0.206 0.187 0.155 0.074 0.044 0.023 0.012 150 A 0.005 0.010 0.047 0.028 0.027 0.040 0.120 0.150 0.225 0.197 0.150 151 N 0.026 0.060 0.097 0.284 0.240 0.148 0.089 0.031 0.014 0.007 0.003 152 V 0.004 0.006 0.009 0.010 0.012 0.021 0.086 0.131 0.245 0.268 0.208 153 V 0.020 0.056 0.062 0.188 0.212 0.170 0.155 0.062 0.042 0.020 0.012 154 L 0.003 0.007 0.007 0.013 0.020 0.032 0.113 0.139 0.240 0.221 0.205 155 G 0.105 0.152 0.086 0.210 0.180 0.108 0.088 0.035 0.020 0.009 0.006 156 D 0.534 0.203 0.049 0.110 0.053 0.026 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 157 D 0.404 0.192 0.046 0.127 0.094 0.062 0.042 0.017 0.009 0.005 0.002 158 S 0.209 0.296 0.066 0.186 0.109 0.068 0.038 0.014 0.008 0.004 0.003 159 L 0.030 0.020 0.012 0.046 0.078 0.119 0.206 0.162 0.152 0.107 0.067 160 N 0.364 0.245 0.107 0.152 0.070 0.033 0.018 0.006 0.003 0.001 0.001 161 D 0.137 0.189 0.089 0.286 0.166 0.074 0.039 0.012 0.005 0.002 0.001 162 C 0.029 0.020 0.008 0.030 0.046 0.075 0.162 0.169 0.176 0.157 0.128 163 R 0.052 0.126 0.125 0.316 0.203 0.101 0.053 0.013 0.006 0.003 0.001 164 I 0.020 0.017 0.026 0.036 0.032 0.046 0.151 0.154 0.215 0.186 0.117 165 I 0.026 0.065 0.096 0.301 0.220 0.143 0.092 0.032 0.015 0.007 0.004 166 F 0.010 0.040 0.033 0.049 0.049 0.063 0.177 0.164 0.185 0.148 0.083 167 V 0.007 0.015 0.033 0.095 0.128 0.161 0.206 0.130 0.107 0.068 0.048 168 D 0.122 0.133 0.195 0.244 0.142 0.076 0.054 0.018 0.010 0.004 0.002 169 E 0.015 0.029 0.044 0.156 0.168 0.180 0.224 0.108 0.049 0.021 0.007 170 V 0.009 0.015 0.057 0.051 0.037 0.038 0.094 0.124 0.199 0.215 0.161 171 F 0.001 0.003 0.014 0.026 0.049 0.096 0.242 0.213 0.193 0.113 0.049 172 K 0.007 0.063 0.237 0.305 0.199 0.098 0.055 0.022 0.010 0.004 0.001 173 I 0.002 0.005 0.008 0.014 0.023 0.043 0.145 0.185 0.238 0.217 0.120 174 E 0.029 0.062 0.051 0.186 0.172 0.122 0.166 0.104 0.066 0.029 0.014 175 R 0.194 0.218 0.084 0.160 0.128 0.080 0.078 0.032 0.016 0.007 0.003 176 P 0.186 0.154 0.074 0.195 0.122 0.094 0.083 0.044 0.027 0.015 0.006 177 G 0.517 0.178 0.042 0.082 0.061 0.040 0.036 0.019 0.014 0.008 0.004 178 E 0.444 0.219 0.044 0.098 0.057 0.039 0.038 0.024 0.018 0.012 0.007