# TARGET T0429 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 30 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 2 H 0.076 0.053 0.005 0.049 0.005 0.033 0.780 3 H 0.060 0.016 0.014 0.077 0.293 0.069 0.470 4 H 0.072 0.011 0.041 0.136 0.166 0.147 0.426 5 H 0.087 0.022 0.049 0.147 0.203 0.139 0.353 6 H 0.082 0.029 0.052 0.109 0.245 0.116 0.369 7 H 0.053 0.032 0.049 0.089 0.181 0.137 0.459 8 S 0.035 0.023 0.060 0.083 0.158 0.243 0.398 9 S 0.025 0.014 0.042 0.057 0.171 0.467 0.223 10 G 0.020 0.021 0.025 0.036 0.292 0.290 0.317 11 R 0.020 0.028 0.007 0.024 0.386 0.026 0.508 12 E 0.039 0.051 0.018 0.061 0.103 0.066 0.662 13 N 0.054 0.048 0.041 0.073 0.104 0.121 0.558 14 L 0.046 0.027 0.083 0.080 0.151 0.152 0.462 15 Y 0.057 0.032 0.074 0.072 0.203 0.121 0.442 16 F 0.073 0.018 0.111 0.089 0.173 0.135 0.402 17 Q 0.109 0.023 0.135 0.098 0.135 0.168 0.332 18 G 0.221 0.016 0.091 0.071 0.109 0.095 0.397 19 M 0.300 0.010 0.059 0.050 0.176 0.078 0.329 20 W 0.375 0.019 0.041 0.057 0.124 0.062 0.322 21 D 0.308 0.068 0.025 0.057 0.099 0.025 0.418 22 E 0.099 0.008 0.017 0.010 0.035 0.015 0.815 23 T 0.003 0.001 0.039 0.007 0.019 0.922 0.009 24 E 0.002 0.001 0.029 0.004 0.035 0.921 0.008 25 L 0.116 0.022 0.068 0.037 0.112 0.083 0.563 26 G 0.487 0.038 0.018 0.056 0.039 0.060 0.302 27 L 0.693 0.010 0.013 0.076 0.044 0.034 0.129 28 Y 0.773 0.014 0.015 0.072 0.024 0.016 0.085 29 K 0.692 0.016 0.016 0.103 0.030 0.041 0.102 30 V 0.529 0.012 0.039 0.155 0.035 0.105 0.125 31 N 0.259 0.004 0.099 0.300 0.081 0.125 0.132 32 E 0.391 0.004 0.072 0.239 0.137 0.070 0.087 33 Y 0.516 0.015 0.046 0.275 0.037 0.033 0.078 34 V 0.666 0.017 0.015 0.177 0.030 0.022 0.073 35 D 0.478 0.009 0.015 0.158 0.041 0.050 0.248 36 A 0.335 0.007 0.053 0.149 0.062 0.186 0.207 37 R 0.194 0.009 0.060 0.112 0.182 0.311 0.131 38 D 0.150 0.010 0.059 0.056 0.172 0.140 0.414 39 T 0.045 0.006 0.139 0.090 0.135 0.472 0.114 40 N 0.051 0.007 0.111 0.047 0.150 0.555 0.079 41 M 0.088 0.010 0.150 0.072 0.144 0.376 0.161 42 G 0.251 0.012 0.050 0.048 0.173 0.237 0.228 43 A 0.543 0.022 0.032 0.054 0.062 0.038 0.250 44 W 0.749 0.010 0.017 0.031 0.023 0.018 0.151 45 F 0.828 0.011 0.022 0.034 0.024 0.012 0.069 46 E 0.925 0.005 0.004 0.009 0.007 0.003 0.047 47 A 0.891 0.001 0.003 0.009 0.008 0.002 0.086 48 Q 0.953 0.001 0.002 0.006 0.016 0.001 0.021 49 V 0.962 0.003 0.002 0.007 0.002 0.001 0.022 50 V 0.952 0.002 0.003 0.011 0.006 0.003 0.023 51 R 0.914 0.004 0.003 0.017 0.012 0.004 0.046 52 V 0.696 0.008 0.008 0.025 0.034 0.021 0.208 53 T 0.422 0.013 0.009 0.028 0.117 0.052 0.359 54 R 0.192 0.020 0.027 0.059 0.180 0.101 0.423 55 K 0.058 0.015 0.042 0.083 0.199 0.107 0.495 56 A 0.044 0.010 0.104 0.083 0.173 0.191 0.394 57 P 0.018 0.012 0.147 0.107 0.171 0.305 0.241 58 S 0.019 0.011 0.168 0.097 0.158 0.263 0.283 59 R 0.023 0.011 0.110 0.106 0.166 0.292 0.292 60 D 0.025 0.019 0.067 0.087 0.220 0.257 0.325 61 E 0.035 0.015 0.024 0.046 0.385 0.087 0.408 62 P 0.047 0.031 0.019 0.029 0.196 0.096 0.583 63 C 0.073 0.069 0.021 0.027 0.141 0.056 0.613 64 S 0.063 0.035 0.034 0.031 0.196 0.094 0.547 65 S 0.054 0.020 0.072 0.049 0.157 0.215 0.433 66 T 0.045 0.021 0.119 0.059 0.184 0.299 0.273 67 S 0.040 0.031 0.140 0.051 0.225 0.200 0.314 68 R 0.069 0.021 0.097 0.044 0.261 0.135 0.372 69 P 0.086 0.022 0.059 0.039 0.227 0.156 0.412 70 A 0.097 0.032 0.032 0.034 0.186 0.081 0.538 71 L 0.077 0.021 0.041 0.020 0.112 0.088 0.641 72 E 0.069 0.017 0.276 0.027 0.180 0.208 0.223 73 E 0.053 0.008 0.243 0.013 0.221 0.347 0.114 74 D 0.219 0.007 0.067 0.004 0.245 0.117 0.341 75 V 0.804 0.005 0.002 0.001 0.029 0.003 0.156 76 I 0.971 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.022 77 Y 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 78 H 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 79 V 0.966 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.029 80 K 0.876 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.114 81 Y 0.570 0.008 0.034 0.008 0.038 0.027 0.316 82 D 0.205 0.006 0.109 0.015 0.231 0.267 0.166 83 D 0.117 0.026 0.108 0.018 0.311 0.230 0.190 84 Y 0.091 0.045 0.017 0.010 0.215 0.023 0.599 85 P 0.043 0.023 0.064 0.010 0.088 0.184 0.588 86 E 0.012 0.005 0.065 0.006 0.109 0.727 0.075 87 N 0.014 0.004 0.053 0.009 0.177 0.663 0.079 88 G 0.057 0.007 0.007 0.005 0.515 0.044 0.367 89 V 0.280 0.026 0.003 0.003 0.081 0.015 0.593 90 V 0.756 0.026 0.004 0.005 0.036 0.006 0.167 91 Q 0.838 0.018 0.003 0.003 0.012 0.004 0.122 92 M 0.746 0.017 0.002 0.002 0.019 0.003 0.212 93 N 0.493 0.013 0.002 0.002 0.042 0.007 0.443 94 S 0.123 0.010 0.239 0.124 0.141 0.158 0.204 95 R 0.037 0.004 0.296 0.139 0.189 0.225 0.109 96 D 0.053 0.012 0.329 0.157 0.124 0.125 0.200 97 V 0.067 0.044 0.127 0.344 0.095 0.062 0.262 98 R 0.063 0.024 0.044 0.235 0.086 0.061 0.488 99 A 0.021 0.004 0.181 0.509 0.043 0.129 0.113 100 R 0.024 0.004 0.138 0.542 0.062 0.168 0.062 101 A 0.049 0.009 0.138 0.545 0.060 0.095 0.104 102 R 0.082 0.008 0.144 0.482 0.064 0.073 0.146 103 T 0.135 0.004 0.153 0.411 0.109 0.092 0.097 104 I 0.246 0.013 0.126 0.382 0.052 0.100 0.080 105 I 0.443 0.027 0.011 0.114 0.143 0.041 0.221 106 K 0.372 0.008 0.005 0.018 0.040 0.027 0.531 107 W 0.092 0.006 0.458 0.159 0.050 0.124 0.111 108 Q 0.048 0.001 0.634 0.058 0.090 0.123 0.046 109 D 0.112 0.002 0.617 0.035 0.073 0.105 0.056 110 L 0.589 0.025 0.017 0.018 0.057 0.013 0.280 111 E 0.582 0.031 0.003 0.002 0.014 0.007 0.360 112 V 0.707 0.010 0.028 0.010 0.050 0.072 0.122 113 G 0.391 0.012 0.046 0.011 0.258 0.158 0.124 114 Q 0.536 0.007 0.089 0.019 0.099 0.044 0.206 115 V 0.872 0.003 0.003 0.003 0.015 0.005 0.098 116 V 0.956 0.002 0.003 0.002 0.013 0.002 0.021 117 M 0.969 0.004 0.003 0.003 0.002 0.002 0.018 118 L 0.945 0.005 0.003 0.004 0.005 0.004 0.034 119 N 0.813 0.004 0.005 0.006 0.035 0.009 0.128 120 Y 0.334 0.016 0.005 0.008 0.113 0.018 0.506 121 N 0.079 0.028 0.008 0.003 0.068 0.027 0.787 122 P 0.023 0.004 0.040 0.007 0.122 0.567 0.237 123 D 0.006 0.008 0.033 0.006 0.368 0.485 0.094 124 N 0.004 0.005 0.003 0.004 0.749 0.017 0.219 125 P 0.018 0.014 0.030 0.057 0.170 0.172 0.538 126 K 0.073 0.045 0.132 0.093 0.145 0.265 0.248 127 E 0.129 0.047 0.212 0.070 0.152 0.151 0.239 128 R 0.099 0.021 0.134 0.050 0.125 0.310 0.261 129 G 0.140 0.006 0.031 0.014 0.256 0.316 0.238 130 F 0.428 0.017 0.012 0.005 0.097 0.023 0.417 131 W 0.703 0.012 0.015 0.012 0.046 0.015 0.198 132 Y 0.806 0.007 0.010 0.009 0.049 0.007 0.111 133 D 0.877 0.003 0.006 0.006 0.018 0.003 0.087 134 A 0.946 0.003 0.004 0.007 0.005 0.005 0.030 135 E 0.944 0.004 0.002 0.007 0.004 0.002 0.037 136 I 0.883 0.003 0.005 0.017 0.014 0.008 0.070 137 S 0.840 0.006 0.006 0.021 0.022 0.021 0.085 138 R 0.688 0.011 0.017 0.034 0.060 0.055 0.134 139 K 0.542 0.011 0.017 0.054 0.132 0.068 0.175 140 R 0.455 0.021 0.020 0.053 0.173 0.085 0.194 141 E 0.309 0.022 0.021 0.057 0.220 0.102 0.269 142 T 0.239 0.011 0.012 0.037 0.234 0.113 0.355 143 R 0.173 0.010 0.009 0.021 0.274 0.125 0.387 144 T 0.232 0.020 0.009 0.021 0.155 0.045 0.518 145 A 0.312 0.019 0.053 0.067 0.157 0.061 0.331 146 R 0.407 0.011 0.075 0.046 0.191 0.047 0.223 147 E 0.746 0.009 0.038 0.017 0.046 0.017 0.126 148 L 0.885 0.005 0.009 0.011 0.020 0.009 0.062 149 Y 0.946 0.002 0.004 0.006 0.009 0.006 0.028 150 A 0.963 0.002 0.002 0.003 0.004 0.003 0.022 151 N 0.952 0.002 0.001 0.002 0.010 0.002 0.030 152 V 0.957 0.003 0.001 0.001 0.006 0.002 0.030 153 V 0.925 0.010 0.001 0.001 0.006 0.005 0.053 154 L 0.719 0.019 0.002 0.001 0.043 0.017 0.199 155 G 0.193 0.009 0.005 0.001 0.316 0.111 0.365 156 D 0.027 0.003 0.032 0.005 0.525 0.316 0.092 157 D 0.062 0.015 0.041 0.020 0.359 0.179 0.324 158 S 0.158 0.058 0.054 0.021 0.116 0.064 0.528 159 L 0.160 0.017 0.248 0.099 0.116 0.219 0.141 160 N 0.130 0.019 0.155 0.121 0.148 0.277 0.149 161 D 0.087 0.007 0.215 0.167 0.207 0.163 0.154 162 C 0.438 0.008 0.023 0.103 0.103 0.070 0.255 163 R 0.777 0.008 0.006 0.060 0.036 0.015 0.098 164 I 0.896 0.006 0.004 0.036 0.011 0.006 0.041 165 I 0.871 0.008 0.005 0.048 0.010 0.008 0.050 166 F 0.849 0.006 0.012 0.054 0.013 0.013 0.053 167 V 0.778 0.005 0.019 0.046 0.028 0.019 0.104 168 D 0.721 0.006 0.044 0.047 0.063 0.025 0.094 169 E 0.800 0.004 0.040 0.034 0.032 0.023 0.067 170 V 0.854 0.009 0.012 0.017 0.018 0.017 0.074 171 F 0.822 0.003 0.009 0.025 0.026 0.018 0.097 172 K 0.793 0.008 0.004 0.021 0.022 0.009 0.142 173 I 0.611 0.035 0.004 0.018 0.041 0.010 0.281 174 E 0.323 0.030 0.006 0.021 0.119 0.033 0.467 175 R 0.049 0.018 0.007 0.018 0.203 0.079 0.626 176 P 0.011 0.007 0.010 0.016 0.189 0.449 0.319 177 G 0.002 0.002 0.004 0.004 0.008 0.177 0.803 178 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999