# TARGET T0429 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.11429 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.377 0.194 0.215 0.124 0.030 0.027 0.011 0.003 0.016 0.002 0.001 2 H 0.268 0.227 0.211 0.144 0.036 0.047 0.027 0.004 0.031 0.003 0.001 3 H 0.238 0.272 0.224 0.139 0.053 0.024 0.014 0.004 0.026 0.004 0.001 4 H 0.246 0.183 0.272 0.139 0.049 0.043 0.029 0.009 0.024 0.006 0.001 5 H 0.194 0.251 0.236 0.156 0.056 0.038 0.025 0.006 0.031 0.004 0.001 6 H 0.188 0.272 0.256 0.158 0.041 0.043 0.010 0.004 0.025 0.003 0.001 7 H 0.141 0.173 0.380 0.102 0.083 0.037 0.027 0.012 0.025 0.018 0.001 8 S 0.381 0.131 0.206 0.159 0.038 0.025 0.019 0.014 0.015 0.009 0.001 9 S 0.278 0.102 0.253 0.274 0.040 0.009 0.022 0.006 0.010 0.007 0.001 10 G 0.077 0.015 0.113 0.056 0.072 0.006 0.072 0.432 0.003 0.152 0.001 11 R 0.119 0.265 0.501 0.024 0.022 0.022 0.005 0.001 0.038 0.002 0.001 12 E 0.243 0.052 0.627 0.030 0.004 0.027 0.004 0.002 0.004 0.003 0.004 13 N 0.188 0.179 0.275 0.124 0.070 0.067 0.051 0.010 0.032 0.003 0.001 14 L 0.371 0.257 0.188 0.106 0.036 0.020 0.005 0.002 0.012 0.001 0.001 15 Y 0.299 0.260 0.205 0.112 0.060 0.020 0.015 0.005 0.018 0.007 0.001 16 F 0.280 0.193 0.204 0.144 0.042 0.058 0.039 0.008 0.028 0.003 0.001 17 Q 0.295 0.247 0.201 0.155 0.043 0.014 0.018 0.003 0.021 0.002 0.001 18 G 0.180 0.038 0.164 0.033 0.155 0.007 0.055 0.185 0.005 0.176 0.001 19 M 0.415 0.197 0.196 0.129 0.028 0.018 0.003 0.001 0.010 0.002 0.001 20 W 0.379 0.145 0.262 0.079 0.032 0.060 0.011 0.004 0.022 0.005 0.001 21 D 0.469 0.131 0.113 0.183 0.030 0.035 0.014 0.003 0.018 0.003 0.001 22 E 0.326 0.162 0.168 0.153 0.048 0.044 0.026 0.004 0.064 0.003 0.001 23 T 0.414 0.117 0.229 0.152 0.041 0.013 0.014 0.007 0.006 0.006 0.002 24 E 0.367 0.120 0.135 0.124 0.055 0.041 0.100 0.021 0.026 0.010 0.001 25 L 0.146 0.282 0.269 0.220 0.050 0.009 0.008 0.003 0.011 0.001 0.001 26 G 0.084 0.045 0.098 0.034 0.187 0.005 0.080 0.198 0.006 0.263 0.001 27 L 0.115 0.466 0.282 0.047 0.050 0.026 0.002 0.001 0.007 0.001 0.002 28 Y 0.042 0.614 0.165 0.025 0.064 0.029 0.009 0.001 0.050 0.001 0.001 29 K 0.030 0.429 0.452 0.007 0.021 0.041 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 30 V 0.097 0.441 0.318 0.017 0.016 0.073 0.003 0.001 0.032 0.001 0.001 31 N 0.341 0.149 0.148 0.198 0.067 0.036 0.029 0.006 0.018 0.005 0.001 32 E 0.160 0.431 0.200 0.027 0.152 0.010 0.007 0.002 0.009 0.001 0.001 33 Y 0.178 0.414 0.258 0.054 0.025 0.035 0.004 0.002 0.028 0.001 0.001 34 V 0.138 0.512 0.181 0.029 0.031 0.054 0.003 0.001 0.049 0.001 0.001 35 D 0.110 0.261 0.225 0.078 0.047 0.147 0.020 0.002 0.104 0.004 0.001 36 A 0.647 0.063 0.108 0.084 0.044 0.023 0.009 0.008 0.007 0.005 0.002 37 R 0.567 0.095 0.065 0.209 0.026 0.015 0.008 0.005 0.006 0.002 0.001 38 D 0.140 0.101 0.128 0.180 0.033 0.164 0.045 0.003 0.203 0.002 0.001 39 T 0.606 0.057 0.092 0.165 0.018 0.023 0.022 0.005 0.007 0.004 0.001 40 N 0.427 0.031 0.051 0.212 0.019 0.044 0.168 0.022 0.019 0.005 0.001 41 M 0.296 0.086 0.072 0.502 0.015 0.009 0.010 0.002 0.006 0.001 0.001 42 G 0.303 0.022 0.057 0.035 0.097 0.002 0.068 0.178 0.004 0.235 0.001 43 A 0.387 0.146 0.289 0.055 0.076 0.020 0.004 0.006 0.005 0.008 0.004 44 W 0.337 0.297 0.219 0.060 0.031 0.032 0.005 0.003 0.013 0.002 0.001 45 F 0.385 0.422 0.056 0.044 0.059 0.014 0.002 0.001 0.014 0.002 0.001 46 E 0.254 0.514 0.129 0.017 0.019 0.046 0.005 0.001 0.015 0.001 0.001 47 A 0.421 0.246 0.174 0.020 0.110 0.010 0.008 0.003 0.005 0.002 0.001 48 Q 0.236 0.496 0.107 0.033 0.059 0.031 0.016 0.001 0.021 0.001 0.001 49 V 0.190 0.319 0.406 0.004 0.003 0.064 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 50 V 0.742 0.018 0.003 0.234 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 R 0.043 0.486 0.127 0.020 0.252 0.012 0.047 0.002 0.010 0.001 0.001 52 V 0.079 0.724 0.117 0.025 0.027 0.012 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 53 T 0.082 0.596 0.109 0.055 0.105 0.021 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 54 R 0.060 0.476 0.323 0.032 0.056 0.025 0.004 0.001 0.020 0.002 0.001 55 K 0.085 0.211 0.520 0.058 0.020 0.054 0.008 0.002 0.039 0.001 0.001 56 A 0.026 0.178 0.642 0.002 0.030 0.015 0.012 0.001 0.086 0.006 0.002 57 P 0.237 0.009 0.636 0.014 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.087 58 S 0.225 0.183 0.249 0.145 0.077 0.037 0.022 0.026 0.026 0.009 0.001 59 R 0.280 0.181 0.208 0.220 0.038 0.027 0.020 0.004 0.014 0.006 0.001 60 D 0.179 0.106 0.155 0.364 0.029 0.068 0.048 0.009 0.036 0.003 0.001 61 E 0.040 0.251 0.469 0.009 0.040 0.023 0.015 0.001 0.151 0.001 0.001 62 P 0.192 0.011 0.684 0.017 0.001 0.030 0.001 0.001 0.002 0.001 0.064 63 C 0.214 0.224 0.299 0.138 0.044 0.046 0.005 0.006 0.020 0.003 0.001 64 S 0.165 0.225 0.299 0.118 0.094 0.029 0.015 0.011 0.028 0.016 0.001 65 S 0.265 0.165 0.217 0.198 0.060 0.035 0.016 0.012 0.026 0.006 0.001 66 T 0.354 0.147 0.194 0.216 0.043 0.017 0.012 0.005 0.009 0.004 0.001 67 S 0.238 0.102 0.203 0.313 0.038 0.042 0.025 0.014 0.017 0.006 0.002 68 R 0.037 0.297 0.397 0.006 0.041 0.018 0.011 0.001 0.189 0.002 0.001 69 P 0.235 0.007 0.669 0.011 0.001 0.027 0.001 0.001 0.002 0.001 0.048 70 A 0.339 0.133 0.331 0.085 0.037 0.028 0.012 0.009 0.022 0.004 0.001 71 L 0.276 0.108 0.412 0.071 0.037 0.047 0.015 0.006 0.017 0.009 0.002 72 E 0.441 0.114 0.190 0.147 0.038 0.025 0.019 0.009 0.012 0.005 0.001 73 E 0.422 0.144 0.210 0.127 0.055 0.010 0.016 0.005 0.007 0.003 0.001 74 D 0.145 0.125 0.216 0.307 0.058 0.049 0.055 0.012 0.031 0.002 0.001 75 V 0.019 0.603 0.285 0.009 0.038 0.028 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 76 I 0.039 0.774 0.113 0.018 0.017 0.019 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 77 Y 0.011 0.749 0.125 0.009 0.073 0.012 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 78 H 0.014 0.586 0.227 0.007 0.053 0.054 0.010 0.001 0.046 0.001 0.001 79 V 0.011 0.763 0.139 0.003 0.038 0.021 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 80 K 0.028 0.389 0.470 0.009 0.009 0.072 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 81 Y 0.054 0.496 0.215 0.037 0.067 0.046 0.013 0.002 0.068 0.003 0.001 82 D 0.321 0.179 0.245 0.057 0.078 0.039 0.034 0.007 0.019 0.020 0.002 83 D 0.230 0.089 0.107 0.421 0.038 0.051 0.031 0.010 0.016 0.003 0.003 84 Y 0.033 0.206 0.370 0.009 0.054 0.031 0.017 0.001 0.272 0.006 0.001 85 P 0.476 0.007 0.384 0.025 0.001 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 0.084 86 E 0.562 0.065 0.130 0.141 0.024 0.025 0.023 0.010 0.009 0.009 0.001 87 N 0.085 0.057 0.096 0.570 0.046 0.004 0.103 0.026 0.009 0.002 0.001 88 G 0.028 0.013 0.103 0.027 0.116 0.003 0.101 0.384 0.002 0.222 0.001 89 V 0.026 0.562 0.321 0.013 0.049 0.020 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 90 V 0.031 0.763 0.068 0.030 0.048 0.023 0.003 0.001 0.034 0.001 0.001 91 Q 0.006 0.550 0.367 0.004 0.021 0.035 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 92 M 0.017 0.578 0.266 0.016 0.040 0.048 0.002 0.001 0.031 0.001 0.001 93 N 0.004 0.241 0.524 0.004 0.085 0.088 0.003 0.001 0.044 0.006 0.001 94 S 0.766 0.035 0.044 0.113 0.015 0.012 0.005 0.004 0.005 0.001 0.001 95 R 0.814 0.015 0.021 0.140 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 96 D 0.402 0.021 0.069 0.403 0.010 0.034 0.036 0.004 0.020 0.001 0.001 97 V 0.320 0.203 0.300 0.086 0.015 0.042 0.011 0.001 0.019 0.001 0.001 98 R 0.307 0.176 0.350 0.012 0.015 0.038 0.010 0.001 0.087 0.003 0.001 99 A 0.577 0.011 0.366 0.016 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 100 R 0.750 0.048 0.085 0.054 0.018 0.009 0.012 0.006 0.013 0.004 0.001 101 A 0.733 0.039 0.130 0.056 0.015 0.015 0.004 0.003 0.002 0.003 0.001 102 R 0.691 0.049 0.047 0.165 0.019 0.008 0.012 0.004 0.004 0.001 0.001 103 T 0.304 0.279 0.132 0.146 0.102 0.013 0.010 0.003 0.011 0.002 0.001 104 I 0.208 0.382 0.208 0.067 0.022 0.054 0.014 0.001 0.043 0.001 0.001 105 I 0.027 0.597 0.252 0.017 0.023 0.036 0.002 0.001 0.045 0.001 0.001 106 K 0.013 0.186 0.663 0.003 0.014 0.098 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 107 W 0.783 0.042 0.042 0.085 0.014 0.016 0.006 0.003 0.007 0.001 0.001 108 Q 0.754 0.036 0.037 0.145 0.009 0.004 0.006 0.001 0.006 0.001 0.001 109 D 0.181 0.021 0.043 0.674 0.009 0.022 0.036 0.002 0.012 0.001 0.001 110 L 0.025 0.253 0.581 0.056 0.031 0.034 0.005 0.001 0.014 0.001 0.001 111 E 0.008 0.369 0.370 0.009 0.090 0.085 0.008 0.001 0.058 0.003 0.001 112 V 0.335 0.140 0.282 0.181 0.009 0.030 0.007 0.001 0.014 0.001 0.001 113 G 0.104 0.015 0.067 0.072 0.118 0.002 0.021 0.469 0.003 0.129 0.001 114 Q 0.045 0.233 0.514 0.089 0.034 0.050 0.011 0.001 0.022 0.001 0.001 115 V 0.004 0.272 0.675 0.001 0.005 0.033 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 116 V 0.178 0.555 0.123 0.056 0.006 0.043 0.001 0.001 0.038 0.001 0.001 117 M 0.004 0.750 0.154 0.002 0.030 0.021 0.002 0.001 0.036 0.001 0.001 118 L 0.019 0.709 0.146 0.007 0.029 0.049 0.001 0.001 0.039 0.001 0.001 119 N 0.022 0.489 0.199 0.024 0.067 0.109 0.012 0.001 0.073 0.002 0.001 120 Y 0.040 0.464 0.141 0.086 0.151 0.054 0.010 0.002 0.046 0.005 0.001 121 N 0.007 0.089 0.448 0.007 0.074 0.169 0.023 0.001 0.175 0.005 0.002 122 P 0.810 0.006 0.072 0.087 0.002 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.012 123 D 0.365 0.026 0.052 0.487 0.011 0.026 0.012 0.013 0.007 0.002 0.001 124 N 0.019 0.153 0.183 0.017 0.025 0.033 0.044 0.001 0.524 0.001 0.001 125 P 0.548 0.004 0.328 0.030 0.001 0.025 0.006 0.002 0.001 0.002 0.053 126 K 0.628 0.038 0.113 0.174 0.014 0.009 0.007 0.010 0.004 0.002 0.001 127 E 0.324 0.184 0.210 0.153 0.036 0.033 0.032 0.006 0.018 0.003 0.002 128 R 0.123 0.252 0.233 0.280 0.033 0.020 0.025 0.003 0.031 0.001 0.001 129 G 0.048 0.034 0.065 0.026 0.231 0.003 0.066 0.268 0.004 0.255 0.001 130 F 0.059 0.445 0.290 0.039 0.112 0.032 0.004 0.002 0.013 0.004 0.002 131 W 0.095 0.501 0.246 0.039 0.042 0.037 0.006 0.002 0.028 0.002 0.001 132 Y 0.116 0.561 0.133 0.024 0.102 0.028 0.006 0.002 0.023 0.004 0.001 133 D 0.168 0.365 0.221 0.049 0.039 0.091 0.017 0.002 0.044 0.001 0.002 134 A 0.344 0.250 0.174 0.036 0.145 0.014 0.012 0.008 0.009 0.007 0.002 135 E 0.245 0.408 0.231 0.024 0.024 0.043 0.005 0.001 0.018 0.001 0.001 136 I 0.280 0.369 0.252 0.023 0.009 0.044 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 137 S 0.691 0.104 0.043 0.124 0.016 0.010 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 138 R 0.229 0.354 0.182 0.036 0.130 0.014 0.034 0.004 0.014 0.002 0.001 139 K 0.376 0.243 0.206 0.099 0.017 0.028 0.006 0.001 0.022 0.001 0.001 140 R 0.237 0.250 0.229 0.108 0.059 0.033 0.039 0.007 0.033 0.006 0.001 141 E 0.245 0.216 0.209 0.141 0.051 0.049 0.048 0.009 0.026 0.006 0.001 142 T 0.180 0.312 0.198 0.203 0.070 0.013 0.006 0.003 0.011 0.003 0.001 143 R 0.108 0.167 0.223 0.127 0.134 0.031 0.139 0.028 0.022 0.020 0.001 144 T 0.089 0.422 0.306 0.040 0.097 0.020 0.004 0.002 0.013 0.006 0.001 145 A 0.335 0.257 0.173 0.076 0.085 0.023 0.021 0.008 0.015 0.008 0.001 146 R 0.266 0.369 0.201 0.039 0.060 0.023 0.011 0.002 0.026 0.003 0.001 147 E 0.136 0.424 0.334 0.017 0.023 0.039 0.003 0.001 0.020 0.001 0.002 148 L 0.077 0.610 0.195 0.032 0.041 0.030 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 149 Y 0.019 0.717 0.086 0.018 0.130 0.011 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 150 A 0.008 0.670 0.065 0.010 0.233 0.005 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 151 N 0.006 0.683 0.220 0.004 0.047 0.024 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 152 V 0.004 0.841 0.089 0.001 0.035 0.011 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 153 V 0.009 0.658 0.254 0.001 0.007 0.046 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 154 L 0.027 0.516 0.316 0.026 0.015 0.053 0.002 0.001 0.043 0.001 0.001 155 G 0.024 0.090 0.096 0.012 0.333 0.007 0.028 0.049 0.011 0.350 0.001 156 D 0.264 0.109 0.228 0.123 0.091 0.070 0.039 0.006 0.041 0.025 0.004 157 D 0.489 0.024 0.053 0.327 0.028 0.022 0.034 0.012 0.006 0.004 0.002 158 S 0.379 0.211 0.114 0.162 0.063 0.023 0.014 0.008 0.020 0.005 0.001 159 L 0.347 0.185 0.163 0.176 0.012 0.055 0.015 0.003 0.041 0.002 0.001 160 N 0.475 0.142 0.088 0.087 0.037 0.032 0.098 0.005 0.029 0.005 0.001 161 D 0.133 0.022 0.033 0.512 0.012 0.046 0.204 0.011 0.025 0.001 0.001 162 C 0.049 0.237 0.518 0.056 0.082 0.012 0.021 0.013 0.006 0.004 0.001 163 R 0.053 0.559 0.292 0.012 0.018 0.035 0.009 0.001 0.019 0.001 0.001 164 I 0.044 0.428 0.451 0.002 0.005 0.052 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 165 I 0.230 0.573 0.081 0.036 0.031 0.022 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 166 F 0.076 0.421 0.361 0.008 0.043 0.066 0.004 0.001 0.019 0.001 0.001 167 V 0.431 0.326 0.111 0.023 0.024 0.058 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 168 D 0.917 0.019 0.016 0.036 0.003 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 169 E 0.479 0.292 0.048 0.050 0.104 0.011 0.006 0.001 0.007 0.001 0.001 170 V 0.430 0.429 0.062 0.039 0.017 0.012 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 171 F 0.270 0.449 0.113 0.052 0.064 0.013 0.006 0.001 0.031 0.001 0.001 172 K 0.132 0.431 0.269 0.030 0.033 0.052 0.010 0.001 0.040 0.001 0.001 173 I 0.210 0.400 0.265 0.053 0.011 0.041 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 174 E 0.214 0.258 0.343 0.086 0.021 0.043 0.006 0.001 0.026 0.002 0.001 175 R 0.030 0.235 0.536 0.003 0.036 0.022 0.016 0.001 0.121 0.002 0.001 176 P 0.115 0.005 0.811 0.018 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 177 G 0.036 0.013 0.065 0.025 0.077 0.004 0.043 0.589 0.003 0.145 0.001 178 E 0.241 0.149 0.394 0.106 0.041 0.028 0.012 0.006 0.013 0.010 0.001