# TARGET T0429 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 30 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.109 0.188 0.078 0.022 0.229 0.016 0.030 0.099 0.090 0.091 0.047 2 H 0.126 0.133 0.059 0.031 0.185 0.028 0.043 0.088 0.088 0.146 0.073 3 H 0.085 0.251 0.160 0.051 0.220 0.015 0.021 0.054 0.051 0.056 0.036 4 H 0.071 0.151 0.072 0.035 0.149 0.032 0.076 0.167 0.124 0.084 0.038 5 H 0.103 0.099 0.074 0.036 0.140 0.026 0.054 0.117 0.096 0.189 0.066 6 H 0.056 0.204 0.116 0.076 0.127 0.043 0.048 0.098 0.081 0.112 0.039 7 H 0.058 0.182 0.157 0.083 0.110 0.031 0.029 0.071 0.074 0.149 0.057 8 S 0.086 0.127 0.056 0.020 0.146 0.016 0.029 0.151 0.183 0.136 0.050 9 S 0.037 0.077 0.048 0.029 0.069 0.031 0.079 0.234 0.220 0.144 0.033 10 G 0.058 0.099 0.077 0.052 0.092 0.024 0.031 0.084 0.096 0.320 0.067 11 R 0.065 0.385 0.251 0.020 0.178 0.005 0.007 0.030 0.017 0.022 0.020 12 E 0.059 0.314 0.158 0.022 0.156 0.025 0.042 0.109 0.057 0.034 0.026 13 N 0.093 0.202 0.104 0.016 0.210 0.011 0.026 0.134 0.098 0.068 0.037 14 L 0.066 0.105 0.050 0.026 0.102 0.029 0.051 0.188 0.144 0.185 0.053 15 Y 0.078 0.188 0.078 0.028 0.180 0.021 0.040 0.157 0.076 0.112 0.041 16 F 0.118 0.111 0.031 0.014 0.173 0.015 0.019 0.165 0.131 0.147 0.078 17 Q 0.077 0.145 0.054 0.021 0.183 0.017 0.044 0.224 0.127 0.072 0.036 18 G 0.143 0.082 0.041 0.020 0.162 0.029 0.039 0.188 0.133 0.103 0.059 19 M 0.090 0.221 0.051 0.023 0.239 0.013 0.029 0.135 0.081 0.080 0.038 20 W 0.153 0.117 0.036 0.009 0.290 0.006 0.028 0.160 0.062 0.093 0.046 21 D 0.093 0.259 0.070 0.017 0.285 0.023 0.051 0.093 0.034 0.046 0.030 22 E 0.245 0.110 0.046 0.008 0.481 0.005 0.007 0.033 0.013 0.013 0.039 23 T 0.020 0.084 0.055 0.042 0.042 0.038 0.086 0.354 0.220 0.052 0.007 24 E 0.010 0.018 0.027 0.052 0.014 0.086 0.257 0.274 0.130 0.121 0.013 25 L 0.066 0.362 0.091 0.032 0.173 0.030 0.029 0.056 0.058 0.074 0.027 26 G 0.075 0.084 0.112 0.110 0.160 0.026 0.021 0.059 0.062 0.145 0.147 27 L 0.242 0.170 0.040 0.005 0.335 0.004 0.007 0.025 0.035 0.081 0.057 28 Y 0.136 0.329 0.090 0.004 0.407 0.002 0.004 0.005 0.003 0.006 0.016 29 K 0.093 0.425 0.204 0.008 0.233 0.003 0.002 0.006 0.003 0.008 0.015 30 V 0.041 0.032 0.021 0.087 0.050 0.100 0.165 0.268 0.164 0.045 0.028 31 N 0.022 0.046 0.062 0.154 0.031 0.050 0.039 0.194 0.159 0.207 0.036 32 E 0.037 0.251 0.082 0.013 0.181 0.015 0.074 0.158 0.067 0.106 0.014 33 Y 0.462 0.071 0.014 0.003 0.317 0.002 0.006 0.037 0.009 0.016 0.062 34 V 0.065 0.318 0.084 0.076 0.220 0.096 0.046 0.040 0.014 0.015 0.027 35 D 0.195 0.218 0.049 0.005 0.392 0.003 0.004 0.022 0.013 0.030 0.068 36 A 0.150 0.113 0.046 0.009 0.162 0.008 0.026 0.216 0.109 0.097 0.064 37 R 0.066 0.148 0.035 0.019 0.134 0.039 0.074 0.274 0.092 0.076 0.043 38 D 0.155 0.142 0.100 0.049 0.236 0.018 0.013 0.136 0.067 0.037 0.048 39 T 0.008 0.011 0.012 0.028 0.010 0.037 0.095 0.475 0.285 0.035 0.004 40 N 0.015 0.067 0.050 0.042 0.025 0.047 0.152 0.257 0.150 0.177 0.019 41 M 0.072 0.482 0.072 0.006 0.233 0.004 0.004 0.014 0.020 0.045 0.048 42 G 0.189 0.072 0.065 0.056 0.230 0.021 0.019 0.024 0.026 0.115 0.183 43 A 0.251 0.200 0.025 0.004 0.438 0.003 0.008 0.016 0.010 0.016 0.028 44 W 0.351 0.050 0.007 0.010 0.405 0.021 0.021 0.017 0.009 0.021 0.087 45 F 0.179 0.170 0.036 0.024 0.525 0.015 0.005 0.012 0.005 0.015 0.015 46 E 0.408 0.038 0.007 0.004 0.466 0.002 0.003 0.005 0.002 0.008 0.057 47 A 0.215 0.152 0.019 0.006 0.573 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.027 48 Q 0.058 0.288 0.029 0.001 0.613 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 49 V 0.686 0.009 0.001 0.001 0.264 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 50 V 0.010 0.086 0.015 0.106 0.060 0.559 0.144 0.012 0.002 0.003 0.002 51 R 0.360 0.054 0.011 0.001 0.433 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.127 52 V 0.454 0.065 0.008 0.004 0.330 0.006 0.005 0.019 0.010 0.022 0.078 53 T 0.057 0.379 0.117 0.026 0.279 0.021 0.044 0.031 0.009 0.020 0.017 54 R 0.152 0.276 0.216 0.040 0.178 0.007 0.005 0.022 0.015 0.032 0.058 55 K 0.039 0.248 0.279 0.078 0.085 0.018 0.020 0.092 0.055 0.059 0.027 56 A 0.031 0.341 0.271 0.037 0.087 0.022 0.028 0.096 0.044 0.028 0.016 57 P 0.025 0.102 0.068 0.051 0.054 0.052 0.113 0.281 0.172 0.065 0.017 58 S 0.038 0.093 0.090 0.062 0.058 0.048 0.064 0.172 0.138 0.187 0.050 59 R 0.064 0.161 0.064 0.026 0.137 0.031 0.054 0.138 0.126 0.153 0.044 60 D 0.090 0.082 0.062 0.056 0.121 0.040 0.062 0.095 0.098 0.207 0.087 61 E 0.059 0.213 0.191 0.093 0.143 0.034 0.038 0.059 0.057 0.069 0.044 62 P 0.066 0.174 0.117 0.050 0.135 0.033 0.050 0.104 0.098 0.113 0.060 63 C 0.096 0.172 0.087 0.023 0.177 0.018 0.041 0.087 0.098 0.140 0.061 64 S 0.052 0.228 0.164 0.047 0.145 0.020 0.029 0.076 0.081 0.119 0.038 65 S 0.083 0.119 0.058 0.023 0.158 0.022 0.036 0.161 0.163 0.129 0.048 66 T 0.060 0.086 0.043 0.018 0.111 0.017 0.032 0.196 0.209 0.178 0.050 67 S 0.087 0.081 0.025 0.018 0.125 0.026 0.057 0.165 0.152 0.203 0.061 68 R 0.103 0.177 0.064 0.018 0.201 0.012 0.028 0.128 0.098 0.123 0.048 69 P 0.104 0.191 0.055 0.013 0.187 0.012 0.032 0.139 0.085 0.126 0.054 70 A 0.081 0.310 0.146 0.030 0.196 0.016 0.021 0.084 0.036 0.050 0.031 71 L 0.090 0.241 0.165 0.035 0.140 0.021 0.038 0.138 0.067 0.037 0.029 72 E 0.046 0.058 0.051 0.031 0.056 0.027 0.042 0.288 0.287 0.082 0.031 73 E 0.025 0.181 0.083 0.042 0.072 0.053 0.085 0.218 0.150 0.077 0.012 74 D 0.150 0.070 0.016 0.010 0.177 0.009 0.019 0.064 0.066 0.271 0.147 75 V 0.281 0.109 0.008 0.003 0.532 0.002 0.002 0.008 0.005 0.015 0.034 76 I 0.243 0.068 0.009 0.009 0.573 0.013 0.015 0.013 0.006 0.013 0.037 77 Y 0.329 0.075 0.009 0.005 0.527 0.002 0.001 0.004 0.002 0.005 0.041 78 H 0.290 0.087 0.013 0.005 0.533 0.003 0.002 0.003 0.002 0.008 0.054 79 V 0.274 0.120 0.015 0.001 0.558 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.024 80 K 0.255 0.179 0.038 0.011 0.334 0.013 0.008 0.006 0.006 0.042 0.107 81 Y 0.148 0.144 0.068 0.101 0.333 0.018 0.009 0.034 0.051 0.033 0.062 82 D 0.013 0.025 0.020 0.018 0.024 0.015 0.060 0.446 0.301 0.069 0.008 83 D 0.020 0.029 0.012 0.010 0.037 0.038 0.266 0.196 0.113 0.263 0.016 84 Y 0.210 0.149 0.072 0.024 0.348 0.011 0.011 0.063 0.033 0.027 0.053 85 P 0.022 0.068 0.063 0.051 0.049 0.069 0.134 0.306 0.178 0.049 0.011 86 E 0.035 0.052 0.051 0.029 0.048 0.052 0.257 0.187 0.081 0.182 0.026 87 N 0.062 0.420 0.143 0.031 0.163 0.013 0.018 0.014 0.012 0.082 0.041 88 G 0.050 0.142 0.218 0.239 0.109 0.043 0.024 0.024 0.016 0.075 0.061 89 V 0.327 0.107 0.008 0.001 0.513 0.001 0.002 0.010 0.006 0.004 0.021 90 V 0.167 0.157 0.024 0.020 0.477 0.036 0.030 0.036 0.014 0.009 0.030 91 Q 0.369 0.063 0.010 0.001 0.467 0.001 0.003 0.008 0.004 0.023 0.051 92 M 0.262 0.222 0.030 0.006 0.401 0.007 0.006 0.007 0.004 0.011 0.044 93 N 0.071 0.382 0.214 0.035 0.219 0.008 0.004 0.005 0.005 0.020 0.035 94 S 0.111 0.094 0.032 0.027 0.177 0.021 0.026 0.184 0.236 0.053 0.039 95 R 0.008 0.019 0.013 0.033 0.012 0.070 0.196 0.317 0.242 0.080 0.010 96 D 0.107 0.073 0.021 0.010 0.172 0.009 0.039 0.085 0.070 0.327 0.086 97 V 0.169 0.233 0.071 0.019 0.292 0.010 0.014 0.057 0.037 0.064 0.034 98 R 0.077 0.413 0.166 0.015 0.231 0.004 0.007 0.039 0.015 0.011 0.022 99 A 0.057 0.049 0.018 0.008 0.075 0.010 0.026 0.468 0.199 0.060 0.029 100 R 0.014 0.060 0.037 0.013 0.032 0.021 0.074 0.533 0.146 0.063 0.008 101 A 0.101 0.027 0.011 0.008 0.098 0.007 0.017 0.470 0.151 0.074 0.036 102 R 0.016 0.037 0.013 0.018 0.043 0.030 0.050 0.484 0.261 0.040 0.007 103 T 0.057 0.141 0.037 0.003 0.217 0.005 0.035 0.313 0.145 0.031 0.017 104 I 0.245 0.056 0.008 0.002 0.183 0.005 0.031 0.070 0.061 0.278 0.061 105 I 0.039 0.596 0.155 0.009 0.162 0.005 0.008 0.005 0.004 0.008 0.009 106 K 0.075 0.496 0.237 0.016 0.113 0.003 0.002 0.005 0.007 0.019 0.027 107 W 0.009 0.005 0.001 0.002 0.028 0.003 0.010 0.203 0.724 0.011 0.004 108 Q 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.013 0.028 0.389 0.543 0.018 0.001 109 D 0.009 0.006 0.001 0.001 0.012 0.002 0.026 0.072 0.247 0.616 0.009 110 L 0.327 0.108 0.006 0.001 0.452 0.001 0.001 0.006 0.012 0.046 0.040 111 E 0.030 0.215 0.525 0.042 0.148 0.002 0.001 0.001 0.001 0.012 0.023 112 V 0.083 0.036 0.010 0.025 0.148 0.028 0.111 0.231 0.233 0.051 0.043 113 G 0.011 0.017 0.037 0.125 0.012 0.020 0.094 0.108 0.126 0.420 0.030 114 Q 0.019 0.501 0.040 0.002 0.386 0.003 0.030 0.008 0.003 0.007 0.001 115 V 0.601 0.010 0.001 0.001 0.366 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 116 V 0.094 0.049 0.006 0.032 0.382 0.157 0.204 0.015 0.003 0.011 0.046 117 M 0.144 0.115 0.018 0.001 0.641 0.001 0.003 0.007 0.005 0.016 0.049 118 L 0.452 0.034 0.007 0.006 0.253 0.009 0.006 0.004 0.008 0.044 0.176 119 N 0.184 0.116 0.016 0.004 0.480 0.002 0.016 0.016 0.019 0.061 0.086 120 Y 0.077 0.411 0.077 0.013 0.293 0.009 0.014 0.012 0.017 0.051 0.026 121 N 0.244 0.041 0.008 0.001 0.670 0.001 0.001 0.004 0.006 0.003 0.021 122 P 0.009 0.012 0.004 0.004 0.018 0.007 0.025 0.393 0.476 0.046 0.006 123 D 0.005 0.012 0.006 0.006 0.008 0.026 0.459 0.156 0.074 0.242 0.006 124 N 0.087 0.300 0.110 0.020 0.237 0.016 0.018 0.091 0.056 0.043 0.022 125 P 0.015 0.024 0.015 0.020 0.026 0.015 0.034 0.299 0.425 0.090 0.037 126 K 0.037 0.070 0.067 0.015 0.056 0.035 0.111 0.238 0.220 0.132 0.018 127 E 0.153 0.062 0.028 0.022 0.122 0.028 0.127 0.145 0.105 0.134 0.073 128 R 0.069 0.271 0.104 0.093 0.144 0.055 0.052 0.045 0.050 0.066 0.052 129 G 0.065 0.065 0.078 0.133 0.080 0.052 0.028 0.036 0.070 0.285 0.109 130 F 0.215 0.170 0.044 0.007 0.388 0.003 0.006 0.023 0.028 0.062 0.054 131 W 0.184 0.147 0.043 0.023 0.347 0.024 0.054 0.049 0.032 0.047 0.051 132 Y 0.130 0.229 0.105 0.036 0.369 0.013 0.009 0.020 0.011 0.038 0.041 133 D 0.261 0.099 0.015 0.007 0.450 0.010 0.023 0.021 0.012 0.037 0.064 134 A 0.274 0.118 0.017 0.006 0.512 0.003 0.002 0.007 0.004 0.014 0.044 135 E 0.092 0.301 0.032 0.002 0.541 0.004 0.006 0.008 0.002 0.003 0.008 136 I 0.650 0.010 0.001 0.001 0.235 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.098 137 S 0.023 0.254 0.069 0.152 0.132 0.234 0.091 0.026 0.005 0.008 0.006 138 R 0.323 0.141 0.030 0.001 0.403 0.001 0.001 0.004 0.002 0.016 0.078 139 K 0.300 0.152 0.028 0.010 0.345 0.025 0.014 0.037 0.014 0.010 0.066 140 R 0.159 0.210 0.048 0.021 0.292 0.053 0.063 0.060 0.020 0.030 0.044 141 E 0.243 0.104 0.049 0.048 0.214 0.048 0.034 0.061 0.041 0.068 0.090 142 T 0.108 0.187 0.069 0.072 0.187 0.045 0.036 0.071 0.050 0.131 0.044 143 R 0.126 0.155 0.097 0.053 0.172 0.022 0.028 0.066 0.043 0.159 0.079 144 T 0.046 0.494 0.220 0.018 0.132 0.005 0.007 0.037 0.012 0.017 0.012 145 A 0.222 0.042 0.016 0.014 0.152 0.014 0.021 0.274 0.112 0.043 0.091 146 R 0.044 0.131 0.061 0.033 0.127 0.032 0.045 0.395 0.089 0.032 0.011 147 E 0.253 0.077 0.006 0.002 0.503 0.003 0.010 0.110 0.015 0.007 0.014 148 L 0.213 0.063 0.008 0.010 0.480 0.016 0.014 0.140 0.023 0.013 0.020 149 Y 0.364 0.039 0.012 0.015 0.308 0.024 0.029 0.076 0.014 0.023 0.096 150 A 0.206 0.138 0.029 0.022 0.399 0.019 0.019 0.080 0.020 0.027 0.043 151 N 0.198 0.127 0.035 0.012 0.451 0.007 0.018 0.060 0.022 0.018 0.052 152 V 0.267 0.090 0.015 0.005 0.477 0.017 0.027 0.056 0.015 0.007 0.023 153 V 0.233 0.070 0.012 0.010 0.377 0.029 0.096 0.062 0.015 0.037 0.056 154 L 0.120 0.093 0.082 0.227 0.096 0.097 0.052 0.059 0.038 0.077 0.060 155 G 0.011 0.056 0.095 0.465 0.026 0.141 0.044 0.051 0.042 0.058 0.010 156 D 0.031 0.088 0.046 0.152 0.041 0.079 0.081 0.073 0.090 0.264 0.056 157 D 0.042 0.088 0.099 0.069 0.051 0.027 0.043 0.108 0.130 0.240 0.103 158 S 0.083 0.226 0.076 0.020 0.147 0.022 0.054 0.144 0.132 0.068 0.026 159 L 0.257 0.113 0.041 0.019 0.248 0.022 0.024 0.075 0.063 0.078 0.060 160 N 0.023 0.065 0.101 0.136 0.055 0.186 0.150 0.141 0.068 0.065 0.011 161 D 0.163 0.070 0.027 0.033 0.131 0.018 0.029 0.078 0.128 0.199 0.124 162 C 0.190 0.202 0.051 0.013 0.362 0.006 0.005 0.014 0.017 0.053 0.087 163 R 0.124 0.253 0.031 0.003 0.519 0.009 0.019 0.014 0.007 0.008 0.012 164 I 0.662 0.012 0.001 0.001 0.275 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 165 I 0.105 0.125 0.044 0.148 0.321 0.133 0.084 0.012 0.002 0.010 0.017 166 F 0.115 0.358 0.113 0.011 0.372 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.019 167 V 0.280 0.083 0.017 0.028 0.243 0.043 0.061 0.071 0.037 0.028 0.109 168 D 0.113 0.183 0.069 0.058 0.205 0.100 0.097 0.055 0.033 0.039 0.048 169 E 0.265 0.094 0.016 0.004 0.474 0.005 0.013 0.036 0.023 0.023 0.047 170 V 0.387 0.045 0.007 0.009 0.403 0.012 0.011 0.022 0.014 0.022 0.067 171 F 0.105 0.218 0.029 0.014 0.491 0.009 0.006 0.021 0.019 0.046 0.042 172 K 0.311 0.108 0.028 0.003 0.453 0.002 0.003 0.008 0.007 0.021 0.058 173 I 0.205 0.257 0.058 0.004 0.374 0.001 0.004 0.015 0.009 0.024 0.049 174 E 0.061 0.324 0.142 0.034 0.199 0.036 0.079 0.061 0.023 0.022 0.019 175 R 0.033 0.243 0.539 0.061 0.091 0.007 0.003 0.007 0.003 0.005 0.010 176 P 0.011 0.044 0.021 0.037 0.029 0.168 0.319 0.240 0.106 0.020 0.005 177 G 0.036 0.026 0.044 0.038 0.030 0.020 0.030 0.092 0.110 0.474 0.100 178 E 0.078 0.288 0.133 0.026 0.213 0.018 0.022 0.085 0.052 0.054 0.031