# TARGET T0429 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 30 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.796 0.149 0.042 0.012 0.001 0.001 0.001 2 H 0.806 0.155 0.030 0.008 0.001 0.001 0.001 3 H 0.801 0.133 0.046 0.016 0.004 0.001 0.001 4 H 0.772 0.156 0.046 0.019 0.006 0.001 0.001 5 H 0.686 0.203 0.081 0.025 0.005 0.001 0.001 6 H 0.679 0.207 0.075 0.032 0.006 0.001 0.001 7 H 0.663 0.250 0.067 0.017 0.003 0.001 0.001 8 S 0.670 0.206 0.087 0.032 0.004 0.001 0.001 9 S 0.842 0.122 0.027 0.007 0.001 0.001 0.001 10 G 0.829 0.137 0.026 0.006 0.001 0.001 0.001 11 R 0.740 0.184 0.056 0.017 0.003 0.001 0.001 12 E 0.718 0.186 0.061 0.028 0.007 0.001 0.001 13 N 0.746 0.176 0.055 0.019 0.003 0.001 0.001 14 L 0.687 0.217 0.066 0.024 0.005 0.001 0.001 15 Y 0.677 0.216 0.070 0.029 0.007 0.001 0.001 16 F 0.609 0.209 0.103 0.059 0.017 0.003 0.001 17 Q 0.631 0.228 0.083 0.040 0.014 0.003 0.001 18 G 0.483 0.287 0.130 0.070 0.024 0.005 0.001 19 M 0.291 0.228 0.194 0.175 0.085 0.025 0.002 20 W 0.240 0.189 0.144 0.182 0.160 0.076 0.009 21 D 0.274 0.246 0.206 0.163 0.082 0.027 0.003 22 E 0.277 0.217 0.186 0.174 0.102 0.041 0.004 23 T 0.193 0.131 0.141 0.209 0.201 0.111 0.014 24 E 0.381 0.261 0.159 0.107 0.059 0.027 0.006 25 L 0.162 0.186 0.186 0.196 0.164 0.089 0.018 26 G 0.046 0.103 0.139 0.253 0.265 0.162 0.032 27 L 0.032 0.055 0.084 0.168 0.251 0.311 0.100 28 Y 0.030 0.032 0.058 0.124 0.229 0.362 0.165 29 K 0.047 0.078 0.117 0.194 0.237 0.236 0.091 30 V 0.035 0.055 0.096 0.182 0.250 0.262 0.119 31 N 0.085 0.116 0.135 0.177 0.207 0.201 0.078 32 E 0.062 0.140 0.171 0.218 0.186 0.160 0.063 33 Y 0.020 0.043 0.076 0.150 0.252 0.313 0.147 34 V 0.018 0.030 0.052 0.119 0.219 0.371 0.191 35 D 0.022 0.041 0.066 0.143 0.233 0.339 0.155 36 A 0.022 0.028 0.039 0.083 0.212 0.355 0.259 37 R 0.060 0.151 0.204 0.252 0.177 0.114 0.042 38 D 0.105 0.143 0.149 0.180 0.202 0.179 0.043 39 T 0.052 0.099 0.115 0.209 0.261 0.212 0.051 40 N 0.080 0.181 0.205 0.228 0.169 0.117 0.020 41 M 0.018 0.027 0.062 0.124 0.225 0.384 0.160 42 G 0.005 0.027 0.059 0.176 0.301 0.322 0.110 43 A 0.003 0.013 0.037 0.083 0.189 0.376 0.300 44 W 0.001 0.002 0.005 0.021 0.077 0.371 0.523 45 F 0.001 0.001 0.003 0.016 0.066 0.397 0.517 46 E 0.001 0.007 0.034 0.110 0.236 0.381 0.231 47 A 0.001 0.006 0.015 0.042 0.172 0.582 0.181 48 Q 0.001 0.011 0.095 0.344 0.344 0.189 0.017 49 V 0.001 0.005 0.023 0.112 0.415 0.408 0.036 50 V 0.015 0.148 0.301 0.320 0.171 0.044 0.003 51 R 0.066 0.276 0.320 0.223 0.093 0.022 0.001 52 V 0.003 0.030 0.172 0.435 0.301 0.058 0.001 53 T 0.031 0.174 0.277 0.291 0.197 0.030 0.001 54 R 0.086 0.263 0.332 0.233 0.078 0.008 0.001 55 K 0.322 0.369 0.203 0.082 0.020 0.003 0.001 56 A 0.433 0.333 0.164 0.057 0.012 0.001 0.001 57 P 0.603 0.245 0.100 0.041 0.009 0.001 0.001 58 S 0.761 0.158 0.055 0.021 0.005 0.001 0.001 59 R 0.745 0.144 0.067 0.032 0.010 0.001 0.001 60 D 0.864 0.105 0.021 0.008 0.002 0.001 0.001 61 E 0.711 0.178 0.069 0.032 0.009 0.001 0.001 62 P 0.530 0.257 0.119 0.070 0.020 0.004 0.001 63 C 0.452 0.255 0.147 0.102 0.037 0.007 0.001 64 S 0.598 0.234 0.102 0.049 0.014 0.003 0.001 65 S 0.599 0.214 0.101 0.062 0.019 0.004 0.001 66 T 0.611 0.211 0.087 0.057 0.026 0.007 0.001 67 S 0.580 0.227 0.104 0.058 0.023 0.006 0.001 68 R 0.480 0.250 0.137 0.090 0.035 0.008 0.001 69 P 0.478 0.274 0.130 0.080 0.031 0.007 0.001 70 A 0.411 0.295 0.154 0.094 0.036 0.008 0.001 71 L 0.459 0.281 0.143 0.083 0.028 0.006 0.001 72 E 0.311 0.255 0.181 0.146 0.076 0.027 0.003 73 E 0.410 0.320 0.146 0.078 0.035 0.009 0.001 74 D 0.100 0.235 0.262 0.233 0.120 0.045 0.006 75 V 0.017 0.053 0.101 0.204 0.309 0.276 0.040 76 I 0.009 0.051 0.146 0.272 0.302 0.192 0.029 77 Y 0.005 0.022 0.057 0.130 0.254 0.445 0.087 78 H 0.004 0.030 0.132 0.337 0.339 0.144 0.014 79 V 0.004 0.015 0.034 0.117 0.366 0.420 0.043 80 K 0.015 0.134 0.343 0.355 0.133 0.020 0.001 81 Y 0.021 0.099 0.210 0.385 0.245 0.039 0.001 82 D 0.343 0.445 0.160 0.043 0.008 0.001 0.001 83 D 0.555 0.342 0.073 0.024 0.005 0.001 0.001 84 Y 0.212 0.295 0.291 0.162 0.036 0.004 0.001 85 P 0.599 0.285 0.087 0.024 0.004 0.001 0.001 86 E 0.520 0.272 0.122 0.063 0.020 0.003 0.001 87 N 0.538 0.287 0.119 0.043 0.012 0.002 0.001 88 G 0.226 0.271 0.215 0.182 0.084 0.021 0.002 89 V 0.159 0.170 0.190 0.237 0.162 0.072 0.010 90 V 0.221 0.247 0.202 0.190 0.103 0.033 0.003 91 Q 0.153 0.312 0.260 0.178 0.075 0.020 0.002 92 M 0.050 0.078 0.129 0.266 0.330 0.135 0.011 93 N 0.232 0.350 0.232 0.135 0.041 0.009 0.001 94 S 0.169 0.278 0.226 0.198 0.099 0.028 0.003 95 R 0.242 0.324 0.241 0.132 0.049 0.012 0.001 96 D 0.167 0.276 0.223 0.188 0.105 0.037 0.004 97 V 0.050 0.062 0.108 0.219 0.307 0.227 0.026 98 R 0.052 0.130 0.186 0.269 0.241 0.112 0.010 99 A 0.112 0.277 0.267 0.195 0.104 0.041 0.005 100 R 0.024 0.072 0.151 0.264 0.286 0.176 0.026 101 A 0.013 0.023 0.040 0.130 0.302 0.400 0.092 102 R 0.037 0.114 0.226 0.302 0.215 0.090 0.016 103 T 0.106 0.256 0.232 0.192 0.127 0.077 0.009 104 I 0.030 0.089 0.181 0.305 0.268 0.117 0.010 105 I 0.033 0.073 0.136 0.258 0.307 0.176 0.016 106 K 0.143 0.341 0.296 0.172 0.042 0.005 0.001 107 W 0.111 0.176 0.232 0.278 0.169 0.033 0.002 108 Q 0.453 0.387 0.124 0.031 0.004 0.001 0.001 109 D 0.467 0.357 0.116 0.047 0.012 0.002 0.001 110 L 0.043 0.075 0.186 0.329 0.280 0.083 0.004 111 E 0.203 0.361 0.249 0.139 0.042 0.007 0.001 112 V 0.139 0.155 0.182 0.224 0.202 0.088 0.010 113 G 0.129 0.185 0.183 0.220 0.184 0.090 0.010 114 Q 0.057 0.159 0.229 0.282 0.188 0.075 0.010 115 V 0.066 0.109 0.159 0.212 0.228 0.179 0.047 116 V 0.060 0.081 0.096 0.160 0.243 0.270 0.091 117 M 0.136 0.122 0.126 0.177 0.202 0.171 0.066 118 L 0.124 0.142 0.150 0.164 0.146 0.163 0.111 119 N 0.220 0.175 0.129 0.145 0.131 0.135 0.065 120 Y 0.183 0.153 0.163 0.187 0.161 0.114 0.039 121 N 0.337 0.277 0.170 0.116 0.067 0.027 0.007 122 P 0.329 0.233 0.182 0.151 0.074 0.027 0.005 123 D 0.512 0.260 0.119 0.069 0.029 0.010 0.001 124 N 0.414 0.289 0.168 0.094 0.028 0.006 0.001 125 P 0.539 0.232 0.128 0.072 0.024 0.004 0.001 126 K 0.583 0.267 0.091 0.042 0.013 0.003 0.001 127 E 0.611 0.229 0.099 0.044 0.013 0.003 0.001 128 R 0.351 0.246 0.161 0.134 0.075 0.029 0.005 129 G 0.367 0.209 0.154 0.136 0.091 0.037 0.006 130 F 0.334 0.245 0.176 0.132 0.080 0.028 0.005 131 W 0.280 0.206 0.154 0.170 0.119 0.061 0.011 132 Y 0.263 0.217 0.169 0.167 0.108 0.064 0.012 133 D 0.435 0.268 0.156 0.089 0.037 0.013 0.002 134 A 0.507 0.244 0.116 0.079 0.040 0.012 0.001 135 E 0.346 0.235 0.183 0.154 0.069 0.012 0.001 136 I 0.452 0.222 0.147 0.123 0.048 0.008 0.001 137 S 0.571 0.305 0.091 0.028 0.005 0.001 0.001 138 R 0.607 0.263 0.096 0.028 0.005 0.001 0.001 139 K 0.373 0.268 0.175 0.122 0.053 0.009 0.001 140 R 0.641 0.232 0.092 0.030 0.004 0.001 0.001 141 E 0.734 0.217 0.038 0.009 0.001 0.001 0.001 142 T 0.606 0.270 0.093 0.026 0.005 0.001 0.001 143 R 0.469 0.278 0.151 0.080 0.019 0.002 0.001 144 T 0.521 0.275 0.136 0.057 0.010 0.001 0.001 145 A 0.518 0.347 0.089 0.037 0.008 0.001 0.001 146 R 0.219 0.319 0.217 0.163 0.068 0.012 0.001 147 E 0.151 0.258 0.252 0.198 0.105 0.034 0.003 148 L 0.069 0.089 0.136 0.253 0.254 0.183 0.015 149 Y 0.071 0.139 0.223 0.302 0.201 0.059 0.004 150 A 0.045 0.055 0.064 0.113 0.282 0.364 0.077 151 N 0.048 0.132 0.267 0.342 0.155 0.049 0.007 152 V 0.054 0.072 0.086 0.180 0.282 0.288 0.038 153 V 0.091 0.227 0.229 0.220 0.148 0.079 0.006 154 L 0.128 0.137 0.156 0.239 0.224 0.108 0.008 155 G 0.336 0.288 0.190 0.115 0.053 0.017 0.001 156 D 0.432 0.325 0.143 0.073 0.023 0.005 0.001 157 D 0.483 0.320 0.129 0.050 0.014 0.004 0.001 158 S 0.315 0.327 0.203 0.111 0.036 0.008 0.001 159 L 0.099 0.127 0.182 0.267 0.234 0.085 0.006 160 N 0.223 0.331 0.226 0.147 0.059 0.014 0.001 161 D 0.116 0.209 0.238 0.244 0.144 0.046 0.004 162 C 0.063 0.112 0.147 0.237 0.248 0.169 0.024 163 R 0.056 0.139 0.199 0.284 0.207 0.100 0.015 164 I 0.054 0.094 0.139 0.217 0.279 0.193 0.026 165 I 0.066 0.172 0.237 0.251 0.179 0.083 0.012 166 F 0.043 0.070 0.075 0.160 0.259 0.316 0.078 167 V 0.040 0.073 0.117 0.241 0.286 0.206 0.037 168 D 0.097 0.191 0.210 0.223 0.166 0.095 0.018 169 E 0.057 0.085 0.130 0.210 0.272 0.198 0.048 170 V 0.055 0.047 0.069 0.146 0.247 0.350 0.086 171 F 0.097 0.082 0.125 0.245 0.233 0.186 0.032 172 K 0.194 0.181 0.196 0.187 0.147 0.078 0.018 173 I 0.199 0.125 0.116 0.140 0.193 0.189 0.038 174 E 0.240 0.160 0.160 0.197 0.166 0.074 0.004 175 R 0.482 0.262 0.149 0.082 0.022 0.003 0.001 176 P 0.621 0.207 0.096 0.052 0.019 0.004 0.001 177 G 0.746 0.143 0.066 0.034 0.010 0.002 0.001 178 E 0.837 0.106 0.034 0.016 0.005 0.001 0.001