# TARGET T0429 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.69522 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.034 0.005 0.004 0.005 0.156 0.795 2 H 0.102 0.021 0.009 0.009 0.173 0.685 3 H 0.138 0.036 0.018 0.013 0.209 0.586 4 H 0.169 0.040 0.033 0.018 0.274 0.467 5 H 0.168 0.023 0.040 0.020 0.316 0.433 6 H 0.143 0.026 0.036 0.020 0.344 0.431 7 H 0.113 0.033 0.048 0.030 0.420 0.356 8 S 0.094 0.022 0.075 0.037 0.508 0.262 9 S 0.082 0.014 0.080 0.039 0.536 0.250 10 G 0.094 0.017 0.057 0.036 0.480 0.316 11 R 0.140 0.031 0.069 0.065 0.380 0.314 12 E 0.207 0.030 0.083 0.085 0.285 0.309 13 N 0.198 0.029 0.107 0.107 0.309 0.250 14 L 0.189 0.036 0.123 0.120 0.301 0.230 15 Y 0.236 0.030 0.089 0.127 0.270 0.248 16 F 0.184 0.020 0.082 0.133 0.329 0.252 17 Q 0.133 0.012 0.049 0.122 0.351 0.333 18 G 0.171 0.016 0.038 0.082 0.312 0.381 19 M 0.242 0.038 0.051 0.140 0.270 0.260 20 W 0.276 0.039 0.056 0.147 0.254 0.228 21 D 0.250 0.045 0.072 0.147 0.297 0.189 22 E 0.117 0.024 0.082 0.085 0.532 0.161 23 T 0.041 0.006 0.336 0.103 0.380 0.134 24 E 0.081 0.022 0.306 0.095 0.336 0.160 25 L 0.087 0.013 0.165 0.045 0.469 0.220 26 G 0.099 0.006 0.014 0.004 0.217 0.660 27 L 0.655 0.039 0.006 0.003 0.067 0.229 28 Y 0.814 0.031 0.002 0.001 0.037 0.115 29 K 0.815 0.011 0.004 0.002 0.131 0.037 30 V 0.533 0.013 0.008 0.005 0.340 0.101 31 N 0.147 0.003 0.016 0.006 0.665 0.164 32 E 0.485 0.027 0.009 0.005 0.357 0.117 33 Y 0.617 0.027 0.006 0.006 0.092 0.251 34 V 0.690 0.037 0.006 0.009 0.083 0.175 35 D 0.466 0.011 0.006 0.011 0.187 0.319 36 A 0.183 0.011 0.075 0.116 0.396 0.219 37 R 0.189 0.017 0.072 0.083 0.442 0.197 38 D 0.095 0.017 0.063 0.058 0.650 0.116 39 T 0.058 0.015 0.088 0.088 0.629 0.122 40 N 0.059 0.019 0.080 0.072 0.639 0.130 41 M 0.054 0.017 0.079 0.076 0.664 0.110 42 G 0.154 0.013 0.053 0.044 0.462 0.274 43 A 0.523 0.011 0.073 0.047 0.186 0.160 44 W 0.753 0.017 0.046 0.035 0.066 0.083 45 F 0.844 0.006 0.025 0.021 0.044 0.060 46 E 0.874 0.004 0.007 0.016 0.036 0.063 47 A 0.876 0.001 0.008 0.017 0.040 0.059 48 Q 0.936 0.001 0.004 0.014 0.021 0.024 49 V 0.966 0.001 0.002 0.019 0.007 0.006 50 V 0.963 0.001 0.001 0.026 0.005 0.005 51 R 0.961 0.001 0.001 0.028 0.004 0.006 52 V 0.922 0.002 0.001 0.031 0.013 0.032 53 T 0.613 0.011 0.002 0.034 0.096 0.245 54 R 0.233 0.020 0.008 0.020 0.276 0.443 55 K 0.079 0.022 0.012 0.011 0.399 0.477 56 A 0.037 0.020 0.024 0.005 0.617 0.297 57 P 0.030 0.019 0.085 0.009 0.609 0.249 58 S 0.026 0.020 0.111 0.010 0.663 0.170 59 R 0.018 0.012 0.092 0.010 0.691 0.177 60 D 0.028 0.013 0.030 0.008 0.490 0.431 61 E 0.060 0.039 0.032 0.009 0.466 0.395 62 P 0.078 0.069 0.031 0.010 0.358 0.453 63 C 0.095 0.163 0.046 0.012 0.344 0.339 64 S 0.072 0.045 0.061 0.012 0.507 0.302 65 S 0.044 0.018 0.048 0.013 0.582 0.294 66 T 0.040 0.013 0.031 0.014 0.603 0.298 67 S 0.042 0.021 0.016 0.012 0.420 0.489 68 R 0.040 0.021 0.012 0.018 0.357 0.552 69 P 0.038 0.031 0.041 0.033 0.367 0.490 70 A 0.057 0.039 0.097 0.040 0.376 0.390 71 L 0.087 0.023 0.291 0.039 0.322 0.239 72 E 0.177 0.017 0.246 0.018 0.308 0.234 73 E 0.327 0.008 0.092 0.007 0.306 0.260 74 D 0.491 0.003 0.015 0.002 0.168 0.321 75 V 0.916 0.004 0.001 0.001 0.022 0.056 76 I 0.980 0.001 0.001 0.001 0.005 0.015 77 Y 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 78 H 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 79 V 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 80 K 0.950 0.001 0.001 0.001 0.014 0.035 81 Y 0.642 0.005 0.027 0.013 0.193 0.120 82 D 0.285 0.005 0.063 0.012 0.485 0.150 83 D 0.156 0.015 0.095 0.016 0.576 0.142 84 Y 0.078 0.040 0.023 0.006 0.520 0.333 85 P 0.044 0.022 0.060 0.005 0.781 0.088 86 E 0.034 0.014 0.094 0.012 0.781 0.065 87 N 0.025 0.002 0.066 0.006 0.832 0.069 88 G 0.143 0.006 0.015 0.002 0.622 0.212 89 V 0.602 0.014 0.004 0.004 0.091 0.284 90 V 0.910 0.013 0.001 0.002 0.020 0.053 91 Q 0.943 0.004 0.001 0.002 0.013 0.038 92 M 0.864 0.011 0.001 0.002 0.019 0.103 93 N 0.616 0.010 0.005 0.003 0.121 0.246 94 S 0.070 0.003 0.475 0.031 0.380 0.041 95 R 0.034 0.001 0.487 0.032 0.417 0.029 96 D 0.030 0.003 0.482 0.045 0.404 0.036 97 V 0.188 0.067 0.040 0.095 0.340 0.270 98 R 0.181 0.033 0.010 0.103 0.124 0.548 99 A 0.151 0.011 0.048 0.519 0.136 0.135 100 R 0.294 0.010 0.075 0.319 0.159 0.143 101 A 0.352 0.013 0.098 0.315 0.131 0.090 102 R 0.362 0.006 0.093 0.227 0.184 0.128 103 T 0.511 0.004 0.071 0.149 0.137 0.128 104 I 0.704 0.011 0.017 0.095 0.062 0.112 105 I 0.690 0.024 0.011 0.053 0.063 0.158 106 K 0.491 0.023 0.019 0.038 0.122 0.308 107 W 0.042 0.003 0.536 0.126 0.226 0.067 108 Q 0.037 0.002 0.486 0.077 0.304 0.095 109 D 0.065 0.003 0.494 0.042 0.302 0.095 110 L 0.209 0.086 0.028 0.025 0.182 0.470 111 E 0.318 0.051 0.019 0.013 0.465 0.133 112 V 0.313 0.023 0.017 0.011 0.562 0.074 113 G 0.093 0.001 0.010 0.002 0.816 0.077 114 Q 0.745 0.009 0.002 0.001 0.210 0.033 115 V 0.976 0.003 0.001 0.001 0.004 0.018 116 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 117 M 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 118 L 0.975 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 119 N 0.806 0.003 0.001 0.001 0.041 0.148 120 Y 0.395 0.018 0.002 0.001 0.109 0.476 121 N 0.097 0.021 0.004 0.001 0.643 0.235 122 P 0.013 0.007 0.025 0.006 0.859 0.091 123 D 0.006 0.004 0.035 0.005 0.894 0.056 124 N 0.010 0.011 0.036 0.004 0.882 0.057 125 P 0.010 0.010 0.172 0.024 0.570 0.213 126 K 0.046 0.068 0.224 0.057 0.418 0.186 127 E 0.107 0.030 0.199 0.098 0.415 0.153 128 R 0.137 0.030 0.031 0.073 0.402 0.328 129 G 0.261 0.021 0.026 0.036 0.302 0.354 130 F 0.525 0.025 0.032 0.050 0.150 0.217 131 W 0.573 0.023 0.058 0.073 0.121 0.152 132 Y 0.499 0.022 0.057 0.068 0.158 0.197 133 D 0.443 0.010 0.053 0.128 0.162 0.204 134 A 0.298 0.004 0.099 0.405 0.122 0.072 135 E 0.435 0.006 0.091 0.348 0.079 0.040 136 I 0.532 0.012 0.063 0.292 0.074 0.026 137 S 0.449 0.016 0.021 0.256 0.182 0.075 138 R 0.201 0.008 0.029 0.187 0.359 0.216 139 K 0.110 0.007 0.022 0.189 0.464 0.208 140 R 0.122 0.013 0.022 0.179 0.472 0.193 141 E 0.214 0.018 0.013 0.129 0.312 0.314 142 T 0.307 0.022 0.011 0.115 0.217 0.329 143 R 0.379 0.017 0.017 0.106 0.254 0.227 144 T 0.515 0.013 0.018 0.078 0.156 0.220 145 A 0.515 0.006 0.067 0.083 0.195 0.133 146 R 0.737 0.004 0.034 0.038 0.108 0.079 147 E 0.877 0.002 0.014 0.019 0.035 0.052 148 L 0.924 0.002 0.003 0.016 0.019 0.036 149 Y 0.895 0.001 0.001 0.019 0.020 0.064 150 A 0.929 0.001 0.001 0.015 0.012 0.042 151 N 0.954 0.001 0.001 0.013 0.010 0.022 152 V 0.973 0.002 0.001 0.006 0.006 0.013 153 V 0.954 0.004 0.001 0.004 0.023 0.015 154 L 0.777 0.011 0.001 0.005 0.125 0.081 155 G 0.108 0.005 0.003 0.004 0.731 0.149 156 D 0.019 0.004 0.022 0.004 0.870 0.081 157 D 0.036 0.013 0.048 0.007 0.757 0.139 158 S 0.057 0.030 0.123 0.012 0.644 0.134 159 L 0.067 0.028 0.191 0.019 0.538 0.157 160 N 0.126 0.017 0.180 0.024 0.469 0.183 161 D 0.164 0.009 0.199 0.035 0.447 0.146 162 C 0.340 0.012 0.032 0.033 0.343 0.238 163 R 0.720 0.006 0.011 0.016 0.086 0.160 164 I 0.936 0.005 0.003 0.011 0.013 0.032 165 I 0.963 0.003 0.002 0.005 0.008 0.019 166 F 0.968 0.002 0.003 0.003 0.009 0.015 167 V 0.937 0.002 0.004 0.003 0.023 0.030 168 D 0.738 0.001 0.014 0.006 0.137 0.105 169 E 0.854 0.001 0.009 0.005 0.077 0.053 170 V 0.958 0.002 0.002 0.005 0.013 0.019 171 F 0.971 0.001 0.002 0.009 0.007 0.010 172 K 0.956 0.001 0.002 0.015 0.007 0.019 173 I 0.908 0.002 0.002 0.021 0.013 0.054 174 E 0.659 0.010 0.003 0.022 0.048 0.257 175 R 0.286 0.021 0.005 0.016 0.306 0.366 176 P 0.061 0.013 0.005 0.021 0.424 0.476 177 G 0.020 0.009 0.004 0.014 0.369 0.584 178 E 0.023 0.010 0.002 0.005 0.209 0.751