# TARGET T0429 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.69522 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.006 0.002 0.003 0.010 0.013 0.019 0.946 2 H 0.027 0.031 0.019 0.036 0.030 0.078 0.779 3 H 0.039 0.025 0.050 0.049 0.154 0.134 0.548 4 H 0.034 0.009 0.064 0.026 0.135 0.202 0.530 5 H 0.044 0.037 0.054 0.026 0.199 0.176 0.465 6 H 0.040 0.037 0.045 0.026 0.211 0.144 0.497 7 H 0.030 0.024 0.066 0.040 0.207 0.163 0.470 8 S 0.025 0.028 0.096 0.059 0.182 0.217 0.393 9 S 0.031 0.022 0.098 0.043 0.141 0.500 0.165 10 G 0.039 0.026 0.064 0.035 0.221 0.300 0.315 11 R 0.054 0.023 0.056 0.029 0.196 0.052 0.590 12 E 0.074 0.027 0.143 0.076 0.138 0.255 0.286 13 N 0.095 0.020 0.130 0.068 0.130 0.295 0.261 14 L 0.155 0.034 0.089 0.080 0.143 0.113 0.387 15 Y 0.215 0.026 0.051 0.126 0.092 0.129 0.361 16 F 0.228 0.036 0.051 0.163 0.133 0.109 0.280 17 Q 0.151 0.019 0.062 0.206 0.121 0.175 0.266 18 G 0.148 0.013 0.067 0.143 0.168 0.190 0.270 19 M 0.183 0.022 0.067 0.161 0.143 0.107 0.318 20 W 0.222 0.042 0.072 0.176 0.113 0.109 0.267 21 D 0.216 0.034 0.065 0.177 0.141 0.131 0.235 22 E 0.109 0.013 0.107 0.102 0.196 0.097 0.375 23 T 0.039 0.005 0.219 0.142 0.110 0.358 0.128 24 E 0.055 0.014 0.208 0.082 0.083 0.457 0.101 25 L 0.132 0.025 0.113 0.050 0.150 0.266 0.264 26 G 0.211 0.008 0.038 0.030 0.144 0.219 0.350 27 L 0.553 0.022 0.017 0.021 0.075 0.026 0.286 28 Y 0.788 0.030 0.007 0.016 0.021 0.008 0.130 29 K 0.849 0.012 0.007 0.013 0.017 0.008 0.095 30 V 0.712 0.011 0.020 0.032 0.040 0.058 0.127 31 N 0.459 0.004 0.043 0.028 0.125 0.149 0.193 32 E 0.533 0.007 0.027 0.022 0.130 0.079 0.202 33 Y 0.768 0.023 0.012 0.010 0.029 0.027 0.130 34 V 0.842 0.027 0.002 0.004 0.016 0.002 0.106 35 D 0.748 0.010 0.002 0.007 0.012 0.005 0.216 36 A 0.170 0.005 0.233 0.292 0.028 0.148 0.125 37 R 0.170 0.017 0.185 0.348 0.063 0.124 0.093 38 D 0.081 0.023 0.354 0.195 0.031 0.053 0.262 39 T 0.013 0.003 0.240 0.276 0.040 0.382 0.045 40 N 0.021 0.005 0.143 0.198 0.069 0.486 0.077 41 M 0.019 0.012 0.108 0.096 0.073 0.648 0.045 42 G 0.029 0.007 0.021 0.027 0.104 0.698 0.114 43 A 0.161 0.024 0.009 0.013 0.130 0.021 0.642 44 W 0.519 0.069 0.013 0.014 0.053 0.021 0.311 45 F 0.716 0.022 0.012 0.016 0.061 0.030 0.143 46 E 0.707 0.007 0.012 0.008 0.060 0.020 0.186 47 A 0.783 0.003 0.009 0.008 0.036 0.008 0.153 48 Q 0.929 0.005 0.003 0.006 0.009 0.004 0.045 49 V 0.966 0.003 0.001 0.004 0.002 0.002 0.021 50 V 0.959 0.003 0.001 0.005 0.004 0.003 0.026 51 R 0.949 0.002 0.001 0.006 0.005 0.006 0.031 52 V 0.843 0.008 0.002 0.005 0.013 0.010 0.119 53 T 0.724 0.014 0.003 0.005 0.047 0.012 0.196 54 R 0.419 0.016 0.008 0.005 0.129 0.025 0.399 55 K 0.184 0.041 0.009 0.004 0.261 0.037 0.464 56 A 0.034 0.013 0.006 0.001 0.161 0.017 0.769 57 P 0.011 0.008 0.043 0.004 0.125 0.484 0.326 58 S 0.008 0.012 0.047 0.004 0.122 0.619 0.187 59 R 0.021 0.011 0.043 0.006 0.311 0.317 0.292 60 D 0.036 0.015 0.024 0.006 0.284 0.119 0.515 61 E 0.118 0.057 0.007 0.003 0.299 0.008 0.508 62 P 0.138 0.103 0.011 0.004 0.049 0.019 0.677 63 C 0.091 0.139 0.023 0.006 0.080 0.049 0.613 64 S 0.060 0.028 0.039 0.008 0.130 0.325 0.409 65 S 0.024 0.010 0.050 0.006 0.226 0.358 0.324 66 T 0.026 0.017 0.034 0.012 0.343 0.272 0.295 67 S 0.030 0.028 0.028 0.012 0.376 0.151 0.375 68 R 0.049 0.029 0.020 0.013 0.347 0.022 0.519 69 P 0.044 0.018 0.160 0.093 0.127 0.171 0.388 70 A 0.075 0.032 0.218 0.074 0.131 0.227 0.243 71 L 0.149 0.038 0.216 0.050 0.111 0.130 0.306 72 E 0.145 0.018 0.203 0.034 0.135 0.129 0.336 73 E 0.206 0.005 0.135 0.021 0.264 0.199 0.169 74 D 0.300 0.004 0.046 0.007 0.223 0.173 0.248 75 V 0.851 0.008 0.003 0.001 0.013 0.010 0.114 76 I 0.950 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.043 77 Y 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 78 H 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 79 V 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 80 K 0.893 0.004 0.001 0.001 0.007 0.001 0.095 81 Y 0.533 0.012 0.006 0.002 0.036 0.017 0.394 82 D 0.150 0.006 0.021 0.004 0.237 0.333 0.249 83 D 0.118 0.030 0.035 0.006 0.286 0.294 0.230 84 Y 0.099 0.063 0.026 0.008 0.190 0.048 0.568 85 P 0.040 0.012 0.097 0.023 0.091 0.323 0.414 86 E 0.027 0.011 0.143 0.025 0.117 0.609 0.067 87 N 0.033 0.008 0.097 0.014 0.162 0.608 0.078 88 G 0.125 0.006 0.035 0.007 0.269 0.374 0.183 89 V 0.538 0.058 0.010 0.007 0.053 0.014 0.320 90 V 0.860 0.015 0.006 0.006 0.015 0.005 0.094 91 Q 0.928 0.010 0.003 0.002 0.009 0.003 0.044 92 M 0.853 0.020 0.002 0.001 0.021 0.005 0.098 93 N 0.517 0.011 0.005 0.003 0.043 0.014 0.407 94 S 0.086 0.006 0.384 0.113 0.058 0.192 0.161 95 R 0.023 0.002 0.315 0.072 0.088 0.471 0.029 96 D 0.035 0.011 0.388 0.044 0.093 0.340 0.089 97 V 0.094 0.079 0.023 0.062 0.088 0.022 0.633 98 R 0.068 0.021 0.006 0.019 0.018 0.007 0.861 99 A 0.062 0.028 0.129 0.470 0.069 0.098 0.144 100 R 0.097 0.019 0.102 0.408 0.078 0.130 0.166 101 A 0.019 0.003 0.176 0.707 0.009 0.025 0.061 102 R 0.038 0.003 0.149 0.717 0.024 0.031 0.038 103 T 0.070 0.002 0.141 0.709 0.018 0.035 0.024 104 I 0.310 0.015 0.090 0.465 0.022 0.062 0.037 105 I 0.517 0.073 0.019 0.214 0.038 0.057 0.082 106 K 0.402 0.012 0.014 0.074 0.045 0.090 0.362 107 W 0.051 0.007 0.276 0.210 0.051 0.282 0.124 108 Q 0.024 0.002 0.277 0.105 0.115 0.417 0.059 109 D 0.063 0.011 0.338 0.049 0.101 0.276 0.162 110 L 0.222 0.050 0.009 0.021 0.131 0.018 0.549 111 E 0.272 0.026 0.006 0.011 0.028 0.010 0.646 112 V 0.171 0.012 0.111 0.170 0.051 0.377 0.109 113 G 0.147 0.001 0.055 0.023 0.175 0.483 0.116 114 Q 0.704 0.003 0.021 0.007 0.096 0.027 0.142 115 V 0.968 0.002 0.001 0.002 0.003 0.002 0.022 116 V 0.988 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 117 M 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 118 L 0.976 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.019 119 N 0.867 0.006 0.001 0.001 0.018 0.004 0.104 120 Y 0.382 0.032 0.003 0.003 0.148 0.014 0.419 121 N 0.082 0.017 0.004 0.001 0.118 0.012 0.766 122 P 0.007 0.003 0.062 0.006 0.098 0.749 0.075 123 D 0.006 0.008 0.076 0.016 0.127 0.668 0.099 124 N 0.012 0.011 0.047 0.012 0.472 0.046 0.399 125 P 0.015 0.012 0.139 0.079 0.105 0.344 0.306 126 K 0.054 0.017 0.197 0.082 0.127 0.358 0.165 127 E 0.194 0.082 0.143 0.068 0.130 0.168 0.216 128 R 0.177 0.037 0.044 0.064 0.163 0.304 0.210 129 G 0.196 0.008 0.021 0.019 0.205 0.233 0.317 130 F 0.451 0.057 0.014 0.013 0.084 0.032 0.350 131 W 0.647 0.040 0.018 0.016 0.053 0.045 0.182 132 Y 0.746 0.010 0.014 0.008 0.058 0.030 0.134 133 D 0.612 0.016 0.036 0.026 0.080 0.031 0.198 134 A 0.633 0.004 0.034 0.025 0.062 0.050 0.193 135 E 0.846 0.016 0.014 0.027 0.015 0.014 0.068 136 I 0.862 0.025 0.006 0.022 0.009 0.010 0.066 137 S 0.626 0.006 0.009 0.032 0.040 0.055 0.231 138 R 0.487 0.007 0.020 0.049 0.129 0.097 0.210 139 K 0.336 0.012 0.044 0.059 0.126 0.171 0.252 140 R 0.233 0.007 0.063 0.061 0.197 0.157 0.283 141 E 0.359 0.013 0.042 0.061 0.100 0.113 0.312 142 T 0.460 0.020 0.015 0.075 0.066 0.050 0.313 143 R 0.397 0.007 0.007 0.066 0.096 0.040 0.388 144 T 0.537 0.017 0.006 0.037 0.078 0.030 0.296 145 A 0.490 0.007 0.021 0.141 0.088 0.068 0.185 146 R 0.604 0.003 0.018 0.067 0.138 0.060 0.110 147 E 0.882 0.005 0.004 0.019 0.024 0.007 0.059 148 L 0.958 0.001 0.001 0.006 0.007 0.002 0.025 149 Y 0.980 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.011 150 A 0.984 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.012 151 N 0.987 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.007 152 V 0.985 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.007 153 V 0.921 0.006 0.002 0.007 0.008 0.008 0.047 154 L 0.701 0.014 0.005 0.009 0.035 0.040 0.196 155 G 0.228 0.011 0.017 0.008 0.234 0.111 0.391 156 D 0.041 0.008 0.178 0.038 0.254 0.343 0.137 157 D 0.014 0.003 0.279 0.026 0.160 0.425 0.093 158 S 0.022 0.022 0.447 0.034 0.121 0.204 0.149 159 L 0.053 0.016 0.378 0.074 0.132 0.124 0.223 160 N 0.041 0.004 0.308 0.105 0.108 0.322 0.111 161 D 0.079 0.007 0.196 0.120 0.123 0.376 0.099 162 C 0.320 0.023 0.046 0.097 0.122 0.064 0.328 163 R 0.615 0.007 0.014 0.052 0.110 0.032 0.171 164 I 0.894 0.004 0.003 0.015 0.017 0.007 0.060 165 I 0.929 0.005 0.001 0.010 0.010 0.003 0.042 166 F 0.917 0.005 0.002 0.011 0.015 0.004 0.047 167 V 0.717 0.005 0.020 0.031 0.034 0.032 0.160 168 D 0.576 0.003 0.038 0.028 0.126 0.048 0.180 169 E 0.692 0.004 0.035 0.026 0.069 0.036 0.139 170 V 0.851 0.010 0.013 0.034 0.011 0.017 0.063 171 F 0.888 0.004 0.008 0.036 0.008 0.018 0.038 172 K 0.900 0.006 0.004 0.038 0.007 0.014 0.032 173 I 0.870 0.005 0.002 0.017 0.010 0.016 0.079 174 E 0.659 0.031 0.003 0.024 0.063 0.035 0.185 175 R 0.261 0.022 0.002 0.005 0.164 0.022 0.523 176 P 0.042 0.006 0.005 0.003 0.232 0.395 0.319 177 G 0.020 0.011 0.005 0.002 0.252 0.311 0.399 178 E 0.016 0.004 0.006 0.004 0.131 0.025 0.815