# TARGET T0429 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.69522 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.160 0.246 0.274 0.109 0.107 0.021 0.024 0.017 0.018 0.023 0.001 2 H 0.124 0.223 0.293 0.131 0.055 0.064 0.051 0.009 0.041 0.006 0.002 3 H 0.144 0.354 0.261 0.110 0.068 0.021 0.009 0.004 0.022 0.005 0.001 4 H 0.119 0.245 0.351 0.101 0.057 0.063 0.022 0.007 0.029 0.005 0.001 5 H 0.118 0.329 0.263 0.127 0.079 0.030 0.014 0.007 0.026 0.006 0.001 6 H 0.117 0.306 0.253 0.129 0.074 0.051 0.018 0.007 0.038 0.006 0.001 7 H 0.132 0.154 0.370 0.127 0.088 0.035 0.034 0.015 0.024 0.021 0.001 8 S 0.346 0.100 0.202 0.183 0.053 0.022 0.030 0.030 0.014 0.019 0.001 9 S 0.290 0.094 0.288 0.235 0.047 0.007 0.015 0.007 0.007 0.010 0.001 10 G 0.092 0.018 0.112 0.065 0.078 0.006 0.072 0.395 0.004 0.158 0.001 11 R 0.135 0.239 0.500 0.028 0.026 0.024 0.007 0.001 0.036 0.003 0.001 12 E 0.257 0.066 0.593 0.035 0.006 0.024 0.005 0.002 0.005 0.003 0.004 13 N 0.159 0.161 0.283 0.124 0.066 0.080 0.073 0.011 0.039 0.003 0.002 14 L 0.320 0.296 0.212 0.100 0.031 0.024 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 15 Y 0.260 0.346 0.167 0.112 0.064 0.018 0.008 0.003 0.017 0.006 0.001 16 F 0.222 0.237 0.231 0.120 0.058 0.052 0.034 0.008 0.031 0.004 0.001 17 Q 0.228 0.265 0.205 0.178 0.051 0.016 0.024 0.003 0.026 0.002 0.001 18 G 0.111 0.036 0.130 0.029 0.182 0.006 0.060 0.221 0.005 0.220 0.001 19 M 0.305 0.260 0.239 0.121 0.038 0.019 0.003 0.001 0.010 0.002 0.002 20 W 0.263 0.247 0.261 0.078 0.045 0.057 0.010 0.003 0.030 0.005 0.001 21 D 0.286 0.193 0.168 0.174 0.046 0.063 0.025 0.004 0.036 0.004 0.001 22 E 0.346 0.127 0.164 0.157 0.049 0.046 0.039 0.007 0.057 0.006 0.002 23 T 0.439 0.099 0.204 0.168 0.041 0.011 0.015 0.008 0.006 0.007 0.002 24 E 0.305 0.088 0.142 0.180 0.048 0.046 0.128 0.027 0.025 0.009 0.001 25 L 0.116 0.303 0.264 0.229 0.057 0.008 0.009 0.003 0.010 0.001 0.001 26 G 0.069 0.070 0.118 0.038 0.252 0.007 0.065 0.132 0.007 0.241 0.001 27 L 0.061 0.509 0.308 0.032 0.055 0.024 0.002 0.001 0.007 0.001 0.002 28 Y 0.027 0.698 0.111 0.021 0.079 0.018 0.005 0.001 0.039 0.001 0.001 29 K 0.014 0.478 0.435 0.004 0.019 0.034 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 30 V 0.068 0.459 0.331 0.011 0.014 0.081 0.003 0.001 0.031 0.001 0.001 31 N 0.366 0.165 0.107 0.221 0.067 0.027 0.020 0.005 0.016 0.005 0.001 32 E 0.078 0.513 0.161 0.022 0.197 0.009 0.007 0.001 0.012 0.001 0.001 33 Y 0.112 0.425 0.314 0.051 0.022 0.037 0.003 0.001 0.031 0.001 0.002 34 V 0.071 0.597 0.163 0.030 0.049 0.044 0.002 0.001 0.043 0.001 0.001 35 D 0.040 0.268 0.257 0.063 0.055 0.188 0.019 0.001 0.104 0.004 0.001 36 A 0.471 0.105 0.144 0.161 0.051 0.028 0.008 0.010 0.014 0.006 0.002 37 R 0.510 0.112 0.115 0.186 0.032 0.016 0.011 0.005 0.008 0.005 0.001 38 D 0.149 0.090 0.192 0.166 0.029 0.176 0.068 0.005 0.121 0.003 0.001 39 T 0.604 0.066 0.104 0.157 0.020 0.017 0.018 0.005 0.006 0.004 0.001 40 N 0.362 0.040 0.067 0.234 0.017 0.046 0.182 0.021 0.027 0.004 0.001 41 M 0.262 0.068 0.106 0.520 0.011 0.007 0.016 0.002 0.007 0.001 0.001 42 G 0.090 0.007 0.028 0.027 0.044 0.001 0.076 0.464 0.001 0.262 0.001 43 A 0.161 0.159 0.497 0.063 0.059 0.033 0.007 0.004 0.007 0.007 0.002 44 W 0.124 0.365 0.364 0.049 0.041 0.028 0.007 0.003 0.015 0.003 0.001 45 F 0.206 0.466 0.143 0.028 0.075 0.024 0.005 0.001 0.048 0.004 0.001 46 E 0.281 0.158 0.458 0.020 0.005 0.064 0.003 0.001 0.008 0.001 0.003 47 A 0.371 0.201 0.199 0.031 0.138 0.012 0.022 0.010 0.011 0.005 0.001 48 Q 0.262 0.324 0.234 0.052 0.045 0.046 0.017 0.001 0.017 0.001 0.001 49 V 0.127 0.387 0.396 0.006 0.007 0.062 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 50 V 0.619 0.061 0.008 0.300 0.004 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 51 R 0.024 0.547 0.163 0.012 0.200 0.013 0.025 0.001 0.013 0.001 0.001 52 V 0.056 0.742 0.124 0.021 0.025 0.013 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 53 T 0.048 0.623 0.145 0.030 0.094 0.028 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 54 R 0.056 0.534 0.261 0.032 0.060 0.025 0.003 0.001 0.024 0.002 0.001 55 K 0.094 0.199 0.460 0.083 0.025 0.073 0.011 0.003 0.048 0.002 0.002 56 A 0.041 0.212 0.538 0.004 0.068 0.016 0.021 0.002 0.085 0.011 0.002 57 P 0.326 0.017 0.525 0.032 0.002 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 58 S 0.207 0.207 0.228 0.177 0.063 0.038 0.021 0.020 0.030 0.009 0.001 59 R 0.212 0.149 0.190 0.237 0.055 0.028 0.073 0.016 0.016 0.023 0.001 60 D 0.162 0.114 0.187 0.327 0.025 0.062 0.065 0.011 0.042 0.003 0.002 61 E 0.015 0.274 0.524 0.002 0.019 0.021 0.009 0.001 0.135 0.001 0.001 62 P 0.078 0.008 0.829 0.004 0.001 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 63 C 0.186 0.234 0.344 0.091 0.035 0.073 0.005 0.004 0.024 0.002 0.001 64 S 0.192 0.272 0.232 0.140 0.065 0.036 0.016 0.007 0.033 0.008 0.001 65 S 0.198 0.171 0.185 0.278 0.058 0.037 0.023 0.011 0.033 0.006 0.001 66 T 0.315 0.111 0.233 0.220 0.049 0.017 0.026 0.011 0.009 0.008 0.001 67 S 0.191 0.076 0.223 0.327 0.035 0.056 0.041 0.024 0.017 0.008 0.002 68 R 0.044 0.271 0.459 0.008 0.035 0.020 0.010 0.001 0.150 0.002 0.001 69 P 0.302 0.008 0.618 0.013 0.001 0.026 0.001 0.001 0.002 0.001 0.028 70 A 0.425 0.113 0.274 0.081 0.035 0.018 0.016 0.012 0.019 0.005 0.001 71 L 0.385 0.097 0.291 0.094 0.040 0.040 0.022 0.009 0.012 0.007 0.002 72 E 0.392 0.176 0.172 0.160 0.032 0.027 0.018 0.005 0.015 0.002 0.001 73 E 0.234 0.247 0.309 0.080 0.079 0.015 0.017 0.003 0.012 0.003 0.001 74 D 0.117 0.139 0.285 0.260 0.040 0.064 0.052 0.006 0.033 0.001 0.003 75 V 0.008 0.629 0.279 0.006 0.042 0.022 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 76 I 0.016 0.808 0.120 0.012 0.017 0.016 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 77 Y 0.002 0.836 0.071 0.003 0.069 0.005 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 78 H 0.003 0.687 0.226 0.001 0.022 0.033 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 79 V 0.004 0.757 0.162 0.001 0.022 0.028 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 80 K 0.011 0.508 0.384 0.003 0.009 0.056 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 81 Y 0.057 0.397 0.347 0.031 0.042 0.067 0.008 0.002 0.044 0.003 0.001 82 D 0.315 0.237 0.176 0.069 0.104 0.028 0.027 0.006 0.021 0.017 0.001 83 D 0.256 0.103 0.119 0.371 0.047 0.045 0.026 0.010 0.014 0.004 0.004 84 Y 0.031 0.217 0.322 0.010 0.063 0.027 0.018 0.001 0.303 0.007 0.001 85 P 0.403 0.008 0.427 0.023 0.002 0.022 0.002 0.001 0.001 0.002 0.110 86 E 0.529 0.080 0.131 0.149 0.023 0.033 0.022 0.010 0.013 0.009 0.001 87 N 0.078 0.057 0.101 0.562 0.047 0.005 0.115 0.023 0.009 0.003 0.001 88 G 0.023 0.011 0.078 0.031 0.099 0.003 0.143 0.452 0.002 0.158 0.001 89 V 0.026 0.543 0.346 0.013 0.043 0.021 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 90 V 0.041 0.728 0.071 0.048 0.047 0.026 0.003 0.001 0.035 0.001 0.001 91 Q 0.005 0.596 0.324 0.004 0.026 0.029 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 92 M 0.012 0.606 0.255 0.012 0.043 0.040 0.002 0.001 0.029 0.001 0.001 93 N 0.003 0.240 0.546 0.003 0.069 0.086 0.003 0.001 0.044 0.005 0.001 94 S 0.804 0.029 0.043 0.085 0.014 0.011 0.005 0.004 0.004 0.001 0.001 95 R 0.847 0.008 0.011 0.130 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 D 0.422 0.029 0.054 0.425 0.011 0.019 0.022 0.002 0.015 0.001 0.001 97 V 0.243 0.277 0.311 0.068 0.018 0.044 0.010 0.001 0.025 0.001 0.001 98 R 0.189 0.216 0.365 0.014 0.019 0.058 0.013 0.001 0.121 0.002 0.001 99 A 0.490 0.020 0.432 0.019 0.005 0.016 0.002 0.002 0.001 0.003 0.010 100 R 0.640 0.095 0.125 0.068 0.027 0.014 0.008 0.005 0.015 0.004 0.001 101 A 0.633 0.064 0.162 0.072 0.027 0.019 0.007 0.005 0.004 0.005 0.001 102 R 0.658 0.060 0.058 0.162 0.026 0.009 0.015 0.006 0.005 0.002 0.001 103 T 0.315 0.306 0.152 0.088 0.096 0.016 0.011 0.003 0.012 0.002 0.001 104 I 0.238 0.378 0.215 0.056 0.018 0.051 0.007 0.001 0.035 0.001 0.001 105 I 0.052 0.576 0.238 0.025 0.023 0.036 0.003 0.001 0.047 0.001 0.001 106 K 0.025 0.251 0.592 0.005 0.022 0.080 0.003 0.001 0.018 0.001 0.001 107 W 0.708 0.065 0.059 0.110 0.020 0.018 0.006 0.003 0.009 0.002 0.001 108 Q 0.619 0.051 0.052 0.226 0.018 0.006 0.015 0.002 0.008 0.002 0.001 109 D 0.121 0.025 0.040 0.661 0.011 0.031 0.089 0.004 0.016 0.001 0.001 110 L 0.013 0.315 0.557 0.036 0.032 0.028 0.004 0.001 0.014 0.001 0.001 111 E 0.006 0.367 0.384 0.006 0.059 0.110 0.007 0.001 0.058 0.002 0.001 112 V 0.238 0.194 0.325 0.157 0.011 0.042 0.009 0.001 0.022 0.001 0.001 113 G 0.097 0.023 0.075 0.077 0.167 0.002 0.023 0.394 0.003 0.140 0.001 114 Q 0.026 0.304 0.501 0.057 0.042 0.039 0.009 0.001 0.020 0.001 0.001 115 V 0.003 0.222 0.724 0.001 0.003 0.037 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 116 V 0.168 0.529 0.158 0.043 0.005 0.057 0.001 0.001 0.038 0.001 0.001 117 M 0.004 0.771 0.142 0.002 0.024 0.019 0.002 0.001 0.036 0.001 0.001 118 L 0.013 0.738 0.143 0.004 0.026 0.040 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 119 N 0.019 0.479 0.207 0.017 0.043 0.136 0.011 0.001 0.085 0.001 0.001 120 Y 0.049 0.465 0.136 0.103 0.129 0.056 0.008 0.002 0.047 0.004 0.001 121 N 0.008 0.087 0.431 0.008 0.083 0.159 0.031 0.001 0.185 0.005 0.002 122 P 0.769 0.006 0.093 0.099 0.002 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.018 123 D 0.344 0.033 0.062 0.482 0.013 0.030 0.013 0.011 0.009 0.002 0.001 124 N 0.018 0.166 0.173 0.017 0.027 0.031 0.051 0.001 0.515 0.001 0.001 125 P 0.408 0.005 0.456 0.030 0.001 0.027 0.006 0.002 0.001 0.002 0.061 126 K 0.482 0.068 0.163 0.217 0.024 0.013 0.009 0.014 0.006 0.003 0.001 127 E 0.184 0.282 0.279 0.101 0.051 0.040 0.028 0.006 0.024 0.003 0.002 128 R 0.091 0.351 0.247 0.184 0.039 0.024 0.020 0.002 0.039 0.001 0.001 129 G 0.044 0.055 0.081 0.023 0.325 0.004 0.053 0.190 0.005 0.222 0.001 130 F 0.048 0.484 0.255 0.034 0.122 0.031 0.004 0.002 0.014 0.003 0.002 131 W 0.069 0.546 0.231 0.032 0.045 0.036 0.006 0.002 0.031 0.002 0.001 132 Y 0.084 0.579 0.133 0.019 0.116 0.029 0.007 0.002 0.025 0.004 0.001 133 D 0.116 0.394 0.215 0.046 0.036 0.105 0.018 0.001 0.065 0.001 0.003 134 A 0.286 0.249 0.191 0.044 0.169 0.017 0.013 0.009 0.010 0.009 0.002 135 E 0.174 0.444 0.233 0.030 0.041 0.047 0.007 0.001 0.022 0.001 0.001 136 I 0.209 0.412 0.243 0.041 0.012 0.048 0.002 0.001 0.033 0.001 0.001 137 S 0.448 0.210 0.122 0.124 0.040 0.025 0.009 0.002 0.017 0.003 0.001 138 R 0.224 0.256 0.236 0.078 0.069 0.034 0.066 0.006 0.026 0.004 0.001 139 K 0.351 0.169 0.268 0.106 0.027 0.029 0.021 0.007 0.017 0.003 0.002 140 R 0.323 0.179 0.177 0.114 0.060 0.024 0.075 0.017 0.021 0.008 0.001 141 E 0.263 0.226 0.245 0.122 0.052 0.038 0.026 0.005 0.018 0.004 0.001 142 T 0.182 0.373 0.214 0.127 0.062 0.021 0.004 0.002 0.013 0.002 0.001 143 R 0.232 0.253 0.210 0.123 0.067 0.037 0.040 0.005 0.028 0.005 0.001 144 T 0.130 0.419 0.258 0.053 0.091 0.020 0.006 0.002 0.015 0.004 0.001 145 A 0.259 0.302 0.185 0.075 0.096 0.025 0.026 0.007 0.018 0.005 0.001 146 R 0.166 0.457 0.207 0.037 0.071 0.021 0.011 0.002 0.027 0.002 0.001 147 E 0.085 0.481 0.319 0.017 0.037 0.035 0.004 0.001 0.019 0.001 0.002 148 L 0.037 0.674 0.183 0.023 0.047 0.023 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 149 Y 0.010 0.760 0.082 0.012 0.116 0.008 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 150 A 0.003 0.733 0.048 0.003 0.201 0.004 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 151 N 0.002 0.764 0.174 0.001 0.029 0.017 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 152 V 0.002 0.874 0.071 0.001 0.025 0.009 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 153 V 0.005 0.636 0.280 0.001 0.006 0.049 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 154 L 0.016 0.551 0.295 0.024 0.017 0.049 0.002 0.001 0.045 0.001 0.001 155 G 0.009 0.044 0.087 0.005 0.349 0.004 0.015 0.033 0.006 0.447 0.001 156 D 0.456 0.054 0.164 0.144 0.066 0.039 0.021 0.009 0.015 0.028 0.005 157 D 0.510 0.020 0.043 0.360 0.018 0.015 0.018 0.006 0.005 0.003 0.001 158 S 0.359 0.187 0.108 0.200 0.069 0.022 0.017 0.009 0.024 0.004 0.001 159 L 0.374 0.151 0.162 0.192 0.012 0.051 0.015 0.004 0.036 0.002 0.001 160 N 0.467 0.135 0.090 0.105 0.041 0.032 0.090 0.007 0.027 0.006 0.001 161 D 0.131 0.026 0.035 0.492 0.013 0.047 0.218 0.010 0.025 0.001 0.001 162 C 0.051 0.254 0.482 0.060 0.095 0.012 0.020 0.013 0.006 0.005 0.001 163 R 0.054 0.574 0.276 0.012 0.020 0.034 0.009 0.001 0.019 0.001 0.001 164 I 0.045 0.431 0.449 0.002 0.005 0.051 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 165 I 0.232 0.573 0.081 0.035 0.030 0.022 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 166 F 0.083 0.419 0.358 0.008 0.041 0.066 0.004 0.001 0.018 0.001 0.001 167 V 0.446 0.319 0.108 0.023 0.023 0.055 0.003 0.001 0.021 0.001 0.001 168 D 0.920 0.019 0.015 0.034 0.003 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 169 E 0.487 0.297 0.046 0.046 0.098 0.011 0.006 0.001 0.007 0.001 0.001 170 V 0.438 0.427 0.059 0.036 0.017 0.011 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 171 F 0.281 0.450 0.107 0.052 0.062 0.012 0.005 0.001 0.027 0.001 0.001 172 K 0.129 0.449 0.262 0.028 0.034 0.047 0.008 0.001 0.040 0.001 0.001 173 I 0.218 0.391 0.264 0.059 0.011 0.037 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 174 E 0.192 0.304 0.307 0.087 0.026 0.042 0.007 0.001 0.032 0.002 0.001 175 R 0.031 0.223 0.565 0.004 0.028 0.030 0.015 0.001 0.102 0.001 0.001 176 P 0.111 0.010 0.810 0.022 0.001 0.019 0.002 0.001 0.002 0.001 0.023 177 G 0.044 0.020 0.084 0.028 0.092 0.004 0.043 0.506 0.003 0.174 0.001 178 E 0.231 0.149 0.375 0.084 0.070 0.020 0.015 0.014 0.011 0.029 0.001