# TARGET T0429 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.69522 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.098 0.210 0.082 0.020 0.202 0.021 0.046 0.133 0.077 0.072 0.038 2 H 0.132 0.145 0.077 0.021 0.196 0.018 0.037 0.107 0.090 0.115 0.062 3 H 0.098 0.194 0.083 0.022 0.199 0.021 0.044 0.139 0.086 0.076 0.037 4 H 0.118 0.163 0.066 0.017 0.219 0.016 0.033 0.148 0.082 0.087 0.050 5 H 0.136 0.139 0.055 0.017 0.214 0.022 0.047 0.142 0.076 0.095 0.058 6 H 0.096 0.170 0.077 0.022 0.199 0.022 0.035 0.119 0.077 0.135 0.047 7 H 0.095 0.188 0.162 0.033 0.156 0.014 0.021 0.149 0.066 0.074 0.042 8 S 0.045 0.070 0.051 0.028 0.067 0.034 0.074 0.345 0.180 0.084 0.023 9 S 0.030 0.199 0.100 0.061 0.085 0.052 0.124 0.193 0.074 0.060 0.020 10 G 0.051 0.038 0.051 0.050 0.037 0.019 0.014 0.060 0.065 0.487 0.130 11 R 0.065 0.287 0.179 0.025 0.190 0.014 0.020 0.113 0.048 0.040 0.019 12 E 0.090 0.192 0.059 0.015 0.170 0.027 0.049 0.209 0.098 0.053 0.037 13 N 0.181 0.117 0.056 0.015 0.239 0.010 0.025 0.127 0.065 0.084 0.081 14 L 0.156 0.106 0.023 0.007 0.209 0.014 0.023 0.210 0.128 0.074 0.049 15 Y 0.123 0.146 0.052 0.024 0.187 0.031 0.057 0.205 0.066 0.065 0.042 16 F 0.177 0.079 0.036 0.023 0.172 0.017 0.029 0.140 0.079 0.167 0.082 17 Q 0.045 0.119 0.068 0.084 0.085 0.080 0.118 0.186 0.113 0.075 0.026 18 G 0.053 0.069 0.076 0.091 0.062 0.037 0.036 0.138 0.121 0.242 0.076 19 M 0.086 0.179 0.071 0.016 0.188 0.016 0.044 0.180 0.107 0.079 0.033 20 W 0.127 0.208 0.054 0.011 0.214 0.013 0.026 0.164 0.073 0.063 0.049 21 D 0.096 0.183 0.113 0.027 0.162 0.024 0.034 0.099 0.083 0.120 0.059 22 E 0.148 0.159 0.074 0.014 0.234 0.008 0.015 0.143 0.084 0.069 0.051 23 T 0.039 0.105 0.051 0.008 0.055 0.019 0.061 0.371 0.228 0.046 0.018 24 E 0.063 0.037 0.016 0.016 0.060 0.024 0.138 0.278 0.114 0.214 0.041 25 L 0.083 0.398 0.151 0.023 0.189 0.009 0.015 0.029 0.019 0.052 0.033 26 G 0.044 0.137 0.226 0.201 0.081 0.064 0.015 0.065 0.029 0.093 0.046 27 L 0.417 0.068 0.012 0.004 0.307 0.006 0.013 0.049 0.029 0.032 0.063 28 Y 0.100 0.305 0.074 0.017 0.393 0.014 0.014 0.049 0.011 0.007 0.016 29 K 0.279 0.177 0.055 0.004 0.414 0.003 0.007 0.024 0.005 0.007 0.026 30 V 0.101 0.082 0.024 0.087 0.136 0.139 0.131 0.178 0.063 0.024 0.035 31 N 0.099 0.068 0.027 0.069 0.107 0.057 0.044 0.125 0.148 0.176 0.079 32 E 0.075 0.311 0.067 0.009 0.340 0.007 0.019 0.085 0.035 0.038 0.015 33 Y 0.223 0.154 0.013 0.001 0.525 0.001 0.006 0.020 0.010 0.020 0.025 34 V 0.204 0.174 0.035 0.007 0.460 0.015 0.016 0.014 0.006 0.009 0.060 35 D 0.399 0.043 0.009 0.001 0.428 0.001 0.001 0.003 0.002 0.009 0.105 36 A 0.188 0.110 0.030 0.003 0.211 0.004 0.008 0.162 0.129 0.107 0.048 37 R 0.023 0.261 0.119 0.029 0.087 0.053 0.099 0.180 0.081 0.056 0.012 38 D 0.220 0.099 0.040 0.007 0.410 0.003 0.013 0.071 0.030 0.042 0.065 39 T 0.021 0.042 0.031 0.004 0.021 0.007 0.040 0.405 0.378 0.035 0.015 40 N 0.036 0.050 0.026 0.010 0.039 0.019 0.094 0.351 0.171 0.179 0.025 41 M 0.023 0.659 0.130 0.016 0.113 0.004 0.006 0.011 0.009 0.018 0.010 42 G 0.049 0.020 0.037 0.128 0.019 0.069 0.014 0.023 0.022 0.275 0.345 43 A 0.147 0.268 0.039 0.007 0.444 0.003 0.004 0.020 0.015 0.024 0.030 44 W 0.277 0.060 0.020 0.006 0.276 0.013 0.027 0.125 0.089 0.053 0.053 45 F 0.166 0.214 0.074 0.016 0.290 0.018 0.018 0.093 0.041 0.030 0.040 46 E 0.314 0.072 0.020 0.014 0.251 0.010 0.034 0.065 0.036 0.074 0.110 47 A 0.180 0.260 0.059 0.008 0.378 0.006 0.007 0.036 0.017 0.019 0.031 48 Q 0.111 0.308 0.033 0.003 0.453 0.002 0.007 0.044 0.014 0.012 0.011 49 V 0.638 0.015 0.003 0.003 0.213 0.005 0.009 0.014 0.008 0.015 0.079 50 V 0.061 0.157 0.034 0.064 0.285 0.158 0.119 0.087 0.021 0.007 0.008 51 R 0.350 0.082 0.011 0.001 0.482 0.001 0.004 0.011 0.004 0.009 0.046 52 V 0.312 0.097 0.014 0.008 0.363 0.015 0.019 0.037 0.019 0.039 0.079 53 T 0.189 0.178 0.058 0.020 0.355 0.014 0.017 0.031 0.024 0.060 0.056 54 R 0.079 0.276 0.133 0.034 0.206 0.022 0.039 0.092 0.048 0.044 0.026 55 K 0.056 0.173 0.123 0.091 0.118 0.056 0.076 0.076 0.065 0.123 0.043 56 A 0.064 0.310 0.283 0.034 0.192 0.015 0.024 0.037 0.016 0.008 0.016 57 P 0.046 0.253 0.101 0.016 0.143 0.021 0.054 0.177 0.108 0.055 0.026 58 S 0.074 0.181 0.112 0.027 0.137 0.022 0.054 0.111 0.108 0.136 0.038 59 R 0.056 0.128 0.091 0.048 0.107 0.052 0.079 0.169 0.114 0.115 0.040 60 D 0.070 0.086 0.081 0.039 0.085 0.025 0.044 0.070 0.099 0.314 0.087 61 E 0.032 0.408 0.342 0.012 0.148 0.004 0.010 0.024 0.009 0.006 0.007 62 P 0.091 0.370 0.118 0.007 0.249 0.010 0.022 0.051 0.028 0.026 0.028 63 C 0.146 0.198 0.068 0.011 0.258 0.017 0.036 0.066 0.060 0.081 0.059 64 S 0.091 0.205 0.108 0.021 0.205 0.024 0.034 0.106 0.073 0.088 0.046 65 S 0.082 0.111 0.064 0.025 0.170 0.017 0.034 0.145 0.147 0.163 0.044 66 T 0.042 0.129 0.065 0.017 0.115 0.018 0.067 0.250 0.165 0.110 0.022 67 S 0.063 0.094 0.074 0.019 0.107 0.013 0.048 0.117 0.119 0.278 0.068 68 R 0.084 0.350 0.145 0.008 0.279 0.004 0.012 0.056 0.023 0.017 0.022 69 P 0.072 0.170 0.059 0.006 0.144 0.008 0.024 0.208 0.204 0.069 0.036 70 A 0.058 0.127 0.070 0.015 0.106 0.025 0.070 0.254 0.168 0.086 0.022 71 L 0.083 0.155 0.054 0.016 0.114 0.011 0.039 0.243 0.146 0.103 0.034 72 E 0.093 0.103 0.056 0.034 0.115 0.026 0.035 0.156 0.169 0.147 0.067 73 E 0.029 0.327 0.077 0.019 0.151 0.035 0.084 0.185 0.069 0.016 0.007 74 D 0.321 0.033 0.007 0.002 0.220 0.004 0.013 0.022 0.031 0.182 0.165 75 V 0.175 0.234 0.012 0.001 0.562 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 76 I 0.342 0.044 0.004 0.004 0.536 0.004 0.008 0.002 0.001 0.006 0.049 77 Y 0.136 0.166 0.020 0.003 0.660 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 78 H 0.188 0.092 0.004 0.001 0.682 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.027 79 V 0.366 0.084 0.016 0.001 0.473 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.051 80 K 0.211 0.137 0.037 0.007 0.395 0.006 0.015 0.006 0.007 0.052 0.128 81 Y 0.207 0.216 0.087 0.022 0.313 0.009 0.009 0.019 0.030 0.034 0.054 82 D 0.064 0.123 0.060 0.040 0.137 0.053 0.065 0.190 0.139 0.103 0.027 83 D 0.044 0.209 0.120 0.048 0.132 0.039 0.064 0.073 0.079 0.160 0.031 84 Y 0.196 0.151 0.093 0.013 0.387 0.006 0.018 0.026 0.014 0.027 0.070 85 P 0.040 0.142 0.139 0.021 0.069 0.018 0.039 0.239 0.202 0.065 0.027 86 E 0.029 0.067 0.040 0.025 0.050 0.064 0.282 0.250 0.102 0.076 0.015 87 N 0.032 0.306 0.228 0.110 0.086 0.023 0.031 0.023 0.022 0.105 0.034 88 G 0.040 0.063 0.128 0.212 0.048 0.069 0.014 0.041 0.029 0.244 0.111 89 V 0.355 0.083 0.015 0.005 0.364 0.007 0.014 0.027 0.026 0.035 0.069 90 V 0.107 0.208 0.049 0.024 0.441 0.038 0.029 0.052 0.018 0.012 0.021 91 Q 0.362 0.095 0.022 0.002 0.384 0.002 0.007 0.012 0.007 0.033 0.073 92 M 0.194 0.220 0.041 0.022 0.327 0.031 0.023 0.035 0.018 0.032 0.056 93 N 0.114 0.275 0.156 0.024 0.216 0.008 0.010 0.027 0.026 0.072 0.071 94 S 0.060 0.047 0.015 0.016 0.081 0.012 0.021 0.257 0.354 0.101 0.035 95 R 0.007 0.054 0.025 0.017 0.026 0.040 0.076 0.368 0.301 0.074 0.009 96 D 0.082 0.057 0.019 0.004 0.082 0.003 0.027 0.185 0.128 0.350 0.061 97 V 0.153 0.261 0.062 0.003 0.202 0.002 0.005 0.121 0.058 0.083 0.049 98 R 0.017 0.381 0.161 0.012 0.133 0.008 0.011 0.206 0.051 0.014 0.005 99 A 0.032 0.019 0.005 0.001 0.037 0.003 0.015 0.715 0.148 0.012 0.012 100 R 0.009 0.031 0.021 0.010 0.019 0.007 0.032 0.697 0.103 0.069 0.005 101 A 0.025 0.023 0.005 0.002 0.036 0.003 0.009 0.649 0.139 0.098 0.011 102 R 0.013 0.043 0.006 0.002 0.051 0.006 0.018 0.703 0.140 0.012 0.005 103 T 0.028 0.037 0.013 0.004 0.067 0.010 0.069 0.615 0.099 0.043 0.014 104 I 0.032 0.025 0.009 0.007 0.039 0.015 0.083 0.446 0.163 0.165 0.017 105 I 0.087 0.210 0.039 0.013 0.173 0.015 0.033 0.250 0.099 0.052 0.028 106 K 0.033 0.337 0.160 0.015 0.083 0.006 0.017 0.138 0.080 0.105 0.027 107 W 0.016 0.024 0.009 0.008 0.024 0.011 0.043 0.417 0.401 0.035 0.013 108 Q 0.004 0.040 0.019 0.015 0.014 0.026 0.087 0.377 0.356 0.053 0.007 109 D 0.044 0.012 0.002 0.001 0.034 0.001 0.010 0.063 0.157 0.635 0.041 110 L 0.241 0.200 0.031 0.001 0.363 0.001 0.004 0.035 0.043 0.033 0.048 111 E 0.148 0.148 0.228 0.023 0.218 0.016 0.021 0.026 0.033 0.073 0.065 112 V 0.113 0.122 0.047 0.079 0.127 0.048 0.155 0.099 0.075 0.062 0.073 113 G 0.023 0.026 0.025 0.094 0.022 0.071 0.032 0.046 0.108 0.482 0.071 114 Q 0.060 0.345 0.102 0.013 0.383 0.007 0.014 0.020 0.020 0.029 0.007 115 V 0.332 0.040 0.003 0.001 0.611 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 116 V 0.162 0.062 0.006 0.004 0.744 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.012 117 M 0.405 0.032 0.003 0.001 0.495 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.058 118 L 0.166 0.222 0.045 0.020 0.422 0.018 0.010 0.008 0.004 0.030 0.057 119 N 0.268 0.137 0.026 0.003 0.452 0.002 0.005 0.005 0.004 0.031 0.067 120 Y 0.057 0.185 0.123 0.059 0.166 0.064 0.070 0.057 0.075 0.093 0.051 121 N 0.237 0.106 0.066 0.008 0.503 0.004 0.008 0.008 0.009 0.011 0.041 122 P 0.030 0.034 0.011 0.003 0.061 0.006 0.021 0.292 0.434 0.093 0.014 123 D 0.011 0.030 0.036 0.026 0.023 0.055 0.271 0.162 0.158 0.215 0.014 124 N 0.263 0.119 0.066 0.011 0.336 0.004 0.013 0.030 0.025 0.034 0.099 125 P 0.051 0.075 0.016 0.003 0.098 0.005 0.012 0.257 0.387 0.062 0.035 126 K 0.038 0.041 0.016 0.005 0.043 0.026 0.119 0.289 0.321 0.080 0.020 127 E 0.106 0.052 0.016 0.015 0.102 0.029 0.113 0.229 0.132 0.168 0.039 128 R 0.091 0.184 0.090 0.080 0.132 0.033 0.066 0.070 0.061 0.133 0.060 129 G 0.033 0.061 0.096 0.333 0.034 0.119 0.014 0.033 0.036 0.182 0.058 130 F 0.145 0.233 0.032 0.004 0.500 0.002 0.005 0.026 0.016 0.013 0.023 131 W 0.330 0.070 0.016 0.004 0.356 0.012 0.024 0.067 0.030 0.023 0.068 132 Y 0.111 0.257 0.102 0.028 0.327 0.013 0.025 0.064 0.022 0.027 0.025 133 D 0.368 0.105 0.040 0.008 0.340 0.004 0.007 0.047 0.012 0.019 0.050 134 A 0.139 0.149 0.025 0.007 0.268 0.015 0.013 0.217 0.109 0.032 0.026 135 E 0.237 0.114 0.019 0.003 0.370 0.005 0.020 0.141 0.026 0.020 0.045 136 I 0.231 0.071 0.018 0.014 0.187 0.020 0.037 0.234 0.058 0.073 0.057 137 S 0.094 0.207 0.070 0.031 0.212 0.040 0.061 0.164 0.049 0.046 0.027 138 R 0.087 0.170 0.096 0.027 0.140 0.020 0.025 0.217 0.093 0.085 0.041 139 K 0.048 0.155 0.074 0.039 0.119 0.056 0.085 0.266 0.089 0.046 0.023 140 R 0.090 0.122 0.048 0.032 0.131 0.022 0.046 0.233 0.113 0.105 0.058 141 E 0.114 0.113 0.036 0.013 0.154 0.021 0.051 0.207 0.089 0.124 0.078 142 T 0.109 0.227 0.065 0.018 0.232 0.015 0.027 0.147 0.054 0.065 0.039 143 R 0.141 0.171 0.070 0.016 0.234 0.019 0.032 0.167 0.055 0.052 0.043 144 T 0.088 0.271 0.115 0.016 0.190 0.010 0.030 0.189 0.044 0.032 0.018 145 A 0.205 0.050 0.014 0.011 0.160 0.016 0.031 0.274 0.101 0.066 0.072 146 R 0.062 0.210 0.032 0.026 0.238 0.032 0.057 0.241 0.066 0.025 0.011 147 E 0.399 0.044 0.005 0.003 0.383 0.004 0.021 0.064 0.014 0.024 0.038 148 L 0.177 0.138 0.016 0.006 0.631 0.006 0.006 0.006 0.002 0.004 0.009 149 Y 0.474 0.027 0.002 0.002 0.395 0.003 0.005 0.003 0.001 0.011 0.077 150 A 0.259 0.102 0.013 0.003 0.594 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.021 151 N 0.340 0.035 0.003 0.001 0.540 0.004 0.014 0.004 0.003 0.010 0.045 152 V 0.294 0.098 0.006 0.001 0.564 0.002 0.002 0.002 0.001 0.003 0.028 153 V 0.334 0.072 0.013 0.002 0.481 0.001 0.002 0.002 0.001 0.014 0.079 154 L 0.073 0.037 0.022 0.233 0.060 0.256 0.115 0.045 0.030 0.083 0.047 155 G 0.013 0.054 0.129 0.589 0.035 0.096 0.014 0.009 0.013 0.037 0.011 156 D 0.036 0.032 0.034 0.112 0.057 0.053 0.057 0.096 0.166 0.293 0.064 157 D 0.029 0.070 0.078 0.032 0.063 0.035 0.082 0.154 0.237 0.191 0.030 158 S 0.073 0.125 0.041 0.014 0.106 0.017 0.059 0.171 0.163 0.179 0.053 159 L 0.201 0.062 0.025 0.021 0.138 0.022 0.021 0.078 0.114 0.153 0.166 160 N 0.003 0.029 0.025 0.078 0.014 0.274 0.253 0.212 0.087 0.019 0.005 161 D 0.142 0.023 0.010 0.003 0.074 0.002 0.008 0.047 0.081 0.448 0.162 162 C 0.255 0.201 0.028 0.002 0.432 0.001 0.002 0.013 0.010 0.021 0.036 163 R 0.126 0.170 0.014 0.004 0.575 0.005 0.012 0.036 0.017 0.016 0.025 164 I 0.509 0.039 0.005 0.001 0.365 0.002 0.004 0.007 0.003 0.005 0.060 165 I 0.108 0.204 0.072 0.025 0.441 0.018 0.032 0.057 0.014 0.011 0.019 166 F 0.265 0.235 0.033 0.002 0.369 0.001 0.003 0.038 0.006 0.010 0.037 167 V 0.240 0.083 0.013 0.007 0.268 0.010 0.013 0.130 0.105 0.055 0.078 168 D 0.040 0.019 0.006 0.025 0.046 0.113 0.168 0.435 0.099 0.032 0.015 169 E 0.198 0.106 0.031 0.012 0.326 0.008 0.020 0.156 0.043 0.070 0.032 170 V 0.399 0.036 0.004 0.007 0.291 0.015 0.022 0.101 0.034 0.040 0.053 171 F 0.166 0.171 0.022 0.011 0.475 0.013 0.010 0.052 0.019 0.021 0.040 172 K 0.180 0.179 0.026 0.001 0.504 0.002 0.007 0.026 0.008 0.023 0.044 173 I 0.384 0.075 0.019 0.005 0.318 0.009 0.027 0.030 0.017 0.038 0.079 174 E 0.055 0.238 0.159 0.074 0.177 0.073 0.099 0.068 0.028 0.015 0.014 175 R 0.066 0.269 0.383 0.038 0.161 0.010 0.009 0.022 0.010 0.014 0.019 176 P 0.014 0.080 0.043 0.105 0.029 0.169 0.245 0.172 0.097 0.034 0.012 177 G 0.013 0.060 0.120 0.282 0.026 0.081 0.019 0.037 0.071 0.255 0.036 178 E 0.081 0.210 0.071 0.023 0.204 0.027 0.074 0.119 0.083 0.073 0.035