# TARGET T0429 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.69522 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.830 0.126 0.031 0.010 0.002 0.001 0.001 2 H 0.798 0.145 0.041 0.013 0.003 0.001 0.001 3 H 0.801 0.142 0.041 0.013 0.002 0.001 0.001 4 H 0.752 0.159 0.055 0.026 0.008 0.001 0.001 5 H 0.733 0.166 0.067 0.026 0.007 0.001 0.001 6 H 0.629 0.232 0.094 0.035 0.008 0.001 0.001 7 H 0.668 0.211 0.079 0.033 0.008 0.001 0.001 8 S 0.734 0.172 0.058 0.027 0.009 0.001 0.001 9 S 0.710 0.193 0.068 0.024 0.005 0.001 0.001 10 G 0.658 0.213 0.083 0.037 0.008 0.001 0.001 11 R 0.613 0.244 0.097 0.038 0.008 0.001 0.001 12 E 0.668 0.218 0.076 0.030 0.007 0.001 0.001 13 N 0.603 0.227 0.103 0.050 0.014 0.002 0.001 14 L 0.296 0.251 0.212 0.160 0.066 0.013 0.001 15 Y 0.356 0.295 0.184 0.109 0.043 0.012 0.001 16 F 0.347 0.252 0.188 0.133 0.062 0.017 0.001 17 Q 0.352 0.278 0.196 0.115 0.046 0.011 0.001 18 G 0.419 0.255 0.155 0.106 0.049 0.015 0.002 19 M 0.207 0.234 0.225 0.189 0.106 0.035 0.003 20 W 0.204 0.213 0.221 0.211 0.117 0.032 0.002 21 D 0.436 0.286 0.158 0.087 0.028 0.005 0.001 22 E 0.621 0.231 0.095 0.040 0.012 0.002 0.001 23 T 0.609 0.226 0.101 0.049 0.013 0.002 0.001 24 E 0.573 0.282 0.100 0.035 0.009 0.002 0.001 25 L 0.129 0.174 0.234 0.252 0.164 0.044 0.003 26 G 0.137 0.196 0.238 0.227 0.136 0.058 0.007 27 L 0.047 0.071 0.094 0.161 0.260 0.303 0.065 28 Y 0.036 0.069 0.109 0.214 0.280 0.227 0.065 29 K 0.040 0.124 0.216 0.274 0.209 0.112 0.025 30 V 0.046 0.103 0.167 0.246 0.253 0.153 0.032 31 N 0.143 0.227 0.242 0.203 0.119 0.054 0.012 32 E 0.148 0.253 0.218 0.168 0.122 0.075 0.017 33 Y 0.057 0.135 0.221 0.270 0.196 0.100 0.020 34 V 0.045 0.061 0.090 0.187 0.279 0.277 0.062 35 D 0.116 0.206 0.207 0.194 0.132 0.106 0.040 36 A 0.096 0.111 0.133 0.216 0.241 0.167 0.037 37 R 0.230 0.274 0.238 0.155 0.070 0.026 0.007 38 D 0.392 0.256 0.148 0.103 0.062 0.030 0.008 39 T 0.430 0.266 0.156 0.093 0.040 0.012 0.002 40 N 0.524 0.271 0.108 0.059 0.025 0.010 0.003 41 M 0.135 0.156 0.209 0.236 0.166 0.080 0.017 42 G 0.115 0.112 0.161 0.210 0.209 0.155 0.037 43 A 0.046 0.059 0.057 0.076 0.146 0.357 0.259 44 W 0.023 0.041 0.054 0.111 0.211 0.321 0.239 45 F 0.012 0.022 0.039 0.091 0.175 0.332 0.329 46 E 0.009 0.048 0.100 0.198 0.231 0.270 0.145 47 A 0.012 0.035 0.073 0.140 0.225 0.326 0.189 48 Q 0.008 0.046 0.132 0.252 0.284 0.211 0.067 49 V 0.014 0.030 0.055 0.127 0.263 0.401 0.110 50 V 0.048 0.141 0.214 0.270 0.209 0.101 0.017 51 R 0.044 0.244 0.329 0.243 0.105 0.031 0.003 52 V 0.006 0.012 0.041 0.189 0.443 0.284 0.026 53 T 0.030 0.153 0.288 0.318 0.171 0.039 0.002 54 R 0.160 0.343 0.283 0.159 0.048 0.006 0.001 55 K 0.552 0.284 0.114 0.041 0.008 0.001 0.001 56 A 0.674 0.209 0.078 0.030 0.008 0.001 0.001 57 P 0.789 0.157 0.039 0.012 0.002 0.001 0.001 58 S 0.804 0.136 0.040 0.016 0.004 0.001 0.001 59 R 0.778 0.162 0.045 0.012 0.002 0.001 0.001 60 D 0.716 0.196 0.062 0.021 0.004 0.001 0.001 61 E 0.459 0.285 0.159 0.075 0.019 0.002 0.001 62 P 0.317 0.308 0.219 0.117 0.034 0.004 0.001 63 C 0.207 0.208 0.255 0.232 0.089 0.009 0.001 64 S 0.682 0.206 0.076 0.028 0.007 0.001 0.001 65 S 0.727 0.163 0.064 0.034 0.010 0.001 0.001 66 T 0.709 0.176 0.069 0.034 0.010 0.002 0.001 67 S 0.719 0.182 0.060 0.029 0.008 0.002 0.001 68 R 0.517 0.273 0.127 0.061 0.018 0.003 0.001 69 P 0.613 0.238 0.088 0.044 0.015 0.003 0.001 70 A 0.484 0.273 0.134 0.075 0.028 0.005 0.001 71 L 0.214 0.265 0.276 0.184 0.054 0.006 0.001 72 E 0.399 0.379 0.158 0.054 0.010 0.001 0.001 73 E 0.470 0.314 0.148 0.055 0.012 0.001 0.001 74 D 0.151 0.367 0.294 0.142 0.039 0.007 0.001 75 V 0.008 0.022 0.072 0.245 0.394 0.247 0.014 76 I 0.010 0.087 0.212 0.287 0.244 0.140 0.019 77 Y 0.004 0.014 0.035 0.108 0.269 0.464 0.106 78 H 0.009 0.065 0.166 0.282 0.274 0.170 0.035 79 V 0.005 0.014 0.037 0.121 0.327 0.436 0.060 80 K 0.036 0.221 0.338 0.264 0.103 0.034 0.004 81 Y 0.031 0.077 0.149 0.282 0.327 0.127 0.008 82 D 0.261 0.336 0.254 0.113 0.032 0.005 0.001 83 D 0.548 0.305 0.096 0.038 0.011 0.003 0.001 84 Y 0.286 0.267 0.237 0.151 0.049 0.011 0.001 85 P 0.401 0.251 0.170 0.121 0.047 0.009 0.001 86 E 0.458 0.276 0.158 0.076 0.026 0.005 0.001 87 N 0.562 0.264 0.115 0.042 0.013 0.003 0.001 88 G 0.171 0.240 0.262 0.202 0.097 0.026 0.001 89 V 0.111 0.121 0.175 0.259 0.235 0.092 0.006 90 V 0.133 0.213 0.222 0.237 0.148 0.045 0.002 91 Q 0.277 0.340 0.226 0.115 0.035 0.006 0.001 92 M 0.075 0.089 0.166 0.335 0.266 0.066 0.003 93 N 0.473 0.355 0.127 0.035 0.008 0.001 0.001 94 S 0.265 0.295 0.235 0.145 0.050 0.009 0.001 95 R 0.462 0.309 0.147 0.061 0.017 0.004 0.001 96 D 0.142 0.269 0.269 0.194 0.092 0.031 0.002 97 V 0.037 0.042 0.073 0.218 0.346 0.263 0.021 98 R 0.080 0.196 0.255 0.239 0.147 0.072 0.010 99 A 0.277 0.281 0.193 0.143 0.071 0.032 0.003 100 R 0.248 0.224 0.233 0.169 0.084 0.038 0.005 101 A 0.178 0.094 0.117 0.207 0.230 0.159 0.016 102 R 0.261 0.198 0.188 0.182 0.117 0.049 0.006 103 T 0.411 0.311 0.141 0.083 0.039 0.014 0.001 104 I 0.181 0.192 0.253 0.224 0.109 0.038 0.003 105 I 0.137 0.092 0.112 0.183 0.279 0.184 0.013 106 K 0.389 0.311 0.171 0.084 0.032 0.010 0.001 107 W 0.358 0.267 0.182 0.128 0.054 0.010 0.001 108 Q 0.394 0.292 0.182 0.096 0.029 0.006 0.001 109 D 0.236 0.350 0.207 0.144 0.050 0.013 0.001 110 L 0.043 0.046 0.097 0.246 0.386 0.168 0.014 111 E 0.243 0.376 0.229 0.112 0.032 0.007 0.001 112 V 0.089 0.144 0.199 0.286 0.200 0.074 0.009 113 G 0.106 0.212 0.256 0.240 0.128 0.051 0.008 114 Q 0.066 0.154 0.220 0.268 0.192 0.085 0.014 115 V 0.020 0.037 0.096 0.214 0.310 0.272 0.051 116 V 0.011 0.018 0.031 0.077 0.209 0.496 0.158 117 M 0.011 0.021 0.033 0.073 0.170 0.417 0.274 118 L 0.005 0.010 0.017 0.051 0.163 0.450 0.304 119 N 0.007 0.028 0.066 0.156 0.282 0.336 0.126 120 Y 0.013 0.048 0.109 0.230 0.319 0.238 0.043 121 N 0.062 0.199 0.252 0.238 0.163 0.073 0.013 122 P 0.081 0.147 0.197 0.244 0.221 0.095 0.015 123 D 0.302 0.265 0.195 0.126 0.069 0.035 0.009 124 N 0.339 0.304 0.177 0.113 0.047 0.017 0.003 125 P 0.189 0.155 0.170 0.225 0.166 0.082 0.013 126 K 0.391 0.294 0.163 0.090 0.044 0.015 0.003 127 E 0.308 0.320 0.207 0.106 0.040 0.014 0.004 128 R 0.180 0.222 0.218 0.197 0.118 0.054 0.012 129 G 0.146 0.137 0.154 0.184 0.188 0.152 0.039 130 F 0.121 0.121 0.136 0.176 0.184 0.201 0.061 131 W 0.083 0.088 0.094 0.150 0.218 0.260 0.107 132 Y 0.054 0.063 0.099 0.181 0.221 0.257 0.125 133 D 0.044 0.052 0.071 0.118 0.202 0.347 0.166 134 A 0.079 0.074 0.094 0.140 0.233 0.276 0.106 135 E 0.047 0.107 0.191 0.275 0.240 0.121 0.019 136 I 0.039 0.057 0.105 0.207 0.332 0.226 0.034 137 S 0.176 0.227 0.242 0.217 0.109 0.026 0.002 138 R 0.265 0.388 0.214 0.096 0.030 0.006 0.001 139 K 0.495 0.250 0.146 0.078 0.026 0.005 0.001 140 R 0.701 0.184 0.063 0.034 0.014 0.004 0.001 141 E 0.543 0.272 0.117 0.050 0.014 0.003 0.001 142 T 0.596 0.231 0.092 0.054 0.022 0.005 0.001 143 R 0.518 0.251 0.143 0.062 0.022 0.003 0.001 144 T 0.680 0.233 0.064 0.019 0.004 0.001 0.001 145 A 0.369 0.283 0.180 0.115 0.043 0.009 0.001 146 R 0.184 0.245 0.256 0.194 0.096 0.022 0.002 147 E 0.182 0.345 0.239 0.153 0.060 0.018 0.003 148 L 0.026 0.068 0.128 0.257 0.314 0.179 0.029 149 Y 0.025 0.154 0.285 0.299 0.152 0.071 0.014 150 A 0.018 0.031 0.058 0.156 0.314 0.359 0.063 151 N 0.017 0.089 0.259 0.341 0.208 0.076 0.011 152 V 0.029 0.035 0.047 0.109 0.281 0.429 0.070 153 V 0.027 0.117 0.200 0.282 0.245 0.114 0.015 154 L 0.058 0.085 0.134 0.264 0.299 0.146 0.013 155 G 0.160 0.278 0.276 0.188 0.077 0.019 0.002 156 D 0.354 0.359 0.193 0.076 0.016 0.002 0.001 157 D 0.545 0.308 0.108 0.031 0.006 0.001 0.001 158 S 0.360 0.363 0.175 0.076 0.022 0.004 0.001 159 L 0.108 0.094 0.172 0.310 0.250 0.062 0.003 160 N 0.400 0.377 0.162 0.049 0.010 0.002 0.001 161 D 0.309 0.370 0.209 0.083 0.023 0.005 0.001 162 C 0.069 0.083 0.152 0.322 0.278 0.092 0.004 163 R 0.098 0.288 0.296 0.188 0.095 0.032 0.003 164 I 0.036 0.069 0.140 0.279 0.289 0.172 0.016 165 I 0.042 0.110 0.220 0.291 0.218 0.110 0.010 166 F 0.044 0.042 0.059 0.115 0.266 0.396 0.077 167 V 0.068 0.112 0.201 0.295 0.194 0.114 0.016 168 D 0.222 0.366 0.223 0.115 0.048 0.020 0.004 169 E 0.109 0.125 0.202 0.276 0.195 0.081 0.012 170 V 0.070 0.083 0.097 0.188 0.281 0.254 0.026 171 F 0.149 0.176 0.189 0.229 0.179 0.073 0.006 172 K 0.244 0.343 0.229 0.130 0.044 0.010 0.001 173 I 0.134 0.118 0.149 0.256 0.242 0.096 0.005 174 E 0.161 0.234 0.255 0.236 0.098 0.016 0.001 175 R 0.526 0.305 0.117 0.040 0.010 0.002 0.001 176 P 0.755 0.172 0.052 0.017 0.003 0.001 0.001 177 G 0.867 0.101 0.024 0.007 0.002 0.001 0.001 178 E 0.846 0.113 0.030 0.009 0.002 0.001 0.001