# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.11429 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.053 0.023 0.004 0.039 0.054 0.070 0.124 0.005 0.001 0.052 0.575 2 H 0.082 0.036 0.004 0.031 0.037 0.057 0.103 0.006 0.001 0.051 0.593 3 H 0.100 0.029 0.002 0.024 0.037 0.050 0.111 0.006 0.001 0.054 0.588 4 H 0.055 0.019 0.002 0.020 0.029 0.047 0.119 0.004 0.001 0.046 0.658 5 H 0.033 0.007 0.003 0.035 0.047 0.069 0.135 0.002 0.001 0.081 0.586 6 H 0.035 0.009 0.006 0.045 0.041 0.053 0.124 0.003 0.002 0.058 0.624 7 H 0.255 0.020 0.002 0.018 0.021 0.026 0.086 0.008 0.001 0.030 0.534 8 S 0.254 0.012 0.002 0.010 0.009 0.013 0.086 0.004 0.001 0.034 0.575 9 S 0.010 0.008 0.001 0.015 0.011 0.020 0.139 0.001 0.001 0.025 0.771 10 G 0.050 0.038 0.002 0.023 0.015 0.029 0.113 0.003 0.001 0.032 0.695 11 R 0.185 0.066 0.002 0.015 0.034 0.030 0.117 0.006 0.001 0.052 0.493 12 E 0.042 0.101 0.002 0.015 0.021 0.041 0.100 0.006 0.001 0.035 0.637 13 N 0.102 0.090 0.003 0.025 0.025 0.061 0.082 0.006 0.001 0.068 0.536 14 L 0.098 0.047 0.007 0.045 0.056 0.082 0.107 0.006 0.002 0.072 0.477 15 Y 0.103 0.054 0.005 0.026 0.057 0.082 0.086 0.007 0.002 0.049 0.530 16 F 0.217 0.065 0.003 0.017 0.033 0.047 0.074 0.008 0.001 0.040 0.493 17 Q 0.053 0.047 0.002 0.018 0.030 0.050 0.111 0.003 0.001 0.042 0.643 18 G 0.053 0.054 0.002 0.019 0.028 0.061 0.099 0.006 0.001 0.036 0.641 19 M 0.069 0.021 0.003 0.030 0.053 0.067 0.134 0.004 0.001 0.139 0.478 20 W 0.034 0.025 0.004 0.041 0.047 0.060 0.117 0.003 0.001 0.067 0.599 21 D 0.087 0.064 0.003 0.031 0.036 0.048 0.102 0.005 0.001 0.044 0.580 22 E 0.139 0.056 0.009 0.031 0.017 0.029 0.096 0.012 0.003 0.100 0.508 23 T 0.150 0.155 0.004 0.023 0.025 0.033 0.094 0.006 0.001 0.050 0.459 24 E 0.073 0.227 0.003 0.032 0.021 0.049 0.075 0.006 0.001 0.041 0.471 25 L 0.024 0.097 0.003 0.031 0.048 0.084 0.117 0.003 0.001 0.083 0.508 26 G 0.055 0.170 0.002 0.102 0.091 0.216 0.064 0.008 0.001 0.064 0.227 27 L 0.026 0.036 0.004 0.060 0.093 0.156 0.079 0.002 0.001 0.138 0.406 28 Y 0.008 0.023 0.004 0.140 0.241 0.205 0.075 0.001 0.001 0.046 0.255 29 K 0.153 0.101 0.006 0.048 0.089 0.162 0.049 0.009 0.002 0.083 0.298 30 V 0.292 0.078 0.004 0.049 0.035 0.038 0.084 0.017 0.002 0.052 0.348 31 N 0.104 0.065 0.008 0.023 0.034 0.050 0.104 0.007 0.001 0.077 0.527 32 E 0.044 0.037 0.001 0.058 0.032 0.085 0.126 0.004 0.001 0.048 0.564 33 Y 0.025 0.027 0.003 0.054 0.024 0.032 0.124 0.002 0.001 0.106 0.600 34 V 0.017 0.050 0.003 0.044 0.072 0.077 0.138 0.008 0.001 0.046 0.544 35 D 0.243 0.055 0.004 0.029 0.013 0.024 0.074 0.011 0.002 0.249 0.295 36 A 0.094 0.039 0.009 0.028 0.017 0.019 0.127 0.007 0.004 0.099 0.556 37 R 0.117 0.116 0.005 0.030 0.008 0.018 0.122 0.012 0.002 0.052 0.519 38 D 0.294 0.052 0.018 0.025 0.005 0.010 0.084 0.027 0.008 0.118 0.359 39 T 0.113 0.123 0.006 0.027 0.009 0.011 0.134 0.005 0.001 0.033 0.537 40 N 0.058 0.288 0.003 0.016 0.010 0.022 0.061 0.007 0.001 0.026 0.509 41 M 0.040 0.381 0.003 0.016 0.015 0.031 0.104 0.005 0.001 0.034 0.371 42 G 0.041 0.525 0.004 0.021 0.027 0.056 0.055 0.004 0.001 0.056 0.210 43 A 0.038 0.437 0.004 0.028 0.069 0.143 0.045 0.005 0.001 0.046 0.185 44 W 0.056 0.294 0.004 0.042 0.073 0.212 0.054 0.006 0.002 0.108 0.149 45 F 0.040 0.193 0.006 0.048 0.157 0.289 0.039 0.004 0.001 0.060 0.161 46 E 0.017 0.130 0.004 0.075 0.147 0.415 0.030 0.002 0.001 0.055 0.125 47 A 0.022 0.070 0.005 0.089 0.209 0.331 0.037 0.004 0.001 0.054 0.178 48 Q 0.017 0.031 0.002 0.087 0.336 0.386 0.025 0.002 0.001 0.033 0.082 49 V 0.015 0.014 0.004 0.075 0.242 0.299 0.041 0.002 0.001 0.088 0.219 50 V 0.006 0.009 0.001 0.116 0.422 0.249 0.037 0.001 0.001 0.034 0.125 51 R 0.040 0.029 0.004 0.098 0.178 0.219 0.052 0.005 0.001 0.047 0.327 52 V 0.038 0.008 0.002 0.058 0.163 0.163 0.095 0.006 0.001 0.044 0.422 53 T 0.070 0.007 0.003 0.046 0.082 0.113 0.085 0.003 0.001 0.070 0.520 54 R 0.009 0.002 0.001 0.022 0.068 0.083 0.119 0.001 0.001 0.037 0.658 55 K 0.035 0.009 0.002 0.016 0.020 0.023 0.108 0.002 0.001 0.034 0.751 56 A 0.312 0.017 0.005 0.011 0.019 0.016 0.081 0.012 0.002 0.046 0.479 57 P 0.139 0.012 0.002 0.010 0.007 0.012 0.100 0.008 0.002 0.033 0.674 58 S 0.120 0.004 0.002 0.010 0.009 0.016 0.081 0.002 0.001 0.029 0.725 59 R 0.017 0.004 0.001 0.016 0.016 0.025 0.119 0.001 0.001 0.018 0.784 60 D 0.039 0.005 0.001 0.007 0.009 0.015 0.103 0.002 0.001 0.031 0.787 61 E 0.064 0.005 0.001 0.014 0.033 0.039 0.159 0.002 0.001 0.058 0.625 62 P 0.028 0.005 0.001 0.019 0.012 0.020 0.131 0.001 0.001 0.053 0.730 63 C 0.039 0.004 0.002 0.035 0.034 0.044 0.141 0.002 0.001 0.050 0.648 64 S 0.114 0.009 0.001 0.034 0.018 0.028 0.106 0.005 0.001 0.036 0.648 65 S 0.114 0.006 0.001 0.016 0.013 0.017 0.100 0.002 0.001 0.034 0.695 66 T 0.013 0.008 0.001 0.019 0.020 0.033 0.139 0.001 0.001 0.021 0.747 67 S 0.029 0.026 0.001 0.014 0.013 0.024 0.107 0.002 0.001 0.021 0.764 68 R 0.115 0.029 0.001 0.014 0.030 0.041 0.135 0.004 0.001 0.051 0.579 69 P 0.043 0.035 0.002 0.016 0.020 0.037 0.131 0.002 0.001 0.051 0.661 70 A 0.072 0.035 0.005 0.022 0.024 0.050 0.104 0.004 0.001 0.071 0.611 71 L 0.272 0.083 0.002 0.016 0.024 0.043 0.089 0.005 0.001 0.038 0.426 72 E 0.148 0.076 0.002 0.010 0.019 0.037 0.083 0.005 0.001 0.050 0.569 73 E 0.019 0.036 0.004 0.025 0.070 0.167 0.115 0.002 0.001 0.081 0.482 74 D 0.016 0.024 0.004 0.060 0.091 0.274 0.083 0.002 0.001 0.140 0.305 75 V 0.006 0.009 0.001 0.126 0.317 0.338 0.040 0.001 0.001 0.043 0.118 76 I 0.003 0.005 0.001 0.101 0.187 0.468 0.030 0.001 0.001 0.039 0.166 77 Y 0.002 0.002 0.001 0.128 0.305 0.433 0.024 0.001 0.001 0.015 0.091 78 H 0.004 0.002 0.001 0.217 0.260 0.373 0.019 0.001 0.001 0.034 0.090 79 V 0.001 0.001 0.001 0.135 0.460 0.260 0.029 0.001 0.001 0.016 0.099 80 K 0.050 0.006 0.002 0.150 0.230 0.235 0.042 0.004 0.001 0.035 0.245 81 Y 0.458 0.003 0.001 0.041 0.051 0.044 0.055 0.004 0.001 0.073 0.270 82 D 0.012 0.002 0.001 0.020 0.017 0.030 0.124 0.001 0.001 0.017 0.775 83 D 0.012 0.002 0.002 0.017 0.014 0.028 0.100 0.001 0.001 0.026 0.797 84 Y 0.185 0.008 0.014 0.031 0.046 0.032 0.102 0.010 0.002 0.105 0.466 85 P 0.534 0.028 0.001 0.005 0.010 0.010 0.063 0.011 0.001 0.026 0.311 86 E 0.088 0.022 0.002 0.007 0.018 0.033 0.071 0.003 0.001 0.040 0.716 87 N 0.009 0.026 0.002 0.021 0.032 0.065 0.104 0.001 0.001 0.038 0.703 88 G 0.031 0.034 0.002 0.052 0.145 0.307 0.076 0.003 0.001 0.073 0.277 89 V 0.013 0.008 0.001 0.032 0.201 0.240 0.087 0.002 0.001 0.089 0.326 90 V 0.009 0.008 0.001 0.061 0.272 0.331 0.046 0.001 0.001 0.043 0.228 91 Q 0.015 0.007 0.001 0.049 0.160 0.303 0.061 0.001 0.001 0.060 0.341 92 M 0.021 0.005 0.002 0.085 0.143 0.138 0.106 0.002 0.001 0.065 0.431 93 N 0.124 0.029 0.003 0.062 0.091 0.096 0.085 0.006 0.001 0.050 0.454 94 S 0.093 0.033 0.001 0.024 0.021 0.028 0.088 0.004 0.001 0.038 0.668 95 R 0.028 0.040 0.001 0.021 0.039 0.045 0.120 0.002 0.001 0.035 0.669 96 D 0.008 0.088 0.001 0.043 0.033 0.092 0.119 0.001 0.001 0.072 0.542 97 V 0.013 0.335 0.001 0.027 0.025 0.034 0.065 0.003 0.001 0.054 0.441 98 R 0.085 0.675 0.002 0.007 0.022 0.022 0.019 0.012 0.001 0.063 0.093 99 A 0.049 0.284 0.005 0.009 0.015 0.030 0.026 0.004 0.001 0.473 0.104 100 R 0.033 0.577 0.009 0.017 0.019 0.041 0.036 0.006 0.002 0.105 0.156 101 A 0.045 0.690 0.008 0.016 0.027 0.043 0.023 0.011 0.001 0.038 0.097 102 R 0.093 0.424 0.015 0.012 0.024 0.056 0.037 0.021 0.009 0.086 0.223 103 T 0.129 0.427 0.005 0.012 0.046 0.081 0.034 0.007 0.001 0.031 0.226 104 I 0.062 0.106 0.014 0.018 0.040 0.075 0.068 0.005 0.003 0.082 0.527 105 I 0.026 0.034 0.016 0.037 0.172 0.149 0.153 0.003 0.003 0.052 0.353 106 K 0.293 0.130 0.004 0.014 0.035 0.062 0.051 0.010 0.002 0.028 0.371 107 W 0.510 0.041 0.002 0.006 0.010 0.014 0.051 0.009 0.002 0.024 0.330 108 Q 0.035 0.029 0.003 0.013 0.040 0.071 0.126 0.002 0.001 0.023 0.660 109 D 0.026 0.009 0.009 0.036 0.041 0.124 0.091 0.002 0.001 0.053 0.608 110 L 0.041 0.004 0.004 0.040 0.140 0.116 0.136 0.002 0.001 0.065 0.452 111 E 0.205 0.011 0.004 0.049 0.083 0.112 0.071 0.006 0.001 0.104 0.355 112 V 0.018 0.005 0.001 0.047 0.051 0.114 0.155 0.001 0.001 0.049 0.558 113 G 0.003 0.004 0.001 0.132 0.081 0.202 0.120 0.001 0.001 0.049 0.408 114 Q 0.001 0.002 0.001 0.247 0.219 0.357 0.043 0.001 0.001 0.037 0.094 115 V 0.001 0.002 0.001 0.400 0.188 0.248 0.020 0.001 0.001 0.071 0.070 116 V 0.001 0.002 0.001 0.510 0.232 0.147 0.016 0.001 0.001 0.032 0.060 117 M 0.005 0.002 0.001 0.430 0.152 0.239 0.022 0.001 0.001 0.064 0.084 118 L 0.009 0.001 0.001 0.434 0.129 0.147 0.052 0.001 0.001 0.058 0.168 119 N 0.004 0.002 0.002 0.317 0.100 0.155 0.089 0.001 0.001 0.064 0.266 120 Y 0.012 0.004 0.002 0.125 0.066 0.087 0.137 0.004 0.001 0.048 0.515 121 N 0.480 0.009 0.003 0.034 0.025 0.028 0.073 0.017 0.002 0.089 0.239 122 P 0.019 0.003 0.001 0.011 0.016 0.022 0.168 0.001 0.001 0.052 0.705 123 D 0.015 0.009 0.002 0.010 0.007 0.021 0.099 0.001 0.001 0.020 0.817 124 N 0.389 0.018 0.004 0.009 0.008 0.013 0.091 0.010 0.001 0.047 0.410 125 P 0.185 0.011 0.009 0.009 0.007 0.011 0.130 0.012 0.005 0.073 0.548 126 K 0.156 0.011 0.003 0.008 0.013 0.023 0.082 0.002 0.001 0.026 0.675 127 E 0.064 0.010 0.001 0.013 0.011 0.022 0.091 0.002 0.001 0.024 0.761 128 R 0.011 0.011 0.001 0.021 0.036 0.059 0.157 0.001 0.001 0.029 0.672 129 G 0.020 0.027 0.001 0.051 0.089 0.165 0.103 0.002 0.001 0.082 0.458 130 F 0.015 0.027 0.001 0.080 0.155 0.188 0.094 0.001 0.001 0.059 0.380 131 W 0.006 0.050 0.001 0.088 0.169 0.288 0.056 0.001 0.001 0.064 0.277 132 Y 0.024 0.158 0.001 0.069 0.130 0.197 0.054 0.006 0.001 0.068 0.292 133 D 0.041 0.107 0.003 0.058 0.107 0.174 0.051 0.004 0.001 0.301 0.153 134 A 0.014 0.176 0.004 0.067 0.117 0.143 0.065 0.003 0.001 0.145 0.266 135 E 0.041 0.321 0.007 0.057 0.105 0.181 0.038 0.011 0.001 0.094 0.142 136 I 0.099 0.202 0.013 0.038 0.073 0.117 0.061 0.018 0.004 0.098 0.277 137 S 0.091 0.101 0.011 0.021 0.103 0.141 0.056 0.007 0.004 0.092 0.372 138 R 0.062 0.035 0.009 0.020 0.085 0.140 0.070 0.003 0.001 0.122 0.450 139 K 0.085 0.026 0.004 0.013 0.039 0.056 0.135 0.005 0.002 0.070 0.565 140 R 0.072 0.019 0.004 0.013 0.046 0.041 0.131 0.003 0.001 0.093 0.575 141 E 0.015 0.027 0.002 0.011 0.021 0.037 0.095 0.002 0.001 0.035 0.755 142 T 0.050 0.125 0.003 0.012 0.034 0.033 0.084 0.002 0.001 0.042 0.614 143 R 0.033 0.193 0.004 0.013 0.044 0.052 0.078 0.006 0.001 0.048 0.528 144 T 0.059 0.648 0.002 0.007 0.021 0.044 0.025 0.003 0.001 0.023 0.169 145 A 0.056 0.594 0.001 0.008 0.014 0.031 0.026 0.004 0.001 0.026 0.239 146 R 0.035 0.356 0.005 0.022 0.089 0.174 0.045 0.002 0.001 0.080 0.192 147 E 0.030 0.202 0.007 0.041 0.066 0.198 0.046 0.003 0.001 0.216 0.189 148 L 0.023 0.166 0.007 0.079 0.245 0.243 0.039 0.003 0.001 0.074 0.121 149 Y 0.049 0.251 0.004 0.035 0.110 0.321 0.028 0.005 0.001 0.041 0.156 150 A 0.016 0.084 0.002 0.058 0.210 0.344 0.041 0.003 0.001 0.026 0.217 151 N 0.025 0.049 0.006 0.085 0.177 0.444 0.023 0.004 0.002 0.050 0.135 152 V 0.033 0.011 0.004 0.167 0.318 0.221 0.041 0.002 0.001 0.040 0.163 153 V 0.052 0.008 0.004 0.139 0.213 0.165 0.058 0.002 0.001 0.055 0.304 154 L 0.079 0.009 0.002 0.155 0.082 0.081 0.102 0.003 0.001 0.059 0.427 155 G 0.049 0.026 0.001 0.033 0.017 0.022 0.105 0.006 0.001 0.019 0.722 156 D 0.114 0.018 0.003 0.014 0.024 0.024 0.122 0.003 0.001 0.092 0.586 157 D 0.023 0.029 0.005 0.029 0.054 0.060 0.141 0.003 0.001 0.056 0.599 158 S 0.108 0.065 0.008 0.027 0.030 0.076 0.115 0.011 0.002 0.089 0.470 159 L 0.260 0.027 0.006 0.025 0.027 0.060 0.104 0.012 0.003 0.088 0.389 160 N 0.089 0.044 0.003 0.036 0.048 0.108 0.093 0.002 0.001 0.041 0.536 161 D 0.006 0.018 0.001 0.037 0.035 0.128 0.097 0.001 0.001 0.028 0.648 162 C 0.006 0.017 0.001 0.092 0.205 0.233 0.105 0.001 0.001 0.047 0.293 163 R 0.010 0.052 0.001 0.180 0.181 0.351 0.040 0.002 0.001 0.037 0.146 164 I 0.011 0.031 0.001 0.174 0.166 0.170 0.058 0.001 0.001 0.065 0.323 165 I 0.004 0.032 0.002 0.140 0.325 0.350 0.026 0.001 0.001 0.024 0.097 166 F 0.082 0.202 0.003 0.069 0.126 0.214 0.031 0.006 0.001 0.059 0.206 167 V 0.181 0.219 0.006 0.049 0.133 0.124 0.045 0.010 0.001 0.049 0.183 168 D 0.051 0.158 0.009 0.022 0.100 0.196 0.056 0.005 0.001 0.062 0.340 169 E 0.071 0.061 0.006 0.046 0.154 0.377 0.043 0.006 0.001 0.058 0.177 170 V 0.027 0.020 0.003 0.018 0.176 0.333 0.072 0.002 0.001 0.045 0.304 171 F 0.005 0.004 0.001 0.014 0.331 0.416 0.033 0.001 0.001 0.015 0.181 172 K 0.006 0.002 0.001 0.015 0.250 0.513 0.025 0.001 0.001 0.035 0.153 173 I 0.003 0.001 0.002 0.013 0.340 0.327 0.045 0.001 0.001 0.026 0.242 174 E 0.033 0.001 0.001 0.015 0.310 0.260 0.039 0.001 0.001 0.031 0.309 175 R 0.655 0.001 0.001 0.011 0.026 0.023 0.025 0.001 0.001 0.033 0.224 176 P 0.011 0.001 0.001 0.006 0.008 0.007 0.071 0.001 0.001 0.007 0.889 177 G 0.016 0.001 0.001 0.005 0.014 0.010 0.038 0.001 0.001 0.007 0.909 178 E 0.016 0.001 0.001 0.011 0.127 0.053 0.089 0.001 0.001 0.022 0.680