# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.11429 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.052 0.031 0.020 0.029 0.041 0.126 0.043 0.657 2 H 0.077 0.054 0.021 0.034 0.052 0.106 0.051 0.607 3 H 0.138 0.053 0.016 0.028 0.044 0.100 0.068 0.554 4 H 0.095 0.049 0.019 0.036 0.048 0.106 0.065 0.583 5 H 0.056 0.029 0.026 0.036 0.061 0.115 0.087 0.590 6 H 0.060 0.018 0.042 0.029 0.042 0.119 0.084 0.607 7 H 0.329 0.025 0.017 0.023 0.024 0.069 0.058 0.455 8 S 0.180 0.020 0.007 0.008 0.012 0.071 0.034 0.667 9 S 0.018 0.009 0.008 0.008 0.013 0.124 0.020 0.800 10 G 0.041 0.047 0.014 0.015 0.029 0.097 0.045 0.710 11 R 0.182 0.102 0.011 0.028 0.021 0.095 0.089 0.471 12 E 0.065 0.146 0.021 0.028 0.038 0.086 0.046 0.570 13 N 0.093 0.185 0.020 0.019 0.044 0.085 0.057 0.497 14 L 0.096 0.111 0.069 0.044 0.055 0.104 0.095 0.426 15 Y 0.128 0.111 0.042 0.042 0.060 0.089 0.071 0.458 16 F 0.174 0.092 0.027 0.023 0.034 0.079 0.084 0.488 17 Q 0.070 0.054 0.032 0.023 0.039 0.132 0.065 0.586 18 G 0.061 0.067 0.028 0.033 0.061 0.116 0.050 0.584 19 M 0.147 0.050 0.029 0.036 0.045 0.099 0.095 0.499 20 W 0.045 0.030 0.037 0.036 0.049 0.137 0.063 0.603 21 D 0.038 0.031 0.020 0.018 0.036 0.116 0.027 0.714 22 E 0.295 0.039 0.021 0.017 0.020 0.088 0.152 0.367 23 T 0.096 0.047 0.017 0.017 0.021 0.150 0.060 0.592 24 E 0.052 0.038 0.017 0.022 0.058 0.104 0.085 0.624 25 L 0.032 0.053 0.036 0.048 0.091 0.133 0.061 0.545 26 G 0.019 0.047 0.084 0.139 0.287 0.073 0.069 0.282 27 L 0.025 0.023 0.074 0.148 0.152 0.070 0.111 0.397 28 Y 0.023 0.028 0.135 0.193 0.293 0.057 0.035 0.235 29 K 0.044 0.035 0.109 0.107 0.179 0.067 0.084 0.376 30 V 0.098 0.038 0.062 0.062 0.092 0.093 0.099 0.456 31 N 0.099 0.035 0.061 0.043 0.057 0.116 0.106 0.483 32 E 0.021 0.053 0.102 0.067 0.102 0.115 0.049 0.490 33 Y 0.023 0.045 0.090 0.046 0.088 0.116 0.078 0.515 34 V 0.024 0.040 0.127 0.097 0.098 0.111 0.088 0.415 35 D 0.152 0.075 0.086 0.033 0.050 0.086 0.248 0.270 36 A 0.059 0.032 0.107 0.036 0.051 0.128 0.165 0.422 37 R 0.032 0.031 0.110 0.031 0.051 0.139 0.057 0.549 38 D 0.141 0.053 0.056 0.014 0.020 0.101 0.206 0.409 39 T 0.101 0.065 0.039 0.029 0.032 0.158 0.060 0.516 40 N 0.094 0.134 0.014 0.018 0.025 0.148 0.075 0.492 41 M 0.034 0.138 0.030 0.031 0.080 0.176 0.112 0.399 42 G 0.011 0.231 0.035 0.056 0.230 0.075 0.071 0.292 43 A 0.009 0.161 0.029 0.193 0.384 0.033 0.060 0.131 44 W 0.009 0.092 0.069 0.214 0.289 0.026 0.187 0.116 45 F 0.006 0.077 0.039 0.268 0.446 0.015 0.081 0.068 46 E 0.008 0.063 0.047 0.245 0.443 0.017 0.075 0.101 47 A 0.007 0.020 0.055 0.326 0.460 0.014 0.035 0.082 48 Q 0.010 0.021 0.053 0.408 0.342 0.020 0.044 0.102 49 V 0.030 0.013 0.073 0.181 0.289 0.049 0.097 0.268 50 V 0.019 0.019 0.077 0.260 0.198 0.070 0.055 0.302 51 R 0.021 0.021 0.066 0.102 0.262 0.073 0.040 0.414 52 V 0.050 0.016 0.041 0.137 0.101 0.082 0.050 0.523 53 T 0.151 0.023 0.043 0.056 0.087 0.094 0.088 0.458 54 R 0.027 0.010 0.020 0.031 0.056 0.109 0.041 0.706 55 K 0.022 0.012 0.020 0.018 0.031 0.097 0.036 0.765 56 A 0.224 0.032 0.016 0.018 0.017 0.079 0.093 0.521 57 P 0.134 0.017 0.015 0.011 0.016 0.077 0.039 0.692 58 S 0.177 0.014 0.008 0.010 0.011 0.068 0.057 0.656 59 R 0.061 0.010 0.008 0.008 0.012 0.108 0.031 0.762 60 D 0.045 0.009 0.009 0.012 0.016 0.107 0.041 0.760 61 E 0.055 0.011 0.018 0.048 0.051 0.113 0.080 0.625 62 P 0.048 0.008 0.029 0.034 0.045 0.118 0.070 0.648 63 C 0.057 0.006 0.037 0.040 0.044 0.128 0.067 0.621 64 S 0.095 0.011 0.037 0.022 0.040 0.109 0.049 0.638 65 S 0.180 0.016 0.016 0.013 0.019 0.092 0.060 0.604 66 T 0.035 0.015 0.016 0.025 0.034 0.125 0.028 0.721 67 S 0.030 0.033 0.012 0.018 0.035 0.110 0.034 0.728 68 R 0.135 0.073 0.016 0.032 0.038 0.101 0.109 0.495 69 P 0.093 0.049 0.016 0.040 0.047 0.106 0.066 0.583 70 A 0.057 0.023 0.013 0.027 0.044 0.107 0.051 0.677 71 L 0.121 0.048 0.016 0.023 0.036 0.119 0.082 0.555 72 E 0.150 0.060 0.011 0.013 0.023 0.126 0.088 0.528 73 E 0.025 0.036 0.028 0.063 0.102 0.135 0.054 0.558 74 D 0.006 0.018 0.077 0.079 0.274 0.091 0.070 0.385 75 V 0.004 0.006 0.096 0.257 0.370 0.045 0.077 0.144 76 I 0.005 0.007 0.155 0.262 0.315 0.028 0.083 0.146 77 Y 0.002 0.003 0.140 0.376 0.380 0.011 0.034 0.054 78 H 0.006 0.003 0.181 0.215 0.318 0.032 0.058 0.188 79 V 0.012 0.001 0.136 0.402 0.305 0.031 0.017 0.095 80 K 0.021 0.003 0.120 0.135 0.300 0.058 0.049 0.314 81 Y 0.110 0.005 0.030 0.078 0.114 0.108 0.058 0.497 82 D 0.022 0.004 0.036 0.082 0.110 0.112 0.030 0.603 83 D 0.018 0.004 0.018 0.033 0.057 0.099 0.034 0.738 84 Y 0.152 0.009 0.015 0.039 0.037 0.111 0.108 0.528 85 P 0.250 0.016 0.005 0.016 0.014 0.103 0.050 0.545 86 E 0.063 0.010 0.006 0.014 0.041 0.105 0.051 0.710 87 N 0.013 0.007 0.016 0.044 0.113 0.124 0.037 0.646 88 G 0.007 0.005 0.036 0.217 0.434 0.053 0.034 0.214 89 V 0.009 0.005 0.037 0.263 0.281 0.050 0.067 0.289 90 V 0.007 0.002 0.095 0.426 0.265 0.029 0.050 0.125 91 Q 0.004 0.001 0.061 0.182 0.463 0.042 0.030 0.216 92 M 0.015 0.002 0.093 0.240 0.185 0.073 0.024 0.368 93 N 0.279 0.040 0.056 0.058 0.054 0.061 0.180 0.273 94 S 0.184 0.036 0.016 0.009 0.021 0.081 0.050 0.604 95 R 0.046 0.034 0.028 0.051 0.039 0.121 0.028 0.652 96 D 0.028 0.076 0.036 0.034 0.087 0.116 0.052 0.571 97 V 0.031 0.163 0.018 0.054 0.047 0.115 0.048 0.524 98 R 0.141 0.409 0.013 0.043 0.045 0.058 0.093 0.200 99 A 0.075 0.149 0.018 0.021 0.038 0.090 0.279 0.331 100 R 0.054 0.254 0.030 0.036 0.073 0.087 0.149 0.317 101 A 0.060 0.209 0.033 0.055 0.106 0.078 0.115 0.344 102 R 0.036 0.133 0.065 0.067 0.129 0.076 0.108 0.385 103 T 0.022 0.054 0.087 0.172 0.254 0.054 0.091 0.265 104 I 0.027 0.028 0.089 0.117 0.170 0.085 0.068 0.418 105 I 0.047 0.018 0.124 0.154 0.138 0.088 0.047 0.385 106 K 0.135 0.042 0.037 0.030 0.052 0.065 0.129 0.510 107 W 0.263 0.016 0.015 0.012 0.017 0.092 0.052 0.534 108 Q 0.059 0.021 0.037 0.067 0.050 0.104 0.054 0.609 109 D 0.026 0.014 0.024 0.013 0.050 0.094 0.067 0.713 110 L 0.060 0.012 0.026 0.078 0.057 0.153 0.043 0.570 111 E 0.056 0.037 0.052 0.110 0.151 0.113 0.076 0.404 112 V 0.019 0.021 0.028 0.037 0.101 0.114 0.079 0.601 113 G 0.010 0.026 0.098 0.094 0.266 0.098 0.050 0.357 114 Q 0.003 0.016 0.235 0.138 0.350 0.042 0.071 0.145 115 V 0.002 0.006 0.447 0.111 0.149 0.029 0.097 0.159 116 V 0.007 0.008 0.318 0.255 0.250 0.029 0.049 0.085 117 M 0.021 0.003 0.386 0.110 0.259 0.027 0.081 0.113 118 L 0.015 0.004 0.200 0.205 0.156 0.058 0.070 0.292 119 N 0.005 0.002 0.142 0.156 0.265 0.135 0.029 0.266 120 Y 0.003 0.003 0.114 0.067 0.083 0.151 0.020 0.559 121 N 0.686 0.028 0.006 0.004 0.004 0.015 0.213 0.043 122 P 0.071 0.027 0.015 0.013 0.020 0.136 0.069 0.649 123 D 0.004 0.005 0.004 0.007 0.012 0.105 0.009 0.854 124 N 0.225 0.039 0.010 0.017 0.025 0.075 0.253 0.356 125 P 0.168 0.019 0.012 0.023 0.019 0.117 0.163 0.479 126 K 0.183 0.009 0.008 0.031 0.027 0.078 0.045 0.618 127 E 0.099 0.012 0.014 0.015 0.027 0.126 0.040 0.667 128 R 0.026 0.011 0.040 0.037 0.100 0.162 0.039 0.585 129 G 0.010 0.012 0.043 0.106 0.286 0.080 0.042 0.421 130 F 0.005 0.018 0.058 0.282 0.375 0.039 0.051 0.172 131 W 0.007 0.043 0.083 0.249 0.294 0.044 0.066 0.214 132 Y 0.007 0.100 0.048 0.295 0.343 0.026 0.063 0.118 133 D 0.008 0.054 0.032 0.154 0.389 0.018 0.246 0.100 134 A 0.007 0.071 0.036 0.320 0.395 0.019 0.068 0.083 135 E 0.014 0.112 0.054 0.327 0.322 0.021 0.054 0.096 136 I 0.036 0.105 0.050 0.209 0.235 0.034 0.080 0.251 137 S 0.059 0.087 0.038 0.135 0.291 0.045 0.063 0.283 138 R 0.070 0.019 0.047 0.120 0.158 0.061 0.142 0.385 139 K 0.104 0.020 0.019 0.053 0.053 0.078 0.112 0.561 140 R 0.070 0.017 0.013 0.026 0.028 0.101 0.060 0.686 141 E 0.012 0.039 0.018 0.019 0.042 0.076 0.028 0.765 142 T 0.084 0.137 0.010 0.028 0.036 0.073 0.086 0.545 143 R 0.026 0.193 0.016 0.055 0.052 0.071 0.046 0.540 144 T 0.048 0.487 0.011 0.029 0.048 0.048 0.059 0.271 145 A 0.051 0.407 0.021 0.025 0.054 0.057 0.078 0.308 146 R 0.045 0.263 0.031 0.088 0.147 0.057 0.092 0.276 147 E 0.024 0.079 0.067 0.065 0.199 0.057 0.166 0.344 148 L 0.023 0.052 0.112 0.169 0.187 0.065 0.137 0.255 149 Y 0.024 0.038 0.142 0.134 0.155 0.067 0.125 0.314 150 A 0.013 0.035 0.164 0.151 0.242 0.056 0.052 0.287 151 N 0.011 0.020 0.294 0.102 0.185 0.055 0.071 0.263 152 V 0.019 0.011 0.273 0.190 0.165 0.059 0.038 0.246 153 V 0.035 0.008 0.318 0.082 0.135 0.078 0.046 0.297 154 L 0.059 0.007 0.201 0.038 0.060 0.117 0.096 0.422 155 G 0.085 0.027 0.058 0.016 0.032 0.115 0.106 0.562 156 D 0.093 0.015 0.030 0.015 0.018 0.141 0.052 0.636 157 D 0.029 0.013 0.056 0.061 0.049 0.138 0.054 0.598 158 S 0.143 0.015 0.037 0.017 0.042 0.127 0.124 0.496 159 L 0.173 0.006 0.020 0.014 0.020 0.157 0.066 0.544 160 N 0.031 0.013 0.059 0.054 0.085 0.160 0.049 0.548 161 D 0.013 0.013 0.035 0.014 0.058 0.112 0.064 0.691 162 C 0.007 0.017 0.133 0.152 0.184 0.108 0.067 0.332 163 R 0.004 0.022 0.295 0.160 0.222 0.039 0.090 0.167 164 I 0.007 0.015 0.237 0.182 0.201 0.043 0.077 0.237 165 I 0.011 0.016 0.316 0.226 0.217 0.036 0.034 0.143 166 F 0.058 0.061 0.177 0.102 0.174 0.066 0.100 0.263 167 V 0.056 0.048 0.076 0.071 0.133 0.100 0.154 0.363 168 D 0.037 0.047 0.068 0.075 0.114 0.137 0.096 0.427 169 E 0.009 0.027 0.098 0.152 0.383 0.063 0.074 0.193 170 V 0.020 0.025 0.067 0.129 0.272 0.071 0.088 0.328 171 F 0.008 0.011 0.058 0.336 0.432 0.023 0.026 0.104 172 K 0.015 0.009 0.072 0.191 0.268 0.045 0.118 0.283 173 I 0.008 0.002 0.065 0.315 0.331 0.054 0.034 0.189 174 E 0.030 0.002 0.089 0.116 0.173 0.070 0.030 0.490 175 R 0.422 0.004 0.017 0.053 0.045 0.045 0.127 0.286 176 P 0.022 0.001 0.008 0.005 0.011 0.095 0.015 0.843 177 G 0.030 0.002 0.014 0.019 0.026 0.103 0.024 0.781 178 E 0.021 0.003 0.034 0.062 0.106 0.111 0.046 0.618