# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.11429 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.279 0.112 0.059 0.107 0.095 0.081 0.106 0.069 0.046 0.031 0.016 2 H 0.233 0.193 0.080 0.155 0.099 0.073 0.076 0.042 0.027 0.016 0.007 3 H 0.156 0.143 0.071 0.149 0.116 0.099 0.109 0.068 0.048 0.029 0.014 4 H 0.216 0.137 0.066 0.142 0.111 0.091 0.103 0.063 0.037 0.022 0.011 5 H 0.174 0.172 0.102 0.207 0.122 0.076 0.066 0.039 0.021 0.013 0.005 6 H 0.074 0.063 0.042 0.089 0.093 0.140 0.177 0.117 0.098 0.074 0.033 7 H 0.134 0.181 0.082 0.182 0.124 0.093 0.093 0.053 0.031 0.019 0.008 8 S 0.187 0.157 0.086 0.140 0.104 0.097 0.104 0.057 0.035 0.022 0.009 9 S 0.357 0.192 0.075 0.145 0.087 0.049 0.045 0.026 0.013 0.007 0.003 10 G 0.302 0.220 0.058 0.123 0.076 0.060 0.070 0.043 0.026 0.017 0.007 11 R 0.148 0.153 0.057 0.146 0.127 0.114 0.110 0.067 0.041 0.027 0.012 12 E 0.343 0.245 0.094 0.147 0.074 0.038 0.030 0.017 0.007 0.004 0.001 13 N 0.184 0.136 0.082 0.168 0.119 0.109 0.099 0.053 0.027 0.016 0.006 14 L 0.107 0.074 0.055 0.107 0.104 0.130 0.168 0.108 0.075 0.051 0.021 15 Y 0.115 0.152 0.111 0.231 0.143 0.090 0.076 0.045 0.021 0.012 0.004 16 F 0.028 0.057 0.059 0.082 0.082 0.146 0.186 0.123 0.110 0.089 0.038 17 Q 0.127 0.142 0.107 0.224 0.164 0.083 0.076 0.044 0.018 0.010 0.004 18 G 0.349 0.126 0.109 0.149 0.086 0.059 0.057 0.035 0.015 0.010 0.004 19 M 0.059 0.070 0.051 0.112 0.109 0.149 0.175 0.103 0.085 0.058 0.029 20 W 0.049 0.063 0.034 0.081 0.097 0.108 0.168 0.141 0.115 0.094 0.049 21 D 0.167 0.136 0.111 0.172 0.125 0.102 0.092 0.047 0.026 0.015 0.006 22 E 0.223 0.303 0.117 0.171 0.079 0.042 0.033 0.017 0.008 0.005 0.003 23 T 0.122 0.067 0.024 0.078 0.090 0.099 0.147 0.130 0.108 0.081 0.054 24 E 0.410 0.239 0.052 0.127 0.068 0.039 0.031 0.017 0.009 0.005 0.002 25 L 0.038 0.036 0.038 0.089 0.096 0.141 0.166 0.132 0.125 0.086 0.053 26 G 0.156 0.185 0.081 0.191 0.138 0.084 0.082 0.043 0.023 0.011 0.007 27 L 0.016 0.012 0.018 0.041 0.054 0.068 0.128 0.140 0.189 0.170 0.163 28 Y 0.024 0.032 0.056 0.088 0.108 0.130 0.156 0.123 0.119 0.103 0.061 29 K 0.021 0.064 0.085 0.189 0.170 0.132 0.141 0.085 0.059 0.036 0.017 30 V 0.022 0.027 0.033 0.058 0.073 0.089 0.166 0.158 0.152 0.130 0.093 31 N 0.095 0.092 0.076 0.157 0.118 0.110 0.134 0.081 0.069 0.047 0.021 32 E 0.064 0.068 0.079 0.138 0.106 0.120 0.165 0.106 0.082 0.050 0.022 33 Y 0.029 0.041 0.047 0.105 0.112 0.128 0.168 0.132 0.109 0.081 0.048 34 V 0.012 0.014 0.017 0.022 0.030 0.056 0.122 0.138 0.225 0.213 0.152 35 D 0.023 0.044 0.056 0.138 0.152 0.112 0.149 0.123 0.094 0.068 0.040 36 A 0.005 0.004 0.011 0.015 0.024 0.044 0.093 0.141 0.220 0.255 0.190 37 R 0.057 0.068 0.074 0.170 0.160 0.122 0.139 0.088 0.067 0.036 0.020 38 D 0.013 0.023 0.032 0.052 0.064 0.078 0.167 0.166 0.163 0.138 0.105 39 T 0.030 0.043 0.046 0.103 0.116 0.130 0.168 0.115 0.114 0.079 0.055 40 N 0.326 0.163 0.091 0.126 0.068 0.058 0.075 0.035 0.030 0.017 0.010 41 M 0.023 0.022 0.029 0.069 0.081 0.101 0.176 0.157 0.150 0.106 0.085 42 G 0.048 0.071 0.053 0.098 0.097 0.104 0.155 0.113 0.118 0.086 0.058 43 A 0.008 0.011 0.021 0.036 0.051 0.067 0.138 0.163 0.196 0.157 0.153 44 W 0.015 0.019 0.036 0.062 0.095 0.094 0.155 0.169 0.152 0.114 0.088 45 F 0.005 0.010 0.020 0.032 0.046 0.042 0.106 0.157 0.211 0.196 0.176 46 E 0.005 0.007 0.017 0.038 0.073 0.074 0.147 0.180 0.187 0.150 0.123 47 A 0.016 0.010 0.030 0.042 0.062 0.077 0.164 0.171 0.178 0.157 0.093 48 Q 0.015 0.056 0.107 0.197 0.205 0.116 0.142 0.085 0.045 0.021 0.012 49 V 0.007 0.008 0.021 0.025 0.039 0.040 0.111 0.151 0.213 0.215 0.172 50 V 0.027 0.028 0.058 0.103 0.114 0.153 0.230 0.110 0.094 0.057 0.025 51 R 0.071 0.197 0.336 0.254 0.083 0.029 0.017 0.007 0.004 0.002 0.001 52 V 0.007 0.004 0.009 0.011 0.024 0.053 0.114 0.123 0.203 0.224 0.228 53 T 0.068 0.138 0.094 0.172 0.138 0.096 0.115 0.071 0.053 0.039 0.017 54 R 0.075 0.094 0.168 0.181 0.132 0.120 0.113 0.055 0.035 0.020 0.008 55 K 0.225 0.192 0.135 0.174 0.096 0.070 0.057 0.027 0.013 0.008 0.004 56 A 0.143 0.125 0.051 0.114 0.087 0.104 0.157 0.097 0.065 0.041 0.017 57 P 0.412 0.182 0.066 0.131 0.078 0.045 0.040 0.025 0.012 0.007 0.004 58 S 0.243 0.178 0.086 0.137 0.091 0.080 0.076 0.047 0.031 0.022 0.010 59 R 0.135 0.118 0.056 0.140 0.120 0.112 0.126 0.086 0.054 0.036 0.018 60 D 0.230 0.179 0.066 0.144 0.101 0.081 0.083 0.056 0.031 0.021 0.009 61 E 0.146 0.122 0.078 0.172 0.135 0.115 0.097 0.064 0.037 0.021 0.011 62 P 0.247 0.123 0.057 0.137 0.106 0.077 0.096 0.071 0.042 0.028 0.015 63 C 0.034 0.033 0.021 0.060 0.073 0.122 0.170 0.137 0.152 0.121 0.077 64 S 0.168 0.162 0.074 0.163 0.136 0.084 0.089 0.059 0.034 0.020 0.011 65 S 0.225 0.137 0.062 0.159 0.115 0.081 0.087 0.060 0.037 0.023 0.014 66 T 0.227 0.100 0.039 0.113 0.107 0.082 0.112 0.087 0.062 0.042 0.030 67 S 0.248 0.202 0.055 0.160 0.107 0.063 0.067 0.047 0.026 0.017 0.008 68 R 0.101 0.099 0.042 0.136 0.136 0.137 0.136 0.089 0.061 0.039 0.023 69 P 0.401 0.131 0.054 0.114 0.088 0.053 0.066 0.043 0.025 0.015 0.009 70 A 0.174 0.133 0.062 0.157 0.121 0.094 0.107 0.063 0.043 0.030 0.015 71 L 0.042 0.121 0.042 0.104 0.104 0.121 0.149 0.103 0.094 0.077 0.043 72 E 0.250 0.201 0.060 0.165 0.125 0.070 0.060 0.035 0.018 0.011 0.005 73 E 0.426 0.141 0.076 0.143 0.073 0.049 0.045 0.026 0.012 0.006 0.003 74 D 0.109 0.124 0.070 0.224 0.155 0.102 0.103 0.056 0.031 0.018 0.008 75 V 0.003 0.005 0.006 0.013 0.023 0.056 0.118 0.124 0.232 0.237 0.183 76 I 0.016 0.037 0.075 0.158 0.198 0.179 0.129 0.085 0.058 0.044 0.021 77 Y 0.008 0.013 0.050 0.046 0.055 0.145 0.219 0.145 0.154 0.122 0.043 78 H 0.009 0.022 0.033 0.120 0.146 0.135 0.192 0.141 0.101 0.062 0.038 79 V 0.004 0.002 0.004 0.005 0.010 0.022 0.068 0.107 0.230 0.292 0.257 80 K 0.042 0.140 0.156 0.344 0.194 0.058 0.035 0.017 0.008 0.004 0.002 81 Y 0.006 0.010 0.013 0.021 0.038 0.076 0.171 0.171 0.184 0.181 0.129 82 D 0.243 0.194 0.088 0.185 0.125 0.062 0.051 0.026 0.015 0.007 0.004 83 D 0.510 0.192 0.069 0.106 0.045 0.026 0.027 0.013 0.006 0.004 0.002 84 Y 0.047 0.058 0.025 0.065 0.068 0.127 0.152 0.103 0.137 0.134 0.084 85 P 0.297 0.339 0.044 0.117 0.072 0.041 0.044 0.024 0.013 0.007 0.003 86 E 0.364 0.173 0.080 0.149 0.080 0.061 0.043 0.025 0.013 0.008 0.004 87 N 0.317 0.159 0.072 0.141 0.099 0.069 0.065 0.040 0.020 0.011 0.006 88 G 0.107 0.115 0.032 0.149 0.132 0.120 0.152 0.100 0.053 0.028 0.012 89 V 0.024 0.020 0.019 0.045 0.063 0.093 0.129 0.138 0.177 0.172 0.118 90 V 0.043 0.050 0.074 0.137 0.136 0.148 0.175 0.107 0.069 0.044 0.018 91 Q 0.038 0.108 0.133 0.293 0.184 0.094 0.077 0.039 0.020 0.010 0.005 92 M 0.009 0.005 0.006 0.009 0.018 0.034 0.088 0.117 0.200 0.239 0.275 93 N 0.125 0.268 0.086 0.249 0.146 0.048 0.037 0.021 0.011 0.005 0.003 94 S 0.147 0.146 0.073 0.119 0.097 0.098 0.125 0.074 0.056 0.041 0.023 95 R 0.396 0.232 0.070 0.137 0.072 0.039 0.029 0.013 0.007 0.003 0.002 96 D 0.581 0.208 0.036 0.088 0.035 0.019 0.017 0.009 0.004 0.002 0.001 97 V 0.035 0.032 0.021 0.037 0.046 0.071 0.118 0.122 0.193 0.175 0.150 98 R 0.040 0.085 0.066 0.183 0.188 0.155 0.137 0.075 0.041 0.020 0.010 99 A 0.077 0.061 0.147 0.139 0.114 0.121 0.129 0.092 0.061 0.038 0.022 100 R 0.028 0.039 0.067 0.131 0.172 0.127 0.181 0.137 0.065 0.032 0.020 101 A 0.011 0.012 0.022 0.044 0.056 0.049 0.151 0.215 0.190 0.166 0.083 102 R 0.022 0.031 0.109 0.160 0.164 0.154 0.151 0.089 0.062 0.041 0.016 103 T 0.055 0.102 0.320 0.224 0.125 0.067 0.058 0.028 0.012 0.005 0.003 104 I 0.024 0.029 0.066 0.101 0.131 0.108 0.189 0.152 0.094 0.065 0.040 105 I 0.013 0.009 0.017 0.017 0.030 0.057 0.137 0.134 0.215 0.217 0.153 106 K 0.062 0.230 0.286 0.260 0.101 0.030 0.019 0.007 0.003 0.002 0.001 107 W 0.033 0.022 0.054 0.072 0.107 0.163 0.216 0.129 0.094 0.073 0.037 108 Q 0.373 0.217 0.109 0.135 0.064 0.037 0.034 0.017 0.008 0.004 0.001 109 D 0.068 0.145 0.084 0.212 0.140 0.108 0.126 0.064 0.031 0.016 0.008 110 L 0.012 0.007 0.011 0.013 0.022 0.044 0.088 0.099 0.190 0.218 0.296 111 E 0.217 0.361 0.148 0.176 0.063 0.019 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 112 V 0.031 0.025 0.041 0.068 0.094 0.094 0.169 0.151 0.139 0.099 0.088 113 G 0.124 0.099 0.053 0.116 0.103 0.091 0.134 0.093 0.086 0.065 0.037 114 Q 0.038 0.073 0.078 0.182 0.124 0.141 0.148 0.087 0.071 0.040 0.018 115 V 0.016 0.025 0.046 0.077 0.094 0.136 0.184 0.160 0.119 0.092 0.051 116 V 0.002 0.006 0.010 0.022 0.032 0.049 0.122 0.172 0.229 0.208 0.148 117 M 0.003 0.005 0.012 0.021 0.038 0.040 0.095 0.171 0.217 0.227 0.171 118 L 0.004 0.007 0.019 0.031 0.041 0.055 0.108 0.138 0.214 0.228 0.154 119 N 0.006 0.008 0.018 0.041 0.074 0.085 0.165 0.187 0.178 0.140 0.098 120 Y 0.010 0.009 0.016 0.025 0.040 0.054 0.118 0.163 0.213 0.204 0.147 121 N 0.029 0.079 0.068 0.143 0.148 0.104 0.158 0.115 0.078 0.047 0.031 122 P 0.127 0.070 0.043 0.094 0.099 0.104 0.162 0.100 0.097 0.064 0.041 123 D 0.520 0.171 0.055 0.096 0.051 0.034 0.037 0.017 0.011 0.006 0.003 124 N 0.234 0.255 0.065 0.164 0.094 0.062 0.059 0.030 0.019 0.011 0.006 125 P 0.120 0.128 0.029 0.071 0.067 0.070 0.108 0.095 0.110 0.104 0.098 126 K 0.352 0.239 0.068 0.151 0.086 0.042 0.029 0.016 0.009 0.005 0.003 127 E 0.298 0.202 0.108 0.158 0.073 0.057 0.046 0.026 0.016 0.011 0.005 128 R 0.035 0.052 0.031 0.119 0.116 0.168 0.182 0.118 0.094 0.057 0.028 129 G 0.166 0.112 0.052 0.106 0.082 0.087 0.126 0.101 0.084 0.054 0.028 130 F 0.021 0.025 0.040 0.085 0.091 0.134 0.188 0.142 0.132 0.092 0.051 131 W 0.022 0.027 0.043 0.074 0.085 0.099 0.148 0.143 0.147 0.127 0.086 132 Y 0.009 0.014 0.018 0.040 0.067 0.088 0.177 0.196 0.182 0.134 0.076 133 D 0.019 0.029 0.047 0.092 0.121 0.104 0.172 0.160 0.124 0.084 0.049 134 A 0.027 0.013 0.029 0.046 0.063 0.088 0.180 0.169 0.175 0.128 0.083 135 E 0.076 0.102 0.111 0.221 0.175 0.099 0.116 0.052 0.029 0.013 0.007 136 I 0.008 0.008 0.020 0.021 0.037 0.038 0.124 0.165 0.210 0.195 0.174 137 S 0.042 0.057 0.119 0.179 0.172 0.127 0.148 0.070 0.046 0.028 0.011 138 R 0.081 0.157 0.390 0.199 0.078 0.041 0.032 0.012 0.006 0.003 0.001 139 K 0.063 0.088 0.142 0.172 0.150 0.126 0.136 0.069 0.030 0.016 0.007 140 R 0.176 0.166 0.128 0.131 0.086 0.078 0.110 0.062 0.034 0.022 0.007 141 E 0.194 0.179 0.229 0.184 0.091 0.051 0.042 0.018 0.008 0.004 0.001 142 T 0.212 0.181 0.256 0.147 0.081 0.046 0.042 0.019 0.008 0.004 0.002 143 R 0.173 0.139 0.140 0.147 0.113 0.089 0.101 0.052 0.025 0.015 0.006 144 T 0.180 0.248 0.166 0.173 0.091 0.052 0.046 0.026 0.011 0.006 0.002 145 A 0.079 0.065 0.108 0.159 0.142 0.130 0.137 0.092 0.047 0.031 0.011 146 R 0.068 0.098 0.189 0.189 0.127 0.110 0.118 0.061 0.024 0.013 0.004 147 E 0.019 0.050 0.154 0.217 0.175 0.157 0.119 0.059 0.027 0.016 0.007 148 L 0.003 0.003 0.012 0.009 0.019 0.060 0.137 0.143 0.217 0.229 0.168 149 Y 0.013 0.039 0.078 0.193 0.210 0.135 0.148 0.086 0.053 0.031 0.013 150 A 0.002 0.002 0.009 0.008 0.013 0.034 0.106 0.130 0.255 0.271 0.171 151 N 0.030 0.112 0.126 0.330 0.210 0.083 0.056 0.025 0.015 0.007 0.005 152 V 0.004 0.002 0.006 0.007 0.014 0.021 0.062 0.122 0.188 0.240 0.333 153 V 0.022 0.033 0.033 0.116 0.173 0.184 0.165 0.107 0.078 0.055 0.033 154 L 0.004 0.007 0.008 0.013 0.022 0.037 0.094 0.124 0.223 0.229 0.239 155 G 0.090 0.118 0.066 0.169 0.161 0.099 0.116 0.071 0.052 0.033 0.025 156 D 0.400 0.214 0.054 0.121 0.063 0.046 0.053 0.021 0.015 0.008 0.004 157 D 0.567 0.157 0.034 0.102 0.055 0.030 0.025 0.015 0.008 0.004 0.003 158 S 0.303 0.303 0.032 0.129 0.078 0.049 0.051 0.029 0.014 0.008 0.004 159 L 0.038 0.042 0.016 0.048 0.065 0.090 0.126 0.127 0.153 0.147 0.148 160 N 0.280 0.241 0.100 0.160 0.102 0.052 0.036 0.016 0.007 0.003 0.002 161 D 0.215 0.151 0.102 0.240 0.120 0.062 0.054 0.029 0.015 0.008 0.004 162 C 0.014 0.013 0.010 0.020 0.028 0.067 0.139 0.129 0.227 0.223 0.130 163 R 0.075 0.191 0.090 0.317 0.170 0.070 0.043 0.023 0.012 0.006 0.003 164 I 0.019 0.012 0.036 0.038 0.051 0.091 0.146 0.162 0.162 0.171 0.112 165 I 0.026 0.061 0.070 0.167 0.185 0.172 0.150 0.085 0.048 0.025 0.013 166 F 0.012 0.029 0.030 0.042 0.053 0.054 0.134 0.174 0.183 0.171 0.116 167 V 0.021 0.026 0.045 0.109 0.149 0.161 0.190 0.117 0.091 0.057 0.035 168 D 0.420 0.143 0.144 0.136 0.059 0.033 0.035 0.015 0.010 0.005 0.002 169 E 0.020 0.031 0.044 0.122 0.154 0.163 0.226 0.125 0.065 0.033 0.018 170 V 0.008 0.011 0.021 0.025 0.033 0.040 0.091 0.121 0.206 0.242 0.202 171 F 0.011 0.013 0.043 0.065 0.087 0.159 0.223 0.140 0.126 0.097 0.035 172 K 0.020 0.101 0.320 0.271 0.135 0.067 0.042 0.021 0.013 0.006 0.003 173 I 0.009 0.006 0.014 0.019 0.034 0.033 0.096 0.161 0.188 0.191 0.250 174 E 0.032 0.035 0.042 0.092 0.117 0.123 0.192 0.152 0.106 0.073 0.035 175 R 0.121 0.214 0.217 0.192 0.098 0.059 0.049 0.024 0.015 0.008 0.004 176 P 0.244 0.132 0.070 0.129 0.116 0.079 0.104 0.064 0.031 0.018 0.013 177 G 0.578 0.214 0.036 0.055 0.028 0.021 0.030 0.016 0.012 0.007 0.003 178 E 0.499 0.178 0.044 0.110 0.063 0.035 0.034 0.019 0.011 0.005 0.003