# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.11429 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.018 0.009 0.002 0.023 0.024 0.044 0.020 0.001 0.001 0.002 0.858 2 H 0.023 0.008 0.002 0.026 0.048 0.094 0.045 0.001 0.001 0.003 0.749 3 H 0.046 0.010 0.003 0.029 0.035 0.075 0.038 0.001 0.001 0.004 0.758 4 H 0.050 0.011 0.002 0.029 0.047 0.070 0.049 0.001 0.001 0.003 0.738 5 H 0.053 0.011 0.003 0.024 0.043 0.063 0.076 0.001 0.001 0.004 0.721 6 H 0.062 0.015 0.002 0.026 0.051 0.077 0.054 0.001 0.001 0.004 0.708 7 H 0.049 0.019 0.002 0.027 0.060 0.099 0.096 0.002 0.001 0.004 0.642 8 S 0.069 0.026 0.003 0.023 0.038 0.050 0.131 0.002 0.001 0.007 0.652 9 S 0.072 0.039 0.003 0.019 0.026 0.041 0.128 0.003 0.001 0.009 0.661 10 G 0.176 0.023 0.007 0.016 0.027 0.035 0.150 0.005 0.001 0.027 0.534 11 R 0.317 0.023 0.038 0.015 0.015 0.016 0.146 0.001 0.001 0.016 0.414 12 E 0.011 0.016 0.003 0.011 0.012 0.019 0.093 0.001 0.001 0.003 0.831 13 N 0.051 0.022 0.002 0.020 0.052 0.104 0.145 0.003 0.001 0.017 0.584 14 L 0.191 0.063 0.010 0.026 0.046 0.060 0.108 0.002 0.001 0.008 0.487 15 Y 0.078 0.070 0.007 0.026 0.064 0.098 0.167 0.003 0.001 0.006 0.479 16 F 0.098 0.073 0.008 0.034 0.062 0.117 0.121 0.003 0.001 0.009 0.476 17 Q 0.063 0.127 0.005 0.029 0.051 0.079 0.077 0.004 0.001 0.006 0.559 18 G 0.122 0.083 0.007 0.026 0.033 0.049 0.092 0.008 0.001 0.008 0.572 19 M 0.222 0.102 0.011 0.039 0.035 0.063 0.089 0.006 0.001 0.006 0.426 20 W 0.075 0.098 0.012 0.042 0.063 0.112 0.066 0.005 0.001 0.006 0.522 21 D 0.057 0.065 0.007 0.031 0.058 0.091 0.083 0.004 0.001 0.006 0.599 22 E 0.095 0.083 0.009 0.032 0.037 0.070 0.096 0.005 0.001 0.008 0.564 23 T 0.076 0.093 0.004 0.024 0.030 0.050 0.117 0.006 0.001 0.007 0.594 24 E 0.165 0.051 0.005 0.026 0.019 0.042 0.224 0.008 0.001 0.013 0.447 25 L 0.263 0.092 0.032 0.046 0.041 0.047 0.093 0.007 0.001 0.016 0.364 26 G 0.150 0.049 0.013 0.083 0.074 0.114 0.108 0.007 0.001 0.013 0.389 27 L 0.050 0.036 0.049 0.074 0.061 0.103 0.076 0.003 0.001 0.006 0.543 28 Y 0.016 0.022 0.004 0.148 0.299 0.287 0.052 0.001 0.001 0.003 0.168 29 K 0.023 0.019 0.002 0.085 0.107 0.141 0.103 0.002 0.001 0.006 0.510 30 V 0.053 0.034 0.001 0.156 0.133 0.253 0.038 0.001 0.001 0.001 0.330 31 N 0.012 0.037 0.002 0.141 0.177 0.296 0.056 0.002 0.001 0.015 0.264 32 E 0.130 0.027 0.014 0.117 0.072 0.078 0.143 0.003 0.001 0.014 0.401 33 Y 0.094 0.044 0.006 0.096 0.037 0.092 0.196 0.002 0.001 0.007 0.426 34 V 0.051 0.032 0.012 0.160 0.141 0.263 0.076 0.002 0.001 0.016 0.247 35 D 0.024 0.043 0.003 0.065 0.120 0.160 0.087 0.003 0.001 0.005 0.490 36 A 0.054 0.072 0.021 0.126 0.078 0.175 0.066 0.001 0.001 0.004 0.402 37 R 0.021 0.050 0.001 0.042 0.039 0.065 0.559 0.005 0.001 0.005 0.214 38 D 0.203 0.073 0.005 0.029 0.031 0.050 0.166 0.006 0.001 0.026 0.411 39 T 0.125 0.241 0.004 0.030 0.018 0.030 0.082 0.006 0.001 0.005 0.459 40 N 0.068 0.066 0.006 0.011 0.010 0.016 0.385 0.008 0.001 0.012 0.418 41 M 0.237 0.109 0.020 0.031 0.012 0.025 0.169 0.009 0.001 0.017 0.370 42 G 0.125 0.093 0.016 0.027 0.050 0.093 0.132 0.009 0.001 0.012 0.444 43 A 0.082 0.061 0.063 0.042 0.107 0.147 0.113 0.002 0.001 0.009 0.374 44 W 0.026 0.077 0.005 0.037 0.122 0.222 0.065 0.002 0.001 0.004 0.442 45 F 0.022 0.078 0.003 0.033 0.333 0.354 0.021 0.001 0.001 0.002 0.153 46 E 0.009 0.141 0.001 0.027 0.249 0.355 0.032 0.002 0.001 0.001 0.183 47 A 0.026 0.055 0.001 0.021 0.365 0.416 0.009 0.001 0.001 0.001 0.107 48 Q 0.017 0.073 0.001 0.020 0.366 0.409 0.009 0.001 0.001 0.001 0.104 49 V 0.008 0.081 0.002 0.013 0.401 0.377 0.007 0.001 0.001 0.001 0.110 50 V 0.009 0.059 0.002 0.028 0.353 0.470 0.006 0.001 0.001 0.001 0.073 51 R 0.010 0.077 0.004 0.023 0.264 0.429 0.020 0.002 0.001 0.002 0.169 52 V 0.053 0.095 0.005 0.032 0.230 0.338 0.021 0.002 0.001 0.002 0.221 53 T 0.036 0.109 0.004 0.034 0.227 0.287 0.037 0.007 0.001 0.005 0.256 54 R 0.087 0.057 0.017 0.025 0.062 0.082 0.032 0.006 0.001 0.005 0.627 55 K 0.076 0.051 0.013 0.032 0.034 0.067 0.166 0.012 0.001 0.006 0.543 56 A 0.162 0.020 0.007 0.016 0.039 0.062 0.121 0.007 0.001 0.009 0.555 57 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 58 S 0.021 0.009 0.002 0.011 0.028 0.048 0.197 0.002 0.001 0.005 0.677 59 R 0.371 0.012 0.005 0.013 0.008 0.017 0.051 0.002 0.001 0.008 0.512 60 D 0.149 0.024 0.005 0.015 0.025 0.036 0.124 0.003 0.001 0.008 0.611 61 E 0.191 0.012 0.022 0.017 0.031 0.031 0.159 0.001 0.001 0.010 0.525 62 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.994 63 C 0.029 0.007 0.002 0.028 0.052 0.125 0.168 0.001 0.001 0.007 0.580 64 S 0.118 0.016 0.002 0.026 0.042 0.049 0.114 0.002 0.001 0.008 0.623 65 S 0.128 0.022 0.005 0.018 0.030 0.034 0.074 0.001 0.001 0.006 0.683 66 T 0.065 0.018 0.004 0.017 0.016 0.022 0.300 0.002 0.001 0.009 0.547 67 S 0.197 0.014 0.008 0.021 0.017 0.029 0.263 0.003 0.001 0.029 0.418 68 R 0.208 0.030 0.013 0.026 0.034 0.044 0.184 0.002 0.001 0.011 0.448 69 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.992 70 A 0.024 0.012 0.002 0.027 0.060 0.131 0.167 0.001 0.001 0.008 0.569 71 L 0.125 0.035 0.002 0.022 0.034 0.079 0.108 0.002 0.001 0.007 0.585 72 E 0.128 0.064 0.002 0.022 0.046 0.079 0.104 0.003 0.001 0.005 0.546 73 E 0.161 0.055 0.006 0.025 0.059 0.072 0.105 0.003 0.001 0.011 0.503 74 D 0.191 0.039 0.004 0.040 0.068 0.083 0.101 0.005 0.001 0.013 0.455 75 V 0.140 0.024 0.011 0.082 0.212 0.260 0.045 0.002 0.001 0.005 0.218 76 I 0.010 0.012 0.005 0.160 0.296 0.383 0.024 0.001 0.001 0.004 0.105 77 Y 0.005 0.005 0.002 0.114 0.359 0.397 0.014 0.001 0.001 0.001 0.102 78 H 0.005 0.004 0.001 0.232 0.183 0.469 0.011 0.001 0.001 0.001 0.096 79 V 0.006 0.003 0.001 0.137 0.309 0.390 0.016 0.001 0.001 0.001 0.137 80 K 0.003 0.003 0.001 0.145 0.238 0.384 0.038 0.001 0.001 0.002 0.185 81 Y 0.010 0.003 0.001 0.101 0.143 0.292 0.036 0.001 0.001 0.002 0.410 82 D 0.010 0.004 0.001 0.065 0.088 0.176 0.113 0.001 0.001 0.005 0.539 83 D 0.049 0.002 0.003 0.016 0.022 0.042 0.169 0.002 0.001 0.020 0.676 84 Y 0.211 0.011 0.006 0.024 0.040 0.053 0.225 0.001 0.001 0.011 0.417 85 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 86 E 0.009 0.006 0.001 0.010 0.014 0.043 0.168 0.001 0.001 0.005 0.745 87 N 0.283 0.016 0.002 0.015 0.023 0.032 0.084 0.004 0.001 0.017 0.525 88 G 0.737 0.009 0.004 0.012 0.016 0.025 0.027 0.002 0.001 0.007 0.161 89 V 0.083 0.022 0.110 0.063 0.075 0.094 0.119 0.001 0.001 0.008 0.424 90 V 0.007 0.005 0.003 0.090 0.452 0.278 0.032 0.001 0.001 0.003 0.130 91 Q 0.024 0.007 0.001 0.085 0.139 0.239 0.036 0.001 0.001 0.003 0.466 92 M 0.042 0.006 0.001 0.188 0.240 0.329 0.023 0.001 0.001 0.001 0.170 93 N 0.008 0.006 0.001 0.075 0.224 0.339 0.102 0.001 0.001 0.007 0.236 94 S 0.011 0.005 0.005 0.059 0.052 0.104 0.029 0.001 0.001 0.004 0.731 95 R 0.010 0.005 0.001 0.038 0.031 0.062 0.436 0.001 0.001 0.004 0.411 96 D 0.090 0.004 0.002 0.018 0.012 0.033 0.333 0.001 0.001 0.039 0.469 97 V 0.229 0.061 0.007 0.041 0.044 0.082 0.120 0.001 0.001 0.010 0.405 98 R 0.055 0.085 0.011 0.040 0.058 0.087 0.193 0.002 0.001 0.007 0.461 99 A 0.013 0.035 0.002 0.019 0.012 0.019 0.022 0.001 0.001 0.001 0.876 100 R 0.042 0.183 0.002 0.031 0.043 0.109 0.154 0.003 0.001 0.005 0.429 101 A 0.142 0.322 0.007 0.035 0.032 0.054 0.087 0.006 0.001 0.005 0.309 102 R 0.120 0.442 0.005 0.054 0.072 0.099 0.031 0.005 0.001 0.003 0.169 103 T 0.068 0.391 0.021 0.077 0.091 0.081 0.040 0.004 0.001 0.004 0.224 104 I 0.052 0.398 0.007 0.074 0.071 0.096 0.026 0.003 0.001 0.002 0.272 105 I 0.026 0.281 0.014 0.165 0.147 0.211 0.021 0.003 0.001 0.005 0.127 106 K 0.022 0.221 0.008 0.080 0.057 0.140 0.059 0.008 0.001 0.003 0.402 107 W 0.050 0.136 0.010 0.108 0.081 0.197 0.049 0.005 0.001 0.004 0.361 108 Q 0.050 0.134 0.006 0.060 0.081 0.086 0.116 0.007 0.001 0.011 0.449 109 D 0.131 0.065 0.015 0.036 0.024 0.050 0.151 0.009 0.001 0.017 0.502 110 L 0.300 0.096 0.009 0.087 0.098 0.124 0.040 0.004 0.001 0.005 0.237 111 E 0.066 0.059 0.007 0.069 0.143 0.173 0.090 0.007 0.001 0.012 0.376 112 V 0.043 0.051 0.031 0.098 0.091 0.138 0.048 0.003 0.001 0.004 0.492 113 G 0.021 0.015 0.001 0.106 0.288 0.354 0.041 0.002 0.001 0.004 0.167 114 Q 0.073 0.013 0.015 0.160 0.198 0.203 0.080 0.002 0.001 0.011 0.246 115 V 0.010 0.011 0.001 0.263 0.210 0.223 0.061 0.001 0.001 0.001 0.220 116 V 0.005 0.003 0.001 0.302 0.238 0.399 0.010 0.001 0.001 0.003 0.038 117 M 0.003 0.013 0.001 0.328 0.246 0.328 0.012 0.001 0.001 0.002 0.068 118 L 0.004 0.003 0.001 0.299 0.199 0.431 0.008 0.001 0.001 0.001 0.056 119 N 0.005 0.003 0.001 0.198 0.201 0.390 0.025 0.001 0.001 0.003 0.173 120 Y 0.016 0.003 0.006 0.165 0.134 0.246 0.070 0.001 0.001 0.006 0.353 121 N 0.016 0.002 0.001 0.075 0.098 0.123 0.333 0.001 0.001 0.005 0.345 122 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 123 D 0.013 0.002 0.001 0.015 0.011 0.024 0.417 0.001 0.001 0.007 0.509 124 N 0.525 0.002 0.006 0.006 0.005 0.005 0.148 0.001 0.001 0.018 0.285 125 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 126 K 0.010 0.010 0.002 0.012 0.033 0.082 0.309 0.001 0.001 0.007 0.533 127 E 0.367 0.021 0.001 0.013 0.009 0.015 0.218 0.002 0.001 0.009 0.346 128 R 0.376 0.109 0.003 0.020 0.027 0.038 0.051 0.004 0.001 0.006 0.367 129 G 0.253 0.058 0.018 0.041 0.067 0.083 0.081 0.007 0.001 0.018 0.374 130 F 0.134 0.038 0.042 0.074 0.096 0.106 0.101 0.003 0.001 0.007 0.399 131 W 0.029 0.021 0.007 0.077 0.106 0.179 0.063 0.002 0.001 0.005 0.511 132 Y 0.021 0.014 0.004 0.057 0.153 0.341 0.058 0.001 0.001 0.004 0.348 133 D 0.012 0.020 0.002 0.044 0.116 0.233 0.061 0.001 0.001 0.003 0.508 134 A 0.026 0.021 0.003 0.046 0.252 0.273 0.055 0.001 0.001 0.002 0.323 135 E 0.014 0.050 0.001 0.034 0.133 0.234 0.197 0.001 0.001 0.004 0.331 136 I 0.065 0.071 0.001 0.027 0.284 0.319 0.028 0.001 0.001 0.002 0.203 137 S 0.015 0.322 0.001 0.015 0.208 0.237 0.023 0.001 0.001 0.002 0.177 138 R 0.034 0.327 0.003 0.012 0.145 0.151 0.070 0.004 0.001 0.003 0.252 139 K 0.076 0.481 0.002 0.011 0.060 0.113 0.039 0.005 0.001 0.002 0.211 140 R 0.109 0.449 0.006 0.009 0.077 0.114 0.048 0.015 0.001 0.006 0.167 141 E 0.138 0.397 0.017 0.006 0.024 0.033 0.053 0.017 0.001 0.004 0.311 142 T 0.147 0.283 0.019 0.010 0.024 0.044 0.051 0.019 0.001 0.006 0.398 143 R 0.199 0.107 0.030 0.009 0.019 0.023 0.093 0.012 0.001 0.011 0.497 144 T 0.050 0.062 0.018 0.006 0.010 0.021 0.209 0.005 0.001 0.006 0.613 145 A 0.045 0.063 0.014 0.015 0.022 0.041 0.119 0.003 0.001 0.007 0.671 146 R 0.038 0.102 0.004 0.011 0.039 0.048 0.249 0.002 0.001 0.007 0.500 147 E 0.114 0.130 0.006 0.017 0.028 0.041 0.274 0.004 0.001 0.007 0.379 148 L 0.166 0.298 0.003 0.030 0.150 0.145 0.019 0.001 0.001 0.002 0.186 149 Y 0.031 0.319 0.006 0.043 0.186 0.203 0.028 0.005 0.001 0.006 0.174 150 A 0.037 0.232 0.026 0.070 0.258 0.229 0.018 0.003 0.001 0.002 0.125 151 N 0.022 0.119 0.003 0.113 0.240 0.384 0.016 0.003 0.001 0.002 0.097 152 V 0.056 0.073 0.006 0.130 0.249 0.286 0.023 0.006 0.001 0.003 0.168 153 V 0.036 0.057 0.003 0.200 0.196 0.317 0.020 0.003 0.001 0.003 0.165 154 L 0.025 0.043 0.022 0.292 0.151 0.256 0.038 0.004 0.001 0.006 0.164 155 G 0.020 0.019 0.005 0.180 0.104 0.233 0.116 0.007 0.001 0.005 0.310 156 D 0.014 0.004 0.009 0.052 0.018 0.057 0.035 0.001 0.001 0.005 0.804 157 D 0.015 0.003 0.002 0.025 0.016 0.018 0.191 0.001 0.001 0.009 0.721 158 S 0.120 0.003 0.003 0.018 0.010 0.018 0.396 0.001 0.001 0.029 0.402 159 L 0.200 0.048 0.005 0.070 0.036 0.059 0.138 0.002 0.001 0.011 0.430 160 N 0.051 0.057 0.003 0.044 0.069 0.084 0.237 0.002 0.001 0.010 0.443 161 D 0.130 0.026 0.005 0.053 0.018 0.025 0.223 0.003 0.001 0.011 0.505 162 C 0.289 0.059 0.006 0.067 0.074 0.077 0.077 0.004 0.001 0.008 0.339 163 R 0.038 0.029 0.008 0.326 0.169 0.155 0.095 0.002 0.001 0.009 0.169 164 I 0.006 0.015 0.008 0.121 0.056 0.073 0.058 0.001 0.001 0.002 0.661 165 I 0.003 0.007 0.001 0.613 0.091 0.209 0.016 0.001 0.001 0.003 0.057 166 F 0.005 0.025 0.002 0.163 0.053 0.124 0.125 0.001 0.001 0.003 0.499 167 V 0.009 0.017 0.001 0.365 0.085 0.238 0.052 0.001 0.001 0.002 0.231 168 D 0.006 0.037 0.001 0.094 0.087 0.131 0.086 0.001 0.001 0.005 0.553 169 E 0.042 0.049 0.002 0.083 0.060 0.118 0.203 0.003 0.001 0.008 0.431 170 V 0.171 0.097 0.002 0.050 0.079 0.114 0.051 0.001 0.001 0.004 0.430 171 F 0.050 0.155 0.009 0.054 0.278 0.283 0.022 0.002 0.001 0.007 0.140 172 K 0.034 0.174 0.009 0.034 0.184 0.159 0.033 0.005 0.001 0.002 0.364 173 I 0.096 0.082 0.003 0.040 0.255 0.328 0.009 0.002 0.001 0.001 0.184 174 E 0.049 0.124 0.007 0.038 0.150 0.258 0.037 0.015 0.001 0.009 0.313 175 R 0.066 0.041 0.011 0.022 0.136 0.124 0.067 0.004 0.001 0.002 0.527 176 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 177 G 0.022 0.004 0.002 0.016 0.060 0.179 0.107 0.002 0.001 0.014 0.595 178 E 0.448 0.005 0.012 0.010 0.016 0.022 0.059 0.001 0.001 0.010 0.418