# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.11429 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.051 0.031 0.020 0.017 0.029 0.059 0.007 0.786 2 H 0.043 0.029 0.019 0.021 0.037 0.134 0.010 0.708 3 H 0.140 0.036 0.025 0.021 0.038 0.107 0.017 0.615 4 H 0.091 0.053 0.019 0.019 0.029 0.101 0.012 0.677 5 H 0.110 0.046 0.025 0.029 0.043 0.117 0.014 0.616 6 H 0.118 0.058 0.025 0.028 0.040 0.099 0.013 0.619 7 H 0.085 0.050 0.028 0.036 0.054 0.111 0.013 0.623 8 S 0.078 0.050 0.022 0.026 0.045 0.089 0.012 0.678 9 S 0.084 0.039 0.017 0.016 0.022 0.144 0.017 0.660 10 G 0.191 0.031 0.023 0.017 0.024 0.165 0.037 0.514 11 R 0.220 0.048 0.047 0.031 0.041 0.178 0.016 0.419 12 E 0.009 0.010 0.006 0.006 0.007 0.060 0.002 0.898 13 N 0.042 0.045 0.028 0.027 0.074 0.153 0.008 0.623 14 L 0.164 0.149 0.036 0.028 0.058 0.083 0.011 0.471 15 Y 0.092 0.180 0.050 0.048 0.074 0.130 0.013 0.414 16 F 0.105 0.163 0.055 0.048 0.080 0.099 0.020 0.429 17 Q 0.128 0.180 0.037 0.037 0.065 0.089 0.024 0.442 18 G 0.119 0.106 0.033 0.025 0.036 0.104 0.031 0.547 19 M 0.198 0.084 0.054 0.033 0.048 0.104 0.029 0.450 20 W 0.131 0.084 0.046 0.045 0.061 0.110 0.017 0.505 21 D 0.074 0.059 0.035 0.045 0.061 0.153 0.014 0.559 22 E 0.118 0.067 0.036 0.039 0.062 0.109 0.014 0.555 23 T 0.059 0.053 0.029 0.027 0.038 0.089 0.011 0.692 24 E 0.085 0.046 0.040 0.026 0.038 0.264 0.020 0.481 25 L 0.255 0.068 0.057 0.036 0.045 0.111 0.035 0.394 26 G 0.162 0.065 0.113 0.073 0.090 0.147 0.019 0.331 27 L 0.036 0.035 0.154 0.119 0.135 0.128 0.007 0.387 28 Y 0.011 0.023 0.179 0.237 0.351 0.029 0.003 0.167 29 K 0.024 0.047 0.077 0.125 0.177 0.090 0.006 0.454 30 V 0.019 0.049 0.223 0.125 0.278 0.061 0.005 0.240 31 N 0.012 0.097 0.205 0.143 0.262 0.053 0.007 0.221 32 E 0.086 0.066 0.076 0.060 0.079 0.134 0.043 0.456 33 Y 0.219 0.034 0.141 0.046 0.075 0.097 0.058 0.331 34 V 0.093 0.035 0.310 0.109 0.093 0.140 0.017 0.203 35 D 0.021 0.016 0.104 0.051 0.081 0.256 0.008 0.463 36 A 0.035 0.011 0.141 0.045 0.167 0.060 0.006 0.534 37 R 0.015 0.007 0.138 0.063 0.089 0.388 0.006 0.293 38 D 0.120 0.007 0.058 0.055 0.057 0.215 0.026 0.462 39 T 0.092 0.059 0.092 0.052 0.066 0.158 0.010 0.470 40 N 0.036 0.025 0.055 0.039 0.070 0.343 0.012 0.421 41 M 0.182 0.021 0.053 0.047 0.082 0.147 0.037 0.431 42 G 0.098 0.022 0.067 0.141 0.180 0.124 0.020 0.348 43 A 0.034 0.010 0.047 0.336 0.269 0.106 0.007 0.191 44 W 0.012 0.014 0.063 0.275 0.397 0.036 0.002 0.201 45 F 0.003 0.007 0.026 0.381 0.531 0.006 0.001 0.044 46 E 0.005 0.011 0.043 0.314 0.538 0.016 0.002 0.070 47 A 0.003 0.008 0.033 0.387 0.519 0.003 0.002 0.045 48 Q 0.004 0.004 0.031 0.437 0.494 0.004 0.002 0.025 49 V 0.005 0.006 0.032 0.348 0.453 0.011 0.002 0.143 50 V 0.001 0.002 0.037 0.362 0.581 0.003 0.001 0.014 51 R 0.007 0.010 0.028 0.162 0.372 0.032 0.004 0.385 52 V 0.011 0.006 0.103 0.170 0.540 0.031 0.003 0.136 53 T 0.008 0.010 0.080 0.195 0.378 0.069 0.004 0.255 54 R 0.015 0.010 0.033 0.079 0.192 0.042 0.006 0.624 55 K 0.023 0.010 0.032 0.046 0.092 0.190 0.010 0.597 56 A 0.093 0.011 0.026 0.038 0.061 0.115 0.011 0.645 57 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.994 58 S 0.023 0.006 0.009 0.023 0.042 0.325 0.007 0.565 59 R 0.432 0.010 0.014 0.013 0.024 0.058 0.022 0.426 60 D 0.140 0.026 0.014 0.020 0.030 0.205 0.021 0.543 61 E 0.346 0.011 0.027 0.038 0.040 0.143 0.016 0.379 62 P 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.989 63 C 0.033 0.005 0.039 0.063 0.175 0.119 0.005 0.561 64 S 0.105 0.014 0.029 0.053 0.067 0.157 0.011 0.563 65 S 0.090 0.019 0.028 0.032 0.064 0.086 0.009 0.673 66 T 0.072 0.014 0.024 0.020 0.031 0.305 0.014 0.519 67 S 0.270 0.009 0.015 0.010 0.013 0.252 0.059 0.372 68 R 0.315 0.024 0.029 0.024 0.031 0.232 0.017 0.328 69 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.986 70 A 0.023 0.011 0.013 0.022 0.064 0.239 0.004 0.624 71 L 0.189 0.033 0.019 0.031 0.059 0.121 0.013 0.536 72 E 0.110 0.069 0.020 0.048 0.075 0.090 0.010 0.576 73 E 0.089 0.046 0.033 0.044 0.049 0.113 0.013 0.613 74 D 0.208 0.052 0.043 0.064 0.074 0.104 0.027 0.428 75 V 0.126 0.037 0.136 0.155 0.167 0.071 0.015 0.294 76 I 0.012 0.009 0.227 0.279 0.309 0.028 0.004 0.133 77 Y 0.006 0.004 0.210 0.323 0.320 0.018 0.002 0.117 78 H 0.004 0.002 0.169 0.259 0.392 0.016 0.002 0.156 79 V 0.003 0.002 0.203 0.294 0.364 0.018 0.001 0.114 80 K 0.003 0.002 0.124 0.199 0.317 0.063 0.003 0.288 81 Y 0.011 0.004 0.094 0.133 0.363 0.069 0.004 0.323 82 D 0.007 0.005 0.023 0.045 0.086 0.301 0.004 0.529 83 D 0.063 0.004 0.009 0.015 0.033 0.195 0.028 0.652 84 Y 0.295 0.026 0.018 0.030 0.042 0.231 0.012 0.347 85 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.990 86 E 0.011 0.013 0.003 0.011 0.029 0.122 0.003 0.807 87 N 0.379 0.062 0.012 0.018 0.064 0.053 0.024 0.388 88 G 0.549 0.022 0.044 0.051 0.058 0.081 0.024 0.172 89 V 0.042 0.013 0.163 0.195 0.149 0.075 0.008 0.354 90 V 0.004 0.002 0.109 0.455 0.361 0.012 0.002 0.055 91 Q 0.006 0.006 0.088 0.158 0.262 0.037 0.003 0.440 92 M 0.007 0.005 0.370 0.163 0.287 0.030 0.002 0.136 93 N 0.005 0.006 0.089 0.210 0.224 0.163 0.004 0.299 94 S 0.027 0.009 0.110 0.064 0.198 0.054 0.011 0.527 95 R 0.021 0.009 0.027 0.022 0.032 0.394 0.011 0.483 96 D 0.148 0.006 0.020 0.013 0.019 0.412 0.035 0.346 97 V 0.147 0.101 0.047 0.020 0.048 0.134 0.012 0.491 98 R 0.044 0.080 0.045 0.061 0.117 0.246 0.004 0.403 99 A 0.003 0.014 0.003 0.004 0.009 0.031 0.001 0.935 100 R 0.035 0.230 0.019 0.032 0.111 0.094 0.006 0.474 101 A 0.114 0.517 0.017 0.028 0.066 0.051 0.009 0.198 102 R 0.047 0.670 0.037 0.042 0.048 0.029 0.009 0.118 103 T 0.097 0.576 0.023 0.048 0.057 0.023 0.025 0.152 104 I 0.102 0.497 0.030 0.054 0.103 0.011 0.018 0.184 105 I 0.055 0.322 0.104 0.167 0.140 0.036 0.017 0.160 106 K 0.028 0.122 0.072 0.118 0.112 0.097 0.018 0.433 107 W 0.054 0.102 0.138 0.096 0.229 0.041 0.015 0.325 108 Q 0.023 0.051 0.033 0.040 0.042 0.260 0.019 0.532 109 D 0.257 0.025 0.035 0.020 0.032 0.098 0.085 0.448 110 L 0.333 0.106 0.105 0.046 0.054 0.068 0.022 0.266 111 E 0.063 0.023 0.077 0.087 0.098 0.275 0.011 0.366 112 V 0.027 0.012 0.060 0.053 0.115 0.075 0.006 0.651 113 G 0.042 0.008 0.210 0.143 0.241 0.091 0.007 0.258 114 Q 0.068 0.007 0.158 0.125 0.092 0.113 0.010 0.426 115 V 0.018 0.007 0.481 0.070 0.115 0.058 0.004 0.247 116 V 0.009 0.002 0.677 0.102 0.104 0.027 0.001 0.079 117 M 0.002 0.002 0.692 0.074 0.124 0.023 0.001 0.081 118 L 0.002 0.001 0.679 0.115 0.148 0.015 0.001 0.040 119 N 0.003 0.002 0.409 0.097 0.235 0.032 0.002 0.220 120 Y 0.013 0.002 0.246 0.092 0.190 0.135 0.006 0.315 121 N 0.007 0.002 0.031 0.053 0.048 0.541 0.003 0.315 122 P 0.003 0.001 0.005 0.003 0.010 0.014 0.001 0.963 123 D 0.010 0.002 0.001 0.003 0.005 0.805 0.007 0.168 124 N 0.855 0.001 0.001 0.003 0.002 0.056 0.029 0.053 125 P 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.989 126 K 0.008 0.010 0.004 0.021 0.034 0.625 0.002 0.297 127 E 0.423 0.022 0.009 0.023 0.038 0.113 0.025 0.346 128 R 0.268 0.104 0.023 0.059 0.126 0.079 0.017 0.325 129 G 0.140 0.022 0.072 0.141 0.209 0.071 0.014 0.331 130 F 0.041 0.006 0.119 0.288 0.244 0.069 0.010 0.224 131 W 0.007 0.002 0.116 0.236 0.278 0.027 0.002 0.331 132 Y 0.002 0.001 0.098 0.393 0.435 0.013 0.001 0.058 133 D 0.004 0.003 0.144 0.165 0.299 0.068 0.002 0.315 134 A 0.005 0.003 0.122 0.214 0.463 0.021 0.002 0.169 135 E 0.006 0.004 0.103 0.267 0.419 0.066 0.003 0.132 136 I 0.015 0.009 0.061 0.248 0.337 0.053 0.005 0.272 137 S 0.007 0.017 0.044 0.284 0.529 0.026 0.002 0.090 138 R 0.016 0.052 0.019 0.145 0.249 0.084 0.007 0.428 139 K 0.044 0.079 0.038 0.132 0.322 0.097 0.014 0.275 140 R 0.074 0.110 0.026 0.116 0.185 0.089 0.022 0.378 141 E 0.096 0.077 0.018 0.062 0.089 0.125 0.030 0.502 142 T 0.122 0.065 0.025 0.058 0.118 0.079 0.032 0.501 143 R 0.090 0.047 0.058 0.077 0.112 0.112 0.015 0.490 144 T 0.016 0.017 0.013 0.054 0.055 0.361 0.008 0.476 145 A 0.047 0.028 0.044 0.062 0.214 0.060 0.009 0.536 146 R 0.012 0.032 0.014 0.056 0.069 0.349 0.006 0.461 147 E 0.123 0.039 0.027 0.073 0.075 0.282 0.031 0.350 148 L 0.088 0.330 0.037 0.129 0.198 0.027 0.008 0.181 149 Y 0.022 0.079 0.059 0.235 0.471 0.026 0.004 0.102 150 A 0.009 0.038 0.048 0.369 0.416 0.014 0.006 0.101 151 N 0.014 0.019 0.070 0.343 0.462 0.010 0.005 0.077 152 V 0.015 0.019 0.085 0.347 0.383 0.015 0.005 0.132 153 V 0.003 0.005 0.398 0.187 0.351 0.011 0.002 0.044 154 L 0.007 0.010 0.215 0.218 0.354 0.031 0.005 0.161 155 G 0.015 0.010 0.172 0.123 0.292 0.071 0.008 0.307 156 D 0.018 0.005 0.072 0.053 0.128 0.069 0.009 0.645 157 D 0.029 0.004 0.037 0.021 0.034 0.169 0.008 0.697 158 S 0.044 0.003 0.015 0.017 0.025 0.212 0.010 0.673 159 L 0.149 0.014 0.057 0.046 0.102 0.148 0.009 0.475 160 N 0.022 0.007 0.012 0.024 0.022 0.358 0.006 0.549 161 D 0.240 0.010 0.015 0.012 0.020 0.143 0.020 0.538 162 C 0.305 0.070 0.063 0.046 0.064 0.092 0.013 0.348 163 R 0.076 0.014 0.138 0.148 0.140 0.252 0.008 0.224 164 I 0.013 0.014 0.092 0.163 0.242 0.074 0.004 0.399 165 I 0.006 0.004 0.164 0.308 0.445 0.013 0.002 0.059 166 F 0.015 0.032 0.068 0.131 0.147 0.088 0.005 0.513 167 V 0.008 0.020 0.317 0.135 0.362 0.033 0.003 0.123 168 D 0.007 0.033 0.060 0.121 0.190 0.080 0.006 0.502 169 E 0.081 0.033 0.050 0.078 0.123 0.139 0.023 0.473 170 V 0.113 0.103 0.064 0.087 0.152 0.103 0.018 0.361 171 F 0.043 0.126 0.115 0.187 0.259 0.076 0.009 0.185 172 K 0.057 0.108 0.056 0.160 0.214 0.072 0.013 0.319 173 I 0.063 0.084 0.093 0.161 0.274 0.022 0.010 0.293 174 E 0.031 0.061 0.086 0.142 0.289 0.038 0.013 0.340 175 R 0.040 0.027 0.073 0.119 0.142 0.075 0.008 0.516 176 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 177 G 0.021 0.004 0.033 0.028 0.096 0.085 0.006 0.728 178 E 0.271 0.008 0.025 0.017 0.022 0.053 0.012 0.592