# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.11429 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.202 0.314 0.241 0.097 0.055 0.039 0.016 0.003 0.030 0.003 0.001 2 H 0.203 0.220 0.262 0.132 0.056 0.057 0.030 0.004 0.030 0.004 0.002 3 H 0.221 0.216 0.215 0.164 0.061 0.041 0.033 0.007 0.034 0.006 0.002 4 H 0.260 0.214 0.202 0.160 0.056 0.037 0.031 0.006 0.028 0.005 0.001 5 H 0.211 0.207 0.199 0.183 0.065 0.051 0.036 0.006 0.033 0.006 0.002 6 H 0.242 0.232 0.197 0.183 0.045 0.039 0.022 0.005 0.029 0.005 0.002 7 H 0.213 0.175 0.269 0.150 0.059 0.049 0.034 0.006 0.032 0.011 0.001 8 S 0.364 0.159 0.180 0.157 0.033 0.036 0.023 0.004 0.034 0.007 0.003 9 S 0.248 0.072 0.237 0.296 0.027 0.019 0.069 0.008 0.014 0.009 0.002 10 G 0.046 0.016 0.053 0.056 0.054 0.015 0.105 0.489 0.006 0.160 0.001 11 R 0.117 0.227 0.496 0.055 0.034 0.022 0.010 0.002 0.031 0.004 0.001 12 E 0.315 0.099 0.439 0.070 0.015 0.031 0.009 0.001 0.013 0.003 0.004 13 N 0.201 0.149 0.260 0.141 0.093 0.060 0.038 0.011 0.034 0.012 0.002 14 L 0.364 0.178 0.246 0.109 0.040 0.025 0.010 0.002 0.022 0.002 0.003 15 Y 0.327 0.214 0.192 0.138 0.049 0.034 0.016 0.003 0.023 0.004 0.001 16 F 0.283 0.211 0.218 0.125 0.052 0.044 0.021 0.003 0.039 0.004 0.002 17 Q 0.271 0.164 0.240 0.202 0.035 0.022 0.037 0.004 0.020 0.003 0.001 18 G 0.150 0.064 0.134 0.079 0.136 0.028 0.104 0.182 0.013 0.110 0.001 19 M 0.284 0.238 0.229 0.141 0.046 0.027 0.011 0.003 0.018 0.003 0.001 20 W 0.269 0.236 0.267 0.095 0.045 0.036 0.014 0.002 0.031 0.003 0.001 21 D 0.364 0.178 0.213 0.118 0.044 0.038 0.016 0.002 0.021 0.004 0.002 22 E 0.185 0.140 0.303 0.122 0.056 0.073 0.030 0.003 0.079 0.006 0.002 23 T 0.628 0.051 0.166 0.102 0.017 0.012 0.008 0.001 0.008 0.004 0.003 24 E 0.424 0.079 0.128 0.200 0.032 0.046 0.048 0.010 0.024 0.006 0.001 25 L 0.160 0.182 0.249 0.301 0.033 0.011 0.041 0.005 0.015 0.002 0.001 26 G 0.045 0.037 0.097 0.020 0.098 0.015 0.113 0.400 0.004 0.170 0.001 27 L 0.131 0.568 0.202 0.039 0.029 0.017 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 28 Y 0.083 0.570 0.133 0.031 0.139 0.015 0.002 0.001 0.024 0.002 0.001 29 K 0.042 0.555 0.225 0.021 0.061 0.066 0.006 0.001 0.022 0.001 0.001 30 V 0.102 0.364 0.356 0.041 0.026 0.088 0.005 0.001 0.015 0.001 0.002 31 N 0.186 0.198 0.207 0.118 0.108 0.053 0.047 0.014 0.050 0.018 0.002 32 E 0.311 0.159 0.138 0.162 0.104 0.024 0.059 0.010 0.024 0.007 0.001 33 Y 0.191 0.254 0.170 0.229 0.058 0.046 0.027 0.004 0.018 0.002 0.001 34 V 0.088 0.545 0.206 0.057 0.035 0.035 0.007 0.002 0.022 0.002 0.001 35 D 0.025 0.108 0.544 0.015 0.022 0.186 0.020 0.001 0.074 0.003 0.002 36 A 0.857 0.006 0.071 0.041 0.003 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 37 R 0.696 0.030 0.038 0.192 0.010 0.013 0.012 0.002 0.006 0.001 0.001 38 D 0.188 0.076 0.145 0.412 0.020 0.050 0.047 0.004 0.053 0.003 0.002 39 T 0.505 0.078 0.231 0.108 0.012 0.011 0.032 0.005 0.011 0.006 0.002 40 N 0.357 0.071 0.122 0.167 0.039 0.067 0.108 0.017 0.017 0.032 0.002 41 M 0.235 0.042 0.130 0.509 0.013 0.011 0.042 0.003 0.009 0.003 0.002 42 G 0.068 0.020 0.058 0.031 0.048 0.007 0.095 0.547 0.003 0.123 0.001 43 A 0.152 0.292 0.373 0.033 0.084 0.034 0.016 0.004 0.008 0.003 0.001 44 W 0.155 0.627 0.147 0.019 0.021 0.016 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 45 F 0.149 0.494 0.201 0.020 0.098 0.021 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 46 E 0.169 0.567 0.129 0.026 0.064 0.019 0.004 0.001 0.021 0.001 0.001 47 A 0.097 0.410 0.134 0.025 0.297 0.017 0.004 0.001 0.015 0.001 0.001 48 Q 0.057 0.772 0.074 0.014 0.045 0.020 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 49 V 0.112 0.444 0.308 0.014 0.020 0.090 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 50 V 0.265 0.467 0.109 0.046 0.047 0.028 0.003 0.001 0.033 0.001 0.001 51 R 0.127 0.335 0.221 0.052 0.131 0.063 0.031 0.001 0.037 0.001 0.001 52 V 0.238 0.421 0.159 0.084 0.038 0.025 0.009 0.002 0.022 0.001 0.001 53 T 0.157 0.319 0.250 0.096 0.083 0.032 0.017 0.002 0.040 0.004 0.001 54 R 0.269 0.211 0.263 0.096 0.080 0.029 0.018 0.002 0.025 0.003 0.005 55 K 0.189 0.242 0.320 0.119 0.037 0.053 0.015 0.003 0.017 0.002 0.002 56 A 0.035 0.228 0.495 0.008 0.028 0.020 0.005 0.001 0.179 0.003 0.001 57 P 0.313 0.006 0.586 0.020 0.003 0.016 0.001 0.001 0.003 0.001 0.051 58 S 0.205 0.160 0.270 0.195 0.036 0.066 0.026 0.014 0.024 0.003 0.001 59 R 0.409 0.110 0.254 0.138 0.025 0.021 0.021 0.003 0.012 0.004 0.003 60 D 0.171 0.077 0.150 0.404 0.041 0.044 0.072 0.013 0.019 0.006 0.001 61 E 0.028 0.243 0.417 0.011 0.032 0.011 0.010 0.001 0.242 0.004 0.001 62 P 0.160 0.007 0.730 0.015 0.002 0.027 0.001 0.001 0.003 0.001 0.054 63 C 0.155 0.276 0.293 0.143 0.045 0.039 0.010 0.011 0.024 0.002 0.001 64 S 0.238 0.179 0.326 0.098 0.073 0.034 0.013 0.004 0.024 0.008 0.002 65 S 0.283 0.144 0.198 0.203 0.061 0.045 0.026 0.005 0.028 0.005 0.001 66 T 0.317 0.178 0.173 0.211 0.040 0.027 0.026 0.004 0.019 0.004 0.002 67 S 0.193 0.130 0.190 0.300 0.051 0.041 0.054 0.012 0.018 0.008 0.003 68 R 0.044 0.296 0.402 0.016 0.055 0.012 0.014 0.001 0.153 0.005 0.001 69 P 0.181 0.015 0.727 0.014 0.003 0.024 0.001 0.001 0.004 0.001 0.031 70 A 0.122 0.180 0.520 0.066 0.026 0.056 0.005 0.002 0.021 0.001 0.002 71 L 0.126 0.229 0.471 0.052 0.034 0.036 0.005 0.001 0.041 0.003 0.002 72 E 0.360 0.103 0.335 0.072 0.043 0.032 0.020 0.002 0.022 0.006 0.005 73 E 0.410 0.082 0.187 0.202 0.038 0.024 0.031 0.005 0.015 0.004 0.003 74 D 0.095 0.259 0.201 0.213 0.107 0.039 0.041 0.010 0.029 0.004 0.001 75 V 0.022 0.676 0.208 0.023 0.033 0.018 0.006 0.001 0.013 0.001 0.001 76 I 0.014 0.787 0.140 0.010 0.019 0.022 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 77 Y 0.010 0.727 0.114 0.014 0.096 0.021 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 78 H 0.006 0.744 0.133 0.006 0.059 0.034 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 79 V 0.003 0.829 0.099 0.003 0.029 0.028 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 80 K 0.008 0.570 0.267 0.005 0.015 0.124 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 81 Y 0.040 0.493 0.225 0.025 0.066 0.078 0.011 0.001 0.060 0.002 0.001 82 D 0.344 0.150 0.214 0.098 0.061 0.049 0.044 0.002 0.027 0.008 0.004 83 D 0.160 0.083 0.120 0.365 0.066 0.050 0.086 0.028 0.020 0.020 0.002 84 Y 0.038 0.184 0.456 0.015 0.027 0.018 0.016 0.001 0.231 0.013 0.001 85 P 0.523 0.004 0.387 0.018 0.002 0.008 0.001 0.001 0.002 0.003 0.050 86 E 0.567 0.038 0.091 0.232 0.012 0.021 0.017 0.008 0.009 0.003 0.002 87 N 0.097 0.045 0.170 0.526 0.022 0.012 0.099 0.015 0.007 0.006 0.001 88 G 0.032 0.040 0.101 0.037 0.079 0.013 0.210 0.390 0.008 0.089 0.001 89 V 0.053 0.472 0.381 0.026 0.030 0.021 0.003 0.001 0.011 0.001 0.002 90 V 0.033 0.690 0.198 0.012 0.027 0.020 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 91 Q 0.021 0.443 0.371 0.013 0.042 0.088 0.003 0.001 0.017 0.001 0.002 92 M 0.039 0.654 0.178 0.027 0.049 0.024 0.002 0.001 0.025 0.001 0.001 93 N 0.017 0.264 0.366 0.017 0.113 0.077 0.020 0.001 0.116 0.009 0.001 94 S 0.587 0.032 0.245 0.051 0.026 0.014 0.005 0.001 0.012 0.006 0.023 95 R 0.747 0.027 0.066 0.120 0.013 0.008 0.010 0.003 0.004 0.002 0.001 96 D 0.261 0.075 0.172 0.348 0.030 0.045 0.042 0.005 0.018 0.002 0.002 97 V 0.207 0.211 0.402 0.107 0.013 0.028 0.014 0.002 0.012 0.001 0.002 98 R 0.069 0.317 0.426 0.010 0.022 0.032 0.008 0.001 0.109 0.004 0.001 99 A 0.698 0.004 0.244 0.018 0.002 0.009 0.002 0.001 0.002 0.001 0.021 100 R 0.522 0.046 0.071 0.262 0.033 0.020 0.018 0.015 0.010 0.003 0.001 101 A 0.450 0.123 0.221 0.102 0.034 0.024 0.020 0.004 0.019 0.002 0.001 102 R 0.460 0.239 0.173 0.075 0.019 0.014 0.009 0.001 0.009 0.001 0.001 103 T 0.322 0.310 0.173 0.075 0.060 0.032 0.010 0.001 0.016 0.001 0.001 104 I 0.233 0.504 0.142 0.034 0.039 0.024 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 105 I 0.139 0.532 0.194 0.030 0.046 0.038 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 106 K 0.089 0.385 0.342 0.022 0.022 0.107 0.005 0.001 0.026 0.001 0.001 107 W 0.486 0.127 0.242 0.048 0.026 0.030 0.009 0.001 0.028 0.002 0.002 108 Q 0.689 0.034 0.053 0.149 0.018 0.011 0.033 0.003 0.007 0.003 0.001 109 D 0.208 0.044 0.061 0.432 0.032 0.022 0.165 0.016 0.015 0.004 0.001 110 L 0.123 0.427 0.285 0.075 0.023 0.014 0.025 0.004 0.024 0.002 0.001 111 E 0.045 0.325 0.405 0.038 0.037 0.093 0.020 0.001 0.029 0.003 0.003 112 V 0.090 0.384 0.319 0.116 0.033 0.017 0.012 0.002 0.022 0.001 0.004 113 G 0.033 0.134 0.101 0.041 0.408 0.011 0.034 0.132 0.009 0.097 0.001 114 Q 0.022 0.569 0.200 0.024 0.140 0.021 0.007 0.001 0.013 0.001 0.001 115 V 0.007 0.722 0.203 0.005 0.024 0.033 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 116 V 0.007 0.866 0.067 0.003 0.028 0.022 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 117 M 0.005 0.700 0.183 0.004 0.019 0.077 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 118 L 0.031 0.705 0.124 0.017 0.037 0.034 0.003 0.001 0.047 0.001 0.001 119 N 0.025 0.304 0.234 0.051 0.177 0.106 0.048 0.004 0.045 0.006 0.001 120 Y 0.054 0.516 0.167 0.099 0.072 0.049 0.011 0.004 0.019 0.005 0.003 121 N 0.018 0.151 0.377 0.017 0.061 0.102 0.030 0.001 0.216 0.028 0.001 122 P 0.892 0.001 0.039 0.023 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 123 D 0.327 0.010 0.026 0.585 0.006 0.014 0.020 0.008 0.002 0.001 0.001 124 N 0.044 0.133 0.322 0.050 0.030 0.022 0.033 0.003 0.351 0.009 0.001 125 P 0.377 0.004 0.527 0.017 0.001 0.012 0.002 0.001 0.003 0.002 0.054 126 K 0.662 0.026 0.154 0.113 0.009 0.018 0.006 0.003 0.006 0.003 0.001 127 E 0.595 0.049 0.143 0.148 0.011 0.022 0.011 0.002 0.013 0.002 0.003 128 R 0.114 0.070 0.250 0.438 0.016 0.013 0.074 0.004 0.018 0.002 0.001 129 G 0.018 0.022 0.048 0.014 0.065 0.007 0.086 0.557 0.003 0.180 0.001 130 F 0.053 0.416 0.359 0.039 0.067 0.045 0.006 0.002 0.012 0.002 0.001 131 W 0.080 0.509 0.244 0.058 0.035 0.052 0.004 0.001 0.015 0.001 0.001 132 Y 0.083 0.557 0.138 0.050 0.096 0.034 0.006 0.001 0.031 0.002 0.001 133 D 0.084 0.194 0.394 0.039 0.066 0.155 0.025 0.001 0.038 0.001 0.003 134 A 0.613 0.157 0.114 0.048 0.037 0.014 0.003 0.001 0.009 0.001 0.002 135 E 0.586 0.225 0.088 0.035 0.030 0.022 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 136 I 0.555 0.230 0.103 0.049 0.023 0.021 0.004 0.001 0.014 0.001 0.001 137 S 0.632 0.134 0.084 0.063 0.041 0.014 0.009 0.001 0.021 0.001 0.001 138 R 0.489 0.131 0.149 0.099 0.054 0.024 0.021 0.002 0.031 0.002 0.001 139 K 0.488 0.107 0.209 0.124 0.018 0.021 0.015 0.001 0.016 0.001 0.001 140 R 0.296 0.197 0.261 0.121 0.041 0.029 0.018 0.003 0.030 0.003 0.001 141 E 0.326 0.144 0.290 0.113 0.035 0.047 0.023 0.002 0.016 0.002 0.002 142 T 0.330 0.232 0.178 0.142 0.041 0.032 0.019 0.003 0.020 0.002 0.001 143 R 0.372 0.146 0.227 0.097 0.067 0.036 0.025 0.005 0.017 0.006 0.001 144 T 0.324 0.211 0.204 0.129 0.043 0.042 0.013 0.002 0.029 0.002 0.001 145 A 0.545 0.125 0.191 0.069 0.023 0.019 0.012 0.001 0.010 0.002 0.002 146 R 0.541 0.155 0.117 0.091 0.041 0.016 0.018 0.003 0.015 0.002 0.001 147 E 0.208 0.309 0.252 0.081 0.070 0.032 0.016 0.001 0.031 0.001 0.001 148 L 0.098 0.561 0.239 0.031 0.025 0.023 0.004 0.001 0.017 0.001 0.001 149 Y 0.061 0.647 0.170 0.022 0.055 0.025 0.004 0.001 0.017 0.001 0.001 150 A 0.050 0.609 0.134 0.030 0.136 0.018 0.005 0.001 0.016 0.001 0.001 151 N 0.028 0.621 0.170 0.018 0.097 0.034 0.007 0.001 0.023 0.001 0.001 152 V 0.019 0.735 0.157 0.007 0.040 0.027 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 153 V 0.026 0.628 0.219 0.009 0.030 0.064 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 154 L 0.033 0.576 0.244 0.032 0.048 0.028 0.007 0.001 0.032 0.001 0.001 155 G 0.030 0.052 0.085 0.032 0.228 0.025 0.076 0.177 0.012 0.283 0.001 156 D 0.118 0.163 0.230 0.189 0.133 0.042 0.056 0.015 0.029 0.025 0.001 157 D 0.197 0.143 0.172 0.242 0.095 0.028 0.052 0.018 0.020 0.032 0.001 158 S 0.187 0.235 0.192 0.172 0.086 0.044 0.031 0.011 0.027 0.013 0.001 159 L 0.271 0.301 0.212 0.117 0.031 0.029 0.010 0.002 0.022 0.002 0.004 160 N 0.272 0.130 0.215 0.178 0.055 0.034 0.071 0.012 0.017 0.015 0.002 161 D 0.140 0.080 0.118 0.235 0.095 0.047 0.185 0.061 0.022 0.017 0.001 162 C 0.106 0.439 0.258 0.091 0.057 0.013 0.015 0.003 0.016 0.001 0.001 163 R 0.071 0.563 0.236 0.019 0.051 0.031 0.008 0.001 0.018 0.001 0.001 164 I 0.031 0.615 0.263 0.009 0.023 0.050 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 165 I 0.040 0.771 0.106 0.009 0.036 0.019 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 166 F 0.056 0.370 0.341 0.012 0.076 0.107 0.005 0.001 0.031 0.001 0.001 167 V 0.615 0.133 0.135 0.039 0.031 0.021 0.007 0.001 0.016 0.001 0.001 168 D 0.652 0.075 0.073 0.072 0.080 0.014 0.019 0.003 0.009 0.003 0.001 169 E 0.516 0.173 0.071 0.132 0.054 0.019 0.016 0.002 0.015 0.001 0.001 170 V 0.566 0.287 0.081 0.029 0.016 0.009 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 171 F 0.494 0.304 0.082 0.045 0.047 0.014 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 172 K 0.286 0.378 0.150 0.060 0.067 0.028 0.006 0.001 0.025 0.001 0.001 173 I 0.183 0.416 0.244 0.068 0.023 0.033 0.004 0.001 0.027 0.001 0.001 174 E 0.238 0.247 0.335 0.067 0.033 0.039 0.011 0.001 0.025 0.003 0.002 175 R 0.019 0.330 0.401 0.008 0.026 0.025 0.008 0.001 0.181 0.002 0.001 176 P 0.125 0.005 0.791 0.022 0.003 0.011 0.005 0.001 0.003 0.001 0.034 177 G 0.017 0.009 0.038 0.018 0.043 0.008 0.025 0.731 0.002 0.109 0.001 178 E 0.140 0.213 0.467 0.079 0.052 0.021 0.006 0.002 0.014 0.004 0.002