# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.11429 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.119 0.145 0.057 0.021 0.196 0.022 0.040 0.159 0.089 0.098 0.055 2 H 0.114 0.128 0.064 0.035 0.174 0.032 0.058 0.141 0.069 0.120 0.065 3 H 0.139 0.154 0.078 0.026 0.209 0.019 0.029 0.122 0.069 0.100 0.055 4 H 0.077 0.136 0.073 0.033 0.137 0.032 0.053 0.202 0.115 0.095 0.046 5 H 0.112 0.128 0.067 0.022 0.169 0.020 0.044 0.161 0.081 0.138 0.059 6 H 0.093 0.196 0.085 0.025 0.177 0.024 0.039 0.138 0.067 0.108 0.048 7 H 0.098 0.159 0.163 0.037 0.148 0.022 0.036 0.133 0.070 0.082 0.052 8 S 0.068 0.102 0.083 0.045 0.097 0.046 0.050 0.237 0.136 0.094 0.042 9 S 0.029 0.244 0.101 0.066 0.068 0.055 0.137 0.145 0.069 0.065 0.021 10 G 0.052 0.044 0.053 0.067 0.050 0.023 0.018 0.047 0.043 0.455 0.147 11 R 0.074 0.337 0.170 0.023 0.199 0.012 0.013 0.067 0.038 0.039 0.028 12 E 0.058 0.189 0.084 0.040 0.111 0.036 0.062 0.224 0.108 0.057 0.032 13 N 0.110 0.126 0.067 0.021 0.164 0.016 0.029 0.171 0.102 0.140 0.055 14 L 0.077 0.147 0.043 0.010 0.171 0.018 0.030 0.270 0.123 0.078 0.033 15 Y 0.110 0.131 0.070 0.016 0.168 0.015 0.046 0.238 0.083 0.076 0.048 16 F 0.107 0.079 0.043 0.019 0.117 0.026 0.043 0.278 0.110 0.124 0.054 17 Q 0.039 0.208 0.091 0.062 0.081 0.063 0.097 0.187 0.078 0.067 0.028 18 G 0.065 0.080 0.069 0.063 0.075 0.028 0.034 0.126 0.086 0.284 0.091 19 M 0.096 0.201 0.073 0.015 0.209 0.013 0.024 0.130 0.091 0.100 0.049 20 W 0.130 0.128 0.047 0.016 0.207 0.021 0.049 0.186 0.088 0.079 0.050 21 D 0.087 0.136 0.069 0.038 0.147 0.041 0.066 0.153 0.076 0.139 0.048 22 E 0.185 0.148 0.079 0.018 0.314 0.014 0.017 0.086 0.045 0.057 0.037 23 T 0.045 0.117 0.065 0.017 0.086 0.026 0.056 0.325 0.189 0.048 0.025 24 E 0.084 0.054 0.032 0.022 0.089 0.023 0.069 0.225 0.115 0.206 0.079 25 L 0.085 0.240 0.075 0.021 0.173 0.027 0.040 0.150 0.073 0.072 0.043 26 G 0.073 0.155 0.084 0.041 0.140 0.041 0.044 0.176 0.074 0.099 0.072 27 L 0.217 0.128 0.020 0.004 0.333 0.006 0.018 0.127 0.050 0.062 0.034 28 Y 0.122 0.250 0.075 0.010 0.375 0.013 0.023 0.077 0.017 0.017 0.020 29 K 0.200 0.154 0.073 0.015 0.287 0.018 0.019 0.120 0.027 0.030 0.056 30 V 0.056 0.284 0.047 0.021 0.103 0.037 0.118 0.170 0.099 0.032 0.033 31 N 0.030 0.029 0.027 0.124 0.030 0.070 0.044 0.116 0.095 0.331 0.106 32 E 0.065 0.273 0.085 0.012 0.198 0.011 0.024 0.139 0.078 0.087 0.028 33 Y 0.236 0.086 0.020 0.005 0.308 0.008 0.046 0.114 0.058 0.069 0.049 34 V 0.095 0.339 0.088 0.020 0.248 0.027 0.029 0.051 0.029 0.042 0.032 35 D 0.160 0.242 0.067 0.010 0.357 0.009 0.012 0.052 0.027 0.020 0.044 36 A 0.089 0.032 0.011 0.003 0.085 0.008 0.046 0.395 0.233 0.064 0.035 37 R 0.044 0.142 0.047 0.026 0.116 0.050 0.123 0.236 0.088 0.102 0.028 38 D 0.234 0.073 0.041 0.011 0.256 0.010 0.015 0.124 0.055 0.126 0.056 39 T 0.024 0.081 0.047 0.016 0.052 0.026 0.055 0.410 0.232 0.040 0.018 40 N 0.073 0.035 0.030 0.026 0.066 0.029 0.105 0.262 0.100 0.212 0.061 41 M 0.057 0.246 0.076 0.021 0.110 0.022 0.036 0.195 0.086 0.107 0.042 42 G 0.053 0.045 0.043 0.124 0.052 0.085 0.058 0.225 0.082 0.139 0.094 43 A 0.108 0.223 0.064 0.007 0.242 0.008 0.014 0.217 0.053 0.045 0.019 44 W 0.293 0.041 0.003 0.002 0.324 0.005 0.018 0.210 0.037 0.023 0.044 45 F 0.263 0.070 0.009 0.002 0.277 0.014 0.048 0.163 0.085 0.012 0.057 46 E 0.182 0.059 0.006 0.008 0.230 0.033 0.056 0.283 0.027 0.032 0.083 47 A 0.316 0.094 0.012 0.003 0.412 0.006 0.020 0.080 0.028 0.007 0.023 48 Q 0.183 0.126 0.006 0.002 0.437 0.010 0.029 0.128 0.013 0.032 0.035 49 V 0.496 0.038 0.003 0.002 0.290 0.004 0.013 0.055 0.019 0.016 0.063 50 V 0.064 0.122 0.041 0.063 0.210 0.163 0.156 0.108 0.029 0.017 0.027 51 R 0.275 0.086 0.029 0.008 0.441 0.006 0.009 0.043 0.012 0.045 0.047 52 V 0.206 0.102 0.020 0.004 0.346 0.007 0.025 0.077 0.086 0.063 0.065 53 T 0.115 0.183 0.068 0.029 0.268 0.042 0.066 0.079 0.050 0.047 0.054 54 R 0.145 0.150 0.055 0.019 0.221 0.018 0.043 0.137 0.069 0.085 0.057 55 K 0.092 0.127 0.096 0.046 0.149 0.038 0.065 0.068 0.059 0.193 0.066 56 A 0.062 0.395 0.246 0.021 0.169 0.009 0.011 0.025 0.018 0.027 0.018 57 P 0.055 0.149 0.077 0.031 0.091 0.028 0.061 0.189 0.195 0.084 0.040 58 S 0.081 0.152 0.104 0.031 0.146 0.022 0.038 0.130 0.118 0.138 0.039 59 R 0.061 0.135 0.059 0.024 0.118 0.027 0.060 0.196 0.158 0.120 0.042 60 D 0.082 0.074 0.064 0.048 0.105 0.034 0.055 0.097 0.089 0.272 0.079 61 E 0.074 0.294 0.176 0.030 0.198 0.017 0.019 0.059 0.041 0.062 0.029 62 P 0.104 0.145 0.079 0.027 0.175 0.023 0.045 0.144 0.105 0.098 0.055 63 C 0.104 0.178 0.096 0.031 0.178 0.026 0.036 0.103 0.075 0.124 0.049 64 S 0.070 0.221 0.128 0.039 0.152 0.028 0.035 0.122 0.079 0.086 0.040 65 S 0.099 0.110 0.066 0.024 0.159 0.020 0.035 0.183 0.142 0.116 0.046 66 T 0.057 0.131 0.063 0.022 0.121 0.025 0.054 0.225 0.161 0.108 0.034 67 S 0.079 0.115 0.068 0.031 0.128 0.031 0.052 0.126 0.087 0.217 0.065 68 R 0.088 0.298 0.155 0.019 0.215 0.013 0.016 0.057 0.042 0.064 0.032 69 P 0.087 0.199 0.103 0.026 0.166 0.022 0.035 0.132 0.107 0.076 0.047 70 A 0.095 0.243 0.118 0.019 0.186 0.018 0.034 0.110 0.064 0.079 0.034 71 L 0.085 0.207 0.085 0.015 0.166 0.017 0.034 0.143 0.108 0.097 0.043 72 E 0.124 0.062 0.030 0.019 0.142 0.018 0.034 0.241 0.179 0.098 0.051 73 E 0.051 0.127 0.069 0.030 0.120 0.054 0.085 0.231 0.148 0.062 0.021 74 D 0.204 0.115 0.026 0.008 0.258 0.012 0.036 0.075 0.033 0.158 0.074 75 V 0.256 0.123 0.008 0.001 0.561 0.002 0.008 0.007 0.008 0.004 0.021 76 I 0.313 0.048 0.004 0.004 0.553 0.017 0.019 0.007 0.003 0.006 0.027 77 Y 0.195 0.138 0.015 0.003 0.610 0.005 0.005 0.005 0.002 0.004 0.018 78 H 0.362 0.024 0.002 0.001 0.582 0.001 0.002 0.002 0.001 0.004 0.019 79 V 0.162 0.231 0.046 0.005 0.508 0.004 0.004 0.005 0.003 0.005 0.028 80 K 0.272 0.138 0.029 0.008 0.370 0.009 0.012 0.015 0.010 0.033 0.104 81 Y 0.145 0.209 0.077 0.030 0.242 0.021 0.016 0.061 0.053 0.077 0.069 82 D 0.072 0.123 0.062 0.038 0.137 0.042 0.089 0.190 0.106 0.094 0.045 83 D 0.091 0.152 0.077 0.025 0.163 0.020 0.038 0.116 0.067 0.201 0.050 84 Y 0.118 0.279 0.133 0.011 0.272 0.011 0.016 0.060 0.026 0.049 0.027 85 P 0.066 0.145 0.244 0.031 0.083 0.027 0.036 0.196 0.114 0.027 0.030 86 E 0.030 0.059 0.053 0.071 0.033 0.095 0.165 0.296 0.124 0.058 0.017 87 N 0.017 0.330 0.132 0.147 0.037 0.074 0.082 0.039 0.023 0.097 0.023 88 G 0.030 0.060 0.059 0.085 0.039 0.022 0.009 0.017 0.023 0.411 0.247 89 V 0.201 0.236 0.023 0.003 0.483 0.003 0.006 0.009 0.008 0.011 0.018 90 V 0.175 0.171 0.018 0.004 0.599 0.006 0.006 0.005 0.003 0.003 0.009 91 Q 0.327 0.058 0.008 0.002 0.555 0.003 0.003 0.003 0.002 0.006 0.033 92 M 0.194 0.245 0.060 0.012 0.391 0.017 0.012 0.008 0.005 0.013 0.044 93 N 0.104 0.347 0.164 0.029 0.210 0.017 0.019 0.014 0.012 0.027 0.058 94 S 0.173 0.122 0.041 0.015 0.175 0.013 0.019 0.105 0.158 0.100 0.079 95 R 0.016 0.087 0.044 0.048 0.048 0.095 0.123 0.229 0.216 0.076 0.017 96 D 0.122 0.135 0.060 0.012 0.225 0.009 0.034 0.139 0.058 0.153 0.054 97 V 0.178 0.158 0.023 0.003 0.295 0.010 0.024 0.105 0.071 0.089 0.044 98 R 0.087 0.344 0.105 0.020 0.269 0.014 0.013 0.082 0.023 0.016 0.028 99 A 0.109 0.068 0.014 0.003 0.139 0.008 0.023 0.448 0.149 0.016 0.022 100 R 0.030 0.059 0.016 0.003 0.046 0.010 0.033 0.567 0.130 0.080 0.025 101 A 0.074 0.046 0.004 0.001 0.062 0.003 0.018 0.562 0.146 0.048 0.037 102 R 0.030 0.024 0.006 0.007 0.047 0.026 0.066 0.624 0.136 0.022 0.013 103 T 0.069 0.086 0.015 0.003 0.135 0.009 0.023 0.513 0.091 0.046 0.011 104 I 0.156 0.082 0.010 0.002 0.239 0.004 0.031 0.319 0.051 0.074 0.032 105 I 0.119 0.253 0.077 0.014 0.273 0.019 0.039 0.123 0.028 0.027 0.027 106 K 0.112 0.215 0.073 0.019 0.200 0.018 0.035 0.138 0.049 0.063 0.078 107 W 0.117 0.070 0.029 0.013 0.128 0.015 0.054 0.266 0.203 0.053 0.052 108 Q 0.015 0.034 0.032 0.057 0.029 0.129 0.184 0.256 0.168 0.076 0.021 109 D 0.154 0.120 0.048 0.010 0.236 0.007 0.026 0.105 0.046 0.184 0.064 110 L 0.212 0.172 0.034 0.004 0.461 0.007 0.016 0.039 0.022 0.014 0.019 111 E 0.215 0.120 0.046 0.019 0.315 0.026 0.032 0.053 0.025 0.049 0.100 112 V 0.185 0.112 0.033 0.053 0.177 0.045 0.079 0.075 0.057 0.082 0.102 113 G 0.022 0.029 0.055 0.351 0.032 0.201 0.104 0.032 0.019 0.122 0.034 114 Q 0.132 0.282 0.116 0.019 0.339 0.006 0.012 0.016 0.013 0.039 0.025 115 V 0.348 0.046 0.003 0.001 0.578 0.002 0.005 0.005 0.006 0.002 0.006 116 V 0.219 0.082 0.007 0.002 0.643 0.007 0.008 0.007 0.003 0.003 0.017 117 M 0.402 0.041 0.005 0.002 0.430 0.003 0.003 0.009 0.004 0.014 0.086 118 L 0.208 0.094 0.024 0.019 0.371 0.025 0.028 0.039 0.026 0.055 0.110 119 N 0.322 0.052 0.021 0.008 0.360 0.008 0.016 0.035 0.015 0.086 0.078 120 Y 0.056 0.237 0.079 0.069 0.152 0.065 0.061 0.083 0.062 0.107 0.028 121 N 0.219 0.120 0.049 0.006 0.534 0.003 0.005 0.020 0.013 0.018 0.014 122 P 0.029 0.027 0.008 0.002 0.042 0.006 0.023 0.341 0.482 0.020 0.020 123 D 0.036 0.052 0.026 0.014 0.055 0.040 0.254 0.258 0.081 0.159 0.027 124 N 0.129 0.298 0.080 0.006 0.289 0.005 0.005 0.045 0.020 0.090 0.032 125 P 0.053 0.100 0.044 0.009 0.117 0.011 0.018 0.360 0.214 0.049 0.024 126 K 0.025 0.021 0.022 0.008 0.029 0.011 0.062 0.479 0.293 0.039 0.011 127 E 0.055 0.043 0.031 0.010 0.060 0.018 0.093 0.378 0.123 0.162 0.028 128 R 0.039 0.403 0.129 0.037 0.093 0.045 0.067 0.077 0.033 0.051 0.027 129 G 0.065 0.059 0.054 0.088 0.060 0.039 0.017 0.044 0.037 0.362 0.175 130 F 0.111 0.301 0.057 0.006 0.427 0.004 0.007 0.028 0.013 0.027 0.017 131 W 0.335 0.058 0.011 0.006 0.438 0.008 0.018 0.040 0.015 0.028 0.043 132 Y 0.078 0.314 0.105 0.039 0.243 0.051 0.044 0.041 0.021 0.033 0.031 133 D 0.302 0.080 0.015 0.004 0.539 0.003 0.003 0.019 0.006 0.008 0.022 134 A 0.123 0.148 0.026 0.003 0.305 0.008 0.020 0.207 0.124 0.013 0.022 135 E 0.149 0.178 0.012 0.002 0.275 0.008 0.022 0.217 0.030 0.056 0.052 136 I 0.294 0.051 0.003 0.001 0.169 0.003 0.012 0.236 0.131 0.030 0.068 137 S 0.022 0.032 0.007 0.009 0.045 0.038 0.082 0.629 0.099 0.026 0.011 138 R 0.093 0.055 0.014 0.005 0.116 0.008 0.029 0.495 0.084 0.085 0.016 139 K 0.053 0.074 0.022 0.005 0.107 0.010 0.048 0.402 0.158 0.096 0.027 140 R 0.059 0.103 0.052 0.020 0.105 0.022 0.047 0.369 0.121 0.067 0.035 141 E 0.092 0.071 0.032 0.012 0.102 0.020 0.057 0.223 0.107 0.231 0.054 142 T 0.068 0.279 0.153 0.022 0.153 0.013 0.021 0.134 0.054 0.068 0.035 143 R 0.052 0.099 0.061 0.033 0.079 0.041 0.064 0.301 0.116 0.114 0.041 144 T 0.049 0.369 0.134 0.011 0.139 0.007 0.014 0.135 0.051 0.064 0.028 145 A 0.085 0.018 0.004 0.002 0.055 0.005 0.026 0.465 0.264 0.035 0.040 146 R 0.026 0.055 0.021 0.013 0.063 0.044 0.082 0.498 0.153 0.033 0.012 147 E 0.320 0.056 0.006 0.002 0.292 0.005 0.016 0.191 0.026 0.058 0.028 148 L 0.185 0.159 0.012 0.002 0.381 0.005 0.029 0.125 0.045 0.019 0.038 149 Y 0.323 0.041 0.007 0.010 0.278 0.033 0.065 0.078 0.021 0.032 0.111 150 A 0.270 0.134 0.026 0.007 0.359 0.015 0.029 0.055 0.029 0.015 0.062 151 N 0.243 0.070 0.020 0.006 0.456 0.015 0.046 0.034 0.013 0.025 0.070 152 V 0.242 0.140 0.019 0.002 0.511 0.003 0.006 0.018 0.006 0.015 0.037 153 V 0.193 0.143 0.032 0.015 0.381 0.019 0.030 0.027 0.009 0.036 0.114 154 L 0.147 0.121 0.109 0.147 0.144 0.062 0.049 0.056 0.020 0.073 0.072 155 G 0.020 0.051 0.108 0.428 0.032 0.127 0.069 0.056 0.033 0.058 0.018 156 D 0.060 0.108 0.135 0.143 0.097 0.045 0.066 0.087 0.115 0.117 0.027 157 D 0.039 0.095 0.092 0.064 0.068 0.041 0.063 0.108 0.206 0.176 0.048 158 S 0.109 0.111 0.067 0.016 0.140 0.019 0.064 0.097 0.119 0.187 0.070 159 L 0.132 0.113 0.071 0.052 0.152 0.035 0.049 0.138 0.113 0.081 0.064 160 N 0.030 0.055 0.071 0.118 0.044 0.158 0.152 0.164 0.093 0.091 0.024 161 D 0.095 0.119 0.077 0.037 0.150 0.017 0.021 0.091 0.043 0.253 0.097 162 C 0.264 0.101 0.012 0.002 0.548 0.003 0.010 0.023 0.014 0.006 0.016 163 R 0.215 0.114 0.011 0.003 0.552 0.013 0.013 0.029 0.009 0.012 0.029 164 I 0.366 0.064 0.005 0.001 0.501 0.002 0.004 0.017 0.005 0.005 0.029 165 I 0.216 0.110 0.016 0.005 0.555 0.015 0.018 0.028 0.006 0.008 0.022 166 F 0.214 0.227 0.027 0.004 0.359 0.005 0.007 0.040 0.013 0.037 0.068 167 V 0.225 0.052 0.008 0.008 0.185 0.012 0.037 0.182 0.142 0.046 0.103 168 D 0.028 0.046 0.040 0.090 0.055 0.159 0.161 0.227 0.143 0.036 0.015 169 E 0.132 0.199 0.031 0.004 0.236 0.006 0.024 0.153 0.033 0.149 0.032 170 V 0.336 0.072 0.007 0.002 0.317 0.006 0.039 0.064 0.087 0.020 0.049 171 F 0.141 0.145 0.028 0.012 0.380 0.051 0.067 0.084 0.045 0.015 0.033 172 K 0.275 0.075 0.012 0.003 0.473 0.007 0.013 0.049 0.014 0.031 0.049 173 I 0.172 0.135 0.049 0.004 0.484 0.006 0.019 0.021 0.011 0.036 0.064 174 E 0.144 0.282 0.193 0.017 0.243 0.009 0.012 0.008 0.005 0.027 0.061 175 R 0.025 0.370 0.409 0.055 0.066 0.016 0.007 0.021 0.010 0.009 0.012 176 P 0.014 0.187 0.069 0.085 0.031 0.067 0.273 0.122 0.117 0.026 0.010 177 G 0.021 0.028 0.043 0.123 0.022 0.029 0.015 0.027 0.044 0.576 0.072 178 E 0.067 0.342 0.135 0.026 0.224 0.016 0.020 0.037 0.039 0.062 0.032