# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.11429 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.722 0.191 0.057 0.023 0.006 0.001 0.001 2 H 0.732 0.194 0.051 0.018 0.004 0.001 0.001 3 H 0.654 0.221 0.088 0.030 0.006 0.001 0.001 4 H 0.661 0.237 0.071 0.024 0.005 0.001 0.001 5 H 0.648 0.257 0.069 0.021 0.005 0.001 0.001 6 H 0.516 0.252 0.139 0.073 0.019 0.002 0.001 7 H 0.606 0.258 0.094 0.032 0.009 0.001 0.001 8 S 0.642 0.239 0.082 0.029 0.007 0.001 0.001 9 S 0.728 0.211 0.044 0.013 0.003 0.001 0.001 10 G 0.608 0.244 0.097 0.041 0.009 0.001 0.001 11 R 0.580 0.230 0.123 0.051 0.014 0.002 0.001 12 E 0.658 0.241 0.068 0.025 0.007 0.001 0.001 13 N 0.523 0.280 0.120 0.055 0.018 0.004 0.001 14 L 0.311 0.246 0.221 0.151 0.057 0.013 0.001 15 Y 0.334 0.278 0.203 0.118 0.052 0.014 0.001 16 F 0.233 0.205 0.220 0.197 0.111 0.033 0.002 17 Q 0.395 0.286 0.161 0.096 0.047 0.014 0.001 18 G 0.378 0.282 0.171 0.107 0.046 0.015 0.001 19 M 0.242 0.213 0.197 0.184 0.115 0.045 0.004 20 W 0.197 0.185 0.237 0.207 0.121 0.050 0.004 21 D 0.352 0.283 0.183 0.115 0.049 0.017 0.001 22 E 0.382 0.293 0.172 0.093 0.043 0.015 0.001 23 T 0.195 0.159 0.182 0.229 0.167 0.061 0.007 24 E 0.326 0.344 0.166 0.093 0.050 0.019 0.002 25 L 0.135 0.201 0.236 0.243 0.121 0.057 0.007 26 G 0.100 0.193 0.220 0.220 0.170 0.086 0.011 27 L 0.032 0.062 0.107 0.179 0.239 0.300 0.080 28 Y 0.026 0.038 0.067 0.159 0.265 0.329 0.115 29 K 0.048 0.133 0.227 0.273 0.177 0.117 0.025 30 V 0.026 0.047 0.075 0.150 0.259 0.341 0.101 31 N 0.077 0.171 0.208 0.222 0.184 0.111 0.027 32 E 0.053 0.128 0.142 0.214 0.242 0.177 0.044 33 Y 0.035 0.077 0.139 0.218 0.252 0.212 0.066 34 V 0.042 0.050 0.067 0.129 0.242 0.348 0.123 35 D 0.089 0.159 0.178 0.199 0.168 0.141 0.067 36 A 0.056 0.046 0.060 0.117 0.197 0.333 0.190 37 R 0.116 0.166 0.189 0.215 0.162 0.114 0.039 38 D 0.127 0.140 0.149 0.180 0.183 0.164 0.058 39 T 0.144 0.137 0.148 0.209 0.174 0.135 0.053 40 N 0.238 0.252 0.178 0.139 0.097 0.070 0.026 41 M 0.059 0.069 0.097 0.156 0.227 0.265 0.127 42 G 0.098 0.108 0.114 0.149 0.191 0.207 0.133 43 A 0.015 0.019 0.027 0.054 0.115 0.367 0.402 44 W 0.019 0.025 0.052 0.099 0.162 0.272 0.370 45 F 0.005 0.007 0.011 0.022 0.075 0.335 0.545 46 E 0.013 0.031 0.059 0.113 0.177 0.299 0.308 47 A 0.010 0.019 0.038 0.094 0.184 0.389 0.266 48 Q 0.027 0.096 0.159 0.222 0.256 0.184 0.056 49 V 0.013 0.033 0.054 0.121 0.270 0.410 0.099 50 V 0.031 0.103 0.193 0.258 0.290 0.116 0.009 51 R 0.120 0.343 0.268 0.171 0.072 0.024 0.001 52 V 0.031 0.056 0.140 0.297 0.355 0.117 0.004 53 T 0.138 0.240 0.268 0.212 0.117 0.024 0.001 54 R 0.311 0.334 0.222 0.101 0.028 0.004 0.001 55 K 0.546 0.315 0.094 0.036 0.007 0.001 0.001 56 A 0.548 0.266 0.117 0.054 0.013 0.001 0.001 57 P 0.672 0.236 0.065 0.022 0.005 0.001 0.001 58 S 0.700 0.227 0.055 0.015 0.003 0.001 0.001 59 R 0.558 0.258 0.124 0.050 0.009 0.001 0.001 60 D 0.669 0.234 0.069 0.022 0.005 0.001 0.001 61 E 0.549 0.270 0.116 0.050 0.012 0.002 0.001 62 P 0.479 0.289 0.134 0.068 0.024 0.005 0.001 63 C 0.251 0.224 0.241 0.183 0.080 0.019 0.001 64 S 0.375 0.276 0.186 0.108 0.042 0.012 0.001 65 S 0.399 0.244 0.177 0.113 0.050 0.016 0.001 66 T 0.418 0.228 0.170 0.118 0.051 0.015 0.001 67 S 0.560 0.241 0.105 0.058 0.027 0.009 0.001 68 R 0.358 0.239 0.194 0.131 0.057 0.020 0.001 69 P 0.395 0.282 0.166 0.098 0.044 0.015 0.001 70 A 0.258 0.257 0.211 0.164 0.079 0.029 0.002 71 L 0.203 0.194 0.235 0.212 0.109 0.044 0.003 72 E 0.321 0.262 0.202 0.129 0.061 0.024 0.002 73 E 0.413 0.301 0.148 0.085 0.039 0.013 0.001 74 D 0.109 0.259 0.261 0.210 0.111 0.045 0.006 75 V 0.010 0.030 0.063 0.170 0.341 0.341 0.045 76 I 0.011 0.061 0.166 0.300 0.244 0.196 0.023 77 Y 0.008 0.030 0.053 0.118 0.301 0.425 0.065 78 H 0.011 0.056 0.165 0.278 0.280 0.185 0.025 79 V 0.008 0.021 0.048 0.126 0.294 0.432 0.070 80 K 0.070 0.284 0.300 0.205 0.109 0.030 0.002 81 Y 0.039 0.086 0.182 0.324 0.272 0.094 0.003 82 D 0.357 0.417 0.142 0.056 0.024 0.004 0.001 83 D 0.450 0.347 0.135 0.055 0.011 0.002 0.001 84 Y 0.278 0.190 0.259 0.195 0.069 0.008 0.001 85 P 0.700 0.244 0.041 0.012 0.003 0.001 0.001 86 E 0.590 0.264 0.089 0.043 0.012 0.002 0.001 87 N 0.581 0.298 0.085 0.028 0.007 0.001 0.001 88 G 0.192 0.272 0.240 0.191 0.082 0.021 0.001 89 V 0.109 0.131 0.202 0.231 0.226 0.093 0.009 90 V 0.077 0.154 0.230 0.263 0.194 0.077 0.005 91 Q 0.158 0.307 0.272 0.164 0.073 0.024 0.002 92 M 0.054 0.068 0.138 0.292 0.285 0.149 0.015 93 N 0.283 0.352 0.180 0.105 0.061 0.018 0.001 94 S 0.221 0.251 0.214 0.195 0.081 0.034 0.003 95 R 0.375 0.296 0.182 0.098 0.038 0.011 0.001 96 D 0.172 0.291 0.252 0.188 0.067 0.027 0.004 97 V 0.050 0.039 0.067 0.151 0.329 0.290 0.074 98 R 0.056 0.135 0.183 0.217 0.205 0.175 0.029 99 A 0.067 0.094 0.120 0.175 0.232 0.237 0.077 100 R 0.039 0.069 0.146 0.197 0.250 0.197 0.104 101 A 0.009 0.019 0.023 0.039 0.132 0.426 0.352 102 R 0.031 0.078 0.201 0.269 0.224 0.139 0.056 103 T 0.054 0.202 0.245 0.258 0.146 0.083 0.012 104 I 0.021 0.059 0.138 0.274 0.309 0.182 0.017 105 I 0.026 0.036 0.069 0.189 0.343 0.301 0.037 106 K 0.096 0.356 0.284 0.168 0.071 0.023 0.001 107 W 0.072 0.137 0.247 0.329 0.159 0.053 0.003 108 Q 0.276 0.359 0.207 0.114 0.035 0.008 0.001 109 D 0.210 0.320 0.222 0.158 0.065 0.023 0.002 110 L 0.073 0.059 0.127 0.276 0.331 0.122 0.013 111 E 0.260 0.440 0.190 0.076 0.026 0.008 0.001 112 V 0.090 0.137 0.165 0.243 0.213 0.129 0.023 113 G 0.074 0.139 0.188 0.241 0.217 0.120 0.021 114 Q 0.091 0.180 0.207 0.227 0.178 0.097 0.020 115 V 0.030 0.058 0.105 0.170 0.282 0.253 0.102 116 V 0.015 0.022 0.032 0.073 0.166 0.396 0.297 117 M 0.009 0.011 0.019 0.045 0.089 0.322 0.504 118 L 0.012 0.020 0.030 0.056 0.135 0.344 0.403 119 N 0.024 0.043 0.065 0.104 0.204 0.311 0.249 120 Y 0.029 0.047 0.067 0.125 0.211 0.350 0.170 121 N 0.091 0.161 0.188 0.209 0.194 0.129 0.029 122 P 0.168 0.162 0.171 0.215 0.177 0.094 0.013 123 D 0.425 0.339 0.127 0.064 0.033 0.011 0.001 124 N 0.390 0.278 0.164 0.110 0.041 0.015 0.001 125 P 0.376 0.187 0.182 0.148 0.082 0.023 0.002 126 K 0.595 0.267 0.086 0.036 0.012 0.004 0.001 127 E 0.457 0.270 0.129 0.085 0.043 0.014 0.002 128 R 0.151 0.216 0.234 0.224 0.113 0.056 0.007 129 G 0.102 0.119 0.144 0.193 0.227 0.177 0.038 130 F 0.035 0.060 0.098 0.161 0.223 0.296 0.126 131 W 0.028 0.040 0.078 0.140 0.225 0.293 0.196 132 Y 0.012 0.026 0.044 0.078 0.192 0.392 0.256 133 D 0.026 0.061 0.102 0.165 0.226 0.261 0.158 134 A 0.011 0.020 0.040 0.097 0.198 0.429 0.205 135 E 0.045 0.162 0.206 0.249 0.207 0.111 0.018 136 I 0.015 0.036 0.075 0.166 0.347 0.328 0.032 137 S 0.098 0.245 0.273 0.220 0.130 0.032 0.001 138 R 0.342 0.358 0.180 0.087 0.027 0.006 0.001 139 K 0.272 0.233 0.244 0.181 0.060 0.009 0.001 140 R 0.509 0.262 0.138 0.068 0.021 0.003 0.001 141 E 0.666 0.247 0.059 0.022 0.006 0.001 0.001 142 T 0.732 0.214 0.039 0.012 0.003 0.001 0.001 143 R 0.429 0.266 0.178 0.093 0.029 0.005 0.001 144 T 0.408 0.307 0.171 0.080 0.028 0.006 0.001 145 A 0.151 0.206 0.278 0.228 0.103 0.032 0.002 146 R 0.163 0.246 0.248 0.195 0.106 0.038 0.003 147 E 0.074 0.152 0.213 0.246 0.192 0.106 0.017 148 L 0.024 0.032 0.049 0.118 0.264 0.377 0.137 149 Y 0.023 0.070 0.157 0.273 0.224 0.195 0.058 150 A 0.020 0.047 0.072 0.126 0.253 0.356 0.124 151 N 0.027 0.096 0.188 0.282 0.230 0.139 0.038 152 V 0.011 0.018 0.029 0.073 0.223 0.505 0.141 153 V 0.032 0.112 0.205 0.278 0.218 0.133 0.021 154 L 0.044 0.079 0.160 0.281 0.263 0.156 0.018 155 G 0.154 0.248 0.225 0.203 0.127 0.042 0.002 156 D 0.551 0.302 0.098 0.036 0.011 0.002 0.001 157 D 0.640 0.273 0.059 0.022 0.005 0.001 0.001 158 S 0.391 0.331 0.165 0.083 0.023 0.006 0.001 159 L 0.119 0.102 0.226 0.330 0.176 0.044 0.002 160 N 0.584 0.335 0.060 0.015 0.005 0.001 0.001 161 D 0.407 0.367 0.142 0.063 0.017 0.004 0.001 162 C 0.084 0.087 0.151 0.269 0.291 0.107 0.011 163 R 0.097 0.268 0.271 0.216 0.102 0.043 0.003 164 I 0.068 0.088 0.165 0.236 0.245 0.171 0.027 165 I 0.098 0.171 0.221 0.242 0.180 0.078 0.011 166 F 0.057 0.080 0.130 0.205 0.252 0.224 0.051 167 V 0.091 0.134 0.187 0.233 0.200 0.128 0.027 168 D 0.363 0.353 0.149 0.078 0.040 0.015 0.002 169 E 0.100 0.180 0.193 0.236 0.176 0.096 0.019 170 V 0.041 0.064 0.096 0.174 0.287 0.282 0.056 171 F 0.042 0.077 0.153 0.261 0.274 0.173 0.019 172 K 0.186 0.330 0.256 0.139 0.065 0.022 0.002 173 I 0.056 0.066 0.129 0.258 0.287 0.189 0.015 174 E 0.213 0.245 0.230 0.173 0.108 0.030 0.001 175 R 0.479 0.323 0.126 0.055 0.014 0.003 0.001 176 P 0.673 0.212 0.071 0.033 0.009 0.002 0.001 177 G 0.786 0.157 0.036 0.016 0.004 0.001 0.001 178 E 0.867 0.117 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001