# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.68398 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.044 0.012 0.001 0.022 0.011 0.024 0.116 0.003 0.001 0.031 0.734 2 H 0.062 0.015 0.002 0.021 0.017 0.029 0.125 0.005 0.001 0.043 0.680 3 H 0.078 0.014 0.001 0.020 0.029 0.035 0.122 0.006 0.001 0.054 0.640 4 H 0.059 0.011 0.001 0.022 0.027 0.045 0.128 0.004 0.001 0.061 0.642 5 H 0.022 0.006 0.001 0.026 0.027 0.045 0.142 0.001 0.001 0.080 0.650 6 H 0.023 0.010 0.002 0.024 0.023 0.038 0.161 0.003 0.001 0.076 0.640 7 H 0.206 0.018 0.001 0.017 0.015 0.018 0.111 0.008 0.001 0.057 0.549 8 S 0.225 0.020 0.001 0.010 0.009 0.014 0.104 0.005 0.001 0.055 0.556 9 S 0.011 0.012 0.001 0.011 0.007 0.015 0.121 0.001 0.001 0.030 0.791 10 G 0.035 0.064 0.001 0.017 0.023 0.037 0.122 0.004 0.001 0.046 0.651 11 R 0.185 0.116 0.002 0.013 0.055 0.030 0.101 0.013 0.001 0.057 0.426 12 E 0.070 0.092 0.003 0.019 0.030 0.041 0.110 0.006 0.001 0.045 0.584 13 N 0.068 0.084 0.002 0.023 0.029 0.072 0.103 0.005 0.001 0.053 0.560 14 L 0.065 0.058 0.010 0.035 0.060 0.083 0.121 0.007 0.004 0.065 0.494 15 Y 0.179 0.068 0.005 0.032 0.038 0.051 0.096 0.010 0.002 0.046 0.474 16 F 0.201 0.047 0.003 0.025 0.025 0.040 0.090 0.008 0.001 0.046 0.515 17 Q 0.042 0.037 0.002 0.028 0.025 0.043 0.112 0.004 0.001 0.034 0.672 18 G 0.036 0.046 0.002 0.031 0.038 0.086 0.105 0.006 0.001 0.048 0.603 19 M 0.052 0.029 0.002 0.028 0.084 0.076 0.107 0.004 0.001 0.124 0.492 20 W 0.031 0.034 0.005 0.038 0.073 0.077 0.119 0.005 0.002 0.113 0.503 21 D 0.124 0.060 0.003 0.023 0.032 0.043 0.097 0.010 0.002 0.035 0.570 22 E 0.333 0.036 0.023 0.016 0.020 0.029 0.075 0.016 0.012 0.085 0.354 23 T 0.167 0.022 0.001 0.017 0.013 0.033 0.113 0.005 0.001 0.030 0.597 24 E 0.047 0.022 0.001 0.022 0.020 0.071 0.101 0.004 0.001 0.033 0.679 25 L 0.012 0.021 0.001 0.046 0.082 0.078 0.121 0.002 0.001 0.033 0.603 26 G 0.016 0.045 0.001 0.067 0.108 0.288 0.071 0.003 0.001 0.075 0.325 27 L 0.023 0.029 0.001 0.038 0.236 0.202 0.062 0.003 0.001 0.068 0.338 28 Y 0.010 0.033 0.003 0.170 0.224 0.283 0.040 0.002 0.001 0.043 0.191 29 K 0.057 0.083 0.004 0.056 0.130 0.196 0.053 0.005 0.001 0.064 0.350 30 V 0.097 0.086 0.006 0.052 0.099 0.116 0.079 0.016 0.002 0.071 0.375 31 N 0.100 0.072 0.007 0.035 0.064 0.087 0.098 0.009 0.004 0.071 0.453 32 E 0.080 0.073 0.003 0.061 0.045 0.177 0.093 0.004 0.001 0.041 0.425 33 Y 0.040 0.050 0.004 0.043 0.066 0.081 0.089 0.006 0.001 0.056 0.564 34 V 0.034 0.039 0.005 0.098 0.144 0.159 0.083 0.006 0.001 0.055 0.376 35 D 0.047 0.035 0.003 0.043 0.069 0.133 0.071 0.004 0.001 0.236 0.359 36 A 0.018 0.022 0.005 0.047 0.064 0.075 0.124 0.004 0.002 0.190 0.451 37 R 0.079 0.040 0.004 0.060 0.049 0.057 0.098 0.009 0.003 0.054 0.548 38 D 0.308 0.036 0.010 0.024 0.016 0.031 0.070 0.013 0.006 0.087 0.399 39 T 0.097 0.017 0.001 0.033 0.017 0.031 0.104 0.004 0.001 0.040 0.655 40 N 0.084 0.021 0.002 0.022 0.018 0.042 0.103 0.003 0.001 0.042 0.662 41 M 0.015 0.026 0.001 0.039 0.052 0.065 0.145 0.002 0.001 0.031 0.623 42 G 0.020 0.037 0.001 0.040 0.062 0.146 0.120 0.003 0.001 0.064 0.506 43 A 0.009 0.026 0.001 0.040 0.318 0.337 0.051 0.002 0.001 0.030 0.186 44 W 0.021 0.035 0.004 0.061 0.156 0.253 0.064 0.003 0.001 0.056 0.346 45 F 0.034 0.040 0.007 0.046 0.249 0.264 0.047 0.005 0.002 0.061 0.244 46 E 0.044 0.034 0.002 0.049 0.158 0.330 0.058 0.006 0.001 0.051 0.266 47 A 0.016 0.020 0.005 0.056 0.221 0.287 0.055 0.002 0.001 0.056 0.280 48 Q 0.011 0.021 0.002 0.084 0.225 0.383 0.039 0.002 0.001 0.056 0.176 49 V 0.022 0.014 0.002 0.052 0.159 0.242 0.066 0.006 0.001 0.155 0.282 50 V 0.007 0.009 0.002 0.116 0.354 0.293 0.038 0.002 0.001 0.045 0.134 51 R 0.027 0.015 0.003 0.090 0.150 0.319 0.051 0.003 0.001 0.063 0.277 52 V 0.025 0.009 0.003 0.090 0.138 0.219 0.084 0.009 0.001 0.074 0.348 53 T 0.058 0.005 0.002 0.081 0.141 0.199 0.076 0.003 0.001 0.115 0.320 54 R 0.008 0.003 0.001 0.030 0.039 0.113 0.124 0.001 0.001 0.054 0.626 55 K 0.015 0.006 0.001 0.026 0.020 0.034 0.118 0.002 0.001 0.031 0.745 56 A 0.414 0.007 0.006 0.008 0.017 0.016 0.080 0.016 0.004 0.107 0.324 57 P 0.080 0.003 0.001 0.006 0.004 0.010 0.092 0.003 0.001 0.025 0.777 58 S 0.099 0.002 0.001 0.004 0.005 0.010 0.071 0.001 0.001 0.039 0.768 59 R 0.004 0.002 0.001 0.014 0.013 0.013 0.117 0.001 0.001 0.021 0.815 60 D 0.041 0.005 0.001 0.007 0.009 0.013 0.113 0.003 0.001 0.068 0.741 61 E 0.038 0.004 0.001 0.009 0.061 0.030 0.145 0.003 0.001 0.106 0.603 62 P 0.023 0.003 0.001 0.012 0.007 0.017 0.137 0.001 0.001 0.066 0.733 63 C 0.050 0.005 0.001 0.012 0.019 0.026 0.152 0.003 0.001 0.092 0.639 64 S 0.090 0.006 0.001 0.014 0.010 0.016 0.131 0.004 0.001 0.047 0.682 65 S 0.113 0.005 0.001 0.009 0.011 0.018 0.113 0.002 0.001 0.072 0.659 66 T 0.003 0.004 0.001 0.009 0.012 0.019 0.124 0.001 0.001 0.015 0.812 67 S 0.023 0.035 0.001 0.010 0.025 0.026 0.101 0.003 0.001 0.026 0.750 68 R 0.272 0.080 0.003 0.009 0.047 0.022 0.091 0.017 0.001 0.088 0.370 69 P 0.098 0.062 0.003 0.010 0.021 0.030 0.113 0.006 0.001 0.041 0.615 70 A 0.107 0.033 0.010 0.013 0.030 0.047 0.088 0.004 0.003 0.053 0.613 71 L 0.250 0.025 0.004 0.016 0.046 0.055 0.107 0.009 0.002 0.054 0.434 72 E 0.096 0.014 0.002 0.014 0.021 0.043 0.114 0.005 0.001 0.033 0.658 73 E 0.009 0.007 0.002 0.031 0.132 0.224 0.096 0.001 0.001 0.021 0.478 74 D 0.005 0.003 0.001 0.062 0.077 0.272 0.082 0.001 0.001 0.046 0.451 75 V 0.002 0.001 0.001 0.060 0.330 0.432 0.025 0.001 0.001 0.033 0.117 76 I 0.002 0.001 0.001 0.138 0.218 0.303 0.022 0.001 0.001 0.082 0.232 77 Y 0.001 0.001 0.001 0.094 0.417 0.396 0.008 0.001 0.001 0.026 0.057 78 H 0.001 0.001 0.001 0.138 0.296 0.382 0.012 0.001 0.001 0.056 0.113 79 V 0.001 0.001 0.001 0.065 0.483 0.337 0.012 0.001 0.001 0.018 0.082 80 K 0.018 0.002 0.001 0.113 0.273 0.401 0.024 0.002 0.001 0.041 0.125 81 Y 0.228 0.003 0.001 0.032 0.095 0.142 0.064 0.005 0.001 0.112 0.319 82 D 0.004 0.002 0.001 0.045 0.063 0.115 0.110 0.001 0.001 0.027 0.632 83 D 0.029 0.009 0.001 0.019 0.032 0.085 0.106 0.002 0.001 0.050 0.666 84 Y 0.128 0.006 0.014 0.017 0.094 0.048 0.101 0.010 0.010 0.244 0.327 85 P 0.322 0.004 0.001 0.007 0.007 0.013 0.065 0.004 0.001 0.036 0.541 86 E 0.060 0.004 0.001 0.010 0.012 0.041 0.094 0.002 0.001 0.025 0.752 87 N 0.004 0.002 0.001 0.018 0.018 0.045 0.121 0.001 0.001 0.017 0.773 88 G 0.003 0.005 0.001 0.047 0.155 0.503 0.045 0.001 0.001 0.042 0.198 89 V 0.007 0.003 0.001 0.035 0.297 0.203 0.045 0.001 0.001 0.066 0.344 90 V 0.002 0.001 0.001 0.135 0.323 0.370 0.021 0.001 0.001 0.027 0.121 91 Q 0.007 0.004 0.001 0.085 0.183 0.292 0.045 0.001 0.001 0.057 0.324 92 M 0.018 0.007 0.003 0.111 0.205 0.159 0.066 0.002 0.001 0.049 0.379 93 N 0.137 0.066 0.002 0.043 0.077 0.091 0.067 0.010 0.001 0.079 0.427 94 S 0.129 0.100 0.001 0.015 0.021 0.040 0.074 0.009 0.001 0.057 0.553 95 R 0.039 0.096 0.003 0.023 0.061 0.047 0.085 0.002 0.001 0.065 0.578 96 D 0.024 0.174 0.003 0.050 0.043 0.062 0.130 0.003 0.001 0.071 0.439 97 V 0.017 0.389 0.004 0.022 0.029 0.028 0.065 0.009 0.001 0.130 0.309 98 R 0.028 0.874 0.001 0.003 0.007 0.006 0.008 0.006 0.001 0.029 0.038 99 A 0.009 0.100 0.001 0.002 0.003 0.004 0.014 0.001 0.001 0.833 0.033 100 R 0.007 0.607 0.006 0.006 0.006 0.009 0.026 0.002 0.001 0.269 0.060 101 A 0.045 0.827 0.003 0.004 0.006 0.009 0.014 0.019 0.001 0.018 0.055 102 R 0.024 0.656 0.006 0.013 0.013 0.023 0.035 0.005 0.002 0.047 0.176 103 T 0.028 0.576 0.004 0.037 0.023 0.069 0.039 0.003 0.001 0.049 0.172 104 I 0.081 0.376 0.008 0.045 0.018 0.039 0.092 0.007 0.002 0.081 0.251 105 I 0.045 0.093 0.149 0.089 0.062 0.076 0.083 0.013 0.042 0.100 0.247 106 K 0.342 0.093 0.004 0.020 0.018 0.032 0.060 0.011 0.003 0.023 0.393 107 W 0.272 0.028 0.005 0.013 0.009 0.015 0.069 0.015 0.002 0.048 0.524 108 Q 0.047 0.007 0.002 0.034 0.025 0.042 0.113 0.002 0.001 0.037 0.691 109 D 0.021 0.002 0.001 0.009 0.006 0.027 0.081 0.001 0.001 0.040 0.812 110 L 0.012 0.001 0.001 0.028 0.067 0.034 0.116 0.001 0.001 0.020 0.719 111 E 0.298 0.004 0.002 0.060 0.028 0.043 0.077 0.003 0.001 0.089 0.396 112 V 0.018 0.002 0.001 0.020 0.014 0.027 0.132 0.001 0.001 0.037 0.749 113 G 0.004 0.003 0.001 0.100 0.021 0.071 0.145 0.001 0.001 0.040 0.615 114 Q 0.002 0.003 0.001 0.215 0.180 0.339 0.044 0.001 0.001 0.071 0.144 115 V 0.001 0.002 0.001 0.293 0.197 0.233 0.029 0.001 0.001 0.076 0.168 116 V 0.002 0.001 0.001 0.355 0.276 0.221 0.012 0.001 0.001 0.047 0.084 117 M 0.004 0.001 0.001 0.296 0.217 0.294 0.020 0.001 0.001 0.061 0.105 118 L 0.007 0.001 0.001 0.253 0.212 0.259 0.034 0.001 0.001 0.058 0.174 119 N 0.009 0.001 0.001 0.129 0.115 0.223 0.095 0.001 0.001 0.069 0.354 120 Y 0.013 0.002 0.001 0.092 0.059 0.101 0.118 0.003 0.001 0.038 0.573 121 N 0.416 0.003 0.001 0.018 0.024 0.031 0.082 0.006 0.001 0.122 0.295 122 P 0.007 0.002 0.001 0.011 0.011 0.018 0.141 0.001 0.001 0.032 0.778 123 D 0.013 0.007 0.001 0.009 0.008 0.017 0.111 0.002 0.001 0.022 0.810 124 N 0.183 0.019 0.002 0.012 0.068 0.032 0.116 0.009 0.002 0.088 0.469 125 P 0.145 0.014 0.003 0.011 0.012 0.020 0.129 0.006 0.002 0.059 0.599 126 K 0.119 0.012 0.001 0.015 0.028 0.059 0.100 0.003 0.001 0.046 0.617 127 E 0.064 0.009 0.001 0.016 0.025 0.045 0.132 0.002 0.001 0.043 0.662 128 R 0.009 0.014 0.001 0.024 0.061 0.105 0.131 0.001 0.001 0.032 0.622 129 G 0.011 0.028 0.001 0.029 0.103 0.187 0.088 0.002 0.001 0.044 0.508 130 F 0.006 0.026 0.001 0.038 0.300 0.328 0.049 0.001 0.001 0.028 0.222 131 W 0.009 0.074 0.002 0.047 0.195 0.223 0.052 0.002 0.001 0.055 0.340 132 Y 0.015 0.209 0.002 0.032 0.230 0.221 0.031 0.005 0.001 0.048 0.206 133 D 0.034 0.185 0.002 0.016 0.092 0.130 0.038 0.006 0.001 0.332 0.164 134 A 0.019 0.294 0.005 0.022 0.130 0.145 0.043 0.003 0.001 0.172 0.166 135 E 0.063 0.302 0.007 0.018 0.118 0.103 0.047 0.010 0.001 0.094 0.236 136 I 0.048 0.257 0.020 0.033 0.085 0.139 0.050 0.017 0.007 0.074 0.270 137 S 0.149 0.242 0.012 0.028 0.072 0.068 0.055 0.017 0.004 0.090 0.263 138 R 0.111 0.049 0.007 0.013 0.027 0.034 0.076 0.006 0.002 0.243 0.433 139 K 0.034 0.083 0.007 0.023 0.018 0.027 0.122 0.007 0.002 0.109 0.568 140 R 0.110 0.023 0.004 0.010 0.013 0.019 0.106 0.005 0.001 0.292 0.417 141 E 0.023 0.041 0.003 0.010 0.016 0.023 0.116 0.003 0.001 0.073 0.692 142 T 0.050 0.115 0.002 0.012 0.017 0.027 0.080 0.006 0.001 0.028 0.662 143 R 0.046 0.154 0.006 0.023 0.046 0.053 0.097 0.005 0.001 0.046 0.524 144 T 0.038 0.331 0.006 0.014 0.049 0.062 0.062 0.011 0.001 0.054 0.373 145 A 0.100 0.201 0.004 0.017 0.033 0.051 0.088 0.012 0.001 0.060 0.432 146 R 0.024 0.116 0.010 0.042 0.165 0.211 0.078 0.004 0.002 0.099 0.249 147 E 0.015 0.028 0.005 0.081 0.081 0.288 0.095 0.002 0.002 0.147 0.255 148 L 0.009 0.015 0.006 0.128 0.188 0.274 0.057 0.004 0.002 0.126 0.191 149 Y 0.009 0.008 0.003 0.133 0.174 0.249 0.036 0.003 0.001 0.124 0.259 150 A 0.009 0.004 0.002 0.137 0.288 0.224 0.036 0.001 0.001 0.073 0.225 151 N 0.003 0.003 0.001 0.284 0.152 0.279 0.034 0.001 0.001 0.063 0.179 152 V 0.006 0.003 0.001 0.294 0.170 0.228 0.036 0.001 0.001 0.062 0.198 153 V 0.013 0.003 0.001 0.315 0.211 0.248 0.037 0.001 0.001 0.047 0.124 154 L 0.028 0.005 0.001 0.177 0.091 0.143 0.089 0.003 0.001 0.071 0.392 155 G 0.032 0.010 0.001 0.141 0.041 0.099 0.140 0.006 0.001 0.054 0.474 156 D 0.060 0.011 0.001 0.025 0.017 0.039 0.140 0.004 0.001 0.094 0.607 157 D 0.034 0.008 0.006 0.029 0.026 0.040 0.155 0.003 0.004 0.088 0.607 158 S 0.194 0.014 0.002 0.019 0.019 0.032 0.097 0.007 0.002 0.051 0.563 159 L 0.413 0.006 0.002 0.010 0.007 0.011 0.080 0.005 0.001 0.042 0.424 160 N 0.031 0.007 0.001 0.022 0.011 0.034 0.141 0.001 0.001 0.024 0.729 161 D 0.008 0.008 0.001 0.037 0.024 0.095 0.104 0.001 0.001 0.037 0.686 162 C 0.009 0.008 0.001 0.050 0.199 0.143 0.100 0.001 0.001 0.065 0.422 163 R 0.010 0.014 0.001 0.157 0.144 0.185 0.060 0.001 0.001 0.068 0.360 164 I 0.010 0.016 0.001 0.118 0.196 0.218 0.048 0.001 0.001 0.036 0.356 165 I 0.004 0.026 0.002 0.268 0.225 0.249 0.029 0.001 0.001 0.030 0.165 166 F 0.053 0.176 0.003 0.093 0.126 0.159 0.041 0.006 0.001 0.070 0.270 167 V 0.117 0.177 0.005 0.067 0.109 0.113 0.062 0.020 0.002 0.073 0.254 168 D 0.058 0.095 0.010 0.046 0.098 0.106 0.095 0.006 0.004 0.070 0.413 169 E 0.085 0.081 0.004 0.070 0.062 0.284 0.080 0.007 0.001 0.071 0.256 170 V 0.057 0.043 0.003 0.047 0.081 0.164 0.086 0.009 0.001 0.082 0.427 171 F 0.011 0.017 0.003 0.103 0.184 0.364 0.045 0.003 0.001 0.047 0.221 172 K 0.020 0.005 0.001 0.038 0.145 0.227 0.045 0.001 0.001 0.087 0.431 173 I 0.005 0.002 0.003 0.040 0.184 0.182 0.080 0.002 0.001 0.080 0.420 174 E 0.018 0.002 0.001 0.070 0.088 0.128 0.085 0.002 0.001 0.053 0.553 175 R 0.403 0.002 0.001 0.011 0.016 0.029 0.061 0.003 0.001 0.073 0.401 176 P 0.005 0.001 0.001 0.008 0.005 0.009 0.078 0.001 0.001 0.012 0.881 177 G 0.054 0.004 0.001 0.006 0.007 0.012 0.102 0.001 0.001 0.020 0.794 178 E 0.039 0.008 0.001 0.010 0.036 0.021 0.140 0.003 0.001 0.045 0.698