# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.68398 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.045 0.021 0.014 0.024 0.037 0.107 0.031 0.723 2 H 0.078 0.027 0.016 0.027 0.046 0.115 0.052 0.638 3 H 0.088 0.030 0.016 0.030 0.041 0.130 0.050 0.615 4 H 0.067 0.023 0.020 0.029 0.045 0.120 0.059 0.635 5 H 0.047 0.015 0.024 0.032 0.047 0.139 0.082 0.614 6 H 0.047 0.019 0.026 0.027 0.040 0.148 0.073 0.620 7 H 0.172 0.030 0.020 0.020 0.029 0.123 0.044 0.561 8 S 0.187 0.043 0.012 0.015 0.023 0.112 0.043 0.565 9 S 0.022 0.027 0.014 0.014 0.032 0.131 0.036 0.724 10 G 0.064 0.059 0.015 0.019 0.040 0.124 0.056 0.623 11 R 0.203 0.152 0.014 0.052 0.042 0.100 0.076 0.361 12 E 0.044 0.104 0.017 0.028 0.049 0.097 0.035 0.626 13 N 0.058 0.131 0.027 0.046 0.106 0.096 0.078 0.459 14 L 0.046 0.066 0.046 0.091 0.103 0.109 0.102 0.437 15 Y 0.122 0.096 0.031 0.070 0.086 0.092 0.085 0.418 16 F 0.176 0.091 0.018 0.043 0.060 0.080 0.065 0.468 17 Q 0.044 0.051 0.019 0.035 0.075 0.113 0.036 0.627 18 G 0.044 0.047 0.026 0.048 0.104 0.108 0.047 0.576 19 M 0.049 0.039 0.024 0.075 0.087 0.140 0.081 0.505 20 W 0.037 0.040 0.036 0.073 0.082 0.113 0.097 0.522 21 D 0.131 0.088 0.018 0.037 0.054 0.091 0.071 0.510 22 E 0.172 0.070 0.023 0.030 0.038 0.098 0.080 0.490 23 T 0.111 0.075 0.012 0.020 0.031 0.099 0.035 0.617 24 E 0.077 0.102 0.015 0.023 0.056 0.111 0.052 0.564 25 L 0.024 0.063 0.023 0.044 0.103 0.120 0.039 0.584 26 G 0.044 0.136 0.039 0.132 0.251 0.071 0.082 0.244 27 L 0.015 0.049 0.051 0.105 0.172 0.065 0.149 0.395 28 Y 0.018 0.058 0.094 0.246 0.217 0.058 0.140 0.170 29 K 0.039 0.081 0.063 0.125 0.161 0.067 0.115 0.349 30 V 0.114 0.084 0.044 0.050 0.079 0.088 0.081 0.460 31 N 0.108 0.109 0.040 0.067 0.079 0.065 0.139 0.393 32 E 0.027 0.125 0.044 0.047 0.079 0.097 0.044 0.536 33 Y 0.021 0.078 0.063 0.052 0.104 0.093 0.060 0.529 34 V 0.048 0.075 0.085 0.131 0.090 0.098 0.092 0.382 35 D 0.162 0.103 0.048 0.038 0.051 0.072 0.228 0.297 36 A 0.060 0.060 0.061 0.042 0.044 0.092 0.186 0.456 37 R 0.084 0.064 0.039 0.032 0.048 0.120 0.074 0.539 38 D 0.132 0.051 0.040 0.023 0.032 0.095 0.074 0.552 39 T 0.105 0.035 0.015 0.015 0.025 0.115 0.033 0.657 40 N 0.146 0.052 0.021 0.016 0.023 0.093 0.076 0.572 41 M 0.044 0.062 0.019 0.024 0.047 0.176 0.040 0.587 42 G 0.037 0.046 0.044 0.040 0.096 0.075 0.061 0.602 43 A 0.020 0.066 0.053 0.208 0.265 0.077 0.068 0.243 44 W 0.009 0.028 0.137 0.078 0.186 0.069 0.144 0.349 45 F 0.047 0.071 0.061 0.355 0.199 0.036 0.089 0.141 46 E 0.064 0.093 0.063 0.078 0.171 0.069 0.074 0.386 47 A 0.015 0.057 0.082 0.093 0.247 0.081 0.069 0.356 48 Q 0.014 0.033 0.098 0.220 0.421 0.038 0.057 0.118 49 V 0.012 0.020 0.097 0.143 0.206 0.051 0.200 0.271 50 V 0.007 0.020 0.118 0.308 0.298 0.034 0.091 0.124 51 R 0.029 0.020 0.101 0.214 0.322 0.044 0.055 0.216 52 V 0.033 0.015 0.075 0.163 0.203 0.074 0.041 0.396 53 T 0.080 0.024 0.072 0.115 0.149 0.073 0.056 0.431 54 R 0.022 0.008 0.030 0.081 0.092 0.108 0.053 0.605 55 K 0.039 0.010 0.016 0.024 0.031 0.115 0.047 0.718 56 A 0.258 0.025 0.017 0.040 0.034 0.112 0.086 0.427 57 P 0.115 0.010 0.007 0.008 0.013 0.094 0.021 0.733 58 S 0.175 0.014 0.007 0.011 0.017 0.085 0.036 0.655 59 R 0.027 0.008 0.008 0.012 0.022 0.138 0.019 0.768 60 D 0.047 0.008 0.010 0.012 0.025 0.113 0.035 0.751 61 E 0.100 0.014 0.018 0.041 0.036 0.155 0.080 0.557 62 P 0.036 0.007 0.015 0.014 0.025 0.132 0.055 0.716 63 C 0.068 0.011 0.020 0.022 0.034 0.127 0.062 0.656 64 S 0.113 0.018 0.017 0.019 0.032 0.118 0.050 0.633 65 S 0.104 0.025 0.011 0.016 0.028 0.111 0.049 0.655 66 T 0.026 0.021 0.018 0.027 0.048 0.135 0.031 0.693 67 S 0.056 0.033 0.015 0.026 0.040 0.116 0.035 0.678 68 R 0.162 0.052 0.021 0.064 0.049 0.093 0.058 0.501 69 P 0.070 0.025 0.015 0.031 0.046 0.109 0.045 0.659 70 A 0.080 0.009 0.020 0.031 0.039 0.095 0.085 0.641 71 L 0.187 0.009 0.012 0.020 0.029 0.088 0.108 0.548 72 E 0.157 0.008 0.010 0.011 0.021 0.081 0.056 0.656 73 E 0.026 0.004 0.039 0.028 0.141 0.150 0.034 0.578 74 D 0.002 0.001 0.051 0.051 0.212 0.078 0.037 0.568 75 V 0.002 0.001 0.151 0.258 0.429 0.040 0.023 0.096 76 I 0.001 0.001 0.128 0.199 0.401 0.019 0.034 0.217 77 Y 0.001 0.001 0.163 0.487 0.288 0.010 0.009 0.043 78 H 0.001 0.001 0.272 0.206 0.327 0.022 0.023 0.148 79 V 0.003 0.001 0.146 0.360 0.247 0.028 0.024 0.192 80 K 0.065 0.003 0.152 0.155 0.174 0.060 0.040 0.352 81 Y 0.124 0.006 0.038 0.075 0.080 0.091 0.040 0.545 82 D 0.027 0.006 0.022 0.045 0.060 0.100 0.017 0.723 83 D 0.022 0.004 0.027 0.029 0.050 0.103 0.054 0.711 84 Y 0.141 0.008 0.025 0.047 0.036 0.138 0.086 0.520 85 P 0.716 0.006 0.007 0.007 0.007 0.032 0.027 0.198 86 E 0.101 0.006 0.006 0.008 0.021 0.096 0.015 0.747 87 N 0.004 0.002 0.014 0.009 0.070 0.076 0.010 0.815 88 G 0.014 0.004 0.047 0.188 0.371 0.077 0.040 0.260 89 V 0.006 0.002 0.049 0.243 0.240 0.053 0.036 0.371 90 V 0.005 0.003 0.098 0.318 0.306 0.034 0.029 0.207 91 Q 0.010 0.004 0.088 0.172 0.282 0.056 0.051 0.338 92 M 0.030 0.006 0.110 0.145 0.109 0.077 0.061 0.463 93 N 0.188 0.045 0.039 0.086 0.094 0.060 0.084 0.403 94 S 0.119 0.058 0.019 0.019 0.039 0.068 0.058 0.619 95 R 0.024 0.082 0.051 0.067 0.102 0.111 0.047 0.517 96 D 0.018 0.136 0.039 0.050 0.069 0.086 0.053 0.549 97 V 0.046 0.370 0.036 0.061 0.053 0.062 0.058 0.314 98 R 0.097 0.430 0.041 0.028 0.040 0.044 0.136 0.185 99 A 0.038 0.158 0.021 0.023 0.029 0.037 0.524 0.171 100 R 0.016 0.355 0.034 0.030 0.043 0.043 0.312 0.166 101 A 0.035 0.493 0.024 0.030 0.067 0.048 0.102 0.201 102 R 0.049 0.261 0.042 0.105 0.133 0.052 0.109 0.248 103 T 0.034 0.228 0.062 0.102 0.141 0.056 0.089 0.288 104 I 0.040 0.101 0.063 0.068 0.114 0.097 0.126 0.390 105 I 0.030 0.031 0.125 0.167 0.102 0.087 0.134 0.324 106 K 0.140 0.064 0.028 0.041 0.054 0.081 0.086 0.507 107 W 0.205 0.047 0.023 0.017 0.023 0.067 0.065 0.554 108 Q 0.039 0.036 0.025 0.058 0.079 0.098 0.041 0.623 109 D 0.008 0.010 0.030 0.022 0.076 0.088 0.064 0.701 110 L 0.025 0.011 0.071 0.112 0.092 0.146 0.114 0.430 111 E 0.275 0.025 0.054 0.082 0.080 0.074 0.113 0.297 112 V 0.038 0.018 0.032 0.028 0.062 0.110 0.053 0.658 113 G 0.004 0.006 0.132 0.052 0.212 0.113 0.035 0.446 114 Q 0.008 0.005 0.200 0.214 0.325 0.050 0.088 0.111 115 V 0.004 0.004 0.198 0.205 0.201 0.046 0.109 0.233 116 V 0.004 0.002 0.387 0.231 0.282 0.016 0.034 0.044 117 M 0.006 0.002 0.282 0.187 0.338 0.029 0.053 0.103 118 L 0.015 0.003 0.299 0.194 0.224 0.051 0.058 0.156 119 N 0.015 0.003 0.181 0.168 0.258 0.074 0.057 0.244 120 Y 0.023 0.002 0.041 0.040 0.070 0.117 0.027 0.680 121 N 0.367 0.012 0.032 0.036 0.042 0.123 0.087 0.301 122 P 0.037 0.007 0.011 0.012 0.019 0.190 0.026 0.699 123 D 0.029 0.005 0.006 0.005 0.010 0.085 0.011 0.850 124 N 0.298 0.032 0.009 0.020 0.023 0.115 0.103 0.400 125 P 0.089 0.023 0.013 0.017 0.028 0.143 0.053 0.633 126 K 0.144 0.020 0.018 0.028 0.059 0.109 0.053 0.569 127 E 0.037 0.009 0.016 0.031 0.053 0.110 0.042 0.701 128 R 0.016 0.012 0.054 0.073 0.249 0.136 0.049 0.410 129 G 0.010 0.015 0.069 0.091 0.263 0.075 0.046 0.430 130 F 0.011 0.026 0.110 0.304 0.337 0.045 0.023 0.144 131 W 0.006 0.042 0.128 0.172 0.315 0.039 0.034 0.265 132 Y 0.021 0.104 0.080 0.241 0.280 0.045 0.056 0.173 133 D 0.052 0.131 0.083 0.124 0.143 0.045 0.260 0.161 134 A 0.014 0.208 0.068 0.144 0.168 0.047 0.151 0.199 135 E 0.043 0.315 0.071 0.089 0.191 0.040 0.061 0.189 136 I 0.082 0.180 0.073 0.172 0.138 0.051 0.097 0.207 137 S 0.084 0.166 0.041 0.075 0.107 0.057 0.074 0.395 138 R 0.079 0.056 0.020 0.047 0.067 0.059 0.232 0.440 139 K 0.089 0.047 0.011 0.027 0.035 0.112 0.122 0.557 140 R 0.057 0.021 0.010 0.031 0.040 0.081 0.158 0.603 141 E 0.020 0.042 0.008 0.022 0.037 0.104 0.057 0.710 142 T 0.043 0.087 0.013 0.025 0.056 0.100 0.051 0.625 143 R 0.026 0.091 0.018 0.056 0.041 0.119 0.039 0.611 144 T 0.067 0.406 0.015 0.020 0.030 0.052 0.126 0.284 145 A 0.082 0.514 0.023 0.023 0.025 0.047 0.121 0.165 146 R 0.033 0.268 0.041 0.060 0.110 0.060 0.199 0.230 147 E 0.017 0.056 0.074 0.051 0.098 0.081 0.388 0.235 148 L 0.012 0.079 0.110 0.151 0.210 0.092 0.188 0.158 149 Y 0.010 0.032 0.161 0.072 0.212 0.092 0.100 0.322 150 A 0.007 0.012 0.208 0.214 0.204 0.082 0.114 0.160 151 N 0.008 0.006 0.355 0.124 0.180 0.057 0.158 0.113 152 V 0.018 0.007 0.309 0.107 0.184 0.073 0.116 0.187 153 V 0.024 0.005 0.399 0.102 0.146 0.077 0.068 0.179 154 L 0.033 0.006 0.226 0.075 0.124 0.127 0.106 0.303 155 G 0.039 0.015 0.075 0.042 0.091 0.153 0.100 0.486 156 D 0.066 0.013 0.027 0.018 0.038 0.177 0.095 0.566 157 D 0.038 0.015 0.046 0.031 0.033 0.217 0.118 0.503 158 S 0.132 0.034 0.020 0.013 0.025 0.130 0.067 0.578 159 L 0.284 0.030 0.022 0.010 0.016 0.115 0.077 0.445 160 N 0.082 0.062 0.026 0.031 0.077 0.125 0.054 0.545 161 D 0.018 0.039 0.030 0.022 0.115 0.087 0.054 0.635 162 C 0.006 0.035 0.081 0.197 0.270 0.074 0.056 0.281 163 R 0.011 0.049 0.124 0.256 0.317 0.041 0.079 0.123 164 I 0.011 0.064 0.135 0.196 0.204 0.044 0.079 0.268 165 I 0.006 0.059 0.269 0.249 0.252 0.033 0.051 0.082 166 F 0.031 0.157 0.152 0.133 0.207 0.034 0.142 0.144 167 V 0.092 0.227 0.079 0.120 0.142 0.045 0.148 0.148 168 D 0.107 0.153 0.044 0.089 0.108 0.059 0.088 0.353 169 E 0.057 0.112 0.033 0.071 0.134 0.089 0.061 0.443 170 V 0.016 0.036 0.063 0.071 0.219 0.097 0.074 0.423 171 F 0.026 0.018 0.057 0.199 0.306 0.072 0.062 0.259 172 K 0.070 0.008 0.037 0.272 0.226 0.061 0.070 0.255 173 I 0.010 0.003 0.045 0.132 0.219 0.097 0.051 0.444 174 E 0.049 0.002 0.043 0.075 0.185 0.099 0.031 0.516 175 R 0.193 0.002 0.024 0.099 0.093 0.092 0.050 0.446 176 P 0.010 0.001 0.008 0.014 0.025 0.081 0.009 0.852 177 G 0.037 0.004 0.012 0.027 0.066 0.110 0.030 0.713 178 E 0.053 0.007 0.011 0.042 0.040 0.114 0.043 0.688