# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.68398 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.500 0.179 0.043 0.090 0.062 0.040 0.038 0.023 0.013 0.008 0.004 2 H 0.449 0.209 0.049 0.102 0.071 0.040 0.035 0.020 0.013 0.008 0.004 3 H 0.290 0.231 0.051 0.124 0.102 0.060 0.065 0.036 0.022 0.012 0.006 4 H 0.285 0.153 0.055 0.131 0.115 0.076 0.085 0.050 0.028 0.015 0.008 5 H 0.283 0.176 0.096 0.157 0.098 0.067 0.058 0.030 0.020 0.010 0.004 6 H 0.168 0.164 0.074 0.155 0.121 0.100 0.112 0.050 0.031 0.017 0.007 7 H 0.152 0.107 0.049 0.138 0.130 0.127 0.149 0.073 0.043 0.023 0.011 8 S 0.329 0.176 0.092 0.135 0.086 0.062 0.056 0.028 0.020 0.012 0.005 9 S 0.274 0.204 0.098 0.146 0.107 0.061 0.056 0.027 0.014 0.008 0.004 10 G 0.321 0.163 0.063 0.110 0.087 0.067 0.087 0.047 0.029 0.018 0.009 11 R 0.136 0.169 0.077 0.156 0.135 0.117 0.106 0.050 0.029 0.017 0.008 12 E 0.438 0.182 0.114 0.122 0.060 0.033 0.027 0.013 0.006 0.003 0.001 13 N 0.419 0.129 0.089 0.130 0.078 0.061 0.049 0.022 0.012 0.007 0.003 14 L 0.054 0.049 0.052 0.103 0.111 0.152 0.180 0.112 0.089 0.062 0.038 15 Y 0.155 0.131 0.150 0.185 0.121 0.091 0.085 0.037 0.023 0.015 0.007 16 F 0.065 0.070 0.123 0.134 0.126 0.136 0.146 0.085 0.058 0.039 0.019 17 Q 0.141 0.115 0.120 0.160 0.130 0.103 0.103 0.054 0.038 0.024 0.012 18 G 0.384 0.125 0.078 0.121 0.077 0.067 0.068 0.034 0.025 0.015 0.007 19 M 0.078 0.066 0.055 0.111 0.102 0.125 0.157 0.092 0.098 0.073 0.042 20 W 0.066 0.065 0.042 0.090 0.093 0.114 0.168 0.123 0.109 0.076 0.052 21 D 0.206 0.191 0.106 0.158 0.119 0.072 0.066 0.033 0.023 0.015 0.008 22 E 0.225 0.178 0.078 0.128 0.114 0.070 0.079 0.051 0.035 0.025 0.018 23 T 0.248 0.156 0.048 0.124 0.105 0.097 0.093 0.055 0.036 0.024 0.013 24 E 0.489 0.189 0.058 0.133 0.062 0.030 0.019 0.009 0.005 0.003 0.001 25 L 0.046 0.043 0.029 0.087 0.107 0.146 0.171 0.148 0.105 0.074 0.043 26 G 0.131 0.156 0.062 0.203 0.161 0.104 0.094 0.041 0.028 0.014 0.006 27 L 0.018 0.022 0.032 0.059 0.060 0.073 0.141 0.129 0.185 0.163 0.119 28 Y 0.020 0.023 0.041 0.069 0.068 0.100 0.163 0.125 0.167 0.121 0.104 29 K 0.035 0.088 0.097 0.212 0.162 0.116 0.116 0.057 0.053 0.042 0.021 30 V 0.020 0.032 0.033 0.084 0.086 0.109 0.162 0.150 0.139 0.097 0.087 31 N 0.125 0.113 0.067 0.168 0.155 0.104 0.095 0.057 0.052 0.043 0.020 32 E 0.135 0.149 0.083 0.192 0.128 0.109 0.099 0.044 0.032 0.021 0.010 33 Y 0.044 0.068 0.046 0.200 0.181 0.147 0.127 0.076 0.057 0.032 0.021 34 V 0.005 0.006 0.009 0.014 0.019 0.031 0.092 0.163 0.233 0.240 0.188 35 D 0.029 0.115 0.089 0.294 0.257 0.082 0.068 0.032 0.019 0.011 0.005 36 A 0.003 0.006 0.011 0.013 0.012 0.027 0.066 0.099 0.226 0.267 0.270 37 R 0.069 0.105 0.070 0.283 0.238 0.087 0.076 0.028 0.023 0.015 0.007 38 D 0.066 0.076 0.046 0.089 0.083 0.085 0.148 0.129 0.121 0.089 0.068 39 T 0.138 0.135 0.060 0.195 0.158 0.109 0.089 0.046 0.034 0.023 0.014 40 N 0.353 0.225 0.063 0.129 0.079 0.046 0.047 0.024 0.018 0.011 0.006 41 M 0.074 0.061 0.029 0.112 0.122 0.143 0.161 0.114 0.089 0.059 0.036 42 G 0.280 0.186 0.074 0.171 0.117 0.066 0.047 0.022 0.019 0.012 0.006 43 A 0.014 0.021 0.023 0.055 0.066 0.112 0.185 0.163 0.158 0.119 0.083 44 W 0.022 0.046 0.049 0.119 0.117 0.120 0.143 0.112 0.112 0.097 0.062 45 F 0.003 0.006 0.014 0.018 0.022 0.042 0.106 0.171 0.208 0.218 0.191 46 E 0.017 0.052 0.098 0.249 0.215 0.121 0.102 0.055 0.044 0.031 0.016 47 A 0.008 0.006 0.017 0.018 0.018 0.034 0.086 0.111 0.205 0.269 0.228 48 Q 0.023 0.084 0.072 0.295 0.244 0.118 0.090 0.034 0.023 0.013 0.005 49 V 0.004 0.007 0.012 0.019 0.016 0.031 0.076 0.106 0.232 0.263 0.234 50 V 0.021 0.032 0.045 0.169 0.216 0.188 0.174 0.062 0.045 0.034 0.013 51 R 0.091 0.181 0.190 0.310 0.141 0.040 0.026 0.010 0.007 0.004 0.001 52 V 0.002 0.002 0.004 0.007 0.009 0.022 0.080 0.150 0.227 0.233 0.264 53 T 0.032 0.096 0.081 0.172 0.142 0.084 0.156 0.079 0.074 0.061 0.024 54 R 0.027 0.083 0.151 0.192 0.168 0.116 0.125 0.061 0.039 0.025 0.012 55 K 0.312 0.198 0.143 0.171 0.083 0.042 0.032 0.010 0.005 0.003 0.001 56 A 0.207 0.135 0.043 0.118 0.108 0.103 0.147 0.069 0.039 0.022 0.010 57 P 0.459 0.229 0.057 0.105 0.063 0.027 0.027 0.016 0.009 0.005 0.003 58 S 0.183 0.209 0.106 0.154 0.123 0.085 0.076 0.032 0.017 0.009 0.005 59 R 0.183 0.175 0.110 0.165 0.136 0.076 0.079 0.042 0.020 0.010 0.005 60 D 0.442 0.190 0.075 0.111 0.067 0.042 0.039 0.018 0.009 0.005 0.002 61 E 0.147 0.106 0.077 0.142 0.124 0.130 0.126 0.068 0.042 0.024 0.012 62 P 0.328 0.148 0.072 0.129 0.089 0.074 0.077 0.036 0.025 0.015 0.007 63 C 0.075 0.065 0.051 0.101 0.110 0.142 0.169 0.112 0.085 0.057 0.032 64 S 0.220 0.183 0.102 0.145 0.114 0.077 0.070 0.038 0.026 0.017 0.009 65 S 0.267 0.143 0.063 0.114 0.102 0.078 0.095 0.057 0.038 0.027 0.016 66 T 0.316 0.160 0.065 0.127 0.100 0.070 0.065 0.041 0.028 0.018 0.009 67 S 0.305 0.175 0.056 0.131 0.091 0.071 0.080 0.039 0.027 0.017 0.008 68 R 0.094 0.091 0.040 0.128 0.123 0.141 0.165 0.094 0.068 0.037 0.019 69 P 0.408 0.141 0.064 0.105 0.074 0.067 0.066 0.032 0.023 0.013 0.007 70 A 0.289 0.209 0.083 0.154 0.098 0.059 0.053 0.023 0.015 0.011 0.005 71 L 0.048 0.068 0.031 0.083 0.085 0.121 0.183 0.144 0.110 0.070 0.057 72 E 0.297 0.258 0.095 0.159 0.098 0.040 0.027 0.013 0.006 0.004 0.002 73 E 0.472 0.126 0.111 0.127 0.061 0.047 0.031 0.013 0.006 0.004 0.002 74 D 0.095 0.099 0.079 0.223 0.192 0.154 0.085 0.032 0.022 0.013 0.005 75 V 0.003 0.005 0.009 0.017 0.022 0.050 0.138 0.194 0.220 0.190 0.153 76 I 0.013 0.051 0.145 0.223 0.220 0.139 0.097 0.045 0.033 0.026 0.008 77 Y 0.005 0.016 0.082 0.047 0.057 0.074 0.134 0.154 0.175 0.157 0.099 78 H 0.023 0.056 0.085 0.234 0.226 0.117 0.124 0.052 0.043 0.029 0.012 79 V 0.004 0.004 0.008 0.009 0.010 0.021 0.064 0.105 0.238 0.276 0.261 80 K 0.045 0.155 0.114 0.319 0.237 0.058 0.040 0.016 0.010 0.006 0.002 81 Y 0.022 0.032 0.029 0.063 0.061 0.099 0.192 0.151 0.161 0.116 0.074 82 D 0.196 0.158 0.076 0.209 0.154 0.075 0.061 0.029 0.022 0.014 0.006 83 D 0.427 0.243 0.069 0.116 0.062 0.031 0.028 0.012 0.007 0.004 0.002 84 Y 0.075 0.053 0.029 0.080 0.088 0.102 0.156 0.137 0.118 0.095 0.068 85 P 0.140 0.206 0.069 0.166 0.124 0.099 0.093 0.045 0.031 0.018 0.009 86 E 0.237 0.234 0.096 0.174 0.110 0.057 0.046 0.023 0.012 0.006 0.003 87 N 0.461 0.148 0.058 0.096 0.077 0.055 0.047 0.026 0.016 0.011 0.005 88 G 0.148 0.136 0.041 0.204 0.159 0.126 0.105 0.040 0.024 0.012 0.005 89 V 0.014 0.021 0.023 0.057 0.053 0.075 0.141 0.134 0.200 0.166 0.118 90 V 0.015 0.033 0.038 0.085 0.120 0.186 0.224 0.132 0.086 0.052 0.029 91 Q 0.053 0.145 0.156 0.328 0.168 0.067 0.043 0.016 0.012 0.008 0.004 92 M 0.006 0.004 0.005 0.010 0.014 0.025 0.072 0.159 0.210 0.220 0.274 93 N 0.095 0.435 0.077 0.203 0.117 0.028 0.022 0.009 0.007 0.005 0.002 94 S 0.075 0.079 0.046 0.145 0.118 0.123 0.135 0.088 0.084 0.061 0.044 95 R 0.424 0.184 0.086 0.157 0.087 0.029 0.018 0.007 0.005 0.003 0.001 96 D 0.152 0.190 0.053 0.247 0.163 0.084 0.066 0.025 0.013 0.006 0.002 97 V 0.004 0.006 0.007 0.013 0.014 0.030 0.082 0.113 0.227 0.257 0.245 98 R 0.015 0.045 0.057 0.210 0.247 0.171 0.149 0.052 0.032 0.015 0.007 99 A 0.051 0.073 0.266 0.155 0.102 0.078 0.087 0.051 0.061 0.050 0.026 100 R 0.024 0.040 0.072 0.187 0.211 0.177 0.158 0.059 0.039 0.023 0.010 101 A 0.003 0.005 0.011 0.013 0.012 0.024 0.082 0.149 0.233 0.247 0.221 102 R 0.006 0.017 0.048 0.133 0.172 0.185 0.178 0.102 0.077 0.061 0.022 103 T 0.067 0.110 0.357 0.216 0.123 0.056 0.039 0.015 0.009 0.006 0.002 104 I 0.020 0.034 0.047 0.147 0.128 0.171 0.222 0.090 0.075 0.041 0.025 105 I 0.005 0.004 0.006 0.007 0.007 0.015 0.055 0.107 0.232 0.302 0.259 106 K 0.032 0.283 0.176 0.278 0.162 0.037 0.021 0.006 0.003 0.002 0.001 107 W 0.021 0.053 0.063 0.130 0.104 0.166 0.155 0.103 0.095 0.060 0.049 108 Q 0.455 0.179 0.083 0.136 0.080 0.026 0.022 0.007 0.005 0.004 0.002 109 D 0.113 0.281 0.038 0.287 0.184 0.050 0.031 0.010 0.004 0.001 0.001 110 L 0.004 0.003 0.004 0.007 0.007 0.018 0.045 0.064 0.215 0.235 0.399 111 E 0.127 0.361 0.078 0.299 0.117 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 112 V 0.021 0.049 0.041 0.076 0.055 0.068 0.104 0.112 0.181 0.133 0.161 113 G 0.236 0.181 0.042 0.220 0.170 0.067 0.043 0.014 0.014 0.009 0.005 114 Q 0.088 0.231 0.063 0.212 0.155 0.095 0.088 0.031 0.022 0.010 0.005 115 V 0.025 0.031 0.035 0.126 0.166 0.136 0.144 0.125 0.105 0.065 0.042 116 V 0.004 0.010 0.017 0.043 0.052 0.095 0.197 0.181 0.183 0.137 0.082 117 M 0.002 0.014 0.036 0.079 0.080 0.072 0.141 0.185 0.174 0.135 0.081 118 L 0.003 0.006 0.017 0.022 0.027 0.042 0.110 0.165 0.224 0.228 0.157 119 N 0.016 0.027 0.056 0.151 0.152 0.113 0.160 0.111 0.098 0.077 0.038 120 Y 0.010 0.014 0.018 0.038 0.043 0.075 0.158 0.177 0.205 0.160 0.100 121 N 0.080 0.165 0.056 0.168 0.146 0.107 0.120 0.062 0.047 0.035 0.014 122 P 0.202 0.119 0.038 0.129 0.119 0.101 0.118 0.076 0.051 0.032 0.016 123 D 0.515 0.230 0.049 0.085 0.052 0.024 0.018 0.011 0.008 0.005 0.003 124 N 0.234 0.295 0.043 0.144 0.112 0.056 0.058 0.026 0.017 0.010 0.006 125 P 0.142 0.076 0.026 0.068 0.087 0.097 0.151 0.131 0.096 0.063 0.062 126 K 0.403 0.220 0.098 0.163 0.064 0.027 0.013 0.006 0.003 0.002 0.001 127 E 0.169 0.102 0.097 0.190 0.121 0.119 0.100 0.049 0.029 0.017 0.008 128 R 0.038 0.038 0.026 0.090 0.124 0.134 0.184 0.148 0.108 0.070 0.040 129 G 0.074 0.076 0.076 0.122 0.119 0.143 0.158 0.082 0.077 0.048 0.025 130 F 0.014 0.021 0.070 0.068 0.079 0.094 0.159 0.135 0.152 0.137 0.071 131 W 0.020 0.024 0.049 0.060 0.060 0.087 0.155 0.133 0.168 0.153 0.091 132 Y 0.009 0.018 0.034 0.051 0.065 0.090 0.169 0.174 0.162 0.142 0.086 133 D 0.021 0.048 0.066 0.110 0.106 0.113 0.151 0.113 0.113 0.096 0.062 134 A 0.017 0.012 0.026 0.038 0.057 0.086 0.169 0.170 0.168 0.156 0.102 135 E 0.093 0.139 0.164 0.261 0.181 0.061 0.046 0.025 0.015 0.010 0.003 136 I 0.006 0.010 0.019 0.026 0.026 0.051 0.130 0.145 0.214 0.222 0.151 137 S 0.046 0.080 0.100 0.189 0.173 0.109 0.131 0.065 0.052 0.040 0.016 138 R 0.193 0.176 0.233 0.160 0.097 0.049 0.044 0.022 0.013 0.010 0.003 139 K 0.189 0.133 0.132 0.156 0.115 0.110 0.095 0.034 0.019 0.012 0.005 140 R 0.173 0.154 0.089 0.137 0.102 0.099 0.130 0.056 0.035 0.019 0.007 141 E 0.371 0.133 0.138 0.115 0.078 0.057 0.056 0.029 0.012 0.007 0.003 142 T 0.302 0.159 0.221 0.151 0.074 0.042 0.030 0.012 0.006 0.003 0.001 143 R 0.059 0.048 0.070 0.088 0.083 0.162 0.209 0.111 0.087 0.051 0.031 144 T 0.243 0.201 0.177 0.175 0.087 0.052 0.038 0.013 0.008 0.004 0.002 145 A 0.181 0.106 0.172 0.170 0.145 0.104 0.068 0.027 0.016 0.008 0.004 146 R 0.045 0.051 0.103 0.121 0.144 0.163 0.169 0.081 0.063 0.040 0.020 147 E 0.033 0.069 0.114 0.219 0.197 0.151 0.124 0.044 0.029 0.015 0.007 148 L 0.002 0.004 0.023 0.016 0.021 0.042 0.116 0.168 0.221 0.204 0.183 149 Y 0.011 0.038 0.098 0.201 0.229 0.131 0.129 0.061 0.052 0.031 0.018 150 A 0.001 0.003 0.012 0.012 0.014 0.032 0.088 0.140 0.254 0.243 0.200 151 N 0.011 0.030 0.060 0.227 0.257 0.127 0.133 0.059 0.052 0.031 0.014 152 V 0.001 0.002 0.004 0.004 0.004 0.009 0.033 0.088 0.234 0.313 0.310 153 V 0.014 0.032 0.036 0.124 0.125 0.119 0.172 0.115 0.117 0.090 0.055 154 L 0.005 0.013 0.017 0.021 0.020 0.037 0.096 0.154 0.217 0.250 0.171 155 G 0.052 0.097 0.043 0.144 0.145 0.133 0.153 0.093 0.063 0.049 0.028 156 D 0.241 0.194 0.048 0.157 0.118 0.063 0.070 0.046 0.031 0.020 0.011 157 D 0.431 0.175 0.032 0.092 0.084 0.050 0.048 0.032 0.024 0.020 0.011 158 S 0.253 0.323 0.044 0.173 0.109 0.038 0.030 0.012 0.009 0.005 0.003 159 L 0.032 0.032 0.014 0.053 0.050 0.099 0.136 0.127 0.172 0.147 0.139 160 N 0.263 0.303 0.084 0.180 0.089 0.042 0.023 0.008 0.004 0.003 0.001 161 D 0.178 0.241 0.068 0.275 0.135 0.059 0.026 0.010 0.005 0.002 0.001 162 C 0.012 0.007 0.007 0.016 0.024 0.039 0.090 0.152 0.205 0.215 0.234 163 R 0.053 0.167 0.081 0.344 0.238 0.064 0.034 0.010 0.006 0.003 0.001 164 I 0.008 0.010 0.046 0.035 0.027 0.040 0.083 0.084 0.223 0.251 0.193 165 I 0.031 0.059 0.087 0.269 0.277 0.108 0.094 0.033 0.025 0.014 0.005 166 F 0.010 0.037 0.042 0.045 0.036 0.060 0.131 0.131 0.204 0.181 0.123 167 V 0.015 0.023 0.034 0.102 0.128 0.169 0.191 0.121 0.097 0.076 0.043 168 D 0.184 0.133 0.206 0.185 0.114 0.057 0.053 0.027 0.021 0.014 0.005 169 E 0.034 0.044 0.067 0.191 0.204 0.165 0.154 0.070 0.044 0.021 0.008 170 V 0.011 0.009 0.021 0.024 0.024 0.036 0.098 0.108 0.224 0.238 0.206 171 F 0.005 0.013 0.039 0.078 0.105 0.137 0.199 0.149 0.137 0.090 0.048 172 K 0.020 0.074 0.297 0.211 0.175 0.071 0.067 0.038 0.026 0.015 0.006 173 I 0.012 0.016 0.031 0.041 0.052 0.080 0.208 0.184 0.165 0.131 0.079 174 E 0.046 0.034 0.051 0.084 0.087 0.099 0.182 0.142 0.133 0.094 0.048 175 R 0.201 0.181 0.148 0.183 0.111 0.062 0.053 0.028 0.017 0.011 0.004 176 P 0.152 0.107 0.064 0.113 0.108 0.128 0.139 0.083 0.053 0.034 0.019 177 G 0.524 0.212 0.041 0.081 0.057 0.028 0.024 0.015 0.010 0.006 0.003 178 E 0.432 0.182 0.051 0.096 0.072 0.052 0.049 0.027 0.020 0.013 0.006