# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.68398 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.016 0.002 0.001 0.008 0.013 0.026 0.048 0.001 0.001 0.001 0.885 2 H 0.009 0.001 0.001 0.006 0.006 0.013 0.064 0.001 0.001 0.001 0.899 3 H 0.039 0.001 0.001 0.009 0.007 0.015 0.074 0.001 0.001 0.001 0.853 4 H 0.022 0.001 0.001 0.008 0.007 0.012 0.075 0.001 0.001 0.001 0.874 5 H 0.048 0.004 0.001 0.017 0.026 0.043 0.085 0.001 0.001 0.002 0.774 6 H 0.064 0.004 0.001 0.016 0.021 0.039 0.070 0.001 0.001 0.002 0.781 7 H 0.071 0.003 0.001 0.014 0.023 0.044 0.084 0.001 0.001 0.002 0.759 8 S 0.032 0.003 0.001 0.008 0.012 0.019 0.148 0.001 0.001 0.002 0.774 9 S 0.049 0.005 0.001 0.010 0.013 0.018 0.167 0.001 0.001 0.008 0.728 10 G 0.115 0.008 0.003 0.013 0.014 0.023 0.191 0.002 0.001 0.026 0.604 11 R 0.246 0.008 0.008 0.018 0.017 0.029 0.234 0.001 0.001 0.007 0.431 12 E 0.009 0.002 0.001 0.004 0.005 0.008 0.094 0.001 0.001 0.001 0.875 13 N 0.050 0.016 0.002 0.025 0.046 0.118 0.156 0.001 0.001 0.005 0.582 14 L 0.189 0.049 0.003 0.037 0.042 0.084 0.084 0.002 0.001 0.004 0.506 15 Y 0.059 0.081 0.003 0.046 0.120 0.142 0.137 0.002 0.001 0.008 0.401 16 F 0.082 0.087 0.004 0.032 0.068 0.114 0.116 0.004 0.001 0.007 0.486 17 Q 0.138 0.098 0.004 0.031 0.046 0.095 0.123 0.006 0.001 0.007 0.453 18 G 0.168 0.058 0.010 0.029 0.038 0.054 0.118 0.011 0.001 0.018 0.498 19 M 0.198 0.052 0.043 0.042 0.042 0.071 0.123 0.006 0.001 0.006 0.417 20 W 0.087 0.040 0.012 0.066 0.059 0.106 0.129 0.003 0.001 0.006 0.492 21 D 0.035 0.041 0.004 0.032 0.047 0.099 0.147 0.003 0.001 0.004 0.587 22 E 0.054 0.039 0.002 0.030 0.027 0.063 0.117 0.004 0.001 0.006 0.658 23 T 0.064 0.032 0.003 0.023 0.029 0.042 0.213 0.005 0.001 0.008 0.581 24 E 0.180 0.042 0.006 0.024 0.028 0.040 0.287 0.004 0.001 0.016 0.373 25 L 0.235 0.088 0.018 0.029 0.034 0.042 0.180 0.004 0.001 0.016 0.353 26 G 0.153 0.056 0.010 0.095 0.133 0.147 0.086 0.006 0.001 0.040 0.273 27 L 0.068 0.039 0.061 0.099 0.078 0.111 0.100 0.003 0.001 0.004 0.437 28 Y 0.031 0.023 0.002 0.245 0.214 0.289 0.067 0.001 0.001 0.005 0.123 29 K 0.010 0.028 0.001 0.085 0.109 0.120 0.107 0.002 0.001 0.001 0.536 30 V 0.011 0.056 0.001 0.253 0.139 0.332 0.026 0.001 0.001 0.003 0.179 31 N 0.028 0.060 0.002 0.146 0.085 0.188 0.124 0.003 0.001 0.013 0.351 32 E 0.167 0.049 0.006 0.148 0.095 0.087 0.108 0.005 0.001 0.016 0.318 33 Y 0.118 0.083 0.013 0.101 0.071 0.086 0.125 0.006 0.001 0.005 0.391 34 V 0.098 0.076 0.017 0.189 0.116 0.150 0.072 0.004 0.001 0.009 0.270 35 D 0.035 0.034 0.005 0.078 0.076 0.121 0.100 0.008 0.001 0.006 0.537 36 A 0.094 0.036 0.008 0.135 0.057 0.147 0.036 0.004 0.001 0.004 0.480 37 R 0.016 0.036 0.003 0.075 0.029 0.042 0.508 0.003 0.001 0.011 0.277 38 D 0.200 0.034 0.004 0.027 0.012 0.018 0.355 0.007 0.001 0.028 0.315 39 T 0.387 0.097 0.012 0.063 0.015 0.030 0.072 0.008 0.001 0.014 0.302 40 N 0.046 0.041 0.029 0.032 0.017 0.020 0.592 0.004 0.001 0.015 0.205 41 M 0.201 0.062 0.019 0.032 0.019 0.033 0.238 0.004 0.001 0.036 0.356 42 G 0.185 0.102 0.011 0.039 0.023 0.059 0.117 0.011 0.001 0.041 0.411 43 A 0.152 0.078 0.057 0.046 0.044 0.049 0.245 0.006 0.001 0.009 0.314 44 W 0.056 0.087 0.012 0.053 0.081 0.102 0.153 0.004 0.001 0.005 0.446 45 F 0.055 0.091 0.004 0.053 0.166 0.322 0.060 0.004 0.001 0.003 0.243 46 E 0.044 0.051 0.002 0.053 0.056 0.125 0.041 0.004 0.001 0.003 0.622 47 A 0.048 0.059 0.006 0.063 0.153 0.201 0.083 0.003 0.001 0.005 0.380 48 Q 0.066 0.051 0.003 0.086 0.275 0.224 0.070 0.003 0.001 0.007 0.216 49 V 0.047 0.057 0.011 0.103 0.187 0.247 0.039 0.003 0.001 0.003 0.301 50 V 0.012 0.011 0.001 0.106 0.388 0.438 0.009 0.001 0.001 0.001 0.032 51 R 0.010 0.011 0.001 0.060 0.219 0.290 0.033 0.002 0.001 0.001 0.374 52 V 0.018 0.009 0.002 0.128 0.264 0.400 0.014 0.001 0.001 0.002 0.163 53 T 0.010 0.009 0.001 0.088 0.240 0.333 0.069 0.001 0.001 0.002 0.247 54 R 0.017 0.009 0.001 0.066 0.172 0.301 0.041 0.001 0.001 0.003 0.389 55 K 0.014 0.009 0.002 0.038 0.060 0.151 0.122 0.001 0.001 0.004 0.600 56 A 0.115 0.004 0.001 0.026 0.050 0.085 0.089 0.001 0.001 0.006 0.621 57 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.986 58 S 0.023 0.002 0.001 0.008 0.021 0.046 0.163 0.001 0.001 0.002 0.734 59 R 0.380 0.011 0.001 0.013 0.013 0.023 0.052 0.001 0.001 0.018 0.488 60 D 0.126 0.017 0.004 0.014 0.013 0.025 0.134 0.002 0.001 0.017 0.648 61 E 0.174 0.008 0.005 0.025 0.017 0.019 0.141 0.001 0.001 0.007 0.604 62 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.973 63 C 0.043 0.008 0.002 0.030 0.054 0.140 0.134 0.001 0.001 0.003 0.586 64 S 0.176 0.020 0.002 0.034 0.035 0.052 0.083 0.001 0.001 0.005 0.593 65 S 0.077 0.014 0.001 0.020 0.025 0.038 0.079 0.002 0.001 0.008 0.736 66 T 0.131 0.018 0.004 0.021 0.019 0.025 0.272 0.001 0.001 0.011 0.497 67 S 0.166 0.013 0.004 0.015 0.011 0.024 0.233 0.002 0.001 0.022 0.510 68 R 0.207 0.015 0.015 0.030 0.021 0.036 0.232 0.001 0.001 0.010 0.433 69 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.973 70 A 0.020 0.010 0.001 0.014 0.042 0.105 0.203 0.001 0.001 0.003 0.601 71 L 0.237 0.062 0.001 0.017 0.034 0.060 0.092 0.002 0.001 0.007 0.489 72 E 0.154 0.092 0.003 0.020 0.069 0.106 0.078 0.003 0.001 0.006 0.469 73 E 0.086 0.046 0.002 0.016 0.052 0.059 0.092 0.003 0.001 0.005 0.638 74 D 0.124 0.021 0.003 0.018 0.066 0.077 0.084 0.003 0.001 0.005 0.598 75 V 0.145 0.023 0.009 0.057 0.272 0.272 0.047 0.002 0.001 0.005 0.168 76 I 0.029 0.010 0.006 0.143 0.267 0.360 0.050 0.001 0.001 0.003 0.131 77 Y 0.006 0.002 0.001 0.100 0.404 0.447 0.007 0.001 0.001 0.001 0.033 78 H 0.004 0.001 0.001 0.143 0.253 0.495 0.009 0.001 0.001 0.001 0.093 79 V 0.001 0.001 0.001 0.098 0.387 0.448 0.009 0.001 0.001 0.001 0.054 80 K 0.002 0.001 0.001 0.079 0.292 0.482 0.019 0.001 0.001 0.001 0.124 81 Y 0.005 0.001 0.001 0.069 0.197 0.372 0.028 0.001 0.001 0.001 0.327 82 D 0.010 0.002 0.001 0.058 0.110 0.241 0.090 0.001 0.001 0.003 0.485 83 D 0.032 0.002 0.001 0.017 0.020 0.051 0.200 0.001 0.001 0.012 0.665 84 Y 0.243 0.004 0.002 0.026 0.031 0.049 0.192 0.001 0.001 0.009 0.442 85 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 0.001 0.966 86 E 0.010 0.002 0.001 0.006 0.024 0.047 0.235 0.001 0.001 0.002 0.674 87 N 0.241 0.015 0.001 0.013 0.044 0.072 0.096 0.001 0.001 0.032 0.485 88 G 0.481 0.012 0.005 0.029 0.094 0.079 0.053 0.002 0.001 0.032 0.213 89 V 0.084 0.006 0.028 0.033 0.052 0.055 0.185 0.001 0.001 0.004 0.552 90 V 0.019 0.002 0.001 0.088 0.358 0.474 0.016 0.001 0.001 0.001 0.040 91 Q 0.008 0.005 0.001 0.062 0.121 0.294 0.063 0.001 0.001 0.001 0.444 92 M 0.015 0.005 0.001 0.146 0.257 0.456 0.016 0.001 0.001 0.002 0.102 93 N 0.005 0.005 0.001 0.046 0.132 0.166 0.197 0.001 0.001 0.002 0.447 94 S 0.013 0.003 0.001 0.025 0.069 0.168 0.056 0.001 0.001 0.003 0.663 95 R 0.013 0.007 0.001 0.021 0.058 0.121 0.316 0.001 0.001 0.006 0.456 96 D 0.155 0.010 0.002 0.016 0.016 0.025 0.282 0.001 0.001 0.025 0.469 97 V 0.243 0.104 0.010 0.037 0.048 0.098 0.131 0.002 0.001 0.013 0.315 98 R 0.060 0.123 0.008 0.053 0.096 0.111 0.194 0.001 0.001 0.008 0.346 99 A 0.007 0.033 0.001 0.006 0.013 0.019 0.036 0.001 0.001 0.001 0.883 100 R 0.036 0.118 0.002 0.023 0.092 0.245 0.095 0.002 0.001 0.004 0.383 101 A 0.175 0.337 0.005 0.023 0.040 0.071 0.063 0.004 0.001 0.003 0.279 102 R 0.092 0.513 0.007 0.023 0.081 0.082 0.029 0.003 0.001 0.004 0.166 103 T 0.085 0.385 0.006 0.037 0.116 0.083 0.042 0.007 0.001 0.003 0.236 104 I 0.155 0.338 0.010 0.042 0.057 0.104 0.021 0.013 0.001 0.001 0.259 105 I 0.079 0.227 0.010 0.078 0.188 0.234 0.031 0.008 0.001 0.003 0.144 106 K 0.030 0.169 0.010 0.040 0.129 0.116 0.089 0.013 0.001 0.002 0.402 107 W 0.062 0.110 0.007 0.056 0.092 0.188 0.022 0.006 0.001 0.002 0.455 108 Q 0.029 0.055 0.003 0.048 0.147 0.201 0.187 0.004 0.001 0.004 0.322 109 D 0.151 0.021 0.009 0.033 0.030 0.044 0.138 0.005 0.001 0.012 0.557 110 L 0.265 0.056 0.013 0.103 0.121 0.173 0.059 0.002 0.001 0.010 0.199 111 E 0.038 0.032 0.006 0.072 0.151 0.088 0.275 0.002 0.001 0.006 0.332 112 V 0.010 0.007 0.001 0.026 0.054 0.079 0.039 0.002 0.001 0.001 0.782 113 G 0.030 0.006 0.001 0.082 0.167 0.499 0.040 0.001 0.001 0.007 0.166 114 Q 0.230 0.003 0.006 0.147 0.144 0.133 0.085 0.001 0.001 0.006 0.244 115 V 0.011 0.002 0.002 0.133 0.153 0.168 0.057 0.001 0.001 0.001 0.474 116 V 0.002 0.001 0.001 0.271 0.268 0.417 0.007 0.001 0.001 0.001 0.033 117 M 0.002 0.001 0.001 0.298 0.208 0.374 0.013 0.001 0.001 0.002 0.101 118 L 0.006 0.001 0.001 0.210 0.269 0.440 0.008 0.001 0.001 0.002 0.064 119 N 0.007 0.003 0.001 0.106 0.264 0.389 0.047 0.001 0.001 0.002 0.182 120 Y 0.012 0.004 0.002 0.074 0.189 0.296 0.090 0.001 0.001 0.006 0.327 121 N 0.017 0.002 0.001 0.034 0.096 0.120 0.346 0.001 0.001 0.005 0.378 122 P 0.012 0.001 0.001 0.004 0.003 0.007 0.029 0.001 0.001 0.005 0.939 123 D 0.011 0.002 0.002 0.009 0.003 0.008 0.679 0.001 0.001 0.017 0.268 124 N 0.349 0.005 0.001 0.008 0.006 0.009 0.347 0.001 0.001 0.044 0.230 125 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.993 126 K 0.014 0.005 0.003 0.017 0.024 0.051 0.415 0.001 0.001 0.009 0.461 127 E 0.423 0.019 0.001 0.014 0.010 0.010 0.212 0.001 0.001 0.011 0.297 128 R 0.262 0.168 0.002 0.022 0.059 0.080 0.061 0.005 0.001 0.008 0.336 129 G 0.178 0.084 0.012 0.096 0.062 0.077 0.032 0.009 0.001 0.036 0.414 130 F 0.123 0.022 0.050 0.092 0.154 0.118 0.102 0.004 0.001 0.004 0.332 131 W 0.051 0.006 0.002 0.040 0.150 0.241 0.076 0.001 0.001 0.002 0.431 132 Y 0.016 0.013 0.002 0.075 0.246 0.389 0.070 0.001 0.001 0.002 0.187 133 D 0.016 0.018 0.001 0.139 0.165 0.267 0.084 0.001 0.001 0.004 0.306 134 A 0.022 0.024 0.002 0.092 0.218 0.305 0.075 0.001 0.001 0.007 0.254 135 E 0.017 0.042 0.002 0.071 0.218 0.275 0.197 0.001 0.001 0.009 0.169 136 I 0.036 0.113 0.003 0.057 0.221 0.312 0.061 0.001 0.001 0.005 0.192 137 S 0.026 0.197 0.002 0.035 0.237 0.358 0.032 0.001 0.001 0.003 0.109 138 R 0.027 0.203 0.003 0.018 0.208 0.267 0.048 0.003 0.001 0.003 0.221 139 K 0.071 0.231 0.005 0.013 0.097 0.204 0.055 0.008 0.001 0.002 0.315 140 R 0.151 0.163 0.007 0.013 0.068 0.123 0.061 0.011 0.001 0.010 0.393 141 E 0.113 0.098 0.019 0.010 0.021 0.031 0.098 0.013 0.001 0.003 0.594 142 T 0.182 0.108 0.014 0.014 0.024 0.055 0.079 0.012 0.001 0.004 0.507 143 R 0.174 0.093 0.022 0.024 0.023 0.029 0.039 0.007 0.001 0.009 0.580 144 T 0.025 0.030 0.019 0.009 0.008 0.014 0.290 0.003 0.001 0.002 0.601 145 A 0.106 0.045 0.004 0.039 0.015 0.054 0.045 0.001 0.001 0.005 0.687 146 R 0.016 0.145 0.002 0.014 0.017 0.030 0.254 0.001 0.001 0.005 0.516 147 E 0.126 0.130 0.002 0.008 0.008 0.010 0.474 0.001 0.001 0.006 0.235 148 L 0.147 0.714 0.002 0.007 0.014 0.018 0.016 0.005 0.001 0.001 0.074 149 Y 0.050 0.627 0.015 0.025 0.080 0.081 0.029 0.004 0.001 0.002 0.087 150 A 0.036 0.488 0.011 0.035 0.177 0.110 0.015 0.006 0.001 0.001 0.121 151 N 0.090 0.352 0.003 0.064 0.148 0.205 0.016 0.017 0.001 0.002 0.101 152 V 0.082 0.251 0.008 0.123 0.194 0.122 0.019 0.023 0.001 0.001 0.177 153 V 0.025 0.092 0.015 0.368 0.137 0.186 0.028 0.007 0.001 0.003 0.140 154 L 0.033 0.044 0.013 0.436 0.114 0.180 0.028 0.005 0.001 0.005 0.141 155 G 0.028 0.022 0.010 0.203 0.031 0.067 0.065 0.010 0.001 0.004 0.561 156 D 0.050 0.011 0.012 0.134 0.022 0.049 0.097 0.004 0.001 0.003 0.617 157 D 0.020 0.003 0.003 0.035 0.012 0.016 0.144 0.001 0.001 0.006 0.759 158 S 0.052 0.003 0.004 0.023 0.006 0.012 0.316 0.001 0.001 0.009 0.574 159 L 0.231 0.028 0.005 0.072 0.023 0.051 0.178 0.001 0.001 0.015 0.396 160 N 0.043 0.044 0.002 0.033 0.039 0.050 0.237 0.002 0.001 0.024 0.525 161 D 0.157 0.029 0.004 0.026 0.016 0.030 0.264 0.003 0.001 0.016 0.455 162 C 0.421 0.064 0.018 0.036 0.040 0.066 0.133 0.004 0.001 0.009 0.209 163 R 0.113 0.042 0.010 0.135 0.224 0.208 0.158 0.002 0.001 0.011 0.098 164 I 0.015 0.043 0.021 0.102 0.095 0.121 0.046 0.002 0.001 0.002 0.553 165 I 0.012 0.015 0.001 0.313 0.230 0.380 0.014 0.001 0.001 0.002 0.034 166 F 0.009 0.052 0.002 0.125 0.184 0.187 0.092 0.002 0.001 0.001 0.347 167 V 0.005 0.035 0.001 0.348 0.133 0.410 0.009 0.001 0.001 0.002 0.056 168 D 0.013 0.055 0.002 0.117 0.131 0.223 0.108 0.001 0.001 0.006 0.344 169 E 0.067 0.071 0.004 0.116 0.163 0.157 0.092 0.003 0.001 0.011 0.317 170 V 0.094 0.144 0.009 0.065 0.121 0.208 0.097 0.003 0.001 0.008 0.252 171 F 0.084 0.108 0.012 0.084 0.285 0.256 0.035 0.002 0.001 0.007 0.126 172 K 0.030 0.049 0.003 0.043 0.322 0.352 0.017 0.002 0.001 0.002 0.180 173 I 0.032 0.038 0.005 0.041 0.211 0.369 0.015 0.004 0.001 0.001 0.284 174 E 0.024 0.016 0.002 0.040 0.242 0.437 0.027 0.001 0.001 0.001 0.210 175 R 0.006 0.004 0.001 0.011 0.091 0.077 0.069 0.002 0.001 0.001 0.739 176 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.989 177 G 0.014 0.002 0.001 0.020 0.055 0.126 0.083 0.001 0.001 0.005 0.693 178 E 0.428 0.004 0.002 0.013 0.024 0.032 0.055 0.001 0.001 0.005 0.436