# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.68398 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.017 0.006 0.010 0.016 0.024 0.047 0.003 0.879 2 H 0.013 0.010 0.008 0.018 0.029 0.059 0.003 0.860 3 H 0.035 0.009 0.008 0.013 0.024 0.054 0.005 0.852 4 H 0.037 0.014 0.010 0.014 0.020 0.085 0.006 0.813 5 H 0.092 0.021 0.014 0.021 0.032 0.115 0.010 0.695 6 H 0.091 0.026 0.014 0.021 0.030 0.077 0.007 0.734 7 H 0.061 0.025 0.019 0.025 0.051 0.081 0.007 0.732 8 S 0.057 0.021 0.014 0.020 0.034 0.127 0.009 0.718 9 S 0.101 0.021 0.011 0.018 0.028 0.132 0.011 0.678 10 G 0.174 0.028 0.011 0.017 0.028 0.140 0.020 0.582 11 R 0.236 0.026 0.027 0.022 0.055 0.199 0.010 0.422 12 E 0.005 0.007 0.004 0.006 0.009 0.032 0.001 0.936 13 N 0.039 0.033 0.011 0.029 0.056 0.114 0.009 0.709 14 L 0.302 0.036 0.020 0.024 0.051 0.070 0.012 0.484 15 Y 0.102 0.061 0.031 0.055 0.101 0.191 0.011 0.448 16 F 0.084 0.070 0.027 0.057 0.110 0.119 0.013 0.519 17 Q 0.120 0.103 0.032 0.055 0.097 0.101 0.014 0.479 18 G 0.118 0.062 0.023 0.054 0.067 0.104 0.023 0.548 19 M 0.172 0.052 0.046 0.057 0.090 0.094 0.014 0.474 20 W 0.066 0.043 0.031 0.065 0.114 0.094 0.008 0.579 21 D 0.045 0.038 0.027 0.076 0.126 0.081 0.010 0.597 22 E 0.063 0.035 0.027 0.037 0.082 0.111 0.012 0.633 23 T 0.054 0.032 0.015 0.029 0.045 0.167 0.016 0.642 24 E 0.116 0.041 0.023 0.031 0.043 0.184 0.032 0.531 25 L 0.199 0.059 0.043 0.067 0.080 0.182 0.020 0.350 26 G 0.179 0.024 0.058 0.184 0.168 0.108 0.032 0.246 27 L 0.061 0.011 0.068 0.085 0.163 0.056 0.004 0.554 28 Y 0.012 0.007 0.105 0.380 0.381 0.030 0.003 0.082 29 K 0.014 0.009 0.037 0.201 0.270 0.056 0.003 0.411 30 V 0.008 0.009 0.196 0.176 0.436 0.031 0.004 0.141 31 N 0.007 0.023 0.082 0.257 0.232 0.079 0.005 0.316 32 E 0.059 0.017 0.114 0.107 0.208 0.125 0.030 0.340 33 Y 0.113 0.011 0.137 0.077 0.158 0.166 0.009 0.329 34 V 0.037 0.014 0.145 0.272 0.254 0.078 0.007 0.193 35 D 0.011 0.016 0.072 0.157 0.220 0.071 0.005 0.447 36 A 0.023 0.015 0.151 0.128 0.279 0.037 0.005 0.362 37 R 0.018 0.005 0.022 0.038 0.079 0.684 0.005 0.149 38 D 0.149 0.012 0.017 0.026 0.061 0.438 0.017 0.281 39 T 0.097 0.143 0.062 0.046 0.052 0.138 0.013 0.450 40 N 0.029 0.029 0.030 0.023 0.038 0.607 0.024 0.221 41 M 0.221 0.038 0.035 0.037 0.066 0.215 0.040 0.348 42 G 0.204 0.089 0.050 0.081 0.113 0.145 0.032 0.287 43 A 0.115 0.036 0.140 0.141 0.200 0.150 0.020 0.197 44 W 0.059 0.028 0.052 0.144 0.298 0.101 0.011 0.306 45 F 0.043 0.016 0.044 0.237 0.453 0.061 0.006 0.138 46 E 0.014 0.016 0.043 0.235 0.257 0.053 0.006 0.376 47 A 0.023 0.028 0.046 0.297 0.365 0.044 0.010 0.188 48 Q 0.080 0.009 0.044 0.239 0.409 0.081 0.012 0.127 49 V 0.024 0.007 0.029 0.195 0.301 0.067 0.004 0.374 50 V 0.007 0.008 0.051 0.423 0.438 0.017 0.001 0.055 51 R 0.006 0.005 0.032 0.232 0.292 0.026 0.002 0.405 52 V 0.012 0.009 0.067 0.262 0.440 0.028 0.003 0.181 53 T 0.019 0.026 0.085 0.295 0.359 0.051 0.005 0.160 54 R 0.032 0.024 0.056 0.159 0.259 0.045 0.009 0.417 55 K 0.041 0.029 0.054 0.062 0.179 0.161 0.021 0.453 56 A 0.096 0.021 0.023 0.041 0.065 0.177 0.013 0.566 57 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 58 S 0.014 0.005 0.005 0.016 0.035 0.195 0.006 0.724 59 R 0.337 0.006 0.007 0.006 0.010 0.083 0.017 0.534 60 D 0.188 0.026 0.010 0.013 0.023 0.134 0.012 0.593 61 E 0.217 0.019 0.026 0.026 0.033 0.142 0.008 0.531 62 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.989 63 C 0.040 0.012 0.031 0.041 0.091 0.175 0.007 0.603 64 S 0.123 0.025 0.032 0.031 0.045 0.150 0.008 0.587 65 S 0.063 0.017 0.013 0.014 0.031 0.078 0.007 0.777 66 T 0.137 0.015 0.015 0.012 0.024 0.351 0.011 0.435 67 S 0.227 0.023 0.016 0.011 0.017 0.322 0.030 0.355 68 R 0.193 0.024 0.014 0.020 0.032 0.292 0.008 0.417 69 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 70 A 0.010 0.010 0.006 0.023 0.080 0.282 0.003 0.587 71 L 0.246 0.026 0.006 0.015 0.040 0.153 0.013 0.502 72 E 0.226 0.072 0.009 0.036 0.074 0.113 0.016 0.454 73 E 0.205 0.046 0.023 0.049 0.055 0.125 0.024 0.473 74 D 0.141 0.026 0.037 0.073 0.055 0.098 0.031 0.539 75 V 0.152 0.010 0.143 0.219 0.271 0.065 0.022 0.117 76 I 0.032 0.003 0.148 0.233 0.433 0.049 0.003 0.099 77 Y 0.002 0.001 0.196 0.390 0.366 0.008 0.001 0.036 78 H 0.002 0.001 0.157 0.319 0.385 0.009 0.001 0.127 79 V 0.001 0.001 0.260 0.306 0.352 0.009 0.001 0.072 80 K 0.001 0.001 0.131 0.246 0.385 0.032 0.001 0.203 81 Y 0.003 0.001 0.063 0.132 0.360 0.045 0.001 0.396 82 D 0.009 0.001 0.038 0.073 0.181 0.134 0.003 0.560 83 D 0.041 0.002 0.012 0.023 0.044 0.105 0.015 0.759 84 Y 0.288 0.005 0.018 0.037 0.044 0.197 0.015 0.397 85 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 86 E 0.009 0.004 0.018 0.045 0.125 0.181 0.007 0.612 87 N 0.164 0.010 0.026 0.040 0.039 0.110 0.022 0.589 88 G 0.464 0.007 0.048 0.070 0.079 0.089 0.024 0.219 89 V 0.128 0.003 0.097 0.075 0.146 0.107 0.003 0.442 90 V 0.007 0.002 0.150 0.432 0.332 0.020 0.002 0.055 91 Q 0.007 0.002 0.040 0.128 0.290 0.024 0.001 0.508 92 M 0.005 0.003 0.182 0.265 0.440 0.018 0.002 0.085 93 N 0.007 0.006 0.046 0.144 0.214 0.121 0.002 0.458 94 S 0.021 0.006 0.037 0.046 0.195 0.059 0.005 0.631 95 R 0.037 0.010 0.020 0.021 0.038 0.295 0.006 0.574 96 D 0.129 0.010 0.009 0.012 0.016 0.298 0.019 0.508 97 V 0.155 0.126 0.037 0.029 0.033 0.122 0.012 0.486 98 R 0.032 0.236 0.058 0.055 0.095 0.125 0.008 0.392 99 A 0.005 0.051 0.008 0.009 0.017 0.039 0.002 0.868 100 R 0.034 0.386 0.019 0.035 0.054 0.158 0.010 0.305 101 A 0.072 0.685 0.022 0.020 0.032 0.047 0.012 0.109 102 R 0.041 0.728 0.030 0.036 0.037 0.034 0.013 0.079 103 T 0.073 0.609 0.047 0.079 0.059 0.026 0.018 0.088 104 I 0.057 0.452 0.066 0.052 0.088 0.022 0.013 0.250 105 I 0.032 0.378 0.097 0.193 0.195 0.020 0.013 0.072 106 K 0.039 0.279 0.055 0.125 0.171 0.051 0.026 0.255 107 W 0.077 0.190 0.090 0.069 0.243 0.033 0.016 0.282 108 Q 0.067 0.130 0.028 0.073 0.100 0.144 0.027 0.431 109 D 0.214 0.042 0.009 0.018 0.021 0.057 0.050 0.589 110 L 0.484 0.058 0.075 0.059 0.056 0.045 0.045 0.178 111 E 0.155 0.025 0.055 0.113 0.112 0.216 0.036 0.287 112 V 0.021 0.009 0.078 0.065 0.090 0.040 0.009 0.688 113 G 0.019 0.013 0.150 0.261 0.248 0.089 0.009 0.210 114 Q 0.041 0.003 0.256 0.143 0.195 0.091 0.007 0.263 115 V 0.005 0.002 0.386 0.170 0.190 0.025 0.002 0.221 116 V 0.002 0.001 0.505 0.233 0.224 0.009 0.001 0.024 117 M 0.002 0.001 0.482 0.178 0.206 0.012 0.001 0.118 118 L 0.001 0.001 0.552 0.148 0.250 0.010 0.001 0.037 119 N 0.003 0.003 0.324 0.183 0.274 0.039 0.002 0.172 120 Y 0.018 0.003 0.373 0.089 0.239 0.061 0.008 0.210 121 N 0.021 0.002 0.037 0.060 0.098 0.300 0.005 0.477 122 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 123 D 0.009 0.002 0.006 0.010 0.027 0.526 0.006 0.415 124 N 0.394 0.004 0.004 0.007 0.007 0.293 0.014 0.278 125 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 126 K 0.013 0.009 0.015 0.043 0.112 0.351 0.005 0.452 127 E 0.227 0.025 0.023 0.024 0.032 0.181 0.014 0.474 128 R 0.083 0.094 0.021 0.061 0.087 0.064 0.013 0.578 129 G 0.222 0.048 0.069 0.151 0.119 0.054 0.040 0.296 130 F 0.192 0.011 0.186 0.098 0.110 0.096 0.019 0.289 131 W 0.020 0.004 0.052 0.165 0.189 0.048 0.004 0.518 132 Y 0.019 0.003 0.050 0.217 0.478 0.073 0.002 0.158 133 D 0.006 0.007 0.039 0.283 0.355 0.055 0.002 0.253 134 A 0.008 0.011 0.048 0.266 0.462 0.034 0.002 0.169 135 E 0.016 0.014 0.020 0.239 0.443 0.161 0.003 0.104 136 I 0.068 0.038 0.024 0.176 0.400 0.109 0.006 0.179 137 S 0.021 0.259 0.023 0.274 0.306 0.033 0.003 0.081 138 R 0.035 0.234 0.021 0.183 0.253 0.036 0.017 0.221 139 K 0.091 0.187 0.032 0.071 0.179 0.084 0.027 0.328 140 R 0.157 0.213 0.014 0.054 0.091 0.082 0.030 0.359 141 E 0.140 0.207 0.019 0.031 0.037 0.120 0.037 0.409 142 T 0.124 0.180 0.024 0.028 0.032 0.080 0.038 0.494 143 R 0.147 0.123 0.037 0.030 0.034 0.089 0.020 0.519 144 T 0.042 0.078 0.018 0.022 0.034 0.232 0.010 0.563 145 A 0.059 0.089 0.018 0.021 0.054 0.081 0.008 0.670 146 R 0.046 0.138 0.017 0.028 0.043 0.306 0.009 0.412 147 E 0.084 0.134 0.013 0.021 0.033 0.357 0.013 0.346 148 L 0.067 0.676 0.019 0.052 0.057 0.030 0.006 0.094 149 Y 0.040 0.428 0.054 0.120 0.193 0.048 0.017 0.100 150 A 0.055 0.236 0.098 0.161 0.236 0.042 0.017 0.155 151 N 0.051 0.156 0.150 0.245 0.258 0.020 0.019 0.102 152 V 0.038 0.078 0.239 0.221 0.245 0.022 0.020 0.136 153 V 0.019 0.036 0.523 0.142 0.166 0.022 0.014 0.078 154 L 0.016 0.020 0.445 0.159 0.159 0.037 0.009 0.154 155 G 0.025 0.013 0.277 0.096 0.188 0.072 0.014 0.316 156 D 0.021 0.005 0.123 0.025 0.061 0.087 0.008 0.670 157 D 0.029 0.004 0.043 0.020 0.028 0.116 0.011 0.749 158 S 0.057 0.002 0.014 0.010 0.019 0.198 0.010 0.690 159 L 0.126 0.013 0.058 0.039 0.078 0.224 0.012 0.449 160 N 0.041 0.015 0.032 0.042 0.055 0.347 0.011 0.456 161 D 0.144 0.014 0.025 0.022 0.037 0.174 0.023 0.561 162 C 0.361 0.018 0.078 0.047 0.057 0.164 0.020 0.257 163 R 0.063 0.010 0.257 0.211 0.200 0.126 0.012 0.120 164 I 0.005 0.008 0.115 0.109 0.178 0.031 0.002 0.552 165 I 0.004 0.004 0.286 0.252 0.355 0.023 0.002 0.073 166 F 0.007 0.010 0.098 0.185 0.207 0.059 0.003 0.433 167 V 0.006 0.008 0.276 0.145 0.385 0.036 0.004 0.140 168 D 0.007 0.017 0.089 0.182 0.189 0.114 0.005 0.397 169 E 0.065 0.020 0.053 0.082 0.206 0.180 0.016 0.378 170 V 0.156 0.036 0.064 0.131 0.271 0.169 0.011 0.161 171 F 0.042 0.049 0.075 0.422 0.284 0.038 0.012 0.079 172 K 0.024 0.036 0.068 0.305 0.291 0.023 0.009 0.244 173 I 0.016 0.025 0.117 0.225 0.418 0.020 0.007 0.173 174 E 0.017 0.033 0.058 0.223 0.416 0.035 0.011 0.208 175 R 0.027 0.014 0.054 0.154 0.223 0.074 0.010 0.444 176 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 177 G 0.024 0.006 0.020 0.045 0.099 0.122 0.010 0.675 178 E 0.213 0.004 0.011 0.012 0.019 0.087 0.012 0.643