# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.68398 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.222 0.179 0.200 0.157 0.097 0.030 0.054 0.021 0.021 0.019 0.001 2 H 0.147 0.164 0.237 0.200 0.075 0.047 0.072 0.017 0.029 0.010 0.001 3 H 0.158 0.279 0.303 0.110 0.056 0.034 0.024 0.006 0.023 0.006 0.001 4 H 0.202 0.210 0.309 0.112 0.059 0.045 0.026 0.007 0.020 0.009 0.002 5 H 0.181 0.248 0.239 0.128 0.088 0.039 0.028 0.008 0.031 0.009 0.001 6 H 0.176 0.210 0.279 0.145 0.058 0.053 0.034 0.007 0.028 0.009 0.001 7 H 0.199 0.154 0.313 0.124 0.065 0.045 0.037 0.013 0.027 0.022 0.001 8 S 0.396 0.132 0.210 0.119 0.055 0.024 0.020 0.008 0.017 0.017 0.001 9 S 0.270 0.077 0.248 0.265 0.039 0.018 0.048 0.007 0.014 0.010 0.002 10 G 0.067 0.019 0.069 0.037 0.074 0.017 0.110 0.414 0.007 0.186 0.001 11 R 0.122 0.224 0.471 0.056 0.049 0.028 0.011 0.002 0.032 0.005 0.002 12 E 0.330 0.071 0.427 0.083 0.017 0.030 0.014 0.005 0.009 0.004 0.010 13 N 0.148 0.171 0.201 0.168 0.070 0.073 0.091 0.026 0.045 0.006 0.001 14 L 0.225 0.378 0.218 0.086 0.037 0.032 0.005 0.001 0.014 0.001 0.001 15 Y 0.264 0.312 0.207 0.082 0.067 0.036 0.009 0.001 0.017 0.004 0.001 16 F 0.301 0.211 0.150 0.133 0.089 0.051 0.023 0.006 0.026 0.009 0.001 17 Q 0.266 0.135 0.202 0.248 0.043 0.024 0.050 0.003 0.024 0.004 0.001 18 G 0.146 0.038 0.111 0.064 0.130 0.021 0.094 0.257 0.009 0.129 0.001 19 M 0.190 0.271 0.302 0.094 0.070 0.031 0.015 0.003 0.018 0.006 0.001 20 W 0.238 0.275 0.262 0.072 0.062 0.045 0.014 0.003 0.021 0.006 0.002 21 D 0.298 0.147 0.224 0.135 0.058 0.058 0.041 0.009 0.023 0.007 0.002 22 E 0.261 0.123 0.227 0.150 0.056 0.068 0.045 0.016 0.040 0.013 0.001 23 T 0.458 0.082 0.252 0.124 0.023 0.020 0.017 0.003 0.012 0.007 0.002 24 E 0.373 0.098 0.134 0.199 0.047 0.034 0.066 0.021 0.018 0.010 0.001 25 L 0.187 0.182 0.241 0.289 0.047 0.013 0.024 0.002 0.013 0.001 0.001 26 G 0.117 0.075 0.157 0.032 0.249 0.016 0.068 0.160 0.008 0.118 0.001 27 L 0.140 0.417 0.339 0.026 0.032 0.024 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 28 Y 0.058 0.694 0.121 0.018 0.066 0.027 0.004 0.001 0.011 0.001 0.001 29 K 0.120 0.434 0.283 0.027 0.057 0.054 0.004 0.001 0.019 0.001 0.001 30 V 0.239 0.386 0.213 0.055 0.027 0.039 0.005 0.001 0.035 0.001 0.001 31 N 0.298 0.086 0.161 0.202 0.053 0.074 0.069 0.013 0.037 0.004 0.001 32 E 0.421 0.147 0.122 0.133 0.070 0.028 0.049 0.017 0.009 0.004 0.001 33 Y 0.348 0.212 0.187 0.134 0.031 0.044 0.022 0.002 0.018 0.001 0.001 34 V 0.124 0.551 0.243 0.024 0.021 0.013 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 35 D 0.211 0.076 0.422 0.044 0.021 0.154 0.018 0.001 0.047 0.001 0.004 36 A 0.753 0.055 0.079 0.070 0.019 0.014 0.003 0.002 0.004 0.002 0.001 37 R 0.670 0.102 0.076 0.095 0.016 0.018 0.007 0.001 0.012 0.001 0.001 38 D 0.395 0.073 0.125 0.176 0.026 0.083 0.077 0.009 0.031 0.004 0.002 39 T 0.624 0.072 0.068 0.184 0.016 0.008 0.015 0.004 0.005 0.004 0.001 40 N 0.217 0.067 0.104 0.398 0.032 0.047 0.089 0.013 0.027 0.005 0.001 41 M 0.320 0.056 0.155 0.338 0.019 0.016 0.080 0.004 0.009 0.003 0.001 42 G 0.143 0.015 0.050 0.030 0.103 0.008 0.097 0.318 0.004 0.232 0.001 43 A 0.250 0.264 0.291 0.069 0.065 0.033 0.007 0.001 0.017 0.002 0.001 44 W 0.268 0.358 0.190 0.062 0.049 0.046 0.008 0.001 0.016 0.001 0.001 45 F 0.232 0.367 0.192 0.053 0.084 0.042 0.007 0.001 0.021 0.001 0.001 46 E 0.472 0.149 0.184 0.084 0.033 0.042 0.014 0.001 0.018 0.001 0.002 47 A 0.291 0.312 0.180 0.070 0.089 0.021 0.014 0.002 0.020 0.001 0.001 48 Q 0.270 0.374 0.216 0.040 0.042 0.038 0.009 0.001 0.010 0.001 0.001 49 V 0.187 0.410 0.264 0.030 0.017 0.061 0.003 0.001 0.027 0.001 0.001 50 V 0.175 0.533 0.113 0.040 0.074 0.034 0.006 0.001 0.026 0.001 0.001 51 R 0.141 0.283 0.226 0.066 0.066 0.120 0.038 0.003 0.056 0.001 0.001 52 V 0.111 0.472 0.228 0.060 0.024 0.061 0.006 0.001 0.036 0.001 0.001 53 T 0.130 0.317 0.319 0.082 0.050 0.049 0.008 0.001 0.041 0.002 0.001 54 R 0.293 0.188 0.262 0.108 0.075 0.036 0.014 0.003 0.013 0.005 0.003 55 K 0.186 0.165 0.301 0.175 0.042 0.053 0.025 0.004 0.041 0.005 0.002 56 A 0.042 0.178 0.560 0.013 0.057 0.016 0.006 0.001 0.120 0.007 0.001 57 P 0.340 0.006 0.584 0.022 0.002 0.013 0.003 0.001 0.002 0.001 0.027 58 S 0.253 0.157 0.235 0.186 0.055 0.020 0.026 0.032 0.024 0.012 0.001 59 R 0.340 0.111 0.242 0.177 0.038 0.026 0.032 0.011 0.013 0.007 0.004 60 D 0.108 0.096 0.208 0.301 0.028 0.066 0.125 0.024 0.033 0.008 0.003 61 E 0.029 0.330 0.402 0.009 0.056 0.016 0.007 0.001 0.145 0.005 0.001 62 P 0.168 0.006 0.747 0.016 0.001 0.023 0.002 0.001 0.003 0.001 0.033 63 C 0.230 0.193 0.271 0.131 0.077 0.027 0.017 0.020 0.021 0.013 0.001 64 S 0.248 0.124 0.318 0.111 0.081 0.042 0.028 0.009 0.022 0.014 0.002 65 S 0.255 0.141 0.209 0.198 0.057 0.037 0.047 0.018 0.018 0.018 0.002 66 T 0.267 0.173 0.203 0.203 0.057 0.031 0.033 0.006 0.016 0.009 0.002 67 S 0.230 0.119 0.213 0.246 0.037 0.062 0.039 0.014 0.030 0.007 0.004 68 R 0.042 0.282 0.390 0.012 0.065 0.021 0.010 0.001 0.172 0.005 0.001 69 P 0.315 0.007 0.589 0.019 0.002 0.020 0.002 0.001 0.002 0.001 0.044 70 A 0.307 0.171 0.321 0.103 0.026 0.023 0.010 0.005 0.028 0.004 0.001 71 L 0.364 0.118 0.332 0.086 0.031 0.032 0.012 0.003 0.015 0.003 0.004 72 E 0.282 0.107 0.230 0.167 0.046 0.038 0.087 0.017 0.014 0.009 0.004 73 E 0.178 0.266 0.252 0.127 0.066 0.018 0.049 0.013 0.026 0.005 0.001 74 D 0.071 0.220 0.388 0.107 0.043 0.066 0.048 0.007 0.047 0.001 0.003 75 V 0.013 0.841 0.095 0.013 0.027 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 76 I 0.014 0.815 0.109 0.005 0.037 0.011 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 77 Y 0.004 0.817 0.046 0.004 0.114 0.006 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 78 H 0.008 0.699 0.189 0.006 0.040 0.029 0.003 0.001 0.026 0.001 0.001 79 V 0.006 0.707 0.214 0.003 0.018 0.022 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 80 K 0.022 0.514 0.355 0.007 0.042 0.037 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 81 Y 0.126 0.288 0.370 0.040 0.054 0.077 0.006 0.002 0.031 0.002 0.003 82 D 0.384 0.084 0.126 0.189 0.062 0.049 0.057 0.017 0.016 0.011 0.003 83 D 0.107 0.052 0.044 0.602 0.028 0.033 0.085 0.018 0.024 0.005 0.001 84 Y 0.033 0.271 0.330 0.022 0.049 0.029 0.016 0.001 0.244 0.006 0.001 85 P 0.554 0.003 0.387 0.015 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 86 E 0.724 0.028 0.047 0.168 0.008 0.004 0.008 0.005 0.003 0.003 0.001 87 N 0.085 0.022 0.072 0.521 0.021 0.009 0.237 0.014 0.016 0.002 0.001 88 G 0.022 0.015 0.056 0.016 0.054 0.004 0.263 0.477 0.004 0.089 0.001 89 V 0.057 0.428 0.460 0.016 0.019 0.013 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 90 V 0.021 0.766 0.142 0.008 0.031 0.022 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 91 Q 0.026 0.610 0.178 0.018 0.052 0.072 0.005 0.001 0.038 0.001 0.001 92 M 0.023 0.721 0.139 0.017 0.056 0.015 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 93 N 0.059 0.268 0.361 0.056 0.063 0.121 0.019 0.003 0.046 0.003 0.002 94 S 0.327 0.187 0.221 0.094 0.065 0.054 0.021 0.006 0.015 0.008 0.002 95 R 0.521 0.139 0.109 0.106 0.058 0.015 0.025 0.008 0.011 0.007 0.002 96 D 0.214 0.145 0.186 0.152 0.047 0.095 0.110 0.009 0.037 0.002 0.003 97 V 0.172 0.331 0.317 0.098 0.015 0.044 0.005 0.001 0.016 0.001 0.001 98 R 0.133 0.280 0.364 0.007 0.040 0.038 0.002 0.001 0.135 0.001 0.001 99 A 0.677 0.006 0.246 0.025 0.003 0.023 0.002 0.001 0.002 0.001 0.015 100 R 0.692 0.053 0.042 0.147 0.024 0.013 0.017 0.004 0.007 0.002 0.001 101 A 0.467 0.138 0.147 0.122 0.049 0.027 0.021 0.003 0.024 0.002 0.001 102 R 0.522 0.124 0.239 0.050 0.020 0.022 0.010 0.001 0.009 0.001 0.001 103 T 0.449 0.234 0.152 0.063 0.036 0.043 0.007 0.001 0.014 0.001 0.001 104 I 0.250 0.294 0.220 0.108 0.029 0.055 0.012 0.001 0.031 0.001 0.001 105 I 0.096 0.440 0.316 0.053 0.026 0.032 0.005 0.001 0.031 0.001 0.001 106 K 0.116 0.431 0.286 0.029 0.071 0.037 0.005 0.001 0.023 0.001 0.001 107 W 0.394 0.173 0.265 0.060 0.045 0.039 0.004 0.002 0.015 0.002 0.002 108 Q 0.417 0.111 0.092 0.231 0.058 0.023 0.041 0.011 0.011 0.006 0.001 109 D 0.155 0.148 0.117 0.250 0.047 0.047 0.182 0.019 0.029 0.004 0.001 110 L 0.099 0.472 0.304 0.042 0.036 0.013 0.013 0.002 0.018 0.001 0.001 111 E 0.078 0.444 0.333 0.035 0.035 0.044 0.006 0.001 0.024 0.001 0.001 112 V 0.053 0.322 0.424 0.104 0.035 0.026 0.010 0.001 0.024 0.001 0.001 113 G 0.014 0.012 0.032 0.009 0.166 0.006 0.074 0.482 0.003 0.202 0.001 114 Q 0.025 0.475 0.301 0.046 0.095 0.021 0.015 0.001 0.019 0.001 0.001 115 V 0.007 0.727 0.220 0.005 0.022 0.008 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 116 V 0.008 0.840 0.096 0.002 0.032 0.014 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 117 M 0.010 0.747 0.159 0.005 0.035 0.025 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 118 L 0.022 0.763 0.107 0.010 0.052 0.028 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 119 N 0.046 0.365 0.258 0.043 0.091 0.094 0.031 0.004 0.064 0.003 0.002 120 Y 0.071 0.545 0.168 0.099 0.054 0.026 0.009 0.003 0.023 0.002 0.001 121 N 0.008 0.193 0.340 0.040 0.056 0.091 0.027 0.001 0.241 0.003 0.001 122 P 0.827 0.008 0.114 0.022 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 123 D 0.402 0.034 0.032 0.482 0.008 0.016 0.013 0.005 0.007 0.001 0.001 124 N 0.026 0.109 0.128 0.017 0.027 0.019 0.017 0.001 0.654 0.002 0.001 125 P 0.562 0.002 0.383 0.015 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.027 126 K 0.694 0.037 0.111 0.121 0.010 0.006 0.005 0.010 0.003 0.002 0.001 127 E 0.448 0.099 0.130 0.219 0.020 0.031 0.026 0.005 0.018 0.002 0.001 128 R 0.138 0.122 0.174 0.405 0.030 0.015 0.095 0.002 0.016 0.002 0.001 129 G 0.032 0.021 0.046 0.018 0.175 0.006 0.057 0.395 0.003 0.246 0.001 130 F 0.067 0.408 0.324 0.045 0.078 0.040 0.007 0.001 0.026 0.002 0.001 131 W 0.228 0.328 0.254 0.044 0.062 0.061 0.005 0.002 0.012 0.002 0.002 132 Y 0.312 0.349 0.178 0.076 0.038 0.028 0.004 0.001 0.012 0.001 0.001 133 D 0.387 0.134 0.189 0.109 0.039 0.061 0.027 0.002 0.048 0.001 0.003 134 A 0.513 0.162 0.131 0.057 0.080 0.017 0.021 0.007 0.009 0.002 0.001 135 E 0.353 0.385 0.156 0.028 0.032 0.029 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 136 I 0.237 0.343 0.235 0.037 0.014 0.089 0.003 0.001 0.042 0.001 0.001 137 S 0.389 0.202 0.161 0.116 0.040 0.058 0.011 0.001 0.022 0.001 0.001 138 R 0.419 0.155 0.098 0.153 0.074 0.042 0.033 0.005 0.017 0.003 0.001 139 K 0.414 0.178 0.177 0.122 0.026 0.031 0.025 0.003 0.022 0.002 0.001 140 R 0.339 0.128 0.176 0.125 0.073 0.061 0.062 0.011 0.020 0.005 0.001 141 E 0.352 0.139 0.225 0.149 0.026 0.055 0.021 0.003 0.024 0.002 0.001 142 T 0.313 0.194 0.171 0.178 0.048 0.039 0.031 0.002 0.021 0.003 0.001 143 R 0.235 0.134 0.142 0.232 0.105 0.065 0.039 0.021 0.018 0.009 0.001 144 T 0.126 0.339 0.317 0.051 0.084 0.028 0.007 0.001 0.041 0.006 0.001 145 A 0.768 0.022 0.144 0.022 0.010 0.018 0.004 0.001 0.002 0.001 0.008 146 R 0.754 0.065 0.069 0.057 0.018 0.012 0.015 0.003 0.007 0.001 0.001 147 E 0.409 0.222 0.149 0.107 0.052 0.026 0.014 0.002 0.018 0.001 0.001 148 L 0.218 0.372 0.285 0.059 0.014 0.033 0.005 0.001 0.014 0.001 0.001 149 Y 0.103 0.669 0.095 0.041 0.037 0.029 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 150 A 0.011 0.731 0.018 0.010 0.222 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 151 N 0.029 0.640 0.189 0.011 0.058 0.047 0.004 0.001 0.019 0.001 0.001 152 V 0.021 0.754 0.146 0.006 0.022 0.022 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 153 V 0.053 0.500 0.284 0.020 0.030 0.065 0.002 0.001 0.044 0.001 0.001 154 L 0.063 0.390 0.283 0.086 0.075 0.062 0.008 0.001 0.032 0.001 0.001 155 G 0.088 0.038 0.122 0.029 0.219 0.021 0.051 0.137 0.011 0.284 0.001 156 D 0.379 0.066 0.161 0.254 0.045 0.033 0.032 0.007 0.014 0.008 0.002 157 D 0.231 0.085 0.114 0.363 0.036 0.033 0.093 0.019 0.017 0.009 0.001 158 S 0.356 0.147 0.125 0.202 0.049 0.038 0.045 0.016 0.014 0.008 0.001 159 L 0.463 0.119 0.188 0.162 0.022 0.017 0.010 0.002 0.012 0.003 0.002 160 N 0.297 0.076 0.101 0.264 0.060 0.024 0.119 0.028 0.014 0.016 0.001 161 D 0.126 0.093 0.114 0.306 0.033 0.032 0.236 0.030 0.026 0.005 0.001 162 C 0.110 0.377 0.278 0.115 0.062 0.014 0.025 0.006 0.011 0.002 0.001 163 R 0.055 0.619 0.188 0.034 0.051 0.029 0.011 0.001 0.011 0.001 0.001 164 I 0.015 0.661 0.273 0.009 0.013 0.014 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 165 I 0.042 0.690 0.131 0.009 0.084 0.028 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 166 F 0.081 0.417 0.239 0.021 0.069 0.123 0.007 0.001 0.041 0.001 0.001 167 V 0.370 0.307 0.200 0.032 0.025 0.030 0.004 0.001 0.030 0.001 0.001 168 D 0.473 0.090 0.178 0.077 0.077 0.036 0.039 0.010 0.015 0.003 0.002 169 E 0.374 0.254 0.136 0.083 0.073 0.037 0.025 0.005 0.010 0.002 0.001 170 V 0.282 0.380 0.219 0.044 0.016 0.030 0.002 0.001 0.025 0.001 0.001 171 F 0.131 0.431 0.147 0.084 0.127 0.032 0.021 0.002 0.023 0.001 0.001 172 K 0.040 0.681 0.129 0.040 0.057 0.022 0.008 0.001 0.021 0.001 0.001 173 I 0.023 0.709 0.195 0.015 0.014 0.029 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 174 E 0.031 0.574 0.245 0.025 0.040 0.043 0.002 0.001 0.037 0.001 0.001 175 R 0.007 0.198 0.475 0.002 0.052 0.018 0.002 0.001 0.243 0.003 0.001 176 P 0.116 0.002 0.808 0.013 0.001 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.046 177 G 0.092 0.015 0.079 0.029 0.083 0.007 0.035 0.514 0.006 0.138 0.001 178 E 0.243 0.135 0.357 0.133 0.061 0.030 0.011 0.005 0.016 0.006 0.002