# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.68398 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.092 0.173 0.110 0.059 0.169 0.042 0.051 0.093 0.064 0.098 0.050 2 H 0.114 0.163 0.111 0.047 0.189 0.032 0.039 0.083 0.058 0.102 0.062 3 H 0.110 0.162 0.084 0.034 0.193 0.029 0.046 0.110 0.084 0.095 0.052 4 H 0.096 0.159 0.091 0.039 0.164 0.035 0.054 0.119 0.083 0.104 0.054 5 H 0.093 0.156 0.103 0.040 0.168 0.031 0.047 0.115 0.079 0.111 0.057 6 H 0.085 0.195 0.102 0.037 0.170 0.033 0.047 0.115 0.071 0.102 0.043 7 H 0.078 0.162 0.125 0.038 0.113 0.027 0.049 0.149 0.085 0.117 0.057 8 S 0.050 0.099 0.097 0.053 0.093 0.044 0.064 0.220 0.120 0.110 0.050 9 S 0.027 0.222 0.124 0.077 0.063 0.052 0.085 0.158 0.091 0.080 0.022 10 G 0.044 0.062 0.076 0.059 0.049 0.024 0.026 0.085 0.058 0.407 0.112 11 R 0.097 0.262 0.135 0.020 0.225 0.010 0.013 0.094 0.051 0.055 0.039 12 E 0.051 0.202 0.084 0.029 0.110 0.056 0.059 0.199 0.112 0.061 0.034 13 N 0.115 0.137 0.088 0.034 0.176 0.018 0.035 0.137 0.073 0.123 0.064 14 L 0.112 0.128 0.045 0.013 0.199 0.017 0.028 0.225 0.113 0.076 0.043 15 Y 0.088 0.158 0.083 0.019 0.149 0.030 0.058 0.251 0.078 0.053 0.033 16 F 0.097 0.068 0.046 0.029 0.124 0.033 0.064 0.237 0.105 0.136 0.061 17 Q 0.045 0.223 0.128 0.092 0.104 0.056 0.064 0.124 0.064 0.071 0.028 18 G 0.077 0.091 0.083 0.067 0.098 0.034 0.037 0.101 0.069 0.252 0.092 19 M 0.106 0.176 0.073 0.021 0.203 0.012 0.026 0.134 0.082 0.109 0.057 20 W 0.101 0.171 0.059 0.023 0.205 0.026 0.033 0.180 0.086 0.071 0.043 21 D 0.054 0.170 0.091 0.037 0.109 0.039 0.061 0.215 0.111 0.080 0.033 22 E 0.116 0.115 0.094 0.033 0.185 0.032 0.030 0.148 0.104 0.101 0.043 23 T 0.032 0.162 0.097 0.018 0.070 0.034 0.082 0.282 0.158 0.051 0.015 24 E 0.086 0.041 0.036 0.016 0.067 0.018 0.065 0.151 0.076 0.315 0.129 25 L 0.039 0.531 0.153 0.017 0.148 0.011 0.016 0.023 0.019 0.027 0.016 26 G 0.083 0.144 0.057 0.089 0.149 0.067 0.071 0.073 0.055 0.108 0.103 27 L 0.335 0.088 0.013 0.008 0.429 0.003 0.007 0.026 0.019 0.027 0.044 28 Y 0.121 0.200 0.038 0.009 0.491 0.026 0.022 0.044 0.017 0.013 0.020 29 K 0.304 0.131 0.058 0.004 0.443 0.003 0.004 0.012 0.004 0.008 0.029 30 V 0.107 0.231 0.059 0.027 0.198 0.033 0.050 0.125 0.078 0.043 0.050 31 N 0.169 0.121 0.063 0.042 0.204 0.039 0.058 0.109 0.055 0.076 0.064 32 E 0.055 0.132 0.037 0.012 0.171 0.022 0.059 0.239 0.153 0.089 0.030 33 Y 0.286 0.071 0.011 0.005 0.440 0.007 0.017 0.073 0.021 0.029 0.040 34 V 0.115 0.326 0.037 0.006 0.441 0.010 0.010 0.016 0.005 0.010 0.023 35 D 0.252 0.155 0.055 0.014 0.314 0.012 0.014 0.026 0.007 0.025 0.127 36 A 0.167 0.120 0.038 0.016 0.180 0.012 0.015 0.208 0.120 0.060 0.063 37 R 0.035 0.139 0.052 0.033 0.096 0.075 0.098 0.300 0.091 0.058 0.023 38 D 0.149 0.085 0.041 0.018 0.292 0.018 0.022 0.146 0.069 0.117 0.043 39 T 0.057 0.096 0.046 0.016 0.085 0.025 0.046 0.358 0.186 0.060 0.025 40 N 0.088 0.044 0.059 0.035 0.087 0.058 0.074 0.200 0.077 0.203 0.074 41 M 0.036 0.504 0.118 0.035 0.128 0.018 0.044 0.049 0.029 0.028 0.010 42 G 0.064 0.040 0.047 0.119 0.043 0.053 0.023 0.078 0.062 0.283 0.188 43 A 0.060 0.344 0.110 0.016 0.276 0.012 0.028 0.069 0.034 0.034 0.018 44 W 0.386 0.091 0.018 0.010 0.270 0.021 0.022 0.045 0.028 0.037 0.072 45 F 0.137 0.183 0.078 0.029 0.355 0.040 0.022 0.058 0.031 0.030 0.035 46 E 0.261 0.102 0.020 0.015 0.265 0.028 0.066 0.090 0.042 0.047 0.063 47 A 0.203 0.200 0.047 0.006 0.460 0.007 0.007 0.016 0.008 0.015 0.031 48 Q 0.158 0.153 0.016 0.005 0.572 0.012 0.027 0.022 0.008 0.009 0.018 49 V 0.620 0.029 0.003 0.002 0.281 0.002 0.002 0.008 0.007 0.003 0.044 50 V 0.088 0.209 0.040 0.022 0.391 0.099 0.062 0.035 0.015 0.012 0.028 51 R 0.339 0.060 0.008 0.002 0.544 0.001 0.004 0.004 0.003 0.005 0.029 52 V 0.286 0.131 0.020 0.009 0.345 0.008 0.010 0.021 0.025 0.032 0.112 53 T 0.159 0.187 0.061 0.021 0.406 0.030 0.038 0.022 0.014 0.016 0.046 54 R 0.151 0.205 0.082 0.028 0.226 0.024 0.052 0.068 0.065 0.047 0.051 55 K 0.067 0.147 0.101 0.068 0.125 0.063 0.079 0.060 0.066 0.171 0.053 56 A 0.083 0.320 0.251 0.017 0.253 0.008 0.008 0.015 0.013 0.016 0.016 57 P 0.058 0.132 0.050 0.018 0.081 0.034 0.092 0.182 0.228 0.084 0.040 58 S 0.063 0.151 0.149 0.053 0.129 0.039 0.065 0.107 0.087 0.118 0.039 59 R 0.057 0.174 0.073 0.040 0.097 0.034 0.073 0.166 0.130 0.105 0.050 60 D 0.057 0.078 0.074 0.043 0.078 0.028 0.046 0.076 0.073 0.357 0.091 61 E 0.058 0.353 0.221 0.025 0.190 0.014 0.017 0.039 0.026 0.037 0.021 62 P 0.103 0.182 0.104 0.045 0.143 0.033 0.051 0.098 0.074 0.092 0.077 63 C 0.080 0.173 0.117 0.066 0.138 0.042 0.051 0.099 0.086 0.103 0.046 64 S 0.064 0.142 0.091 0.053 0.108 0.040 0.055 0.166 0.123 0.108 0.049 65 S 0.062 0.082 0.064 0.034 0.099 0.030 0.046 0.161 0.153 0.215 0.055 66 T 0.052 0.196 0.090 0.024 0.129 0.024 0.053 0.172 0.125 0.105 0.029 67 S 0.062 0.109 0.074 0.023 0.102 0.020 0.039 0.110 0.116 0.275 0.069 68 R 0.066 0.368 0.174 0.011 0.216 0.007 0.012 0.052 0.040 0.036 0.019 69 P 0.059 0.256 0.081 0.013 0.127 0.020 0.046 0.191 0.124 0.052 0.032 70 A 0.094 0.122 0.070 0.024 0.130 0.029 0.071 0.186 0.131 0.105 0.036 71 L 0.092 0.246 0.080 0.022 0.125 0.024 0.044 0.172 0.089 0.070 0.036 72 E 0.087 0.045 0.036 0.022 0.095 0.030 0.040 0.219 0.163 0.198 0.066 73 E 0.072 0.197 0.077 0.016 0.144 0.034 0.090 0.195 0.102 0.055 0.018 74 D 0.204 0.088 0.016 0.008 0.253 0.018 0.047 0.062 0.043 0.157 0.102 75 V 0.267 0.066 0.005 0.002 0.587 0.005 0.020 0.015 0.007 0.008 0.016 76 I 0.287 0.048 0.002 0.001 0.620 0.005 0.012 0.005 0.002 0.002 0.015 77 Y 0.184 0.058 0.004 0.001 0.735 0.003 0.004 0.001 0.001 0.002 0.008 78 H 0.337 0.024 0.001 0.001 0.598 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 79 V 0.269 0.132 0.016 0.002 0.527 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.048 80 K 0.223 0.176 0.019 0.004 0.518 0.003 0.004 0.001 0.001 0.003 0.047 81 Y 0.299 0.138 0.034 0.035 0.233 0.015 0.009 0.010 0.016 0.032 0.178 82 D 0.048 0.088 0.061 0.135 0.099 0.154 0.152 0.105 0.079 0.052 0.028 83 D 0.073 0.110 0.102 0.044 0.117 0.029 0.039 0.064 0.107 0.270 0.045 84 Y 0.141 0.271 0.108 0.014 0.342 0.012 0.010 0.034 0.023 0.023 0.021 85 P 0.083 0.184 0.139 0.023 0.110 0.033 0.063 0.157 0.123 0.045 0.038 86 E 0.063 0.035 0.038 0.039 0.051 0.061 0.294 0.164 0.116 0.087 0.051 87 N 0.049 0.335 0.171 0.120 0.097 0.052 0.040 0.019 0.021 0.067 0.030 88 G 0.066 0.082 0.058 0.132 0.081 0.056 0.054 0.036 0.040 0.267 0.130 89 V 0.251 0.122 0.011 0.003 0.557 0.002 0.006 0.010 0.009 0.009 0.020 90 V 0.145 0.125 0.010 0.002 0.664 0.009 0.010 0.010 0.006 0.004 0.015 91 Q 0.377 0.063 0.007 0.002 0.485 0.004 0.007 0.006 0.002 0.005 0.043 92 M 0.195 0.237 0.049 0.016 0.377 0.013 0.010 0.007 0.004 0.023 0.068 93 N 0.146 0.295 0.162 0.042 0.199 0.018 0.012 0.009 0.005 0.038 0.074 94 S 0.098 0.133 0.046 0.021 0.187 0.013 0.014 0.124 0.260 0.062 0.044 95 R 0.014 0.043 0.023 0.023 0.027 0.083 0.131 0.283 0.291 0.073 0.009 96 D 0.054 0.057 0.022 0.010 0.093 0.008 0.039 0.234 0.129 0.308 0.045 97 V 0.141 0.131 0.037 0.009 0.197 0.009 0.019 0.115 0.116 0.165 0.061 98 R 0.090 0.280 0.191 0.013 0.196 0.016 0.013 0.123 0.040 0.019 0.020 99 A 0.051 0.131 0.032 0.008 0.101 0.022 0.053 0.363 0.194 0.031 0.014 100 R 0.052 0.047 0.020 0.011 0.078 0.026 0.122 0.398 0.128 0.096 0.020 101 A 0.139 0.056 0.013 0.007 0.167 0.008 0.022 0.311 0.115 0.102 0.060 102 R 0.120 0.138 0.023 0.007 0.241 0.019 0.035 0.249 0.099 0.036 0.033 103 T 0.133 0.143 0.028 0.006 0.411 0.016 0.054 0.127 0.037 0.025 0.020 104 I 0.313 0.086 0.011 0.006 0.342 0.008 0.026 0.074 0.025 0.028 0.080 105 I 0.159 0.243 0.056 0.014 0.368 0.019 0.019 0.034 0.018 0.027 0.043 106 K 0.158 0.275 0.094 0.018 0.288 0.015 0.023 0.038 0.012 0.023 0.056 107 W 0.153 0.124 0.038 0.028 0.163 0.019 0.028 0.135 0.154 0.071 0.088 108 Q 0.026 0.117 0.076 0.062 0.074 0.137 0.140 0.175 0.121 0.055 0.019 109 D 0.136 0.052 0.014 0.009 0.164 0.007 0.018 0.083 0.069 0.373 0.073 110 L 0.208 0.182 0.046 0.007 0.351 0.012 0.011 0.062 0.059 0.035 0.025 111 E 0.159 0.143 0.203 0.020 0.273 0.050 0.037 0.056 0.018 0.017 0.024 112 V 0.080 0.232 0.041 0.024 0.098 0.029 0.156 0.163 0.135 0.023 0.018 113 G 0.043 0.029 0.033 0.072 0.039 0.051 0.038 0.067 0.047 0.440 0.141 114 Q 0.079 0.369 0.036 0.006 0.404 0.007 0.042 0.016 0.009 0.018 0.013 115 V 0.377 0.029 0.002 0.001 0.562 0.002 0.003 0.003 0.001 0.002 0.019 116 V 0.146 0.143 0.010 0.004 0.654 0.007 0.010 0.004 0.002 0.002 0.017 117 M 0.348 0.026 0.002 0.001 0.610 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 118 L 0.221 0.117 0.014 0.007 0.492 0.010 0.006 0.006 0.005 0.014 0.109 119 N 0.345 0.080 0.020 0.013 0.262 0.013 0.028 0.012 0.009 0.065 0.153 120 Y 0.054 0.306 0.206 0.044 0.179 0.031 0.029 0.017 0.022 0.086 0.025 121 N 0.098 0.333 0.142 0.004 0.398 0.001 0.001 0.005 0.003 0.004 0.010 122 P 0.013 0.020 0.004 0.002 0.019 0.008 0.033 0.467 0.413 0.014 0.007 123 D 0.012 0.033 0.025 0.015 0.025 0.024 0.109 0.472 0.182 0.092 0.011 124 N 0.059 0.119 0.055 0.012 0.090 0.007 0.017 0.348 0.099 0.147 0.045 125 P 0.055 0.047 0.015 0.008 0.074 0.013 0.030 0.492 0.155 0.082 0.030 126 K 0.026 0.104 0.052 0.011 0.052 0.025 0.061 0.460 0.157 0.041 0.010 127 E 0.074 0.037 0.034 0.018 0.080 0.031 0.101 0.312 0.094 0.159 0.059 128 R 0.038 0.355 0.142 0.055 0.114 0.035 0.082 0.082 0.038 0.043 0.016 129 G 0.070 0.052 0.050 0.100 0.053 0.040 0.027 0.073 0.047 0.296 0.192 130 F 0.077 0.275 0.086 0.020 0.278 0.013 0.022 0.084 0.044 0.064 0.036 131 W 0.285 0.122 0.019 0.006 0.400 0.010 0.015 0.057 0.023 0.024 0.039 132 Y 0.112 0.251 0.078 0.020 0.289 0.040 0.024 0.082 0.029 0.036 0.041 133 D 0.263 0.132 0.040 0.006 0.387 0.005 0.007 0.079 0.026 0.017 0.039 134 A 0.054 0.091 0.024 0.005 0.109 0.012 0.017 0.417 0.231 0.028 0.014 135 E 0.075 0.086 0.015 0.004 0.231 0.007 0.036 0.442 0.070 0.020 0.013 136 I 0.143 0.062 0.008 0.004 0.142 0.006 0.023 0.430 0.096 0.039 0.046 137 S 0.046 0.088 0.039 0.013 0.101 0.022 0.045 0.483 0.100 0.039 0.023 138 R 0.047 0.115 0.043 0.007 0.103 0.012 0.042 0.463 0.120 0.033 0.015 139 K 0.037 0.131 0.047 0.014 0.082 0.025 0.093 0.349 0.133 0.065 0.025 140 R 0.066 0.123 0.066 0.019 0.101 0.020 0.055 0.253 0.122 0.118 0.056 141 E 0.065 0.108 0.041 0.012 0.109 0.016 0.044 0.267 0.132 0.148 0.057 142 T 0.104 0.199 0.052 0.012 0.178 0.015 0.035 0.218 0.081 0.063 0.042 143 R 0.084 0.126 0.070 0.025 0.136 0.047 0.060 0.175 0.104 0.124 0.048 144 T 0.098 0.286 0.135 0.017 0.204 0.014 0.026 0.120 0.037 0.038 0.026 145 A 0.120 0.057 0.015 0.009 0.110 0.017 0.028 0.327 0.197 0.071 0.048 146 R 0.035 0.078 0.031 0.012 0.083 0.038 0.088 0.437 0.133 0.050 0.015 147 E 0.224 0.080 0.012 0.004 0.302 0.007 0.026 0.185 0.055 0.065 0.041 148 L 0.241 0.084 0.011 0.004 0.453 0.010 0.016 0.110 0.026 0.018 0.029 149 Y 0.292 0.058 0.008 0.006 0.326 0.021 0.053 0.138 0.033 0.019 0.045 150 A 0.250 0.114 0.019 0.005 0.476 0.008 0.012 0.051 0.018 0.012 0.034 151 N 0.181 0.104 0.010 0.005 0.559 0.009 0.043 0.037 0.012 0.014 0.025 152 V 0.344 0.078 0.011 0.003 0.474 0.003 0.005 0.014 0.010 0.009 0.049 153 V 0.242 0.113 0.037 0.020 0.297 0.040 0.092 0.036 0.011 0.027 0.085 154 L 0.098 0.217 0.114 0.129 0.143 0.057 0.089 0.027 0.017 0.051 0.055 155 G 0.025 0.092 0.160 0.471 0.033 0.065 0.017 0.016 0.016 0.074 0.030 156 D 0.037 0.071 0.057 0.083 0.084 0.038 0.041 0.122 0.192 0.222 0.054 157 D 0.051 0.091 0.088 0.020 0.076 0.037 0.064 0.194 0.192 0.154 0.033 158 S 0.104 0.100 0.052 0.015 0.093 0.019 0.063 0.174 0.090 0.227 0.064 159 L 0.130 0.153 0.074 0.082 0.161 0.044 0.039 0.066 0.081 0.105 0.065 160 N 0.021 0.048 0.075 0.306 0.027 0.197 0.095 0.095 0.071 0.049 0.018 161 D 0.101 0.039 0.023 0.046 0.071 0.014 0.034 0.067 0.058 0.405 0.141 162 C 0.162 0.241 0.044 0.006 0.442 0.007 0.009 0.025 0.015 0.023 0.026 163 R 0.173 0.148 0.013 0.005 0.545 0.015 0.029 0.031 0.010 0.011 0.020 164 I 0.477 0.055 0.005 0.002 0.392 0.002 0.002 0.008 0.004 0.004 0.048 165 I 0.168 0.179 0.051 0.015 0.409 0.054 0.037 0.029 0.009 0.014 0.036 166 F 0.405 0.094 0.024 0.007 0.368 0.004 0.005 0.016 0.005 0.016 0.056 167 V 0.184 0.078 0.014 0.027 0.246 0.031 0.023 0.147 0.126 0.054 0.069 168 D 0.078 0.062 0.036 0.060 0.092 0.137 0.162 0.180 0.097 0.068 0.027 169 E 0.111 0.113 0.038 0.021 0.320 0.021 0.069 0.112 0.056 0.114 0.026 170 V 0.531 0.032 0.003 0.003 0.324 0.003 0.006 0.023 0.015 0.010 0.051 171 F 0.123 0.219 0.041 0.008 0.474 0.028 0.037 0.026 0.014 0.010 0.021 172 K 0.275 0.082 0.008 0.001 0.589 0.002 0.004 0.003 0.002 0.004 0.029 173 I 0.331 0.132 0.014 0.006 0.350 0.005 0.006 0.010 0.008 0.020 0.117 174 E 0.160 0.138 0.086 0.046 0.277 0.067 0.087 0.025 0.011 0.034 0.069 175 R 0.130 0.167 0.239 0.096 0.196 0.037 0.033 0.030 0.021 0.020 0.031 176 P 0.042 0.120 0.069 0.251 0.057 0.119 0.101 0.064 0.062 0.084 0.032 177 G 0.039 0.063 0.131 0.291 0.050 0.052 0.028 0.026 0.034 0.225 0.061 178 E 0.081 0.194 0.131 0.050 0.191 0.024 0.028 0.088 0.081 0.079 0.054