# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.68398 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.789 0.181 0.022 0.006 0.002 0.001 0.001 2 H 0.747 0.198 0.043 0.010 0.002 0.001 0.001 3 H 0.593 0.236 0.131 0.035 0.004 0.001 0.001 4 H 0.696 0.217 0.069 0.015 0.002 0.001 0.001 5 H 0.745 0.203 0.041 0.010 0.002 0.001 0.001 6 H 0.745 0.202 0.040 0.011 0.002 0.001 0.001 7 H 0.679 0.236 0.063 0.018 0.004 0.001 0.001 8 S 0.730 0.219 0.041 0.009 0.002 0.001 0.001 9 S 0.703 0.224 0.057 0.014 0.003 0.001 0.001 10 G 0.606 0.234 0.112 0.038 0.008 0.001 0.001 11 R 0.590 0.228 0.127 0.044 0.010 0.001 0.001 12 E 0.656 0.236 0.074 0.026 0.007 0.001 0.001 13 N 0.552 0.295 0.099 0.040 0.012 0.003 0.001 14 L 0.223 0.190 0.248 0.218 0.094 0.025 0.001 15 Y 0.346 0.273 0.205 0.111 0.049 0.015 0.001 16 F 0.307 0.231 0.200 0.155 0.079 0.025 0.002 17 Q 0.405 0.264 0.157 0.103 0.053 0.017 0.001 18 G 0.393 0.288 0.152 0.097 0.050 0.018 0.001 19 M 0.221 0.205 0.212 0.195 0.116 0.048 0.004 20 W 0.182 0.170 0.248 0.217 0.127 0.053 0.004 21 D 0.334 0.258 0.206 0.131 0.053 0.017 0.001 22 E 0.563 0.255 0.105 0.050 0.020 0.005 0.001 23 T 0.512 0.269 0.113 0.067 0.030 0.008 0.001 24 E 0.385 0.334 0.146 0.084 0.037 0.013 0.002 25 L 0.114 0.170 0.231 0.270 0.148 0.061 0.006 26 G 0.101 0.216 0.242 0.226 0.142 0.066 0.006 27 L 0.036 0.068 0.124 0.203 0.252 0.264 0.052 28 Y 0.034 0.055 0.104 0.232 0.281 0.243 0.051 29 K 0.078 0.180 0.248 0.239 0.155 0.085 0.014 30 V 0.050 0.102 0.149 0.242 0.255 0.170 0.031 31 N 0.139 0.252 0.220 0.188 0.131 0.060 0.010 32 E 0.085 0.190 0.184 0.229 0.195 0.102 0.016 33 Y 0.047 0.101 0.180 0.255 0.250 0.144 0.022 34 V 0.056 0.079 0.127 0.211 0.286 0.215 0.027 35 D 0.153 0.299 0.251 0.166 0.090 0.035 0.005 36 A 0.060 0.070 0.119 0.213 0.282 0.224 0.032 37 R 0.154 0.246 0.276 0.206 0.091 0.025 0.002 38 D 0.361 0.291 0.185 0.108 0.041 0.013 0.001 39 T 0.390 0.254 0.164 0.120 0.056 0.015 0.001 40 N 0.485 0.306 0.114 0.059 0.027 0.009 0.001 41 M 0.159 0.203 0.252 0.235 0.105 0.041 0.005 42 G 0.235 0.322 0.221 0.125 0.068 0.026 0.004 43 A 0.034 0.057 0.098 0.193 0.288 0.271 0.060 44 W 0.028 0.064 0.136 0.213 0.249 0.234 0.077 45 F 0.012 0.023 0.040 0.093 0.188 0.423 0.221 46 E 0.029 0.090 0.164 0.244 0.241 0.173 0.058 47 A 0.019 0.048 0.086 0.168 0.270 0.318 0.091 48 Q 0.032 0.132 0.206 0.247 0.229 0.128 0.027 49 V 0.015 0.042 0.076 0.178 0.299 0.328 0.063 50 V 0.040 0.125 0.220 0.258 0.259 0.090 0.007 51 R 0.140 0.370 0.259 0.150 0.061 0.018 0.001 52 V 0.025 0.052 0.133 0.292 0.365 0.128 0.005 53 T 0.101 0.214 0.287 0.243 0.129 0.025 0.001 54 R 0.281 0.325 0.245 0.112 0.033 0.004 0.001 55 K 0.535 0.317 0.103 0.036 0.007 0.001 0.001 56 A 0.592 0.258 0.102 0.039 0.009 0.001 0.001 57 P 0.670 0.239 0.066 0.021 0.004 0.001 0.001 58 S 0.681 0.224 0.072 0.020 0.003 0.001 0.001 59 R 0.619 0.241 0.100 0.033 0.006 0.001 0.001 60 D 0.775 0.190 0.027 0.006 0.001 0.001 0.001 61 E 0.510 0.270 0.139 0.064 0.016 0.002 0.001 62 P 0.511 0.284 0.135 0.052 0.015 0.002 0.001 63 C 0.334 0.248 0.237 0.134 0.039 0.008 0.001 64 S 0.490 0.251 0.155 0.075 0.023 0.005 0.001 65 S 0.407 0.214 0.191 0.125 0.048 0.014 0.001 66 T 0.566 0.231 0.114 0.059 0.023 0.006 0.001 67 S 0.563 0.258 0.097 0.052 0.022 0.007 0.001 68 R 0.348 0.243 0.196 0.133 0.059 0.020 0.001 69 P 0.371 0.261 0.196 0.112 0.045 0.014 0.001 70 A 0.383 0.278 0.190 0.099 0.038 0.011 0.001 71 L 0.205 0.172 0.250 0.228 0.107 0.036 0.002 72 E 0.373 0.293 0.170 0.100 0.045 0.017 0.001 73 E 0.418 0.313 0.140 0.082 0.034 0.012 0.001 74 D 0.157 0.323 0.262 0.159 0.070 0.025 0.003 75 V 0.010 0.029 0.066 0.191 0.362 0.304 0.038 76 I 0.011 0.071 0.203 0.329 0.230 0.141 0.015 77 Y 0.007 0.027 0.052 0.128 0.312 0.420 0.055 78 H 0.011 0.073 0.207 0.333 0.248 0.116 0.012 79 V 0.006 0.017 0.041 0.134 0.305 0.432 0.065 80 K 0.059 0.265 0.293 0.220 0.126 0.034 0.002 81 Y 0.035 0.080 0.158 0.314 0.289 0.117 0.007 82 D 0.306 0.411 0.173 0.072 0.031 0.006 0.001 83 D 0.376 0.348 0.170 0.082 0.019 0.005 0.001 84 Y 0.159 0.157 0.274 0.245 0.135 0.028 0.002 85 P 0.398 0.285 0.157 0.100 0.047 0.013 0.001 86 E 0.425 0.288 0.153 0.087 0.035 0.011 0.001 87 N 0.487 0.312 0.129 0.054 0.015 0.004 0.001 88 G 0.168 0.240 0.230 0.202 0.118 0.038 0.004 89 V 0.094 0.112 0.155 0.220 0.246 0.150 0.023 90 V 0.057 0.125 0.207 0.270 0.227 0.106 0.009 91 Q 0.145 0.338 0.286 0.154 0.058 0.018 0.002 92 M 0.037 0.055 0.126 0.299 0.313 0.155 0.016 93 N 0.202 0.337 0.212 0.143 0.080 0.024 0.002 94 S 0.161 0.225 0.235 0.233 0.102 0.041 0.003 95 R 0.430 0.337 0.145 0.061 0.020 0.005 0.001 96 D 0.162 0.303 0.263 0.189 0.063 0.019 0.002 97 V 0.044 0.039 0.076 0.172 0.371 0.250 0.047 98 R 0.050 0.154 0.220 0.243 0.194 0.125 0.014 99 A 0.116 0.188 0.181 0.188 0.187 0.118 0.021 100 R 0.040 0.098 0.218 0.262 0.236 0.113 0.033 101 A 0.008 0.021 0.026 0.049 0.181 0.467 0.247 102 R 0.024 0.072 0.216 0.298 0.227 0.129 0.035 103 T 0.064 0.223 0.279 0.262 0.114 0.053 0.006 104 I 0.022 0.065 0.159 0.293 0.301 0.149 0.011 105 I 0.023 0.030 0.054 0.164 0.334 0.351 0.043 106 K 0.097 0.358 0.285 0.171 0.067 0.020 0.001 107 W 0.108 0.188 0.268 0.282 0.118 0.034 0.002 108 Q 0.312 0.373 0.185 0.096 0.029 0.006 0.001 109 D 0.302 0.375 0.178 0.095 0.037 0.011 0.001 110 L 0.072 0.065 0.161 0.317 0.300 0.078 0.007 111 E 0.296 0.467 0.163 0.051 0.017 0.004 0.001 112 V 0.090 0.131 0.168 0.277 0.206 0.111 0.017 113 G 0.129 0.219 0.224 0.212 0.151 0.059 0.007 114 Q 0.127 0.222 0.218 0.214 0.141 0.067 0.012 115 V 0.041 0.071 0.124 0.192 0.284 0.215 0.072 116 V 0.025 0.038 0.056 0.123 0.217 0.361 0.179 117 M 0.020 0.026 0.042 0.085 0.142 0.355 0.329 118 L 0.029 0.048 0.072 0.119 0.213 0.325 0.195 119 N 0.054 0.108 0.141 0.183 0.227 0.206 0.082 120 Y 0.060 0.088 0.122 0.189 0.239 0.237 0.066 121 N 0.199 0.234 0.198 0.170 0.124 0.064 0.012 122 P 0.318 0.208 0.172 0.159 0.095 0.042 0.006 123 D 0.564 0.279 0.091 0.042 0.018 0.006 0.001 124 N 0.459 0.264 0.146 0.088 0.030 0.012 0.002 125 P 0.341 0.171 0.186 0.164 0.101 0.032 0.004 126 K 0.506 0.290 0.119 0.055 0.021 0.008 0.001 127 E 0.348 0.246 0.157 0.129 0.081 0.034 0.006 128 R 0.134 0.200 0.231 0.223 0.123 0.076 0.013 129 G 0.080 0.093 0.118 0.180 0.243 0.222 0.063 130 F 0.024 0.049 0.085 0.147 0.215 0.322 0.159 131 W 0.017 0.028 0.063 0.123 0.220 0.319 0.230 132 Y 0.007 0.021 0.041 0.076 0.197 0.395 0.262 133 D 0.015 0.041 0.079 0.149 0.232 0.293 0.190 134 A 0.005 0.010 0.020 0.059 0.159 0.478 0.269 135 E 0.028 0.122 0.186 0.265 0.238 0.137 0.024 136 I 0.011 0.031 0.069 0.153 0.346 0.352 0.038 137 S 0.077 0.226 0.281 0.236 0.143 0.035 0.001 138 R 0.308 0.344 0.199 0.105 0.036 0.008 0.001 139 K 0.333 0.255 0.221 0.139 0.045 0.007 0.001 140 R 0.588 0.242 0.110 0.046 0.012 0.002 0.001 141 E 0.711 0.223 0.046 0.016 0.004 0.001 0.001 142 T 0.715 0.221 0.045 0.014 0.004 0.001 0.001 143 R 0.359 0.239 0.214 0.131 0.047 0.009 0.001 144 T 0.429 0.327 0.150 0.063 0.024 0.006 0.001 145 A 0.165 0.205 0.257 0.218 0.111 0.040 0.004 146 R 0.142 0.213 0.243 0.207 0.132 0.056 0.006 147 E 0.072 0.137 0.194 0.232 0.200 0.136 0.029 148 L 0.026 0.031 0.054 0.132 0.251 0.347 0.159 149 Y 0.025 0.076 0.162 0.248 0.213 0.199 0.077 150 A 0.019 0.044 0.070 0.125 0.253 0.348 0.140 151 N 0.022 0.084 0.168 0.263 0.244 0.168 0.051 152 V 0.007 0.013 0.021 0.059 0.183 0.534 0.183 153 V 0.019 0.064 0.146 0.281 0.267 0.186 0.037 154 L 0.038 0.079 0.159 0.267 0.256 0.175 0.025 155 G 0.126 0.231 0.236 0.211 0.146 0.047 0.003 156 D 0.497 0.326 0.111 0.049 0.014 0.003 0.001 157 D 0.658 0.266 0.050 0.018 0.006 0.001 0.001 158 S 0.443 0.328 0.147 0.064 0.016 0.004 0.001 159 L 0.136 0.104 0.237 0.311 0.171 0.039 0.002 160 N 0.562 0.347 0.067 0.017 0.006 0.001 0.001 161 D 0.379 0.338 0.160 0.085 0.028 0.008 0.001 162 C 0.108 0.108 0.167 0.260 0.246 0.100 0.011 163 R 0.140 0.289 0.258 0.182 0.090 0.038 0.004 164 I 0.088 0.095 0.165 0.235 0.232 0.155 0.030 165 I 0.111 0.175 0.215 0.230 0.174 0.083 0.013 166 F 0.071 0.089 0.138 0.208 0.229 0.210 0.055 167 V 0.116 0.151 0.185 0.224 0.184 0.114 0.026 168 D 0.414 0.345 0.129 0.063 0.033 0.013 0.002 169 E 0.113 0.180 0.186 0.233 0.170 0.096 0.022 170 V 0.050 0.072 0.112 0.191 0.280 0.242 0.053 171 F 0.051 0.083 0.155 0.257 0.266 0.168 0.022 172 K 0.227 0.346 0.224 0.115 0.064 0.022 0.002 173 I 0.058 0.074 0.133 0.268 0.274 0.177 0.016 174 E 0.199 0.244 0.228 0.171 0.120 0.036 0.002 175 R 0.428 0.324 0.152 0.071 0.020 0.004 0.001 176 P 0.669 0.211 0.075 0.033 0.010 0.002 0.001 177 G 0.788 0.156 0.038 0.014 0.003 0.001 0.001 178 E 0.873 0.109 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001