# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.69522 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.051 0.017 0.001 0.017 0.020 0.025 0.108 0.004 0.001 0.032 0.724 2 H 0.072 0.021 0.001 0.015 0.025 0.036 0.097 0.006 0.001 0.043 0.683 3 H 0.109 0.020 0.001 0.016 0.031 0.037 0.108 0.006 0.001 0.048 0.623 4 H 0.066 0.017 0.001 0.022 0.027 0.037 0.089 0.003 0.001 0.041 0.697 5 H 0.040 0.013 0.001 0.023 0.027 0.035 0.113 0.002 0.001 0.061 0.684 6 H 0.044 0.019 0.002 0.020 0.029 0.041 0.142 0.003 0.001 0.060 0.638 7 H 0.168 0.043 0.001 0.011 0.019 0.025 0.076 0.006 0.001 0.044 0.606 8 S 0.241 0.048 0.001 0.013 0.020 0.026 0.074 0.005 0.001 0.050 0.521 9 S 0.034 0.041 0.001 0.010 0.016 0.025 0.118 0.002 0.001 0.038 0.714 10 G 0.081 0.100 0.002 0.013 0.021 0.041 0.106 0.007 0.001 0.064 0.564 11 R 0.223 0.108 0.003 0.016 0.041 0.046 0.103 0.010 0.001 0.067 0.381 12 E 0.063 0.083 0.002 0.017 0.043 0.055 0.100 0.004 0.001 0.038 0.595 13 N 0.063 0.081 0.003 0.028 0.051 0.084 0.111 0.005 0.001 0.071 0.501 14 L 0.082 0.068 0.008 0.028 0.068 0.083 0.138 0.008 0.003 0.082 0.433 15 Y 0.233 0.092 0.006 0.019 0.034 0.042 0.092 0.011 0.002 0.050 0.419 16 F 0.243 0.058 0.002 0.012 0.026 0.035 0.067 0.012 0.001 0.033 0.510 17 Q 0.067 0.077 0.002 0.019 0.037 0.045 0.102 0.006 0.001 0.035 0.609 18 G 0.064 0.081 0.002 0.031 0.065 0.137 0.084 0.009 0.001 0.055 0.472 19 M 0.047 0.042 0.002 0.050 0.111 0.144 0.088 0.008 0.001 0.074 0.433 20 W 0.022 0.034 0.005 0.052 0.125 0.132 0.116 0.004 0.002 0.066 0.443 21 D 0.058 0.058 0.007 0.022 0.071 0.061 0.112 0.007 0.003 0.066 0.535 22 E 0.420 0.039 0.008 0.017 0.035 0.048 0.052 0.015 0.004 0.077 0.284 23 T 0.227 0.032 0.002 0.010 0.022 0.029 0.110 0.004 0.001 0.031 0.532 24 E 0.029 0.038 0.001 0.019 0.025 0.063 0.091 0.002 0.001 0.023 0.708 25 L 0.017 0.052 0.002 0.028 0.080 0.106 0.144 0.003 0.001 0.030 0.537 26 G 0.034 0.082 0.002 0.042 0.134 0.346 0.055 0.008 0.001 0.042 0.254 27 L 0.027 0.076 0.002 0.037 0.217 0.131 0.093 0.003 0.001 0.059 0.355 28 Y 0.021 0.066 0.005 0.086 0.220 0.254 0.058 0.003 0.002 0.074 0.212 29 K 0.055 0.112 0.009 0.044 0.103 0.132 0.070 0.007 0.003 0.065 0.402 30 V 0.160 0.125 0.007 0.034 0.088 0.121 0.058 0.015 0.003 0.069 0.321 31 N 0.105 0.067 0.004 0.034 0.066 0.100 0.094 0.007 0.002 0.093 0.429 32 E 0.031 0.084 0.004 0.067 0.077 0.137 0.089 0.005 0.001 0.046 0.459 33 Y 0.026 0.050 0.003 0.057 0.070 0.127 0.107 0.006 0.001 0.070 0.484 34 V 0.029 0.063 0.006 0.076 0.132 0.116 0.090 0.007 0.001 0.057 0.421 35 D 0.059 0.024 0.002 0.097 0.078 0.135 0.097 0.007 0.001 0.131 0.368 36 A 0.029 0.019 0.004 0.082 0.081 0.079 0.110 0.003 0.001 0.115 0.477 37 R 0.046 0.018 0.006 0.084 0.052 0.052 0.117 0.005 0.003 0.088 0.530 38 D 0.205 0.013 0.015 0.056 0.030 0.062 0.082 0.012 0.006 0.095 0.425 39 T 0.135 0.006 0.002 0.020 0.021 0.025 0.108 0.005 0.001 0.022 0.654 40 N 0.078 0.010 0.001 0.032 0.018 0.040 0.133 0.005 0.001 0.028 0.654 41 M 0.019 0.012 0.001 0.060 0.052 0.061 0.187 0.002 0.001 0.016 0.589 42 G 0.013 0.014 0.001 0.082 0.083 0.208 0.121 0.003 0.001 0.035 0.439 43 A 0.015 0.025 0.004 0.076 0.190 0.174 0.133 0.003 0.001 0.047 0.334 44 W 0.026 0.022 0.004 0.123 0.211 0.217 0.083 0.003 0.001 0.070 0.240 45 F 0.065 0.021 0.002 0.120 0.164 0.244 0.073 0.004 0.001 0.069 0.236 46 E 0.014 0.012 0.001 0.094 0.168 0.257 0.062 0.001 0.001 0.044 0.348 47 A 0.005 0.007 0.001 0.090 0.247 0.367 0.037 0.001 0.001 0.033 0.213 48 Q 0.004 0.003 0.001 0.060 0.234 0.541 0.020 0.001 0.001 0.021 0.116 49 V 0.005 0.002 0.001 0.040 0.289 0.347 0.040 0.001 0.001 0.047 0.228 50 V 0.003 0.003 0.001 0.066 0.401 0.320 0.032 0.001 0.001 0.031 0.143 51 R 0.005 0.005 0.001 0.054 0.228 0.359 0.052 0.001 0.001 0.048 0.248 52 V 0.016 0.007 0.001 0.031 0.224 0.298 0.050 0.001 0.001 0.052 0.319 53 T 0.064 0.007 0.001 0.044 0.129 0.222 0.081 0.001 0.001 0.094 0.356 54 R 0.046 0.009 0.001 0.037 0.055 0.105 0.117 0.001 0.001 0.064 0.564 55 K 0.029 0.004 0.001 0.018 0.023 0.031 0.110 0.001 0.001 0.047 0.735 56 A 0.117 0.011 0.001 0.013 0.019 0.026 0.146 0.003 0.001 0.056 0.607 57 P 0.086 0.009 0.001 0.006 0.009 0.015 0.091 0.002 0.001 0.028 0.755 58 S 0.131 0.010 0.001 0.011 0.018 0.032 0.108 0.002 0.001 0.061 0.627 59 R 0.036 0.008 0.001 0.016 0.025 0.059 0.103 0.001 0.001 0.031 0.719 60 D 0.026 0.007 0.001 0.017 0.037 0.049 0.120 0.001 0.001 0.078 0.665 61 E 0.043 0.007 0.001 0.025 0.080 0.084 0.157 0.001 0.001 0.094 0.508 62 P 0.042 0.006 0.001 0.018 0.037 0.051 0.137 0.001 0.001 0.087 0.620 63 C 0.087 0.005 0.001 0.025 0.044 0.068 0.109 0.002 0.001 0.086 0.573 64 S 0.098 0.006 0.001 0.020 0.031 0.047 0.108 0.002 0.001 0.036 0.652 65 S 0.077 0.006 0.001 0.024 0.019 0.038 0.080 0.002 0.001 0.037 0.717 66 T 0.024 0.006 0.001 0.019 0.022 0.029 0.183 0.001 0.001 0.022 0.693 67 S 0.029 0.022 0.001 0.015 0.023 0.038 0.113 0.003 0.001 0.022 0.733 68 R 0.232 0.044 0.001 0.013 0.037 0.038 0.099 0.007 0.001 0.042 0.486 69 P 0.122 0.052 0.002 0.016 0.036 0.045 0.106 0.004 0.001 0.052 0.564 70 A 0.075 0.027 0.007 0.020 0.029 0.046 0.153 0.003 0.002 0.075 0.563 71 L 0.159 0.036 0.007 0.021 0.041 0.067 0.115 0.007 0.002 0.070 0.477 72 E 0.122 0.015 0.003 0.024 0.045 0.068 0.160 0.003 0.001 0.089 0.472 73 E 0.011 0.007 0.001 0.055 0.109 0.167 0.147 0.001 0.001 0.045 0.457 74 D 0.005 0.003 0.001 0.077 0.124 0.365 0.076 0.001 0.001 0.037 0.313 75 V 0.003 0.001 0.001 0.087 0.258 0.475 0.039 0.001 0.001 0.029 0.107 76 I 0.001 0.001 0.001 0.110 0.318 0.373 0.024 0.001 0.001 0.032 0.141 77 Y 0.001 0.001 0.001 0.165 0.354 0.375 0.020 0.001 0.001 0.017 0.068 78 H 0.001 0.001 0.001 0.141 0.313 0.373 0.027 0.001 0.001 0.027 0.118 79 V 0.003 0.002 0.001 0.098 0.343 0.362 0.031 0.001 0.001 0.036 0.124 80 K 0.061 0.011 0.001 0.087 0.163 0.328 0.054 0.002 0.001 0.036 0.256 81 Y 0.139 0.016 0.001 0.084 0.079 0.129 0.055 0.003 0.001 0.052 0.443 82 D 0.019 0.010 0.001 0.059 0.047 0.093 0.147 0.001 0.001 0.029 0.595 83 D 0.011 0.024 0.002 0.020 0.018 0.033 0.209 0.001 0.001 0.059 0.623 84 Y 0.386 0.013 0.007 0.012 0.034 0.047 0.075 0.010 0.002 0.159 0.254 85 P 0.491 0.010 0.001 0.005 0.009 0.009 0.073 0.003 0.001 0.030 0.368 86 E 0.047 0.005 0.001 0.009 0.013 0.027 0.063 0.001 0.001 0.014 0.820 87 N 0.005 0.003 0.001 0.010 0.034 0.073 0.132 0.001 0.001 0.018 0.725 88 G 0.012 0.004 0.001 0.029 0.147 0.531 0.044 0.001 0.001 0.032 0.200 89 V 0.004 0.001 0.001 0.017 0.325 0.270 0.058 0.001 0.001 0.023 0.302 90 V 0.003 0.002 0.001 0.050 0.425 0.317 0.038 0.001 0.001 0.021 0.142 91 Q 0.008 0.005 0.001 0.054 0.182 0.315 0.083 0.001 0.001 0.043 0.309 92 M 0.023 0.018 0.002 0.056 0.213 0.248 0.069 0.001 0.001 0.045 0.324 93 N 0.116 0.071 0.002 0.028 0.096 0.233 0.059 0.006 0.001 0.022 0.367 94 S 0.177 0.134 0.001 0.020 0.053 0.087 0.052 0.005 0.001 0.034 0.437 95 R 0.034 0.098 0.001 0.037 0.050 0.075 0.144 0.002 0.001 0.060 0.498 96 D 0.017 0.230 0.002 0.024 0.026 0.070 0.108 0.003 0.001 0.076 0.445 97 V 0.024 0.613 0.003 0.005 0.022 0.011 0.020 0.005 0.001 0.024 0.273 98 R 0.093 0.702 0.002 0.004 0.019 0.017 0.012 0.005 0.001 0.052 0.091 99 A 0.036 0.096 0.002 0.005 0.011 0.022 0.038 0.004 0.001 0.516 0.270 100 R 0.020 0.538 0.016 0.016 0.020 0.017 0.045 0.003 0.004 0.160 0.162 101 A 0.052 0.519 0.012 0.021 0.022 0.036 0.046 0.006 0.004 0.082 0.199 102 R 0.028 0.359 0.015 0.031 0.039 0.053 0.037 0.009 0.003 0.110 0.315 103 T 0.033 0.211 0.009 0.044 0.056 0.102 0.087 0.008 0.003 0.112 0.335 104 I 0.038 0.165 0.025 0.079 0.047 0.054 0.110 0.008 0.008 0.137 0.329 105 I 0.058 0.085 0.043 0.076 0.039 0.043 0.127 0.015 0.017 0.086 0.409 106 K 0.235 0.109 0.018 0.028 0.017 0.027 0.083 0.029 0.010 0.051 0.391 107 W 0.354 0.042 0.012 0.034 0.018 0.022 0.057 0.023 0.005 0.050 0.383 108 Q 0.062 0.025 0.005 0.061 0.028 0.043 0.139 0.005 0.002 0.041 0.590 109 D 0.015 0.015 0.010 0.083 0.029 0.074 0.152 0.004 0.002 0.050 0.567 110 L 0.021 0.008 0.013 0.088 0.125 0.115 0.138 0.005 0.002 0.052 0.433 111 E 0.110 0.010 0.005 0.080 0.067 0.132 0.151 0.009 0.001 0.070 0.364 112 V 0.020 0.004 0.001 0.097 0.074 0.062 0.083 0.001 0.001 0.042 0.616 113 G 0.002 0.004 0.001 0.214 0.091 0.126 0.137 0.001 0.001 0.047 0.378 114 Q 0.001 0.002 0.001 0.350 0.099 0.307 0.057 0.001 0.001 0.064 0.120 115 V 0.001 0.001 0.001 0.258 0.214 0.245 0.037 0.001 0.001 0.164 0.081 116 V 0.001 0.001 0.001 0.520 0.169 0.189 0.008 0.001 0.001 0.097 0.015 117 M 0.001 0.001 0.001 0.560 0.134 0.147 0.007 0.001 0.001 0.119 0.032 118 L 0.003 0.001 0.001 0.644 0.106 0.098 0.011 0.001 0.001 0.092 0.046 119 N 0.003 0.001 0.001 0.389 0.083 0.167 0.087 0.001 0.001 0.062 0.208 120 Y 0.016 0.007 0.001 0.088 0.051 0.071 0.133 0.003 0.001 0.058 0.572 121 N 0.539 0.010 0.001 0.028 0.026 0.027 0.044 0.009 0.001 0.100 0.215 122 P 0.038 0.004 0.001 0.022 0.010 0.011 0.148 0.001 0.001 0.033 0.732 123 D 0.014 0.010 0.001 0.013 0.004 0.007 0.174 0.001 0.001 0.027 0.749 124 N 0.112 0.038 0.002 0.007 0.009 0.011 0.110 0.007 0.001 0.072 0.632 125 P 0.277 0.032 0.008 0.009 0.012 0.012 0.150 0.005 0.002 0.126 0.366 126 K 0.128 0.019 0.004 0.013 0.012 0.025 0.077 0.004 0.001 0.056 0.662 127 E 0.079 0.011 0.002 0.018 0.023 0.022 0.134 0.003 0.001 0.069 0.639 128 R 0.012 0.016 0.001 0.051 0.049 0.074 0.229 0.001 0.001 0.055 0.511 129 G 0.007 0.035 0.001 0.069 0.115 0.195 0.148 0.002 0.001 0.052 0.375 130 F 0.012 0.035 0.001 0.086 0.307 0.405 0.031 0.003 0.001 0.031 0.090 131 W 0.009 0.050 0.001 0.079 0.252 0.303 0.037 0.002 0.001 0.048 0.218 132 Y 0.008 0.117 0.002 0.128 0.292 0.230 0.028 0.002 0.001 0.046 0.146 133 D 0.017 0.019 0.001 0.069 0.132 0.276 0.040 0.003 0.001 0.329 0.114 134 A 0.012 0.088 0.005 0.091 0.283 0.158 0.051 0.002 0.001 0.131 0.177 135 E 0.022 0.071 0.005 0.096 0.180 0.260 0.057 0.003 0.002 0.087 0.215 136 I 0.057 0.117 0.010 0.037 0.096 0.170 0.058 0.007 0.003 0.076 0.369 137 S 0.143 0.100 0.004 0.028 0.062 0.103 0.064 0.008 0.002 0.064 0.422 138 R 0.085 0.040 0.002 0.018 0.041 0.061 0.087 0.004 0.001 0.117 0.544 139 K 0.028 0.027 0.002 0.019 0.039 0.043 0.093 0.002 0.001 0.079 0.668 140 R 0.031 0.014 0.002 0.016 0.034 0.050 0.096 0.002 0.001 0.114 0.639 141 E 0.026 0.037 0.003 0.016 0.047 0.053 0.106 0.003 0.001 0.058 0.651 142 T 0.043 0.100 0.002 0.017 0.046 0.058 0.091 0.002 0.001 0.060 0.579 143 R 0.046 0.129 0.005 0.021 0.048 0.072 0.086 0.004 0.002 0.098 0.491 144 T 0.053 0.230 0.007 0.022 0.037 0.058 0.091 0.004 0.002 0.093 0.402 145 A 0.051 0.161 0.010 0.023 0.042 0.067 0.087 0.005 0.002 0.146 0.404 146 R 0.023 0.103 0.008 0.049 0.101 0.135 0.111 0.002 0.002 0.152 0.312 147 E 0.008 0.086 0.006 0.074 0.108 0.248 0.080 0.002 0.001 0.097 0.290 148 L 0.008 0.078 0.005 0.094 0.277 0.345 0.041 0.003 0.001 0.048 0.099 149 Y 0.007 0.020 0.001 0.096 0.195 0.498 0.027 0.002 0.001 0.072 0.081 150 A 0.002 0.021 0.002 0.196 0.334 0.289 0.029 0.001 0.001 0.048 0.079 151 N 0.002 0.004 0.001 0.201 0.250 0.417 0.027 0.001 0.001 0.044 0.052 152 V 0.006 0.004 0.002 0.162 0.269 0.354 0.038 0.002 0.001 0.045 0.117 153 V 0.019 0.002 0.001 0.259 0.190 0.265 0.045 0.003 0.001 0.043 0.173 154 L 0.027 0.004 0.003 0.191 0.118 0.124 0.072 0.003 0.001 0.054 0.404 155 G 0.074 0.010 0.002 0.080 0.036 0.055 0.100 0.008 0.001 0.022 0.613 156 D 0.150 0.018 0.001 0.036 0.016 0.023 0.122 0.005 0.001 0.045 0.583 157 D 0.055 0.011 0.004 0.023 0.027 0.030 0.158 0.003 0.001 0.058 0.631 158 S 0.248 0.025 0.006 0.011 0.016 0.033 0.140 0.010 0.002 0.048 0.462 159 L 0.405 0.011 0.003 0.007 0.012 0.021 0.052 0.007 0.001 0.024 0.458 160 N 0.067 0.009 0.001 0.018 0.038 0.040 0.129 0.001 0.001 0.022 0.674 161 D 0.003 0.007 0.001 0.022 0.042 0.149 0.095 0.001 0.001 0.028 0.652 162 C 0.002 0.009 0.001 0.053 0.272 0.172 0.131 0.001 0.001 0.054 0.306 163 R 0.002 0.012 0.001 0.128 0.256 0.428 0.040 0.001 0.001 0.038 0.095 164 I 0.004 0.030 0.001 0.148 0.246 0.265 0.048 0.001 0.001 0.059 0.198 165 I 0.005 0.071 0.003 0.298 0.249 0.226 0.021 0.001 0.001 0.044 0.082 166 F 0.032 0.293 0.007 0.166 0.100 0.164 0.029 0.005 0.003 0.072 0.131 167 V 0.084 0.308 0.008 0.066 0.066 0.090 0.043 0.011 0.003 0.107 0.215 168 D 0.044 0.187 0.008 0.057 0.083 0.106 0.069 0.006 0.003 0.115 0.322 169 E 0.033 0.147 0.007 0.070 0.110 0.254 0.052 0.006 0.002 0.070 0.249 170 V 0.023 0.036 0.005 0.049 0.185 0.297 0.052 0.007 0.001 0.056 0.290 171 F 0.018 0.011 0.002 0.054 0.249 0.385 0.040 0.003 0.001 0.036 0.203 172 K 0.013 0.005 0.001 0.070 0.226 0.266 0.056 0.001 0.001 0.047 0.315 173 I 0.007 0.003 0.002 0.048 0.228 0.252 0.103 0.001 0.001 0.037 0.320 174 E 0.046 0.001 0.001 0.028 0.069 0.144 0.096 0.002 0.001 0.053 0.560 175 R 0.227 0.001 0.001 0.021 0.035 0.049 0.060 0.002 0.001 0.032 0.570 176 P 0.015 0.001 0.001 0.006 0.009 0.014 0.097 0.001 0.001 0.007 0.851 177 G 0.012 0.002 0.001 0.011 0.012 0.032 0.133 0.001 0.001 0.019 0.778 178 E 0.029 0.004 0.001 0.023 0.034 0.065 0.134 0.001 0.001 0.031 0.678