# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.69522 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.061 0.013 0.009 0.024 0.040 0.083 0.025 0.745 2 H 0.104 0.019 0.010 0.029 0.050 0.093 0.046 0.647 3 H 0.115 0.021 0.010 0.040 0.049 0.095 0.041 0.629 4 H 0.124 0.016 0.013 0.030 0.061 0.083 0.044 0.630 5 H 0.051 0.008 0.016 0.034 0.067 0.127 0.059 0.638 6 H 0.032 0.009 0.019 0.041 0.058 0.138 0.075 0.628 7 H 0.238 0.032 0.014 0.042 0.048 0.083 0.068 0.475 8 S 0.428 0.035 0.008 0.013 0.021 0.058 0.053 0.384 9 S 0.020 0.016 0.014 0.020 0.030 0.145 0.041 0.714 10 G 0.071 0.046 0.013 0.033 0.062 0.126 0.052 0.596 11 R 0.249 0.093 0.010 0.067 0.055 0.076 0.108 0.341 12 E 0.066 0.059 0.011 0.041 0.054 0.092 0.035 0.642 13 N 0.099 0.097 0.020 0.052 0.118 0.092 0.087 0.435 14 L 0.092 0.046 0.030 0.097 0.108 0.096 0.092 0.438 15 Y 0.227 0.075 0.022 0.073 0.105 0.063 0.062 0.372 16 F 0.228 0.060 0.014 0.038 0.063 0.075 0.050 0.473 17 Q 0.060 0.047 0.018 0.056 0.094 0.107 0.033 0.585 18 G 0.086 0.071 0.024 0.052 0.176 0.096 0.042 0.453 19 M 0.043 0.018 0.028 0.094 0.144 0.119 0.108 0.445 20 W 0.032 0.025 0.050 0.130 0.154 0.137 0.100 0.371 21 D 0.139 0.041 0.029 0.031 0.057 0.096 0.069 0.537 22 E 0.211 0.032 0.018 0.038 0.027 0.100 0.113 0.462 23 T 0.143 0.045 0.015 0.018 0.033 0.107 0.048 0.590 24 E 0.070 0.020 0.020 0.015 0.034 0.134 0.046 0.663 25 L 0.013 0.022 0.018 0.044 0.063 0.145 0.029 0.665 26 G 0.047 0.124 0.048 0.096 0.244 0.083 0.052 0.307 27 L 0.012 0.018 0.026 0.114 0.111 0.106 0.068 0.545 28 Y 0.008 0.028 0.130 0.304 0.192 0.055 0.085 0.199 29 K 0.326 0.054 0.081 0.065 0.124 0.038 0.106 0.206 30 V 0.182 0.053 0.050 0.074 0.052 0.082 0.049 0.457 31 N 0.052 0.074 0.052 0.038 0.108 0.097 0.074 0.504 32 E 0.017 0.071 0.083 0.103 0.193 0.076 0.057 0.400 33 Y 0.017 0.058 0.084 0.105 0.231 0.090 0.050 0.365 34 V 0.026 0.071 0.146 0.164 0.200 0.071 0.059 0.263 35 D 0.096 0.035 0.056 0.072 0.129 0.082 0.214 0.315 36 A 0.027 0.033 0.177 0.090 0.085 0.108 0.202 0.278 37 R 0.062 0.036 0.072 0.027 0.046 0.096 0.089 0.574 38 D 0.183 0.021 0.048 0.030 0.017 0.115 0.175 0.411 39 T 0.162 0.017 0.008 0.009 0.008 0.089 0.021 0.686 40 N 0.116 0.018 0.012 0.004 0.012 0.106 0.026 0.706 41 M 0.011 0.028 0.023 0.017 0.027 0.143 0.032 0.720 42 G 0.031 0.037 0.034 0.069 0.138 0.117 0.144 0.430 43 A 0.010 0.021 0.069 0.236 0.221 0.083 0.051 0.310 44 W 0.029 0.021 0.171 0.095 0.446 0.035 0.046 0.159 45 F 0.024 0.022 0.166 0.216 0.315 0.042 0.084 0.132 46 E 0.018 0.014 0.098 0.212 0.344 0.062 0.053 0.199 47 A 0.012 0.010 0.072 0.201 0.394 0.051 0.049 0.211 48 Q 0.011 0.013 0.099 0.232 0.423 0.042 0.058 0.120 49 V 0.008 0.007 0.071 0.272 0.267 0.074 0.070 0.231 50 V 0.004 0.007 0.119 0.318 0.344 0.039 0.041 0.129 51 R 0.010 0.007 0.103 0.209 0.315 0.056 0.038 0.263 52 V 0.010 0.005 0.128 0.223 0.236 0.058 0.042 0.297 53 T 0.064 0.008 0.074 0.098 0.191 0.099 0.059 0.406 54 R 0.034 0.006 0.069 0.063 0.109 0.121 0.053 0.546 55 K 0.033 0.004 0.019 0.021 0.035 0.095 0.023 0.770 56 A 0.156 0.014 0.028 0.028 0.039 0.097 0.141 0.498 57 P 0.119 0.006 0.013 0.017 0.017 0.083 0.047 0.696 58 S 0.153 0.005 0.013 0.008 0.026 0.084 0.055 0.656 59 R 0.011 0.004 0.016 0.025 0.036 0.129 0.019 0.761 60 D 0.025 0.004 0.004 0.018 0.036 0.098 0.014 0.802 61 E 0.037 0.008 0.023 0.114 0.121 0.122 0.126 0.449 62 P 0.060 0.004 0.022 0.040 0.062 0.107 0.052 0.654 63 C 0.148 0.006 0.038 0.048 0.061 0.108 0.155 0.436 64 S 0.073 0.006 0.022 0.022 0.025 0.099 0.028 0.724 65 S 0.084 0.007 0.006 0.012 0.018 0.101 0.024 0.748 66 T 0.010 0.007 0.007 0.018 0.018 0.151 0.015 0.775 67 S 0.037 0.044 0.008 0.020 0.033 0.104 0.024 0.729 68 R 0.175 0.127 0.010 0.048 0.033 0.077 0.128 0.401 69 P 0.119 0.058 0.017 0.045 0.048 0.085 0.121 0.507 70 A 0.083 0.027 0.044 0.047 0.098 0.089 0.122 0.491 71 L 0.196 0.015 0.028 0.044 0.076 0.072 0.051 0.518 72 E 0.181 0.012 0.017 0.043 0.092 0.093 0.049 0.514 73 E 0.010 0.007 0.032 0.056 0.161 0.140 0.045 0.549 74 D 0.005 0.004 0.047 0.118 0.444 0.086 0.063 0.232 75 V 0.003 0.003 0.100 0.267 0.436 0.051 0.040 0.099 76 I 0.002 0.001 0.130 0.295 0.338 0.050 0.031 0.154 77 Y 0.001 0.001 0.138 0.393 0.293 0.028 0.040 0.105 78 H 0.001 0.001 0.190 0.397 0.288 0.018 0.029 0.076 79 V 0.003 0.001 0.133 0.388 0.246 0.035 0.032 0.160 80 K 0.030 0.005 0.111 0.243 0.347 0.045 0.049 0.171 81 Y 0.108 0.008 0.027 0.093 0.140 0.102 0.034 0.489 82 D 0.028 0.005 0.018 0.063 0.098 0.115 0.021 0.651 83 D 0.014 0.003 0.015 0.024 0.080 0.141 0.044 0.679 84 Y 0.040 0.009 0.032 0.096 0.075 0.117 0.151 0.480 85 P 0.673 0.008 0.005 0.006 0.013 0.033 0.072 0.191 86 E 0.077 0.013 0.011 0.020 0.029 0.122 0.064 0.664 87 N 0.003 0.004 0.012 0.014 0.070 0.149 0.015 0.733 88 G 0.008 0.014 0.030 0.205 0.356 0.089 0.063 0.234 89 V 0.006 0.005 0.035 0.215 0.187 0.088 0.044 0.421 90 V 0.010 0.011 0.148 0.264 0.298 0.043 0.078 0.148 91 Q 0.019 0.006 0.055 0.151 0.261 0.077 0.056 0.374 92 M 0.023 0.004 0.098 0.168 0.180 0.086 0.038 0.402 93 N 0.161 0.027 0.036 0.095 0.104 0.094 0.079 0.404 94 S 0.196 0.038 0.013 0.026 0.031 0.081 0.080 0.534 95 R 0.041 0.051 0.019 0.042 0.043 0.106 0.049 0.649 96 D 0.032 0.058 0.016 0.039 0.074 0.097 0.036 0.649 97 V 0.026 0.110 0.024 0.065 0.075 0.099 0.032 0.569 98 R 0.161 0.395 0.018 0.036 0.054 0.048 0.110 0.179 99 A 0.078 0.162 0.019 0.037 0.050 0.068 0.274 0.313 100 R 0.021 0.371 0.041 0.068 0.085 0.056 0.118 0.240 101 A 0.057 0.362 0.056 0.051 0.127 0.052 0.073 0.222 102 R 0.020 0.296 0.071 0.156 0.091 0.048 0.143 0.174 103 T 0.052 0.252 0.060 0.102 0.160 0.044 0.115 0.214 104 I 0.058 0.095 0.084 0.131 0.202 0.053 0.089 0.288 105 I 0.034 0.037 0.190 0.135 0.162 0.062 0.098 0.281 106 K 0.246 0.050 0.027 0.046 0.060 0.072 0.054 0.446 107 W 0.357 0.026 0.018 0.018 0.027 0.068 0.066 0.419 108 Q 0.037 0.010 0.027 0.026 0.045 0.098 0.035 0.722 109 D 0.015 0.003 0.018 0.021 0.049 0.122 0.039 0.733 110 L 0.028 0.003 0.053 0.106 0.102 0.126 0.047 0.534 111 E 0.256 0.010 0.069 0.045 0.128 0.086 0.083 0.324 112 V 0.015 0.003 0.043 0.040 0.065 0.154 0.033 0.647 113 G 0.003 0.002 0.087 0.073 0.210 0.134 0.041 0.450 114 Q 0.001 0.002 0.155 0.267 0.374 0.046 0.043 0.113 115 V 0.002 0.002 0.185 0.293 0.248 0.045 0.035 0.190 116 V 0.002 0.003 0.270 0.392 0.185 0.031 0.044 0.074 117 M 0.008 0.003 0.212 0.147 0.343 0.035 0.050 0.203 118 L 0.011 0.002 0.237 0.229 0.232 0.055 0.030 0.204 119 N 0.008 0.002 0.112 0.096 0.216 0.134 0.048 0.384 120 Y 0.013 0.004 0.135 0.043 0.078 0.087 0.034 0.606 121 N 0.527 0.029 0.018 0.011 0.019 0.052 0.151 0.195 122 P 0.039 0.008 0.009 0.008 0.007 0.130 0.037 0.762 123 D 0.018 0.008 0.014 0.008 0.021 0.092 0.026 0.813 124 N 0.073 0.018 0.022 0.029 0.052 0.115 0.130 0.560 125 P 0.054 0.004 0.022 0.026 0.023 0.141 0.075 0.656 126 K 0.217 0.008 0.015 0.023 0.041 0.096 0.099 0.502 127 E 0.070 0.003 0.018 0.014 0.046 0.115 0.038 0.696 128 R 0.004 0.002 0.024 0.043 0.070 0.157 0.021 0.678 129 G 0.003 0.006 0.065 0.096 0.221 0.127 0.065 0.417 130 F 0.008 0.012 0.152 0.242 0.283 0.062 0.058 0.183 131 W 0.009 0.012 0.183 0.153 0.249 0.088 0.046 0.259 132 Y 0.008 0.017 0.171 0.135 0.199 0.081 0.059 0.331 133 D 0.022 0.045 0.091 0.138 0.198 0.063 0.248 0.194 134 A 0.016 0.120 0.151 0.182 0.198 0.040 0.187 0.105 135 E 0.027 0.145 0.073 0.174 0.166 0.048 0.147 0.221 136 I 0.033 0.089 0.083 0.202 0.216 0.063 0.122 0.192 137 S 0.090 0.134 0.057 0.113 0.179 0.074 0.083 0.270 138 R 0.099 0.037 0.018 0.048 0.061 0.116 0.149 0.474 139 K 0.093 0.102 0.016 0.038 0.046 0.108 0.112 0.485 140 R 0.050 0.050 0.013 0.018 0.033 0.110 0.124 0.601 141 E 0.018 0.134 0.026 0.053 0.037 0.124 0.103 0.504 142 T 0.086 0.193 0.013 0.030 0.035 0.090 0.080 0.473 143 R 0.058 0.247 0.025 0.065 0.039 0.077 0.081 0.408 144 T 0.099 0.364 0.022 0.024 0.051 0.052 0.066 0.321 145 A 0.088 0.219 0.031 0.041 0.056 0.071 0.162 0.333 146 R 0.025 0.191 0.064 0.103 0.124 0.060 0.181 0.253 147 E 0.024 0.081 0.117 0.096 0.275 0.053 0.133 0.221 148 L 0.013 0.083 0.229 0.201 0.250 0.038 0.062 0.122 149 Y 0.022 0.038 0.181 0.120 0.315 0.056 0.067 0.200 150 A 0.007 0.031 0.263 0.217 0.224 0.045 0.076 0.137 151 N 0.007 0.019 0.283 0.143 0.259 0.040 0.087 0.162 152 V 0.009 0.012 0.306 0.216 0.189 0.048 0.057 0.163 153 V 0.021 0.012 0.246 0.132 0.234 0.068 0.059 0.228 154 L 0.038 0.010 0.225 0.075 0.113 0.099 0.064 0.377 155 G 0.130 0.045 0.059 0.035 0.048 0.114 0.074 0.496 156 D 0.143 0.023 0.012 0.010 0.012 0.111 0.047 0.642 157 D 0.055 0.025 0.019 0.026 0.028 0.113 0.082 0.651 158 S 0.105 0.025 0.015 0.012 0.021 0.105 0.045 0.673 159 L 0.289 0.024 0.012 0.018 0.021 0.087 0.052 0.497 160 N 0.067 0.040 0.018 0.018 0.036 0.109 0.044 0.667 161 D 0.027 0.031 0.034 0.025 0.065 0.144 0.068 0.605 162 C 0.004 0.029 0.052 0.076 0.104 0.130 0.083 0.521 163 R 0.005 0.069 0.217 0.180 0.223 0.055 0.084 0.168 164 I 0.007 0.067 0.145 0.186 0.146 0.059 0.081 0.310 165 I 0.005 0.128 0.383 0.196 0.119 0.024 0.064 0.082 166 F 0.197 0.343 0.115 0.038 0.086 0.024 0.098 0.099 167 V 0.138 0.330 0.073 0.076 0.054 0.047 0.145 0.137 168 D 0.085 0.211 0.059 0.057 0.124 0.066 0.115 0.284 169 E 0.058 0.118 0.067 0.081 0.319 0.053 0.110 0.193 170 V 0.023 0.046 0.080 0.146 0.280 0.088 0.092 0.245 171 F 0.008 0.020 0.066 0.206 0.416 0.047 0.066 0.171 172 K 0.008 0.006 0.058 0.249 0.390 0.051 0.035 0.203 173 I 0.002 0.002 0.062 0.295 0.308 0.061 0.042 0.229 174 E 0.014 0.002 0.114 0.153 0.248 0.064 0.045 0.360 175 R 0.370 0.006 0.033 0.044 0.056 0.065 0.100 0.327 176 P 0.024 0.001 0.009 0.010 0.011 0.100 0.014 0.831 177 G 0.019 0.004 0.008 0.012 0.032 0.097 0.018 0.810 178 E 0.048 0.008 0.014 0.057 0.067 0.107 0.049 0.650