# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.69522 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.318 0.154 0.067 0.123 0.089 0.064 0.076 0.045 0.031 0.020 0.011 2 H 0.286 0.202 0.076 0.143 0.092 0.063 0.062 0.034 0.022 0.013 0.007 3 H 0.228 0.179 0.068 0.151 0.108 0.079 0.080 0.047 0.031 0.019 0.010 4 H 0.233 0.169 0.067 0.147 0.105 0.087 0.088 0.049 0.029 0.018 0.008 5 H 0.207 0.174 0.095 0.181 0.114 0.084 0.069 0.037 0.021 0.013 0.005 6 H 0.164 0.150 0.072 0.148 0.109 0.108 0.110 0.064 0.039 0.026 0.010 7 H 0.130 0.159 0.070 0.152 0.112 0.113 0.118 0.065 0.043 0.028 0.011 8 S 0.290 0.202 0.089 0.145 0.090 0.065 0.060 0.030 0.016 0.009 0.004 9 S 0.381 0.197 0.081 0.148 0.079 0.044 0.034 0.019 0.009 0.005 0.002 10 G 0.219 0.170 0.054 0.113 0.087 0.089 0.109 0.068 0.045 0.031 0.013 11 R 0.148 0.174 0.068 0.172 0.134 0.105 0.092 0.053 0.029 0.018 0.008 12 E 0.280 0.185 0.117 0.166 0.096 0.065 0.048 0.024 0.011 0.006 0.002 13 N 0.203 0.166 0.105 0.193 0.116 0.082 0.070 0.035 0.017 0.010 0.004 14 L 0.056 0.039 0.034 0.068 0.080 0.123 0.194 0.144 0.123 0.094 0.044 15 Y 0.117 0.167 0.127 0.234 0.141 0.084 0.062 0.036 0.018 0.011 0.004 16 F 0.042 0.081 0.095 0.125 0.108 0.147 0.160 0.097 0.071 0.053 0.022 17 Q 0.136 0.128 0.092 0.195 0.158 0.100 0.091 0.053 0.026 0.014 0.007 18 G 0.347 0.125 0.089 0.141 0.090 0.065 0.067 0.041 0.019 0.011 0.005 19 M 0.065 0.061 0.054 0.106 0.103 0.144 0.178 0.105 0.089 0.063 0.031 20 W 0.062 0.079 0.046 0.092 0.098 0.107 0.164 0.123 0.103 0.081 0.045 21 D 0.174 0.158 0.098 0.172 0.123 0.093 0.088 0.045 0.026 0.015 0.007 22 E 0.266 0.275 0.097 0.152 0.079 0.049 0.039 0.020 0.012 0.008 0.004 23 T 0.232 0.134 0.041 0.135 0.116 0.093 0.099 0.070 0.041 0.025 0.014 24 E 0.412 0.222 0.051 0.127 0.069 0.046 0.035 0.020 0.011 0.006 0.003 25 L 0.037 0.033 0.032 0.068 0.080 0.119 0.168 0.143 0.146 0.103 0.071 26 G 0.150 0.174 0.085 0.201 0.145 0.085 0.080 0.041 0.023 0.011 0.007 27 L 0.018 0.011 0.024 0.037 0.049 0.062 0.128 0.139 0.191 0.171 0.170 28 Y 0.028 0.041 0.074 0.123 0.135 0.139 0.157 0.108 0.089 0.067 0.039 29 K 0.024 0.068 0.092 0.182 0.159 0.123 0.137 0.088 0.064 0.042 0.020 30 V 0.031 0.039 0.048 0.095 0.112 0.119 0.181 0.145 0.103 0.078 0.049 31 N 0.119 0.104 0.098 0.170 0.119 0.110 0.111 0.065 0.052 0.037 0.015 32 E 0.052 0.066 0.080 0.135 0.114 0.140 0.178 0.100 0.074 0.044 0.017 33 Y 0.034 0.047 0.057 0.117 0.119 0.116 0.162 0.128 0.101 0.075 0.043 34 V 0.015 0.012 0.020 0.021 0.030 0.061 0.141 0.143 0.217 0.205 0.134 35 D 0.036 0.093 0.113 0.242 0.186 0.106 0.098 0.057 0.037 0.021 0.013 36 A 0.004 0.003 0.009 0.011 0.021 0.035 0.099 0.170 0.216 0.233 0.197 37 R 0.089 0.109 0.109 0.220 0.159 0.103 0.092 0.052 0.036 0.020 0.011 38 D 0.037 0.075 0.074 0.113 0.106 0.121 0.178 0.110 0.085 0.062 0.038 39 T 0.120 0.106 0.064 0.148 0.141 0.114 0.116 0.075 0.056 0.037 0.025 40 N 0.521 0.205 0.053 0.083 0.039 0.028 0.031 0.017 0.012 0.008 0.004 41 M 0.071 0.061 0.043 0.119 0.118 0.124 0.159 0.113 0.091 0.061 0.040 42 G 0.221 0.182 0.074 0.150 0.107 0.085 0.076 0.043 0.031 0.018 0.012 43 A 0.023 0.023 0.029 0.054 0.068 0.094 0.173 0.165 0.163 0.112 0.098 44 W 0.035 0.040 0.050 0.109 0.134 0.107 0.148 0.135 0.105 0.074 0.064 45 F 0.009 0.011 0.019 0.032 0.046 0.054 0.125 0.168 0.202 0.183 0.151 46 E 0.026 0.046 0.076 0.182 0.198 0.134 0.138 0.086 0.059 0.033 0.022 47 A 0.030 0.012 0.031 0.042 0.060 0.064 0.161 0.190 0.159 0.142 0.109 48 Q 0.032 0.115 0.115 0.269 0.211 0.101 0.078 0.040 0.023 0.011 0.006 49 V 0.008 0.007 0.015 0.020 0.035 0.034 0.101 0.152 0.214 0.218 0.195 50 V 0.030 0.034 0.072 0.144 0.153 0.165 0.185 0.088 0.068 0.042 0.018 51 R 0.065 0.194 0.334 0.263 0.088 0.030 0.016 0.005 0.003 0.002 0.001 52 V 0.005 0.002 0.006 0.007 0.015 0.037 0.090 0.117 0.218 0.238 0.265 53 T 0.046 0.121 0.075 0.161 0.131 0.100 0.132 0.086 0.070 0.053 0.025 54 R 0.054 0.078 0.146 0.170 0.140 0.142 0.136 0.058 0.042 0.024 0.010 55 K 0.369 0.239 0.124 0.144 0.061 0.030 0.018 0.008 0.003 0.002 0.001 56 A 0.207 0.111 0.039 0.104 0.083 0.095 0.144 0.094 0.064 0.040 0.019 57 P 0.393 0.195 0.049 0.121 0.082 0.051 0.048 0.031 0.016 0.010 0.005 58 S 0.183 0.220 0.091 0.149 0.100 0.086 0.072 0.043 0.028 0.019 0.009 59 R 0.235 0.182 0.071 0.153 0.113 0.080 0.073 0.045 0.024 0.015 0.008 60 D 0.399 0.169 0.053 0.124 0.075 0.054 0.053 0.035 0.020 0.012 0.006 61 E 0.161 0.107 0.064 0.156 0.131 0.117 0.111 0.070 0.044 0.025 0.014 62 P 0.175 0.143 0.068 0.165 0.128 0.088 0.093 0.065 0.038 0.023 0.014 63 C 0.036 0.031 0.025 0.060 0.077 0.113 0.182 0.153 0.142 0.108 0.072 64 S 0.202 0.196 0.101 0.182 0.122 0.065 0.061 0.035 0.019 0.011 0.006 65 S 0.233 0.165 0.078 0.172 0.113 0.075 0.072 0.043 0.025 0.016 0.009 66 T 0.357 0.146 0.046 0.117 0.097 0.062 0.067 0.047 0.029 0.018 0.012 67 S 0.326 0.227 0.051 0.123 0.079 0.052 0.057 0.038 0.024 0.015 0.008 68 R 0.133 0.131 0.059 0.154 0.144 0.116 0.114 0.068 0.042 0.025 0.014 69 P 0.489 0.148 0.064 0.110 0.070 0.039 0.040 0.021 0.011 0.005 0.003 70 A 0.229 0.166 0.091 0.183 0.114 0.071 0.069 0.037 0.021 0.013 0.006 71 L 0.034 0.068 0.040 0.096 0.109 0.131 0.186 0.128 0.098 0.074 0.037 72 E 0.167 0.215 0.117 0.208 0.126 0.070 0.048 0.025 0.013 0.008 0.003 73 E 0.164 0.116 0.139 0.199 0.124 0.103 0.083 0.039 0.019 0.009 0.004 74 D 0.159 0.154 0.116 0.236 0.136 0.072 0.062 0.034 0.017 0.010 0.005 75 V 0.005 0.006 0.009 0.015 0.027 0.066 0.162 0.150 0.229 0.203 0.128 76 I 0.023 0.054 0.117 0.195 0.194 0.151 0.107 0.067 0.044 0.032 0.016 77 Y 0.007 0.010 0.045 0.035 0.045 0.123 0.226 0.158 0.172 0.133 0.048 78 H 0.021 0.050 0.070 0.216 0.189 0.126 0.148 0.089 0.050 0.025 0.016 79 V 0.003 0.001 0.004 0.003 0.007 0.014 0.054 0.102 0.218 0.289 0.304 80 K 0.039 0.130 0.148 0.337 0.210 0.069 0.035 0.017 0.009 0.004 0.003 81 Y 0.009 0.014 0.019 0.028 0.043 0.076 0.179 0.183 0.175 0.168 0.107 82 D 0.194 0.159 0.083 0.195 0.148 0.086 0.065 0.032 0.020 0.011 0.007 83 D 0.559 0.170 0.067 0.095 0.040 0.023 0.025 0.011 0.006 0.003 0.002 84 Y 0.040 0.052 0.028 0.072 0.075 0.135 0.163 0.108 0.132 0.122 0.073 85 P 0.190 0.274 0.046 0.123 0.095 0.070 0.088 0.051 0.033 0.019 0.010 86 E 0.338 0.178 0.090 0.161 0.089 0.059 0.040 0.022 0.012 0.007 0.004 87 N 0.323 0.129 0.077 0.135 0.100 0.075 0.072 0.043 0.023 0.014 0.008 88 G 0.105 0.129 0.036 0.178 0.146 0.115 0.134 0.083 0.042 0.022 0.010 89 V 0.017 0.015 0.016 0.034 0.053 0.073 0.121 0.148 0.190 0.187 0.146 90 V 0.038 0.044 0.077 0.129 0.134 0.150 0.179 0.109 0.072 0.047 0.021 91 Q 0.036 0.111 0.158 0.300 0.177 0.091 0.067 0.030 0.017 0.009 0.005 92 M 0.009 0.004 0.007 0.008 0.017 0.031 0.089 0.129 0.200 0.230 0.275 93 N 0.122 0.301 0.082 0.241 0.131 0.050 0.036 0.018 0.010 0.005 0.003 94 S 0.115 0.111 0.071 0.121 0.113 0.116 0.138 0.081 0.064 0.045 0.026 95 R 0.475 0.211 0.070 0.121 0.059 0.030 0.019 0.008 0.004 0.002 0.001 96 D 0.440 0.206 0.047 0.139 0.067 0.036 0.034 0.017 0.008 0.004 0.002 97 V 0.014 0.016 0.013 0.018 0.027 0.048 0.095 0.114 0.213 0.226 0.215 98 R 0.034 0.086 0.072 0.228 0.219 0.151 0.112 0.052 0.027 0.013 0.006 99 A 0.072 0.047 0.179 0.133 0.105 0.118 0.132 0.090 0.061 0.040 0.022 100 R 0.025 0.048 0.075 0.175 0.194 0.152 0.163 0.092 0.044 0.020 0.013 101 A 0.006 0.007 0.015 0.024 0.035 0.036 0.122 0.200 0.213 0.203 0.138 102 R 0.015 0.023 0.090 0.147 0.183 0.179 0.159 0.086 0.059 0.040 0.017 103 T 0.060 0.111 0.380 0.223 0.108 0.053 0.038 0.015 0.007 0.003 0.002 104 I 0.021 0.022 0.056 0.094 0.125 0.121 0.205 0.152 0.097 0.065 0.043 105 I 0.007 0.005 0.010 0.010 0.018 0.038 0.110 0.130 0.228 0.247 0.198 106 K 0.037 0.198 0.284 0.280 0.123 0.040 0.023 0.008 0.004 0.002 0.001 107 W 0.024 0.020 0.060 0.071 0.111 0.178 0.215 0.125 0.090 0.071 0.035 108 Q 0.412 0.202 0.093 0.132 0.064 0.037 0.032 0.016 0.007 0.003 0.001 109 D 0.089 0.155 0.076 0.218 0.142 0.106 0.116 0.052 0.026 0.012 0.007 110 L 0.010 0.005 0.010 0.008 0.015 0.028 0.069 0.092 0.189 0.214 0.359 111 E 0.187 0.410 0.137 0.180 0.060 0.016 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 112 V 0.043 0.031 0.048 0.068 0.091 0.084 0.150 0.140 0.137 0.101 0.107 113 G 0.226 0.154 0.060 0.152 0.116 0.081 0.086 0.051 0.036 0.023 0.013 114 Q 0.034 0.071 0.072 0.189 0.133 0.143 0.146 0.084 0.071 0.040 0.018 115 V 0.015 0.027 0.046 0.082 0.095 0.152 0.181 0.149 0.112 0.089 0.051 116 V 0.002 0.007 0.012 0.026 0.036 0.060 0.151 0.185 0.224 0.181 0.114 117 M 0.003 0.005 0.014 0.022 0.033 0.035 0.087 0.168 0.211 0.228 0.194 118 L 0.004 0.006 0.016 0.027 0.036 0.049 0.104 0.150 0.214 0.229 0.165 119 N 0.011 0.015 0.031 0.076 0.104 0.106 0.180 0.170 0.143 0.098 0.066 120 Y 0.009 0.007 0.015 0.022 0.037 0.046 0.118 0.190 0.201 0.191 0.164 121 N 0.034 0.102 0.081 0.169 0.142 0.106 0.133 0.090 0.070 0.045 0.029 122 P 0.185 0.096 0.048 0.106 0.106 0.097 0.145 0.079 0.068 0.042 0.028 123 D 0.555 0.180 0.051 0.089 0.046 0.028 0.025 0.011 0.008 0.004 0.002 124 N 0.276 0.275 0.059 0.157 0.085 0.051 0.047 0.022 0.015 0.008 0.005 125 P 0.136 0.117 0.029 0.068 0.067 0.067 0.105 0.097 0.109 0.100 0.104 126 K 0.302 0.239 0.075 0.169 0.099 0.049 0.031 0.017 0.010 0.006 0.003 127 E 0.231 0.185 0.110 0.165 0.088 0.076 0.063 0.034 0.023 0.016 0.008 128 R 0.041 0.060 0.035 0.139 0.133 0.159 0.171 0.108 0.081 0.049 0.025 129 G 0.177 0.113 0.054 0.108 0.080 0.082 0.118 0.098 0.085 0.057 0.030 130 F 0.020 0.027 0.040 0.089 0.095 0.130 0.189 0.141 0.129 0.090 0.050 131 W 0.024 0.029 0.047 0.083 0.090 0.104 0.157 0.143 0.133 0.112 0.077 132 Y 0.007 0.012 0.019 0.037 0.061 0.083 0.178 0.204 0.182 0.137 0.080 133 D 0.013 0.023 0.044 0.082 0.106 0.088 0.163 0.170 0.142 0.106 0.062 134 A 0.010 0.007 0.019 0.031 0.043 0.072 0.170 0.176 0.203 0.165 0.103 135 E 0.068 0.095 0.131 0.231 0.172 0.105 0.106 0.044 0.028 0.013 0.008 136 I 0.009 0.007 0.023 0.021 0.039 0.041 0.136 0.194 0.192 0.172 0.166 137 S 0.025 0.042 0.095 0.149 0.148 0.119 0.160 0.100 0.080 0.058 0.025 138 R 0.056 0.108 0.245 0.175 0.114 0.102 0.112 0.038 0.028 0.016 0.006 139 K 0.077 0.164 0.249 0.234 0.131 0.072 0.044 0.016 0.008 0.004 0.002 140 R 0.285 0.195 0.144 0.140 0.082 0.052 0.053 0.026 0.012 0.007 0.003 141 E 0.287 0.114 0.106 0.131 0.101 0.082 0.096 0.046 0.022 0.011 0.005 142 T 0.136 0.236 0.262 0.162 0.081 0.049 0.041 0.017 0.009 0.005 0.002 143 R 0.071 0.082 0.168 0.145 0.141 0.129 0.136 0.063 0.035 0.021 0.010 144 T 0.252 0.262 0.213 0.159 0.060 0.026 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 145 A 0.069 0.050 0.101 0.157 0.142 0.138 0.151 0.096 0.053 0.032 0.012 146 R 0.038 0.072 0.159 0.165 0.138 0.141 0.146 0.076 0.037 0.022 0.007 147 E 0.012 0.046 0.202 0.227 0.181 0.143 0.096 0.048 0.024 0.015 0.006 148 L 0.004 0.004 0.022 0.012 0.023 0.074 0.182 0.182 0.197 0.192 0.109 149 Y 0.015 0.046 0.101 0.215 0.189 0.127 0.140 0.078 0.049 0.027 0.012 150 A 0.002 0.002 0.011 0.008 0.015 0.029 0.111 0.157 0.246 0.249 0.169 151 N 0.028 0.110 0.149 0.313 0.197 0.088 0.057 0.026 0.018 0.009 0.007 152 V 0.004 0.002 0.008 0.008 0.015 0.023 0.075 0.136 0.201 0.226 0.302 153 V 0.023 0.031 0.036 0.099 0.137 0.152 0.164 0.129 0.099 0.075 0.055 154 L 0.005 0.009 0.014 0.020 0.029 0.043 0.115 0.152 0.217 0.201 0.195 155 G 0.071 0.079 0.055 0.124 0.130 0.102 0.142 0.101 0.086 0.060 0.049 156 D 0.336 0.186 0.058 0.143 0.083 0.060 0.065 0.028 0.022 0.011 0.006 157 D 0.497 0.145 0.043 0.116 0.073 0.043 0.038 0.022 0.013 0.007 0.004 158 S 0.202 0.294 0.040 0.156 0.103 0.066 0.067 0.036 0.019 0.010 0.006 159 L 0.041 0.044 0.019 0.049 0.068 0.085 0.137 0.136 0.148 0.138 0.136 160 N 0.331 0.234 0.103 0.155 0.088 0.042 0.027 0.011 0.005 0.002 0.001 161 D 0.219 0.155 0.109 0.240 0.119 0.059 0.049 0.025 0.014 0.008 0.004 162 C 0.013 0.013 0.011 0.020 0.029 0.071 0.149 0.134 0.225 0.218 0.117 163 R 0.084 0.213 0.100 0.318 0.155 0.063 0.034 0.017 0.010 0.004 0.002 164 I 0.022 0.013 0.049 0.044 0.057 0.102 0.165 0.167 0.148 0.147 0.086 165 I 0.027 0.067 0.081 0.186 0.179 0.168 0.140 0.075 0.043 0.022 0.012 166 F 0.010 0.026 0.031 0.038 0.048 0.052 0.137 0.186 0.181 0.168 0.123 167 V 0.025 0.030 0.058 0.123 0.160 0.161 0.178 0.106 0.080 0.048 0.031 168 D 0.475 0.141 0.149 0.122 0.049 0.025 0.022 0.009 0.005 0.002 0.001 169 E 0.018 0.031 0.045 0.125 0.163 0.167 0.222 0.120 0.061 0.031 0.018 170 V 0.010 0.012 0.025 0.026 0.036 0.042 0.101 0.133 0.210 0.228 0.177 171 F 0.012 0.015 0.065 0.085 0.101 0.162 0.220 0.130 0.104 0.076 0.028 172 K 0.017 0.103 0.374 0.265 0.122 0.060 0.031 0.013 0.008 0.004 0.002 173 I 0.010 0.005 0.015 0.018 0.035 0.035 0.105 0.183 0.186 0.182 0.225 174 E 0.037 0.037 0.047 0.098 0.117 0.124 0.192 0.151 0.098 0.068 0.032 175 R 0.104 0.211 0.252 0.199 0.100 0.054 0.041 0.018 0.012 0.006 0.003 176 P 0.217 0.145 0.083 0.128 0.113 0.084 0.105 0.060 0.031 0.019 0.013 177 G 0.581 0.238 0.038 0.059 0.027 0.018 0.019 0.009 0.007 0.004 0.002 178 E 0.610 0.172 0.038 0.080 0.040 0.020 0.018 0.010 0.006 0.003 0.002