# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.69522 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.069 0.010 0.004 0.022 0.025 0.035 0.090 0.001 0.001 0.003 0.741 2 H 0.019 0.003 0.001 0.014 0.011 0.016 0.039 0.001 0.001 0.001 0.896 3 H 0.061 0.007 0.003 0.033 0.034 0.057 0.087 0.001 0.001 0.002 0.715 4 H 0.033 0.006 0.001 0.028 0.021 0.036 0.089 0.001 0.001 0.002 0.785 5 H 0.061 0.008 0.003 0.029 0.046 0.085 0.083 0.001 0.001 0.004 0.680 6 H 0.064 0.008 0.003 0.029 0.026 0.056 0.097 0.001 0.001 0.004 0.712 7 H 0.074 0.012 0.003 0.033 0.034 0.071 0.119 0.001 0.001 0.004 0.650 8 S 0.051 0.011 0.002 0.035 0.024 0.036 0.131 0.001 0.001 0.004 0.705 9 S 0.052 0.013 0.003 0.021 0.017 0.024 0.123 0.001 0.001 0.006 0.740 10 G 0.082 0.014 0.005 0.016 0.016 0.026 0.252 0.001 0.001 0.017 0.571 11 R 0.285 0.024 0.014 0.020 0.023 0.031 0.222 0.002 0.001 0.014 0.366 12 E 0.024 0.020 0.002 0.019 0.016 0.024 0.132 0.001 0.001 0.002 0.761 13 N 0.046 0.026 0.004 0.026 0.048 0.079 0.165 0.001 0.001 0.006 0.599 14 L 0.203 0.070 0.007 0.042 0.044 0.076 0.102 0.003 0.001 0.009 0.445 15 Y 0.054 0.087 0.006 0.047 0.070 0.096 0.218 0.003 0.001 0.005 0.414 16 F 0.068 0.077 0.008 0.040 0.055 0.087 0.124 0.003 0.001 0.007 0.530 17 Q 0.117 0.117 0.008 0.049 0.071 0.132 0.100 0.004 0.001 0.013 0.389 18 G 0.135 0.062 0.007 0.033 0.052 0.076 0.136 0.004 0.001 0.010 0.485 19 M 0.226 0.076 0.020 0.034 0.057 0.092 0.092 0.005 0.001 0.007 0.392 20 W 0.058 0.047 0.008 0.061 0.079 0.125 0.099 0.005 0.001 0.004 0.515 21 D 0.077 0.050 0.009 0.035 0.090 0.137 0.089 0.006 0.001 0.007 0.499 22 E 0.092 0.057 0.014 0.041 0.062 0.095 0.161 0.005 0.001 0.020 0.451 23 T 0.097 0.028 0.012 0.017 0.026 0.036 0.217 0.002 0.001 0.025 0.539 24 E 0.099 0.021 0.011 0.014 0.017 0.027 0.426 0.001 0.001 0.025 0.359 25 L 0.147 0.045 0.015 0.027 0.033 0.034 0.314 0.001 0.001 0.019 0.365 26 G 0.091 0.094 0.010 0.035 0.160 0.164 0.164 0.003 0.001 0.008 0.272 27 L 0.037 0.110 0.016 0.082 0.133 0.189 0.091 0.002 0.001 0.004 0.336 28 Y 0.010 0.059 0.002 0.086 0.264 0.429 0.037 0.001 0.001 0.001 0.111 29 K 0.009 0.040 0.002 0.056 0.221 0.280 0.046 0.001 0.001 0.001 0.345 30 V 0.019 0.092 0.003 0.099 0.169 0.393 0.023 0.002 0.001 0.002 0.199 31 N 0.058 0.081 0.004 0.120 0.084 0.263 0.065 0.002 0.001 0.004 0.318 32 E 0.185 0.068 0.006 0.102 0.063 0.091 0.100 0.004 0.001 0.005 0.375 33 Y 0.377 0.091 0.022 0.067 0.036 0.059 0.061 0.006 0.001 0.006 0.277 34 V 0.192 0.128 0.012 0.139 0.097 0.141 0.057 0.010 0.001 0.004 0.220 35 D 0.100 0.067 0.009 0.093 0.095 0.151 0.086 0.011 0.001 0.004 0.384 36 A 0.085 0.070 0.018 0.153 0.047 0.132 0.077 0.006 0.001 0.004 0.409 37 R 0.018 0.034 0.003 0.075 0.033 0.064 0.374 0.003 0.001 0.007 0.390 38 D 0.223 0.027 0.014 0.029 0.028 0.049 0.149 0.007 0.001 0.025 0.448 39 T 0.200 0.101 0.032 0.105 0.031 0.063 0.108 0.008 0.001 0.013 0.340 40 N 0.042 0.050 0.010 0.050 0.027 0.035 0.315 0.005 0.001 0.008 0.457 41 M 0.155 0.083 0.022 0.035 0.022 0.028 0.148 0.004 0.001 0.024 0.479 42 G 0.093 0.035 0.009 0.042 0.047 0.082 0.226 0.003 0.001 0.038 0.425 43 A 0.292 0.033 0.047 0.027 0.076 0.062 0.148 0.002 0.001 0.012 0.300 44 W 0.025 0.042 0.007 0.078 0.092 0.152 0.098 0.001 0.001 0.002 0.502 45 F 0.012 0.016 0.003 0.044 0.368 0.419 0.023 0.001 0.001 0.001 0.113 46 E 0.007 0.024 0.002 0.074 0.249 0.442 0.027 0.001 0.001 0.001 0.175 47 A 0.004 0.009 0.001 0.033 0.349 0.512 0.012 0.001 0.001 0.001 0.079 48 Q 0.010 0.012 0.001 0.040 0.409 0.441 0.017 0.001 0.001 0.001 0.068 49 V 0.005 0.013 0.001 0.024 0.293 0.560 0.011 0.001 0.001 0.001 0.091 50 V 0.003 0.007 0.001 0.024 0.358 0.553 0.011 0.001 0.001 0.001 0.043 51 R 0.004 0.006 0.001 0.028 0.320 0.460 0.018 0.001 0.001 0.001 0.162 52 V 0.006 0.010 0.002 0.025 0.341 0.425 0.022 0.001 0.001 0.001 0.167 53 T 0.006 0.009 0.002 0.052 0.274 0.395 0.053 0.001 0.001 0.002 0.205 54 R 0.013 0.008 0.004 0.035 0.120 0.220 0.058 0.001 0.001 0.005 0.536 55 K 0.014 0.007 0.004 0.047 0.050 0.137 0.167 0.001 0.001 0.009 0.563 56 A 0.076 0.004 0.003 0.019 0.043 0.054 0.118 0.001 0.001 0.011 0.671 57 P 0.005 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.009 0.001 0.001 0.001 0.975 58 S 0.020 0.002 0.002 0.021 0.027 0.056 0.169 0.001 0.001 0.003 0.698 59 R 0.201 0.008 0.002 0.012 0.015 0.019 0.091 0.001 0.001 0.015 0.636 60 D 0.067 0.008 0.004 0.014 0.010 0.020 0.130 0.001 0.001 0.009 0.737 61 E 0.180 0.005 0.007 0.020 0.050 0.042 0.179 0.001 0.001 0.008 0.508 62 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.989 63 C 0.014 0.003 0.001 0.031 0.061 0.178 0.068 0.001 0.001 0.001 0.644 64 S 0.073 0.009 0.001 0.034 0.036 0.068 0.123 0.001 0.001 0.006 0.649 65 S 0.089 0.019 0.002 0.029 0.037 0.048 0.101 0.001 0.001 0.006 0.668 66 T 0.105 0.013 0.008 0.026 0.026 0.044 0.156 0.001 0.001 0.017 0.603 67 S 0.102 0.007 0.008 0.015 0.010 0.020 0.248 0.001 0.001 0.022 0.566 68 R 0.146 0.011 0.007 0.017 0.037 0.028 0.272 0.001 0.001 0.010 0.470 69 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.990 70 A 0.014 0.007 0.003 0.025 0.069 0.149 0.162 0.001 0.001 0.002 0.568 71 L 0.098 0.017 0.002 0.014 0.030 0.051 0.111 0.001 0.001 0.011 0.665 72 E 0.165 0.066 0.010 0.024 0.088 0.176 0.082 0.002 0.001 0.014 0.374 73 E 0.140 0.027 0.008 0.027 0.069 0.113 0.113 0.001 0.001 0.014 0.487 74 D 0.163 0.012 0.003 0.032 0.078 0.090 0.107 0.001 0.001 0.006 0.506 75 V 0.166 0.017 0.010 0.070 0.283 0.257 0.034 0.001 0.001 0.002 0.160 76 I 0.004 0.005 0.002 0.093 0.320 0.445 0.031 0.001 0.001 0.001 0.099 77 Y 0.001 0.001 0.001 0.032 0.482 0.458 0.005 0.001 0.001 0.001 0.021 78 H 0.001 0.001 0.001 0.088 0.339 0.456 0.010 0.001 0.001 0.001 0.103 79 V 0.001 0.001 0.001 0.083 0.414 0.448 0.008 0.001 0.001 0.001 0.044 80 K 0.001 0.001 0.001 0.045 0.362 0.415 0.017 0.001 0.001 0.001 0.161 81 Y 0.001 0.001 0.001 0.055 0.210 0.475 0.029 0.001 0.001 0.001 0.228 82 D 0.008 0.001 0.001 0.066 0.107 0.283 0.082 0.001 0.001 0.009 0.442 83 D 0.019 0.001 0.001 0.027 0.011 0.030 0.128 0.001 0.001 0.013 0.771 84 Y 0.275 0.004 0.006 0.019 0.091 0.041 0.194 0.001 0.001 0.024 0.346 85 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 86 E 0.011 0.001 0.001 0.022 0.056 0.195 0.201 0.001 0.001 0.002 0.510 87 N 0.101 0.003 0.001 0.011 0.016 0.022 0.137 0.001 0.001 0.019 0.691 88 G 0.377 0.010 0.003 0.016 0.167 0.142 0.049 0.001 0.001 0.013 0.223 89 V 0.111 0.014 0.024 0.059 0.105 0.130 0.137 0.001 0.001 0.008 0.411 90 V 0.009 0.006 0.001 0.058 0.401 0.383 0.021 0.001 0.001 0.001 0.119 91 Q 0.004 0.003 0.001 0.043 0.237 0.405 0.022 0.001 0.001 0.001 0.284 92 M 0.008 0.005 0.001 0.112 0.250 0.466 0.020 0.001 0.001 0.002 0.136 93 N 0.009 0.004 0.001 0.066 0.137 0.208 0.146 0.001 0.001 0.002 0.427 94 S 0.025 0.004 0.003 0.051 0.067 0.142 0.058 0.001 0.001 0.005 0.644 95 R 0.036 0.010 0.002 0.044 0.070 0.118 0.243 0.001 0.001 0.016 0.461 96 D 0.129 0.007 0.002 0.011 0.018 0.029 0.308 0.001 0.001 0.015 0.479 97 V 0.269 0.089 0.020 0.042 0.045 0.071 0.153 0.003 0.001 0.011 0.298 98 R 0.028 0.103 0.008 0.025 0.104 0.127 0.317 0.002 0.001 0.004 0.282 99 A 0.004 0.015 0.001 0.005 0.008 0.015 0.025 0.001 0.001 0.001 0.927 100 R 0.036 0.097 0.004 0.022 0.068 0.169 0.172 0.002 0.001 0.005 0.425 101 A 0.229 0.293 0.008 0.016 0.035 0.048 0.148 0.004 0.001 0.007 0.213 102 R 0.044 0.638 0.012 0.016 0.036 0.057 0.043 0.005 0.001 0.002 0.148 103 T 0.039 0.531 0.014 0.025 0.091 0.089 0.044 0.009 0.001 0.002 0.157 104 I 0.059 0.480 0.007 0.019 0.037 0.071 0.020 0.008 0.001 0.001 0.299 105 I 0.039 0.336 0.011 0.081 0.144 0.171 0.035 0.014 0.001 0.001 0.167 106 K 0.036 0.194 0.014 0.034 0.120 0.175 0.041 0.014 0.001 0.002 0.372 107 W 0.046 0.227 0.034 0.056 0.087 0.180 0.035 0.011 0.001 0.003 0.321 108 Q 0.080 0.131 0.013 0.033 0.078 0.141 0.073 0.009 0.001 0.006 0.436 109 D 0.144 0.031 0.007 0.015 0.017 0.040 0.084 0.006 0.001 0.008 0.648 110 L 0.554 0.048 0.041 0.049 0.045 0.068 0.041 0.008 0.001 0.008 0.138 111 E 0.055 0.031 0.012 0.054 0.086 0.074 0.202 0.006 0.001 0.003 0.476 112 V 0.047 0.023 0.028 0.077 0.120 0.142 0.067 0.003 0.001 0.007 0.485 113 G 0.027 0.005 0.007 0.146 0.166 0.363 0.080 0.001 0.001 0.014 0.192 114 Q 0.051 0.001 0.002 0.179 0.153 0.145 0.202 0.001 0.001 0.006 0.260 115 V 0.014 0.002 0.001 0.255 0.119 0.170 0.067 0.001 0.001 0.001 0.370 116 V 0.002 0.001 0.001 0.464 0.188 0.273 0.021 0.001 0.001 0.001 0.050 117 M 0.001 0.001 0.001 0.227 0.245 0.350 0.024 0.001 0.001 0.001 0.150 118 L 0.001 0.001 0.001 0.309 0.276 0.289 0.022 0.001 0.001 0.001 0.101 119 N 0.001 0.001 0.001 0.223 0.195 0.344 0.042 0.001 0.001 0.002 0.189 120 Y 0.005 0.003 0.002 0.101 0.163 0.258 0.122 0.001 0.001 0.005 0.341 121 N 0.005 0.001 0.002 0.076 0.156 0.144 0.267 0.001 0.001 0.010 0.338 122 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.987 123 D 0.003 0.001 0.001 0.019 0.005 0.016 0.519 0.001 0.001 0.006 0.430 124 N 0.222 0.003 0.002 0.007 0.018 0.008 0.169 0.001 0.001 0.063 0.508 125 P 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.991 126 K 0.006 0.003 0.002 0.014 0.030 0.096 0.405 0.001 0.001 0.006 0.439 127 E 0.409 0.011 0.001 0.009 0.023 0.024 0.103 0.001 0.001 0.026 0.393 128 R 0.179 0.200 0.008 0.035 0.072 0.055 0.088 0.003 0.001 0.012 0.348 129 G 0.128 0.037 0.011 0.043 0.126 0.198 0.090 0.004 0.001 0.008 0.355 130 F 0.084 0.047 0.037 0.132 0.171 0.163 0.077 0.003 0.001 0.005 0.283 131 W 0.007 0.006 0.002 0.081 0.294 0.397 0.017 0.001 0.001 0.001 0.196 132 Y 0.003 0.004 0.001 0.074 0.426 0.336 0.028 0.001 0.001 0.001 0.128 133 D 0.012 0.010 0.004 0.088 0.247 0.363 0.039 0.001 0.001 0.004 0.232 134 A 0.011 0.013 0.003 0.110 0.211 0.391 0.078 0.001 0.001 0.005 0.177 135 E 0.010 0.008 0.002 0.075 0.105 0.205 0.361 0.001 0.001 0.004 0.230 136 I 0.031 0.028 0.004 0.096 0.186 0.248 0.137 0.001 0.001 0.008 0.260 137 S 0.016 0.063 0.005 0.045 0.265 0.298 0.105 0.001 0.001 0.004 0.197 138 R 0.016 0.057 0.004 0.029 0.128 0.185 0.073 0.002 0.001 0.003 0.504 139 K 0.053 0.073 0.003 0.022 0.120 0.255 0.068 0.003 0.001 0.005 0.399 140 R 0.095 0.056 0.005 0.018 0.081 0.140 0.139 0.004 0.001 0.007 0.455 141 E 0.116 0.095 0.009 0.009 0.040 0.059 0.120 0.005 0.001 0.006 0.540 142 T 0.093 0.082 0.021 0.015 0.050 0.097 0.107 0.006 0.001 0.008 0.521 143 R 0.148 0.111 0.022 0.014 0.046 0.067 0.085 0.006 0.001 0.008 0.491 144 T 0.052 0.100 0.008 0.009 0.028 0.036 0.224 0.003 0.001 0.005 0.535 145 A 0.116 0.088 0.010 0.012 0.039 0.072 0.086 0.003 0.001 0.008 0.565 146 R 0.079 0.201 0.013 0.015 0.071 0.126 0.157 0.003 0.001 0.010 0.323 147 E 0.133 0.131 0.008 0.026 0.060 0.078 0.148 0.004 0.001 0.005 0.407 148 L 0.126 0.236 0.017 0.054 0.156 0.172 0.038 0.006 0.001 0.002 0.193 149 Y 0.022 0.109 0.008 0.108 0.281 0.343 0.031 0.003 0.001 0.001 0.093 150 A 0.007 0.030 0.004 0.124 0.336 0.412 0.013 0.002 0.001 0.001 0.070 151 N 0.008 0.015 0.003 0.153 0.325 0.394 0.015 0.001 0.001 0.001 0.087 152 V 0.011 0.012 0.002 0.217 0.215 0.363 0.016 0.001 0.001 0.001 0.164 153 V 0.007 0.006 0.003 0.302 0.183 0.367 0.023 0.001 0.001 0.001 0.108 154 L 0.007 0.006 0.005 0.315 0.122 0.273 0.066 0.001 0.001 0.003 0.202 155 G 0.025 0.006 0.005 0.176 0.088 0.177 0.112 0.001 0.001 0.007 0.403 156 D 0.016 0.001 0.001 0.039 0.007 0.018 0.073 0.001 0.001 0.002 0.842 157 D 0.049 0.001 0.001 0.017 0.006 0.011 0.114 0.001 0.001 0.004 0.796 158 S 0.085 0.001 0.001 0.013 0.005 0.008 0.295 0.001 0.001 0.005 0.585 159 L 0.198 0.015 0.005 0.024 0.024 0.043 0.121 0.001 0.001 0.008 0.561 160 N 0.069 0.026 0.005 0.026 0.061 0.120 0.238 0.002 0.001 0.010 0.443 161 D 0.172 0.017 0.005 0.034 0.032 0.044 0.126 0.002 0.001 0.011 0.557 162 C 0.158 0.033 0.018 0.085 0.086 0.122 0.073 0.002 0.001 0.008 0.417 163 R 0.034 0.021 0.005 0.182 0.224 0.221 0.153 0.001 0.001 0.004 0.154 164 I 0.016 0.023 0.005 0.280 0.130 0.236 0.049 0.001 0.001 0.003 0.258 165 I 0.009 0.025 0.003 0.457 0.167 0.226 0.039 0.001 0.001 0.001 0.072 166 F 0.006 0.030 0.002 0.284 0.108 0.162 0.070 0.001 0.001 0.001 0.337 167 V 0.005 0.029 0.001 0.290 0.106 0.357 0.024 0.001 0.001 0.001 0.185 168 D 0.016 0.032 0.001 0.167 0.045 0.202 0.089 0.001 0.001 0.005 0.442 169 E 0.131 0.073 0.003 0.084 0.021 0.029 0.219 0.002 0.001 0.005 0.433 170 V 0.272 0.300 0.011 0.024 0.022 0.041 0.045 0.005 0.001 0.003 0.276 171 F 0.069 0.329 0.015 0.056 0.127 0.174 0.031 0.009 0.001 0.002 0.189 172 K 0.048 0.207 0.009 0.040 0.116 0.136 0.030 0.021 0.001 0.002 0.390 173 I 0.081 0.163 0.031 0.067 0.149 0.189 0.018 0.024 0.001 0.003 0.275 174 E 0.044 0.067 0.040 0.078 0.123 0.204 0.043 0.014 0.001 0.003 0.385 175 R 0.014 0.012 0.009 0.038 0.170 0.116 0.057 0.003 0.001 0.002 0.580 176 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 177 G 0.025 0.002 0.002 0.041 0.036 0.165 0.088 0.001 0.001 0.003 0.638 178 E 0.337 0.003 0.002 0.011 0.007 0.012 0.062 0.001 0.001 0.010 0.556