# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.69522 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.037 0.012 0.014 0.020 0.039 0.042 0.007 0.831 2 H 0.016 0.003 0.006 0.008 0.020 0.037 0.003 0.907 3 H 0.048 0.005 0.013 0.020 0.039 0.085 0.005 0.786 4 H 0.053 0.007 0.012 0.019 0.033 0.067 0.004 0.804 5 H 0.074 0.011 0.014 0.024 0.044 0.105 0.005 0.722 6 H 0.081 0.011 0.014 0.019 0.039 0.094 0.006 0.734 7 H 0.079 0.018 0.018 0.023 0.044 0.132 0.009 0.676 8 S 0.072 0.020 0.013 0.015 0.021 0.186 0.011 0.661 9 S 0.077 0.019 0.012 0.009 0.013 0.169 0.015 0.686 10 G 0.197 0.022 0.014 0.008 0.013 0.257 0.037 0.451 11 R 0.238 0.034 0.025 0.020 0.022 0.260 0.019 0.383 12 E 0.028 0.031 0.017 0.014 0.023 0.124 0.005 0.759 13 N 0.072 0.057 0.026 0.031 0.070 0.184 0.011 0.548 14 L 0.213 0.082 0.039 0.027 0.047 0.090 0.013 0.490 15 Y 0.072 0.135 0.035 0.047 0.062 0.228 0.013 0.407 16 F 0.097 0.130 0.028 0.032 0.059 0.167 0.015 0.473 17 Q 0.124 0.188 0.051 0.037 0.064 0.081 0.024 0.431 18 G 0.132 0.115 0.044 0.040 0.052 0.119 0.030 0.468 19 M 0.181 0.094 0.040 0.055 0.061 0.102 0.025 0.442 20 W 0.093 0.111 0.052 0.111 0.142 0.104 0.013 0.375 21 D 0.048 0.057 0.024 0.077 0.122 0.082 0.010 0.579 22 E 0.082 0.061 0.034 0.061 0.099 0.142 0.015 0.507 23 T 0.067 0.043 0.020 0.027 0.032 0.261 0.016 0.533 24 E 0.138 0.044 0.022 0.027 0.031 0.200 0.040 0.499 25 L 0.210 0.059 0.070 0.044 0.049 0.138 0.057 0.373 26 G 0.155 0.044 0.120 0.108 0.121 0.160 0.026 0.266 27 L 0.039 0.024 0.119 0.139 0.206 0.046 0.005 0.422 28 Y 0.014 0.012 0.088 0.361 0.365 0.039 0.002 0.119 29 K 0.013 0.008 0.045 0.151 0.277 0.044 0.002 0.460 30 V 0.012 0.017 0.061 0.240 0.472 0.038 0.002 0.158 31 N 0.019 0.026 0.059 0.176 0.312 0.071 0.006 0.332 32 E 0.071 0.029 0.044 0.072 0.141 0.110 0.012 0.522 33 Y 0.095 0.040 0.072 0.069 0.187 0.075 0.021 0.440 34 V 0.088 0.037 0.128 0.203 0.239 0.103 0.008 0.193 35 D 0.026 0.038 0.082 0.193 0.188 0.078 0.005 0.389 36 A 0.038 0.057 0.132 0.144 0.252 0.057 0.005 0.317 37 R 0.020 0.048 0.030 0.041 0.071 0.505 0.008 0.277 38 D 0.165 0.072 0.029 0.051 0.071 0.238 0.037 0.339 39 T 0.173 0.132 0.086 0.022 0.032 0.086 0.032 0.437 40 N 0.034 0.057 0.028 0.017 0.016 0.599 0.014 0.236 41 M 0.189 0.115 0.048 0.023 0.042 0.113 0.050 0.421 42 G 0.147 0.133 0.067 0.021 0.050 0.144 0.046 0.392 43 A 0.157 0.069 0.152 0.153 0.084 0.135 0.010 0.240 44 W 0.028 0.103 0.076 0.068 0.106 0.071 0.007 0.541 45 F 0.027 0.073 0.030 0.246 0.436 0.041 0.004 0.144 46 E 0.034 0.196 0.055 0.107 0.220 0.043 0.006 0.337 47 A 0.048 0.200 0.040 0.169 0.216 0.040 0.014 0.273 48 Q 0.096 0.157 0.051 0.133 0.224 0.046 0.019 0.275 49 V 0.042 0.163 0.077 0.173 0.290 0.015 0.009 0.229 50 V 0.007 0.040 0.089 0.319 0.481 0.008 0.002 0.054 51 R 0.022 0.037 0.084 0.131 0.231 0.017 0.004 0.475 52 V 0.015 0.023 0.086 0.201 0.333 0.013 0.003 0.326 53 T 0.025 0.032 0.089 0.239 0.364 0.054 0.006 0.191 54 R 0.035 0.014 0.059 0.196 0.266 0.030 0.006 0.394 55 K 0.030 0.017 0.048 0.079 0.239 0.125 0.011 0.451 56 A 0.079 0.007 0.015 0.034 0.061 0.188 0.014 0.603 57 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 58 S 0.032 0.004 0.013 0.018 0.031 0.279 0.009 0.614 59 R 0.375 0.003 0.007 0.013 0.013 0.057 0.012 0.520 60 D 0.165 0.017 0.019 0.022 0.062 0.122 0.018 0.576 61 E 0.263 0.008 0.033 0.048 0.054 0.202 0.011 0.383 62 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 63 C 0.017 0.004 0.020 0.065 0.175 0.099 0.002 0.618 64 S 0.113 0.009 0.018 0.054 0.069 0.149 0.005 0.584 65 S 0.151 0.014 0.014 0.025 0.035 0.107 0.012 0.644 66 T 0.158 0.010 0.023 0.016 0.022 0.157 0.019 0.595 67 S 0.137 0.010 0.019 0.011 0.018 0.326 0.022 0.457 68 R 0.172 0.014 0.020 0.019 0.024 0.264 0.013 0.473 69 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 70 A 0.024 0.010 0.014 0.029 0.075 0.294 0.003 0.550 71 L 0.229 0.045 0.015 0.026 0.056 0.143 0.007 0.479 72 E 0.139 0.135 0.014 0.027 0.060 0.103 0.015 0.508 73 E 0.219 0.117 0.034 0.048 0.058 0.075 0.032 0.417 74 D 0.251 0.056 0.061 0.041 0.051 0.049 0.043 0.446 75 V 0.061 0.036 0.164 0.354 0.238 0.021 0.008 0.118 76 I 0.011 0.018 0.201 0.306 0.341 0.026 0.004 0.094 77 Y 0.008 0.004 0.127 0.394 0.405 0.008 0.001 0.054 78 H 0.003 0.002 0.239 0.170 0.399 0.008 0.001 0.179 79 V 0.002 0.001 0.202 0.329 0.391 0.011 0.001 0.063 80 K 0.002 0.001 0.135 0.224 0.428 0.021 0.001 0.190 81 Y 0.003 0.001 0.062 0.171 0.364 0.025 0.001 0.374 82 D 0.011 0.001 0.054 0.199 0.328 0.116 0.004 0.287 83 D 0.049 0.001 0.021 0.053 0.115 0.154 0.008 0.598 84 Y 0.069 0.002 0.025 0.045 0.078 0.309 0.012 0.460 85 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.991 86 E 0.024 0.004 0.013 0.020 0.044 0.371 0.007 0.517 87 N 0.338 0.010 0.019 0.017 0.028 0.124 0.058 0.405 88 G 0.629 0.009 0.026 0.040 0.063 0.049 0.060 0.123 89 V 0.084 0.012 0.186 0.156 0.144 0.127 0.008 0.284 90 V 0.004 0.002 0.039 0.450 0.400 0.019 0.001 0.085 91 Q 0.007 0.003 0.036 0.190 0.433 0.026 0.001 0.305 92 M 0.006 0.003 0.045 0.306 0.437 0.032 0.001 0.169 93 N 0.008 0.006 0.043 0.162 0.324 0.081 0.003 0.372 94 S 0.023 0.008 0.026 0.062 0.127 0.067 0.004 0.684 95 R 0.032 0.010 0.017 0.042 0.078 0.256 0.009 0.557 96 D 0.079 0.011 0.009 0.015 0.027 0.415 0.008 0.436 97 V 0.123 0.082 0.040 0.068 0.122 0.119 0.011 0.435 98 R 0.032 0.220 0.053 0.087 0.182 0.119 0.004 0.303 99 A 0.023 0.123 0.014 0.025 0.054 0.097 0.003 0.659 100 R 0.052 0.401 0.032 0.039 0.123 0.051 0.010 0.291 101 A 0.114 0.503 0.054 0.051 0.089 0.019 0.015 0.156 102 R 0.031 0.530 0.060 0.093 0.097 0.020 0.013 0.156 103 T 0.084 0.383 0.068 0.069 0.117 0.038 0.019 0.220 104 I 0.083 0.290 0.108 0.076 0.113 0.014 0.017 0.297 105 I 0.041 0.186 0.176 0.207 0.214 0.038 0.011 0.127 106 K 0.039 0.087 0.097 0.139 0.135 0.063 0.011 0.430 107 W 0.038 0.094 0.116 0.106 0.171 0.045 0.012 0.417 108 Q 0.048 0.048 0.053 0.060 0.078 0.231 0.022 0.461 109 D 0.166 0.021 0.023 0.023 0.028 0.135 0.032 0.573 110 L 0.224 0.051 0.108 0.087 0.091 0.055 0.030 0.354 111 E 0.068 0.018 0.061 0.110 0.086 0.322 0.008 0.328 112 V 0.013 0.006 0.030 0.043 0.078 0.015 0.002 0.812 113 G 0.024 0.010 0.119 0.155 0.366 0.070 0.005 0.250 114 Q 0.076 0.004 0.099 0.187 0.158 0.183 0.004 0.289 115 V 0.015 0.004 0.175 0.133 0.275 0.014 0.002 0.381 116 V 0.006 0.002 0.295 0.303 0.328 0.021 0.001 0.044 117 M 0.002 0.001 0.371 0.193 0.260 0.008 0.001 0.165 118 L 0.002 0.001 0.466 0.132 0.311 0.014 0.001 0.074 119 N 0.004 0.001 0.174 0.159 0.306 0.029 0.001 0.326 120 Y 0.014 0.002 0.203 0.125 0.254 0.134 0.004 0.264 121 N 0.031 0.002 0.066 0.082 0.097 0.314 0.010 0.399 122 P 0.008 0.001 0.005 0.003 0.006 0.017 0.002 0.958 123 D 0.024 0.003 0.010 0.008 0.015 0.562 0.010 0.368 124 N 0.388 0.003 0.004 0.005 0.008 0.271 0.022 0.298 125 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.994 126 K 0.014 0.009 0.012 0.020 0.045 0.329 0.003 0.567 127 E 0.311 0.025 0.015 0.017 0.023 0.261 0.008 0.339 128 R 0.242 0.217 0.057 0.033 0.079 0.053 0.026 0.294 129 G 0.193 0.078 0.139 0.037 0.088 0.047 0.036 0.381 130 F 0.103 0.042 0.318 0.138 0.094 0.067 0.007 0.230 131 W 0.014 0.029 0.123 0.170 0.242 0.033 0.006 0.383 132 Y 0.023 0.022 0.115 0.244 0.369 0.050 0.004 0.172 133 D 0.018 0.032 0.106 0.152 0.226 0.096 0.005 0.366 134 A 0.028 0.033 0.070 0.307 0.348 0.049 0.005 0.160 135 E 0.025 0.057 0.045 0.218 0.283 0.161 0.005 0.206 136 I 0.037 0.092 0.037 0.218 0.366 0.043 0.006 0.201 137 S 0.022 0.181 0.066 0.168 0.386 0.034 0.006 0.136 138 R 0.035 0.121 0.037 0.116 0.237 0.042 0.010 0.401 139 K 0.045 0.094 0.021 0.060 0.135 0.076 0.012 0.557 140 R 0.087 0.101 0.016 0.036 0.057 0.151 0.022 0.531 141 E 0.145 0.170 0.027 0.029 0.045 0.130 0.029 0.424 142 T 0.121 0.231 0.032 0.026 0.037 0.111 0.020 0.422 143 R 0.101 0.215 0.040 0.039 0.055 0.056 0.011 0.484 144 T 0.066 0.189 0.014 0.019 0.033 0.265 0.010 0.404 145 A 0.088 0.368 0.017 0.024 0.045 0.074 0.013 0.370 146 R 0.051 0.432 0.023 0.023 0.037 0.079 0.011 0.345 147 E 0.061 0.274 0.015 0.015 0.016 0.262 0.012 0.344 148 L 0.113 0.611 0.047 0.047 0.055 0.016 0.013 0.098 149 Y 0.030 0.624 0.100 0.051 0.075 0.017 0.008 0.096 150 A 0.032 0.286 0.142 0.187 0.200 0.016 0.007 0.129 151 N 0.030 0.233 0.290 0.101 0.206 0.014 0.013 0.114 152 V 0.049 0.090 0.301 0.171 0.193 0.017 0.011 0.168 153 V 0.013 0.055 0.486 0.140 0.171 0.026 0.007 0.103 154 L 0.016 0.023 0.505 0.134 0.153 0.041 0.007 0.122 155 G 0.020 0.014 0.258 0.118 0.208 0.084 0.010 0.287 156 D 0.020 0.005 0.093 0.041 0.057 0.104 0.008 0.671 157 D 0.038 0.004 0.046 0.054 0.068 0.136 0.013 0.641 158 S 0.176 0.005 0.018 0.025 0.033 0.309 0.022 0.412 159 L 0.101 0.029 0.059 0.104 0.118 0.143 0.015 0.431 160 N 0.036 0.011 0.016 0.028 0.039 0.444 0.007 0.419 161 D 0.068 0.009 0.015 0.015 0.018 0.495 0.010 0.370 162 C 0.339 0.031 0.101 0.064 0.090 0.080 0.040 0.255 163 R 0.039 0.024 0.136 0.184 0.135 0.255 0.007 0.221 164 I 0.015 0.015 0.148 0.164 0.250 0.037 0.003 0.368 165 I 0.015 0.014 0.257 0.244 0.354 0.034 0.001 0.081 166 F 0.006 0.010 0.096 0.147 0.250 0.046 0.001 0.443 167 V 0.008 0.022 0.113 0.198 0.455 0.041 0.002 0.162 168 D 0.012 0.027 0.036 0.101 0.198 0.076 0.004 0.547 169 E 0.064 0.064 0.031 0.078 0.131 0.265 0.016 0.352 170 V 0.199 0.209 0.046 0.057 0.138 0.055 0.030 0.266 171 F 0.031 0.144 0.052 0.319 0.336 0.022 0.006 0.090 172 K 0.038 0.131 0.063 0.207 0.275 0.029 0.008 0.247 173 I 0.034 0.096 0.077 0.246 0.347 0.006 0.004 0.190 174 E 0.012 0.117 0.086 0.196 0.402 0.022 0.007 0.157 175 R 0.030 0.029 0.048 0.103 0.167 0.033 0.005 0.585 176 P 0.001 0.001 0.003 0.002 0.008 0.001 0.001 0.986 177 G 0.051 0.010 0.038 0.082 0.173 0.103 0.011 0.532 178 E 0.160 0.007 0.021 0.030 0.035 0.081 0.007 0.659