# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.69522 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.215 0.206 0.234 0.124 0.097 0.033 0.037 0.013 0.025 0.013 0.002 2 H 0.219 0.153 0.224 0.177 0.054 0.066 0.059 0.013 0.024 0.008 0.003 3 H 0.233 0.257 0.208 0.148 0.062 0.033 0.023 0.005 0.026 0.004 0.001 4 H 0.252 0.169 0.212 0.205 0.045 0.046 0.034 0.007 0.020 0.006 0.003 5 H 0.260 0.203 0.162 0.181 0.074 0.030 0.045 0.010 0.028 0.006 0.002 6 H 0.253 0.218 0.212 0.142 0.055 0.039 0.036 0.007 0.030 0.006 0.003 7 H 0.246 0.177 0.280 0.130 0.053 0.031 0.036 0.009 0.026 0.009 0.004 8 S 0.398 0.160 0.212 0.086 0.037 0.022 0.026 0.009 0.034 0.013 0.004 9 S 0.312 0.119 0.224 0.229 0.019 0.013 0.059 0.003 0.015 0.003 0.005 10 G 0.055 0.018 0.066 0.039 0.081 0.013 0.120 0.459 0.006 0.140 0.002 11 R 0.130 0.216 0.490 0.048 0.045 0.022 0.011 0.003 0.028 0.006 0.002 12 E 0.417 0.093 0.359 0.073 0.012 0.022 0.006 0.001 0.007 0.003 0.007 13 N 0.298 0.133 0.169 0.167 0.083 0.062 0.034 0.023 0.021 0.009 0.002 14 L 0.441 0.176 0.206 0.101 0.031 0.021 0.006 0.001 0.015 0.001 0.001 15 Y 0.397 0.216 0.190 0.121 0.024 0.022 0.011 0.002 0.015 0.002 0.001 16 F 0.375 0.156 0.139 0.184 0.053 0.034 0.023 0.007 0.024 0.005 0.002 17 Q 0.312 0.160 0.186 0.204 0.043 0.014 0.052 0.005 0.019 0.003 0.002 18 G 0.224 0.070 0.145 0.077 0.129 0.026 0.110 0.150 0.012 0.055 0.003 19 M 0.183 0.286 0.291 0.132 0.044 0.028 0.010 0.002 0.021 0.001 0.001 20 W 0.249 0.298 0.270 0.095 0.032 0.024 0.008 0.001 0.020 0.002 0.002 21 D 0.364 0.169 0.194 0.139 0.035 0.043 0.025 0.005 0.018 0.005 0.002 22 E 0.354 0.167 0.236 0.090 0.037 0.042 0.027 0.004 0.038 0.004 0.002 23 T 0.650 0.051 0.150 0.104 0.014 0.008 0.011 0.002 0.006 0.002 0.002 24 E 0.458 0.105 0.124 0.190 0.023 0.034 0.032 0.009 0.020 0.004 0.001 25 L 0.244 0.141 0.206 0.309 0.026 0.011 0.042 0.002 0.018 0.001 0.001 26 G 0.175 0.059 0.125 0.034 0.201 0.016 0.084 0.187 0.013 0.103 0.002 27 L 0.181 0.347 0.320 0.067 0.016 0.043 0.014 0.001 0.011 0.001 0.001 28 Y 0.085 0.518 0.224 0.024 0.097 0.031 0.008 0.001 0.010 0.001 0.001 29 K 0.043 0.481 0.261 0.008 0.030 0.132 0.006 0.001 0.037 0.001 0.001 30 V 0.173 0.352 0.313 0.035 0.012 0.090 0.004 0.001 0.019 0.001 0.001 31 N 0.382 0.126 0.152 0.118 0.081 0.051 0.028 0.019 0.018 0.023 0.003 32 E 0.482 0.221 0.094 0.086 0.081 0.007 0.011 0.001 0.015 0.001 0.001 33 Y 0.230 0.217 0.138 0.290 0.035 0.052 0.026 0.002 0.008 0.001 0.001 34 V 0.075 0.647 0.138 0.043 0.045 0.013 0.005 0.001 0.034 0.001 0.001 35 D 0.058 0.188 0.475 0.044 0.043 0.102 0.035 0.002 0.045 0.005 0.002 36 A 0.370 0.146 0.229 0.095 0.072 0.046 0.010 0.007 0.015 0.008 0.003 37 R 0.350 0.314 0.145 0.092 0.045 0.019 0.013 0.002 0.018 0.002 0.001 38 D 0.221 0.166 0.210 0.125 0.080 0.093 0.050 0.009 0.038 0.005 0.002 39 T 0.356 0.148 0.153 0.249 0.040 0.015 0.017 0.003 0.015 0.003 0.001 40 N 0.182 0.120 0.177 0.216 0.055 0.074 0.092 0.027 0.036 0.019 0.002 41 M 0.204 0.143 0.210 0.323 0.022 0.013 0.060 0.002 0.020 0.001 0.001 42 G 0.071 0.044 0.073 0.044 0.203 0.009 0.137 0.277 0.007 0.132 0.001 43 A 0.102 0.362 0.340 0.037 0.108 0.024 0.009 0.003 0.012 0.002 0.001 44 W 0.136 0.522 0.172 0.042 0.064 0.030 0.011 0.001 0.020 0.001 0.001 45 F 0.076 0.569 0.164 0.011 0.139 0.014 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 46 E 0.227 0.495 0.104 0.061 0.020 0.048 0.024 0.001 0.019 0.001 0.001 47 A 0.029 0.540 0.124 0.010 0.273 0.007 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 48 Q 0.157 0.503 0.170 0.011 0.013 0.094 0.026 0.001 0.026 0.001 0.001 49 V 0.070 0.539 0.267 0.010 0.013 0.081 0.007 0.001 0.012 0.001 0.001 50 V 0.217 0.545 0.113 0.045 0.027 0.036 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 51 R 0.079 0.378 0.244 0.037 0.144 0.065 0.020 0.001 0.030 0.001 0.001 52 V 0.084 0.589 0.162 0.021 0.022 0.093 0.006 0.001 0.023 0.001 0.001 53 T 0.145 0.359 0.256 0.094 0.055 0.039 0.009 0.001 0.038 0.002 0.001 54 R 0.218 0.242 0.289 0.070 0.071 0.033 0.021 0.003 0.041 0.007 0.005 55 K 0.226 0.190 0.278 0.152 0.033 0.052 0.032 0.004 0.023 0.003 0.007 56 A 0.044 0.170 0.452 0.010 0.084 0.019 0.011 0.002 0.192 0.017 0.001 57 P 0.422 0.004 0.486 0.020 0.002 0.010 0.001 0.001 0.002 0.004 0.050 58 S 0.322 0.112 0.173 0.223 0.039 0.021 0.042 0.034 0.025 0.007 0.002 59 R 0.299 0.104 0.239 0.194 0.050 0.018 0.041 0.020 0.017 0.013 0.006 60 D 0.149 0.108 0.173 0.380 0.031 0.045 0.069 0.022 0.015 0.004 0.006 61 E 0.011 0.354 0.360 0.004 0.098 0.009 0.004 0.001 0.156 0.003 0.001 62 P 0.128 0.007 0.746 0.009 0.002 0.037 0.001 0.001 0.002 0.002 0.066 63 C 0.252 0.219 0.290 0.111 0.049 0.027 0.013 0.008 0.026 0.003 0.001 64 S 0.351 0.132 0.254 0.106 0.047 0.031 0.022 0.016 0.020 0.017 0.005 65 S 0.274 0.119 0.127 0.313 0.058 0.026 0.036 0.017 0.019 0.008 0.003 66 T 0.223 0.150 0.164 0.257 0.065 0.024 0.068 0.017 0.018 0.009 0.004 67 S 0.133 0.149 0.197 0.334 0.044 0.037 0.065 0.014 0.020 0.004 0.004 68 R 0.020 0.303 0.442 0.011 0.067 0.014 0.012 0.001 0.126 0.004 0.001 69 P 0.183 0.011 0.724 0.015 0.004 0.022 0.002 0.001 0.003 0.004 0.033 70 A 0.305 0.185 0.343 0.066 0.030 0.024 0.014 0.005 0.024 0.002 0.002 71 L 0.334 0.152 0.393 0.051 0.015 0.024 0.010 0.001 0.017 0.002 0.002 72 E 0.392 0.198 0.210 0.123 0.015 0.025 0.021 0.002 0.012 0.001 0.002 73 E 0.257 0.285 0.262 0.118 0.034 0.015 0.015 0.002 0.010 0.001 0.001 74 D 0.088 0.242 0.205 0.286 0.045 0.064 0.053 0.005 0.012 0.001 0.001 75 V 0.012 0.655 0.230 0.023 0.047 0.019 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 76 I 0.023 0.729 0.162 0.020 0.038 0.017 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 77 Y 0.001 0.760 0.060 0.004 0.158 0.005 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 78 H 0.001 0.837 0.066 0.001 0.061 0.020 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 79 V 0.002 0.802 0.127 0.001 0.015 0.042 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 80 K 0.014 0.521 0.290 0.004 0.034 0.104 0.002 0.001 0.029 0.001 0.001 81 Y 0.066 0.289 0.412 0.043 0.065 0.071 0.007 0.001 0.039 0.005 0.004 82 D 0.304 0.189 0.183 0.124 0.057 0.045 0.046 0.009 0.023 0.011 0.007 83 D 0.146 0.080 0.078 0.572 0.041 0.026 0.035 0.006 0.012 0.002 0.002 84 Y 0.018 0.229 0.346 0.009 0.063 0.021 0.013 0.001 0.296 0.005 0.001 85 P 0.172 0.005 0.740 0.009 0.003 0.014 0.001 0.001 0.003 0.005 0.047 86 E 0.766 0.037 0.087 0.085 0.003 0.006 0.005 0.003 0.005 0.001 0.002 87 N 0.035 0.015 0.028 0.812 0.012 0.005 0.081 0.007 0.004 0.001 0.001 88 G 0.011 0.014 0.040 0.009 0.107 0.004 0.141 0.588 0.004 0.082 0.001 89 V 0.035 0.464 0.418 0.029 0.013 0.028 0.005 0.001 0.007 0.001 0.001 90 V 0.021 0.708 0.187 0.019 0.036 0.019 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 91 Q 0.012 0.634 0.182 0.011 0.086 0.048 0.004 0.001 0.022 0.001 0.001 92 M 0.018 0.715 0.150 0.012 0.063 0.021 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 93 N 0.049 0.203 0.396 0.031 0.071 0.147 0.029 0.004 0.053 0.014 0.003 94 S 0.364 0.148 0.256 0.081 0.076 0.025 0.017 0.003 0.021 0.007 0.003 95 R 0.558 0.131 0.107 0.144 0.020 0.010 0.016 0.003 0.008 0.002 0.001 96 D 0.219 0.121 0.138 0.323 0.059 0.053 0.063 0.008 0.013 0.002 0.001 97 V 0.210 0.419 0.222 0.067 0.021 0.029 0.011 0.001 0.020 0.001 0.001 98 R 0.087 0.306 0.405 0.005 0.013 0.056 0.011 0.001 0.114 0.002 0.001 99 A 0.515 0.006 0.408 0.020 0.006 0.023 0.001 0.001 0.001 0.006 0.012 100 R 0.357 0.109 0.075 0.315 0.062 0.017 0.027 0.011 0.025 0.002 0.001 101 A 0.422 0.124 0.265 0.065 0.071 0.017 0.011 0.006 0.013 0.006 0.001 102 R 0.676 0.151 0.074 0.055 0.018 0.009 0.009 0.001 0.006 0.001 0.001 103 T 0.190 0.548 0.097 0.032 0.106 0.006 0.005 0.001 0.015 0.001 0.001 104 I 0.327 0.478 0.109 0.022 0.025 0.022 0.004 0.001 0.012 0.001 0.001 105 I 0.071 0.727 0.101 0.017 0.045 0.013 0.003 0.001 0.023 0.001 0.001 106 K 0.115 0.466 0.219 0.022 0.051 0.065 0.012 0.001 0.047 0.001 0.002 107 W 0.380 0.203 0.223 0.101 0.032 0.028 0.006 0.001 0.022 0.002 0.002 108 Q 0.405 0.070 0.048 0.401 0.016 0.010 0.037 0.002 0.009 0.001 0.001 109 D 0.071 0.054 0.044 0.238 0.026 0.027 0.508 0.019 0.010 0.001 0.001 110 L 0.021 0.447 0.349 0.037 0.072 0.021 0.036 0.003 0.013 0.001 0.001 111 E 0.010 0.200 0.575 0.009 0.008 0.167 0.005 0.001 0.023 0.001 0.001 112 V 0.050 0.363 0.414 0.082 0.005 0.054 0.012 0.001 0.019 0.001 0.001 113 G 0.021 0.027 0.039 0.016 0.251 0.017 0.071 0.395 0.004 0.158 0.001 114 Q 0.008 0.604 0.208 0.010 0.137 0.011 0.007 0.001 0.015 0.001 0.001 115 V 0.007 0.589 0.276 0.002 0.007 0.107 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 116 V 0.025 0.689 0.187 0.009 0.026 0.049 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 117 M 0.016 0.572 0.221 0.014 0.063 0.085 0.005 0.001 0.022 0.001 0.001 118 L 0.020 0.620 0.116 0.015 0.183 0.030 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 119 N 0.018 0.228 0.338 0.030 0.064 0.228 0.040 0.003 0.041 0.004 0.006 120 Y 0.094 0.339 0.248 0.121 0.099 0.047 0.008 0.003 0.034 0.005 0.003 121 N 0.012 0.157 0.330 0.007 0.035 0.035 0.015 0.001 0.400 0.009 0.001 122 P 0.743 0.002 0.193 0.025 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.027 123 D 0.313 0.038 0.066 0.537 0.007 0.010 0.017 0.005 0.005 0.001 0.001 124 N 0.033 0.154 0.310 0.015 0.062 0.011 0.020 0.001 0.390 0.004 0.001 125 P 0.433 0.003 0.494 0.012 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.045 126 K 0.530 0.103 0.177 0.097 0.021 0.014 0.027 0.019 0.008 0.003 0.001 127 E 0.232 0.289 0.261 0.127 0.023 0.031 0.008 0.001 0.026 0.001 0.001 128 R 0.136 0.278 0.224 0.264 0.034 0.013 0.024 0.002 0.022 0.001 0.001 129 G 0.050 0.051 0.081 0.028 0.243 0.021 0.088 0.284 0.008 0.143 0.002 130 F 0.066 0.502 0.242 0.042 0.097 0.022 0.007 0.001 0.019 0.001 0.001 131 W 0.077 0.399 0.306 0.039 0.080 0.061 0.015 0.002 0.019 0.002 0.002 132 Y 0.133 0.507 0.164 0.035 0.098 0.026 0.004 0.001 0.031 0.001 0.001 133 D 0.199 0.245 0.285 0.066 0.047 0.081 0.037 0.002 0.034 0.002 0.002 134 A 0.263 0.263 0.178 0.064 0.174 0.026 0.015 0.005 0.009 0.003 0.001 135 E 0.298 0.535 0.087 0.007 0.018 0.027 0.011 0.001 0.016 0.001 0.001 136 I 0.180 0.431 0.242 0.010 0.009 0.095 0.005 0.001 0.027 0.001 0.001 137 S 0.407 0.163 0.167 0.137 0.045 0.045 0.006 0.001 0.025 0.003 0.001 138 R 0.535 0.098 0.121 0.152 0.029 0.020 0.018 0.003 0.020 0.004 0.001 139 K 0.622 0.092 0.098 0.116 0.019 0.017 0.023 0.002 0.008 0.001 0.001 140 R 0.463 0.109 0.121 0.198 0.036 0.015 0.038 0.006 0.011 0.002 0.001 141 E 0.386 0.203 0.201 0.105 0.025 0.031 0.027 0.004 0.015 0.002 0.001 142 T 0.276 0.181 0.197 0.233 0.035 0.033 0.026 0.004 0.010 0.003 0.001 143 R 0.322 0.247 0.195 0.080 0.064 0.035 0.025 0.008 0.018 0.005 0.001 144 T 0.337 0.262 0.198 0.090 0.034 0.039 0.012 0.001 0.026 0.001 0.001 145 A 0.610 0.101 0.156 0.087 0.012 0.016 0.008 0.001 0.006 0.001 0.001 146 R 0.524 0.175 0.091 0.106 0.034 0.013 0.043 0.006 0.008 0.001 0.001 147 E 0.149 0.556 0.174 0.028 0.047 0.019 0.014 0.001 0.013 0.001 0.001 148 L 0.187 0.448 0.261 0.042 0.017 0.033 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 149 Y 0.095 0.601 0.093 0.079 0.095 0.013 0.007 0.001 0.017 0.001 0.001 150 A 0.007 0.555 0.067 0.007 0.348 0.005 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 151 N 0.015 0.742 0.119 0.006 0.050 0.047 0.005 0.001 0.016 0.001 0.001 152 V 0.005 0.818 0.122 0.002 0.014 0.020 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 153 V 0.040 0.641 0.185 0.006 0.018 0.076 0.003 0.001 0.030 0.001 0.001 154 L 0.067 0.246 0.476 0.082 0.032 0.053 0.016 0.001 0.023 0.002 0.003 155 G 0.055 0.050 0.091 0.039 0.266 0.030 0.048 0.145 0.016 0.256 0.003 156 D 0.289 0.109 0.269 0.167 0.051 0.042 0.024 0.009 0.022 0.012 0.006 157 D 0.301 0.077 0.113 0.339 0.054 0.037 0.041 0.013 0.015 0.007 0.003 158 S 0.426 0.162 0.145 0.115 0.055 0.029 0.026 0.006 0.029 0.005 0.002 159 L 0.410 0.145 0.164 0.217 0.014 0.017 0.015 0.001 0.014 0.001 0.002 160 N 0.461 0.052 0.085 0.191 0.066 0.015 0.073 0.026 0.013 0.015 0.002 161 D 0.249 0.056 0.059 0.359 0.030 0.016 0.197 0.020 0.012 0.002 0.001 162 C 0.073 0.246 0.404 0.109 0.081 0.034 0.030 0.006 0.015 0.002 0.001 163 R 0.157 0.406 0.272 0.043 0.025 0.048 0.030 0.001 0.016 0.001 0.001 164 I 0.036 0.590 0.246 0.007 0.008 0.091 0.014 0.001 0.008 0.001 0.001 165 I 0.160 0.530 0.148 0.008 0.086 0.059 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 166 F 0.041 0.250 0.394 0.010 0.045 0.202 0.003 0.001 0.054 0.001 0.001 167 V 0.847 0.059 0.033 0.017 0.002 0.035 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 168 D 0.908 0.032 0.020 0.017 0.009 0.003 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 169 E 0.925 0.034 0.010 0.017 0.005 0.003 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 170 V 0.950 0.016 0.014 0.016 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 171 F 0.721 0.090 0.042 0.099 0.017 0.011 0.013 0.001 0.006 0.001 0.001 172 K 0.461 0.331 0.079 0.019 0.022 0.028 0.035 0.001 0.024 0.001 0.001 173 I 0.258 0.186 0.300 0.029 0.003 0.204 0.006 0.001 0.012 0.001 0.001 174 E 0.347 0.145 0.190 0.248 0.006 0.043 0.007 0.001 0.012 0.001 0.001 175 R 0.024 0.250 0.206 0.007 0.097 0.026 0.005 0.001 0.375 0.009 0.001 176 P 0.088 0.003 0.778 0.020 0.003 0.023 0.002 0.001 0.002 0.003 0.077 177 G 0.046 0.012 0.062 0.039 0.054 0.014 0.055 0.632 0.006 0.077 0.001 178 E 0.158 0.216 0.428 0.085 0.041 0.023 0.013 0.005 0.022 0.006 0.002