# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.69522 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.076 0.246 0.114 0.035 0.184 0.031 0.058 0.093 0.066 0.059 0.037 2 H 0.117 0.118 0.081 0.045 0.148 0.034 0.046 0.089 0.078 0.160 0.085 3 H 0.097 0.202 0.096 0.034 0.210 0.026 0.038 0.089 0.080 0.082 0.047 4 H 0.127 0.123 0.066 0.033 0.175 0.030 0.044 0.123 0.096 0.122 0.062 5 H 0.087 0.134 0.082 0.036 0.162 0.034 0.051 0.129 0.092 0.131 0.061 6 H 0.082 0.162 0.089 0.054 0.158 0.032 0.047 0.117 0.072 0.135 0.052 7 H 0.077 0.158 0.189 0.079 0.114 0.024 0.031 0.119 0.071 0.088 0.050 8 S 0.050 0.095 0.088 0.056 0.087 0.050 0.064 0.237 0.136 0.096 0.040 9 S 0.036 0.215 0.120 0.071 0.078 0.044 0.095 0.140 0.074 0.101 0.026 10 G 0.045 0.069 0.103 0.111 0.047 0.030 0.021 0.056 0.047 0.354 0.116 11 R 0.087 0.282 0.162 0.028 0.210 0.013 0.015 0.082 0.052 0.041 0.028 12 E 0.057 0.102 0.050 0.025 0.089 0.049 0.090 0.275 0.159 0.075 0.030 13 N 0.104 0.135 0.078 0.018 0.174 0.018 0.028 0.125 0.077 0.161 0.082 14 L 0.115 0.166 0.025 0.007 0.247 0.010 0.020 0.189 0.104 0.080 0.037 15 Y 0.114 0.111 0.080 0.019 0.168 0.025 0.042 0.232 0.084 0.075 0.049 16 F 0.104 0.085 0.048 0.034 0.118 0.045 0.064 0.256 0.092 0.105 0.049 17 Q 0.049 0.196 0.105 0.084 0.099 0.067 0.078 0.128 0.070 0.093 0.033 18 G 0.072 0.098 0.090 0.089 0.088 0.032 0.027 0.101 0.071 0.238 0.095 19 M 0.105 0.187 0.066 0.017 0.192 0.016 0.033 0.142 0.091 0.096 0.056 20 W 0.109 0.233 0.085 0.017 0.219 0.018 0.026 0.129 0.059 0.057 0.048 21 D 0.075 0.168 0.079 0.028 0.149 0.039 0.063 0.187 0.094 0.078 0.042 22 E 0.139 0.138 0.069 0.014 0.236 0.014 0.026 0.152 0.084 0.076 0.052 23 T 0.042 0.107 0.050 0.015 0.082 0.021 0.055 0.370 0.174 0.062 0.022 24 E 0.072 0.053 0.032 0.021 0.067 0.038 0.071 0.258 0.121 0.209 0.058 25 L 0.076 0.336 0.078 0.047 0.177 0.030 0.031 0.080 0.050 0.061 0.033 26 G 0.070 0.112 0.138 0.145 0.098 0.054 0.043 0.099 0.058 0.115 0.069 27 L 0.167 0.119 0.041 0.011 0.240 0.012 0.026 0.124 0.078 0.101 0.081 28 Y 0.080 0.386 0.036 0.005 0.371 0.007 0.013 0.053 0.015 0.011 0.022 29 K 0.277 0.169 0.047 0.007 0.279 0.008 0.021 0.072 0.021 0.031 0.069 30 V 0.136 0.197 0.048 0.020 0.266 0.025 0.028 0.143 0.063 0.039 0.036 31 N 0.064 0.036 0.033 0.059 0.063 0.086 0.074 0.314 0.163 0.075 0.034 32 E 0.052 0.103 0.034 0.016 0.141 0.027 0.108 0.287 0.121 0.087 0.024 33 Y 0.285 0.077 0.017 0.006 0.240 0.006 0.022 0.091 0.040 0.145 0.070 34 V 0.073 0.348 0.091 0.015 0.277 0.024 0.027 0.054 0.024 0.018 0.048 35 D 0.226 0.200 0.059 0.004 0.334 0.006 0.009 0.053 0.017 0.018 0.074 36 A 0.062 0.053 0.008 0.003 0.096 0.005 0.013 0.314 0.358 0.069 0.019 37 R 0.027 0.068 0.039 0.013 0.071 0.049 0.124 0.320 0.187 0.086 0.015 38 D 0.242 0.074 0.026 0.006 0.277 0.007 0.020 0.110 0.052 0.107 0.080 39 T 0.041 0.113 0.042 0.014 0.113 0.025 0.052 0.285 0.220 0.071 0.025 40 N 0.113 0.060 0.029 0.026 0.095 0.043 0.065 0.167 0.130 0.206 0.064 41 M 0.082 0.257 0.079 0.054 0.170 0.027 0.039 0.108 0.081 0.068 0.034 42 G 0.073 0.034 0.044 0.097 0.055 0.067 0.043 0.107 0.078 0.293 0.109 43 A 0.116 0.239 0.041 0.012 0.375 0.010 0.021 0.081 0.045 0.035 0.026 44 W 0.329 0.073 0.016 0.009 0.322 0.014 0.025 0.064 0.031 0.049 0.067 45 F 0.077 0.347 0.130 0.021 0.286 0.020 0.022 0.042 0.017 0.009 0.029 46 E 0.291 0.056 0.017 0.017 0.229 0.020 0.028 0.083 0.046 0.103 0.109 47 A 0.134 0.203 0.014 0.004 0.566 0.006 0.008 0.023 0.014 0.009 0.018 48 Q 0.250 0.107 0.015 0.004 0.533 0.006 0.027 0.025 0.007 0.006 0.019 49 V 0.493 0.039 0.008 0.005 0.346 0.004 0.007 0.015 0.007 0.017 0.058 50 V 0.130 0.213 0.021 0.012 0.508 0.024 0.023 0.020 0.013 0.009 0.026 51 R 0.287 0.107 0.028 0.004 0.455 0.005 0.010 0.016 0.010 0.015 0.065 52 V 0.239 0.195 0.031 0.008 0.349 0.009 0.019 0.024 0.020 0.032 0.073 53 T 0.100 0.289 0.141 0.022 0.265 0.023 0.025 0.026 0.024 0.023 0.063 54 R 0.124 0.233 0.073 0.029 0.201 0.023 0.057 0.083 0.074 0.060 0.044 55 K 0.060 0.142 0.121 0.072 0.102 0.043 0.090 0.068 0.088 0.162 0.052 56 A 0.039 0.308 0.355 0.057 0.119 0.009 0.015 0.022 0.024 0.030 0.022 57 P 0.070 0.224 0.134 0.048 0.120 0.026 0.068 0.110 0.101 0.063 0.035 58 S 0.045 0.240 0.179 0.062 0.106 0.041 0.055 0.088 0.091 0.064 0.030 59 R 0.051 0.113 0.057 0.040 0.089 0.043 0.117 0.201 0.157 0.101 0.032 60 D 0.069 0.082 0.064 0.035 0.087 0.024 0.043 0.090 0.105 0.334 0.067 61 E 0.075 0.331 0.180 0.021 0.231 0.008 0.013 0.037 0.029 0.039 0.036 62 P 0.115 0.257 0.111 0.018 0.219 0.015 0.032 0.082 0.053 0.048 0.049 63 C 0.081 0.235 0.124 0.036 0.169 0.027 0.052 0.093 0.068 0.068 0.046 64 S 0.081 0.160 0.105 0.052 0.138 0.042 0.072 0.118 0.087 0.098 0.045 65 S 0.095 0.105 0.072 0.038 0.128 0.032 0.043 0.120 0.119 0.182 0.066 66 T 0.071 0.145 0.061 0.031 0.151 0.028 0.055 0.139 0.137 0.141 0.041 67 S 0.079 0.132 0.077 0.045 0.114 0.027 0.049 0.090 0.093 0.233 0.061 68 R 0.075 0.323 0.200 0.034 0.221 0.008 0.011 0.034 0.030 0.033 0.031 69 P 0.079 0.245 0.102 0.021 0.178 0.017 0.045 0.135 0.107 0.042 0.028 70 A 0.085 0.149 0.092 0.023 0.144 0.023 0.064 0.143 0.112 0.112 0.052 71 L 0.078 0.267 0.096 0.030 0.178 0.022 0.045 0.119 0.074 0.063 0.029 72 E 0.157 0.065 0.042 0.026 0.136 0.031 0.040 0.141 0.158 0.132 0.072 73 E 0.065 0.144 0.055 0.041 0.142 0.064 0.128 0.142 0.125 0.065 0.029 74 D 0.205 0.057 0.026 0.023 0.186 0.031 0.064 0.049 0.033 0.227 0.100 75 V 0.205 0.137 0.004 0.002 0.610 0.003 0.004 0.005 0.003 0.009 0.018 76 I 0.289 0.048 0.002 0.001 0.640 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.011 77 Y 0.253 0.079 0.012 0.002 0.617 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.025 78 H 0.286 0.074 0.008 0.001 0.587 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.034 79 V 0.262 0.140 0.010 0.001 0.546 0.002 0.004 0.002 0.001 0.002 0.030 80 K 0.230 0.223 0.048 0.002 0.402 0.003 0.003 0.003 0.002 0.003 0.081 81 Y 0.233 0.192 0.053 0.023 0.272 0.037 0.020 0.042 0.032 0.027 0.070 82 D 0.107 0.115 0.052 0.053 0.146 0.059 0.083 0.197 0.104 0.058 0.025 83 D 0.070 0.140 0.062 0.026 0.148 0.031 0.090 0.162 0.060 0.165 0.047 84 Y 0.065 0.341 0.203 0.015 0.274 0.004 0.005 0.043 0.010 0.009 0.031 85 P 0.038 0.075 0.062 0.019 0.042 0.017 0.042 0.549 0.123 0.015 0.019 86 E 0.016 0.104 0.054 0.026 0.030 0.073 0.146 0.417 0.091 0.030 0.011 87 N 0.022 0.490 0.183 0.105 0.044 0.030 0.033 0.024 0.012 0.034 0.023 88 G 0.037 0.031 0.056 0.138 0.022 0.038 0.016 0.024 0.022 0.340 0.276 89 V 0.189 0.233 0.046 0.012 0.368 0.012 0.012 0.026 0.029 0.032 0.042 90 V 0.161 0.244 0.027 0.006 0.467 0.016 0.021 0.017 0.011 0.008 0.024 91 Q 0.318 0.122 0.032 0.002 0.435 0.003 0.005 0.007 0.004 0.009 0.063 92 M 0.155 0.264 0.050 0.011 0.369 0.019 0.017 0.024 0.012 0.025 0.053 93 N 0.119 0.301 0.184 0.012 0.286 0.007 0.006 0.012 0.008 0.013 0.052 94 S 0.122 0.111 0.019 0.009 0.157 0.011 0.016 0.197 0.268 0.060 0.031 95 R 0.012 0.046 0.030 0.017 0.024 0.051 0.091 0.359 0.297 0.059 0.013 96 D 0.070 0.060 0.025 0.009 0.094 0.010 0.058 0.266 0.101 0.257 0.049 97 V 0.105 0.256 0.047 0.013 0.164 0.012 0.022 0.148 0.053 0.135 0.044 98 R 0.067 0.326 0.112 0.017 0.227 0.010 0.010 0.155 0.037 0.011 0.028 99 A 0.016 0.029 0.013 0.006 0.025 0.010 0.027 0.695 0.159 0.014 0.006 100 R 0.017 0.020 0.011 0.007 0.016 0.011 0.066 0.638 0.121 0.081 0.011 101 A 0.046 0.036 0.008 0.004 0.067 0.007 0.012 0.563 0.158 0.081 0.018 102 R 0.047 0.045 0.011 0.009 0.099 0.016 0.031 0.557 0.149 0.023 0.014 103 T 0.080 0.077 0.026 0.010 0.161 0.014 0.103 0.400 0.077 0.034 0.019 104 I 0.348 0.053 0.009 0.004 0.237 0.004 0.032 0.169 0.036 0.065 0.043 105 I 0.095 0.248 0.043 0.010 0.360 0.020 0.040 0.104 0.031 0.018 0.032 106 K 0.252 0.146 0.044 0.005 0.305 0.006 0.017 0.084 0.028 0.030 0.082 107 W 0.121 0.084 0.015 0.007 0.176 0.012 0.015 0.211 0.263 0.063 0.033 108 Q 0.019 0.072 0.042 0.027 0.046 0.076 0.226 0.283 0.160 0.037 0.012 109 D 0.181 0.037 0.012 0.005 0.188 0.007 0.026 0.092 0.048 0.297 0.106 110 L 0.121 0.299 0.016 0.004 0.476 0.005 0.013 0.031 0.011 0.009 0.015 111 E 0.345 0.067 0.043 0.018 0.317 0.024 0.020 0.037 0.018 0.021 0.090 112 V 0.112 0.264 0.086 0.092 0.198 0.066 0.063 0.037 0.030 0.023 0.029 113 G 0.045 0.018 0.038 0.208 0.026 0.146 0.079 0.024 0.022 0.265 0.130 114 Q 0.117 0.308 0.031 0.006 0.413 0.010 0.015 0.010 0.008 0.036 0.044 115 V 0.214 0.088 0.001 0.001 0.684 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 116 V 0.200 0.081 0.008 0.001 0.688 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.016 117 M 0.378 0.063 0.013 0.002 0.489 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.045 118 L 0.241 0.104 0.023 0.023 0.327 0.064 0.057 0.031 0.020 0.035 0.074 119 N 0.257 0.132 0.045 0.012 0.371 0.011 0.015 0.012 0.008 0.035 0.102 120 Y 0.093 0.232 0.066 0.031 0.265 0.044 0.036 0.031 0.030 0.101 0.071 121 N 0.157 0.189 0.154 0.012 0.434 0.003 0.002 0.006 0.006 0.004 0.032 122 P 0.006 0.014 0.004 0.002 0.009 0.006 0.017 0.269 0.643 0.026 0.004 123 D 0.017 0.094 0.036 0.012 0.026 0.033 0.153 0.234 0.178 0.197 0.020 124 N 0.088 0.253 0.036 0.015 0.246 0.008 0.011 0.095 0.059 0.135 0.054 125 P 0.127 0.119 0.078 0.032 0.185 0.023 0.041 0.190 0.107 0.055 0.044 126 K 0.077 0.088 0.045 0.021 0.114 0.032 0.074 0.266 0.162 0.080 0.041 127 E 0.098 0.084 0.046 0.039 0.143 0.059 0.076 0.152 0.088 0.157 0.058 128 R 0.107 0.195 0.087 0.073 0.156 0.045 0.053 0.090 0.060 0.090 0.045 129 G 0.079 0.065 0.095 0.147 0.082 0.051 0.030 0.076 0.068 0.204 0.101 130 F 0.103 0.215 0.060 0.016 0.298 0.018 0.042 0.107 0.059 0.047 0.035 131 W 0.332 0.094 0.022 0.009 0.281 0.013 0.023 0.056 0.028 0.060 0.083 132 Y 0.088 0.333 0.080 0.021 0.301 0.030 0.029 0.046 0.019 0.016 0.036 133 D 0.309 0.081 0.020 0.008 0.434 0.007 0.006 0.045 0.019 0.025 0.046 134 A 0.172 0.125 0.009 0.004 0.530 0.008 0.015 0.074 0.040 0.009 0.014 135 E 0.307 0.083 0.030 0.006 0.376 0.007 0.041 0.072 0.014 0.014 0.048 136 I 0.291 0.116 0.024 0.011 0.280 0.009 0.019 0.073 0.025 0.050 0.103 137 S 0.107 0.212 0.065 0.038 0.232 0.043 0.048 0.116 0.049 0.042 0.047 138 R 0.124 0.120 0.064 0.032 0.148 0.033 0.050 0.200 0.098 0.076 0.054 139 K 0.076 0.156 0.065 0.028 0.157 0.035 0.070 0.197 0.107 0.071 0.040 140 R 0.125 0.128 0.049 0.028 0.181 0.029 0.052 0.168 0.093 0.092 0.055 141 E 0.104 0.151 0.056 0.025 0.158 0.033 0.063 0.146 0.085 0.114 0.066 142 T 0.144 0.215 0.058 0.013 0.307 0.011 0.017 0.103 0.040 0.040 0.053 143 R 0.092 0.126 0.052 0.027 0.131 0.042 0.058 0.259 0.108 0.065 0.040 144 T 0.106 0.202 0.099 0.013 0.207 0.013 0.031 0.182 0.061 0.040 0.046 145 A 0.113 0.052 0.012 0.006 0.116 0.009 0.012 0.348 0.233 0.066 0.034 146 R 0.029 0.076 0.027 0.018 0.083 0.034 0.083 0.461 0.157 0.021 0.010 147 E 0.235 0.028 0.010 0.010 0.152 0.010 0.067 0.247 0.065 0.120 0.055 148 L 0.219 0.161 0.010 0.006 0.478 0.006 0.021 0.059 0.012 0.011 0.016 149 Y 0.360 0.055 0.015 0.014 0.347 0.024 0.032 0.058 0.018 0.021 0.058 150 A 0.209 0.122 0.020 0.010 0.507 0.013 0.018 0.041 0.018 0.010 0.033 151 N 0.277 0.075 0.008 0.004 0.542 0.005 0.013 0.024 0.010 0.011 0.030 152 V 0.202 0.151 0.018 0.001 0.563 0.002 0.008 0.010 0.004 0.004 0.037 153 V 0.344 0.093 0.017 0.002 0.400 0.003 0.008 0.008 0.004 0.010 0.110 154 L 0.088 0.106 0.054 0.122 0.114 0.131 0.075 0.050 0.045 0.142 0.073 155 G 0.013 0.061 0.156 0.568 0.026 0.058 0.020 0.017 0.022 0.044 0.014 156 D 0.037 0.088 0.056 0.094 0.072 0.074 0.128 0.179 0.137 0.111 0.024 157 D 0.040 0.076 0.069 0.064 0.068 0.045 0.044 0.106 0.136 0.292 0.059 158 S 0.137 0.100 0.042 0.018 0.197 0.014 0.030 0.114 0.130 0.149 0.069 159 L 0.136 0.092 0.053 0.024 0.143 0.031 0.034 0.198 0.149 0.098 0.041 160 N 0.037 0.057 0.058 0.078 0.046 0.103 0.139 0.284 0.106 0.068 0.023 161 D 0.202 0.045 0.024 0.015 0.145 0.017 0.038 0.105 0.065 0.242 0.101 162 C 0.171 0.238 0.016 0.007 0.449 0.011 0.010 0.035 0.016 0.019 0.028 163 R 0.116 0.180 0.035 0.007 0.552 0.014 0.019 0.033 0.011 0.007 0.028 164 I 0.509 0.034 0.002 0.001 0.400 0.001 0.003 0.010 0.003 0.009 0.029 165 I 0.119 0.214 0.011 0.002 0.610 0.004 0.012 0.012 0.002 0.002 0.012 166 F 0.296 0.152 0.038 0.002 0.375 0.002 0.003 0.012 0.004 0.007 0.109 167 V 0.202 0.143 0.014 0.014 0.280 0.018 0.011 0.134 0.089 0.033 0.062 168 D 0.051 0.059 0.047 0.044 0.097 0.092 0.113 0.291 0.156 0.030 0.019 169 E 0.129 0.072 0.025 0.011 0.227 0.017 0.079 0.200 0.100 0.104 0.035 170 V 0.361 0.074 0.008 0.008 0.338 0.006 0.041 0.078 0.025 0.033 0.030 171 F 0.157 0.188 0.022 0.006 0.538 0.009 0.011 0.022 0.012 0.006 0.030 172 K 0.275 0.118 0.032 0.009 0.323 0.015 0.036 0.058 0.027 0.028 0.078 173 I 0.186 0.185 0.030 0.006 0.430 0.007 0.017 0.035 0.024 0.034 0.047 174 E 0.145 0.239 0.084 0.020 0.248 0.019 0.053 0.049 0.038 0.050 0.054 175 R 0.062 0.264 0.393 0.032 0.154 0.009 0.009 0.015 0.011 0.011 0.040 176 P 0.032 0.209 0.080 0.073 0.067 0.083 0.196 0.113 0.078 0.048 0.020 177 G 0.031 0.052 0.120 0.168 0.031 0.057 0.043 0.054 0.066 0.304 0.074 178 E 0.078 0.206 0.090 0.029 0.164 0.023 0.040 0.113 0.099 0.116 0.043