# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.69522 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.866 0.093 0.035 0.005 0.001 0.001 0.001 2 H 0.854 0.114 0.027 0.004 0.001 0.001 0.001 3 H 0.818 0.137 0.039 0.005 0.001 0.001 0.001 4 H 0.697 0.214 0.076 0.011 0.002 0.001 0.001 5 H 0.614 0.308 0.055 0.020 0.002 0.001 0.001 6 H 0.635 0.254 0.081 0.024 0.006 0.001 0.001 7 H 0.570 0.266 0.112 0.043 0.008 0.001 0.001 8 S 0.671 0.224 0.081 0.021 0.003 0.001 0.001 9 S 0.671 0.237 0.070 0.018 0.003 0.001 0.001 10 G 0.580 0.282 0.102 0.029 0.007 0.001 0.001 11 R 0.524 0.294 0.123 0.049 0.009 0.001 0.001 12 E 0.650 0.236 0.084 0.025 0.005 0.001 0.001 13 N 0.482 0.350 0.110 0.045 0.011 0.001 0.001 14 L 0.228 0.214 0.248 0.196 0.101 0.013 0.001 15 Y 0.356 0.332 0.179 0.101 0.026 0.005 0.001 16 F 0.334 0.271 0.192 0.133 0.060 0.010 0.001 17 Q 0.407 0.264 0.186 0.100 0.034 0.008 0.001 18 G 0.425 0.275 0.174 0.084 0.033 0.009 0.001 19 M 0.230 0.239 0.224 0.185 0.095 0.026 0.001 20 W 0.261 0.239 0.209 0.182 0.086 0.022 0.001 21 D 0.555 0.244 0.128 0.054 0.015 0.003 0.001 22 E 0.718 0.186 0.063 0.025 0.007 0.001 0.001 23 T 0.665 0.195 0.089 0.037 0.012 0.003 0.001 24 E 0.691 0.208 0.076 0.019 0.005 0.002 0.001 25 L 0.229 0.238 0.210 0.183 0.113 0.026 0.002 26 G 0.183 0.311 0.182 0.198 0.091 0.032 0.003 27 L 0.058 0.070 0.151 0.216 0.305 0.186 0.015 28 Y 0.058 0.074 0.155 0.202 0.240 0.236 0.036 29 K 0.057 0.135 0.216 0.242 0.210 0.114 0.026 30 V 0.062 0.112 0.155 0.242 0.224 0.160 0.043 31 N 0.137 0.215 0.255 0.186 0.101 0.083 0.023 32 E 0.074 0.163 0.198 0.233 0.187 0.117 0.028 33 Y 0.041 0.086 0.168 0.238 0.261 0.168 0.038 34 V 0.039 0.088 0.108 0.202 0.257 0.264 0.041 35 D 0.072 0.200 0.313 0.266 0.109 0.035 0.005 36 A 0.041 0.041 0.053 0.143 0.342 0.327 0.054 37 R 0.132 0.237 0.255 0.238 0.102 0.032 0.004 38 D 0.395 0.290 0.158 0.099 0.042 0.015 0.002 39 T 0.374 0.237 0.183 0.134 0.055 0.016 0.002 40 N 0.505 0.273 0.136 0.051 0.021 0.012 0.002 41 M 0.187 0.226 0.186 0.197 0.136 0.059 0.009 42 G 0.189 0.219 0.225 0.189 0.112 0.057 0.009 43 A 0.048 0.083 0.130 0.205 0.263 0.229 0.043 44 W 0.039 0.046 0.104 0.126 0.196 0.344 0.145 45 F 0.012 0.018 0.027 0.066 0.166 0.421 0.291 46 E 0.028 0.085 0.177 0.255 0.216 0.157 0.083 47 A 0.021 0.050 0.083 0.137 0.239 0.324 0.145 48 Q 0.016 0.069 0.175 0.272 0.237 0.173 0.059 49 V 0.008 0.015 0.029 0.089 0.283 0.449 0.127 50 V 0.026 0.124 0.228 0.296 0.209 0.102 0.014 51 R 0.091 0.310 0.355 0.165 0.052 0.023 0.003 52 V 0.016 0.039 0.087 0.269 0.370 0.207 0.011 53 T 0.043 0.101 0.165 0.263 0.308 0.114 0.006 54 R 0.174 0.314 0.255 0.189 0.056 0.013 0.001 55 K 0.553 0.287 0.120 0.031 0.008 0.001 0.001 56 A 0.406 0.309 0.169 0.092 0.020 0.004 0.001 57 P 0.648 0.200 0.113 0.031 0.007 0.001 0.001 58 S 0.665 0.215 0.086 0.029 0.005 0.001 0.001 59 R 0.762 0.156 0.066 0.013 0.003 0.001 0.001 60 D 0.692 0.219 0.069 0.017 0.003 0.001 0.001 61 E 0.581 0.232 0.120 0.050 0.014 0.002 0.001 62 P 0.550 0.293 0.108 0.037 0.009 0.002 0.001 63 C 0.323 0.224 0.191 0.176 0.076 0.011 0.001 64 S 0.574 0.260 0.110 0.044 0.011 0.002 0.001 65 S 0.603 0.233 0.106 0.042 0.013 0.002 0.001 66 T 0.673 0.202 0.084 0.033 0.008 0.001 0.001 67 S 0.604 0.256 0.097 0.030 0.010 0.002 0.001 68 R 0.407 0.352 0.139 0.076 0.022 0.003 0.001 69 P 0.433 0.326 0.140 0.072 0.026 0.003 0.001 70 A 0.348 0.392 0.116 0.109 0.031 0.004 0.001 71 L 0.229 0.265 0.209 0.195 0.091 0.011 0.001 72 E 0.435 0.344 0.144 0.060 0.014 0.003 0.001 73 E 0.280 0.379 0.166 0.123 0.045 0.006 0.001 74 D 0.114 0.312 0.246 0.220 0.083 0.024 0.001 75 V 0.006 0.020 0.070 0.211 0.418 0.262 0.011 76 I 0.021 0.092 0.280 0.290 0.207 0.094 0.015 77 Y 0.010 0.048 0.086 0.153 0.271 0.370 0.063 78 H 0.023 0.100 0.229 0.299 0.217 0.114 0.018 79 V 0.014 0.027 0.046 0.146 0.310 0.384 0.073 80 K 0.052 0.190 0.362 0.242 0.115 0.034 0.004 81 Y 0.043 0.072 0.115 0.319 0.302 0.141 0.009 82 D 0.338 0.311 0.233 0.087 0.024 0.006 0.001 83 D 0.612 0.295 0.070 0.017 0.004 0.001 0.001 84 Y 0.185 0.212 0.250 0.230 0.100 0.022 0.001 85 P 0.328 0.303 0.193 0.112 0.047 0.016 0.001 86 E 0.320 0.302 0.192 0.136 0.040 0.010 0.001 87 N 0.526 0.257 0.145 0.049 0.018 0.005 0.001 88 G 0.088 0.217 0.274 0.242 0.138 0.038 0.003 89 V 0.034 0.041 0.096 0.194 0.359 0.253 0.023 90 V 0.049 0.150 0.215 0.290 0.198 0.092 0.006 91 Q 0.129 0.352 0.275 0.165 0.060 0.018 0.001 92 M 0.029 0.057 0.122 0.306 0.331 0.146 0.009 93 N 0.173 0.338 0.240 0.160 0.060 0.025 0.004 94 S 0.140 0.241 0.208 0.254 0.120 0.035 0.003 95 R 0.359 0.319 0.191 0.094 0.029 0.008 0.001 96 D 0.097 0.231 0.335 0.197 0.102 0.035 0.004 97 V 0.016 0.032 0.051 0.143 0.311 0.379 0.067 98 R 0.023 0.091 0.204 0.308 0.225 0.127 0.022 99 A 0.074 0.214 0.267 0.209 0.143 0.077 0.017 100 R 0.017 0.076 0.196 0.316 0.261 0.113 0.022 101 A 0.006 0.012 0.019 0.059 0.234 0.521 0.148 102 R 0.018 0.064 0.178 0.273 0.284 0.155 0.027 103 T 0.066 0.292 0.320 0.205 0.079 0.033 0.005 104 I 0.032 0.099 0.196 0.297 0.239 0.128 0.009 105 I 0.026 0.045 0.072 0.231 0.363 0.237 0.027 106 K 0.160 0.419 0.279 0.105 0.029 0.008 0.001 107 W 0.120 0.186 0.208 0.322 0.140 0.024 0.001 108 Q 0.418 0.381 0.132 0.055 0.011 0.003 0.001 109 D 0.405 0.363 0.138 0.067 0.022 0.005 0.001 110 L 0.110 0.134 0.232 0.309 0.184 0.030 0.001 111 E 0.303 0.435 0.180 0.065 0.012 0.004 0.001 112 V 0.083 0.162 0.235 0.282 0.193 0.044 0.003 113 G 0.181 0.324 0.231 0.174 0.061 0.026 0.003 114 Q 0.108 0.221 0.273 0.218 0.122 0.050 0.008 115 V 0.021 0.053 0.119 0.220 0.307 0.234 0.046 116 V 0.009 0.021 0.046 0.112 0.232 0.412 0.168 117 M 0.012 0.020 0.034 0.065 0.144 0.407 0.318 118 L 0.026 0.045 0.062 0.126 0.196 0.318 0.228 119 N 0.044 0.083 0.107 0.176 0.228 0.243 0.119 120 Y 0.062 0.082 0.148 0.237 0.220 0.194 0.057 121 N 0.176 0.223 0.198 0.164 0.134 0.091 0.014 122 P 0.249 0.215 0.216 0.177 0.098 0.041 0.005 123 D 0.530 0.275 0.111 0.057 0.021 0.006 0.001 124 N 0.445 0.277 0.144 0.086 0.036 0.012 0.001 125 P 0.285 0.189 0.193 0.188 0.111 0.032 0.002 126 K 0.516 0.278 0.129 0.057 0.014 0.005 0.001 127 E 0.240 0.246 0.214 0.168 0.097 0.031 0.004 128 R 0.106 0.131 0.179 0.252 0.195 0.119 0.019 129 G 0.104 0.147 0.178 0.201 0.191 0.143 0.035 130 F 0.082 0.119 0.135 0.184 0.190 0.205 0.086 131 W 0.059 0.070 0.092 0.133 0.206 0.278 0.162 132 Y 0.056 0.082 0.093 0.162 0.190 0.259 0.158 133 D 0.094 0.105 0.138 0.178 0.186 0.191 0.108 134 A 0.059 0.056 0.073 0.130 0.232 0.329 0.121 135 E 0.117 0.215 0.260 0.207 0.120 0.069 0.012 136 I 0.073 0.089 0.152 0.243 0.264 0.163 0.015 137 S 0.165 0.221 0.225 0.214 0.126 0.048 0.003 138 R 0.393 0.305 0.176 0.093 0.028 0.006 0.001 139 K 0.723 0.197 0.058 0.018 0.004 0.001 0.001 140 R 0.724 0.196 0.056 0.019 0.004 0.001 0.001 141 E 0.419 0.240 0.198 0.109 0.030 0.005 0.001 142 T 0.633 0.234 0.107 0.020 0.005 0.001 0.001 143 R 0.328 0.333 0.160 0.139 0.036 0.004 0.001 144 T 0.563 0.279 0.107 0.037 0.011 0.003 0.001 145 A 0.171 0.204 0.238 0.225 0.123 0.037 0.002 146 R 0.126 0.198 0.251 0.255 0.128 0.040 0.003 147 E 0.086 0.227 0.285 0.216 0.131 0.049 0.006 148 L 0.017 0.037 0.067 0.150 0.298 0.363 0.069 149 Y 0.027 0.088 0.162 0.258 0.226 0.176 0.063 150 A 0.014 0.037 0.057 0.137 0.276 0.367 0.113 151 N 0.029 0.114 0.240 0.313 0.188 0.089 0.027 152 V 0.012 0.023 0.036 0.074 0.198 0.504 0.153 153 V 0.033 0.089 0.142 0.234 0.260 0.205 0.038 154 L 0.049 0.086 0.140 0.279 0.265 0.158 0.022 155 G 0.163 0.271 0.270 0.182 0.092 0.021 0.002 156 D 0.528 0.307 0.112 0.041 0.010 0.003 0.001 157 D 0.587 0.289 0.077 0.036 0.009 0.002 0.001 158 S 0.389 0.328 0.178 0.073 0.027 0.005 0.001 159 L 0.115 0.172 0.248 0.312 0.133 0.018 0.001 160 N 0.525 0.331 0.093 0.042 0.008 0.001 0.001 161 D 0.383 0.320 0.171 0.086 0.033 0.007 0.001 162 C 0.102 0.116 0.186 0.281 0.236 0.074 0.004 163 R 0.175 0.288 0.272 0.183 0.058 0.021 0.002 164 I 0.105 0.134 0.168 0.236 0.222 0.124 0.011 165 I 0.149 0.216 0.245 0.206 0.118 0.060 0.007 166 F 0.122 0.148 0.167 0.204 0.213 0.126 0.020 167 V 0.169 0.179 0.204 0.239 0.131 0.067 0.011 168 D 0.502 0.255 0.158 0.055 0.018 0.011 0.002 169 E 0.201 0.233 0.242 0.174 0.104 0.039 0.007 170 V 0.101 0.102 0.131 0.198 0.250 0.189 0.029 171 F 0.094 0.143 0.171 0.252 0.201 0.123 0.015 172 K 0.204 0.290 0.293 0.145 0.050 0.016 0.002 173 I 0.088 0.098 0.129 0.238 0.284 0.153 0.009 174 E 0.178 0.236 0.233 0.210 0.107 0.034 0.002 175 R 0.533 0.282 0.122 0.049 0.011 0.003 0.001 176 P 0.623 0.193 0.121 0.046 0.015 0.002 0.001 177 G 0.774 0.172 0.040 0.012 0.001 0.001 0.001 178 E 0.876 0.091 0.028 0.004 0.001 0.001 0.001