This file specifies which residues will be varied Column 2: Chain Column 4-7: sequential residue number Column 9-12: pdb residue number Column 14-18: id (described below) Column 21-40: amino acids to be used NATAA => use native amino acid ALLAA => all amino acids NATRO => native amino acid and rotamer PIKAA => select inividual amino acids POLAR => polar amino acids APOLA => apolar amino acids The following demo lines are in the proper format A 1 3 NATAA A 2 4 ALLAA A 3 6 NATRO A 4 7 NATAA B 5 1 PIKAA DFLM B 6 2 PIKAA HIL B 7 3 POLAR ------------------------------------------------- start A 1 1 NATAA M A 2 2 NATAA H A 3 3 NATAA H A 4 4 NATAA H A 5 5 NATAA H A 6 6 NATAA H A 7 7 NATAA H A 8 8 NATAA S A 9 9 NATAA S A 10 10 NATAA G A 11 11 NATAA R A 12 12 NATAA E A 13 13 NATAA N A 14 14 NATAA L A 15 15 NATAA Y A 16 16 NATAA F A 17 17 NATAA Q A 18 18 NATAA G A 19 19 NATAA M A 20 20 NATAA W A 21 21 NATAA D A 22 22 NATAA E A 23 23 NATAA T A 24 24 NATAA E A 25 25 NATAA L A 26 26 NATAA G A 27 27 NATAA L A 28 28 NATAA Y A 29 29 NATAA K A 30 30 NATAA V A 31 31 NATAA N A 32 32 NATAA E A 33 33 NATAA Y A 34 34 NATAA V A 35 35 NATAA D A 36 36 NATAA A A 37 37 NATAA R A 38 38 NATAA D A 39 39 NATAA T A 40 40 NATAA N A 41 41 NATAA M A 42 42 NATAA G A 43 43 NATAA A A 44 44 NATAA W A 45 45 NATAA F A 46 46 NATAA E A 47 47 NATAA A A 48 48 NATAA Q A 49 49 NATAA V A 50 50 NATAA V A 51 51 NATAA R A 52 52 NATAA V A 53 53 NATAA T A 54 54 NATAA R A 55 55 NATAA K A 56 56 NATAA A A 57 57 NATRO P A 58 58 NATAA S A 59 59 NATAA R A 60 60 NATAA D A 61 61 NATAA E A 62 62 NATRO P A 63 63 NATRO C A 64 64 NATAA S A 65 65 NATAA S A 66 66 NATAA T A 67 67 NATAA S A 68 68 NATAA R A 69 69 NATRO P A 70 70 NATAA A A 71 71 NATAA L A 72 72 NATAA E A 73 73 NATAA E A 74 74 NATAA D A 75 75 NATAA V A 76 76 NATAA I A 77 77 NATAA Y A 78 78 NATAA H A 79 79 NATAA V A 80 80 NATAA K A 81 81 NATAA Y A 82 82 NATAA D A 83 83 NATAA D A 84 84 NATAA Y A 85 85 NATRO P A 86 86 NATAA E A 87 87 NATAA N A 88 88 NATAA G A 89 89 NATAA V A 90 90 NATAA V A 91 91 NATAA Q A 92 92 NATAA M A 93 93 NATAA N A 94 94 NATAA S A 95 95 NATAA R A 96 96 NATAA D A 97 97 NATAA V A 98 98 NATAA R A 99 99 NATAA A A 100 100 NATAA R A 101 101 NATAA A A 102 102 NATAA R A 103 103 NATAA T A 104 104 NATAA I A 105 105 NATAA I A 106 106 NATAA K A 107 107 NATAA W A 108 108 NATAA Q A 109 109 NATAA D A 110 110 NATAA L A 111 111 NATAA E A 112 112 NATAA V A 113 113 NATAA G A 114 114 NATAA Q A 115 115 NATAA V A 116 116 NATAA V A 117 117 NATAA M A 118 118 NATAA L A 119 119 NATAA N A 120 120 NATAA Y A 121 121 NATAA N A 122 122 NATRO P A 123 123 NATAA D A 124 124 NATAA N A 125 125 NATRO P A 126 126 NATAA K A 127 127 NATAA E A 128 128 NATAA R A 129 129 NATAA G A 130 130 NATAA F A 131 131 NATAA W A 132 132 NATAA Y A 133 133 NATAA D A 134 134 NATAA A A 135 135 NATAA E A 136 136 NATAA I A 137 137 NATAA S A 138 138 NATAA R A 139 139 NATAA K A 140 140 NATAA R A 141 141 NATAA E A 142 142 NATAA T A 143 143 NATAA R A 144 144 NATAA T A 145 145 NATAA A A 146 146 NATAA R A 147 147 NATAA E A 148 148 NATAA L A 149 149 NATAA Y A 150 150 NATAA A A 151 151 NATAA N A 152 152 NATAA V A 153 153 NATAA V A 154 154 NATAA L A 155 155 NATAA G A 156 156 NATAA D A 157 157 NATAA D A 158 158 NATAA S A 159 159 NATAA L A 160 160 NATAA N A 161 161 NATAA D A 162 162 NATRO C A 163 163 NATAA R A 164 164 NATAA I A 165 165 NATAA I A 166 166 NATAA F A 167 167 NATAA V A 168 168 NATAA D A 169 169 NATAA E A 170 170 NATAA V A 171 171 NATAA F A 172 172 NATAA K A 173 173 NATAA I A 174 174 NATAA E A 175 175 NATAA R A 176 176 NATRO P A 177 177 NATAA G A 178 178 NATAA E