# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.68773 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.021 0.007 0.010 0.029 0.044 0.134 0.025 0.729 2 K 0.019 0.008 0.014 0.025 0.041 0.106 0.025 0.761 3 A 0.139 0.015 0.017 0.033 0.035 0.104 0.084 0.573 4 P 0.117 0.009 0.015 0.015 0.023 0.090 0.035 0.696 5 S 0.168 0.011 0.008 0.010 0.014 0.078 0.060 0.650 6 R 0.032 0.008 0.012 0.009 0.015 0.124 0.023 0.777 7 D 0.060 0.014 0.016 0.020 0.026 0.106 0.056 0.702 8 E 0.080 0.013 0.022 0.054 0.059 0.115 0.093 0.563 9 P 0.054 0.009 0.037 0.046 0.062 0.114 0.078 0.601 10 C 0.066 0.007 0.040 0.058 0.072 0.118 0.078 0.561 11 S 0.063 0.007 0.045 0.041 0.071 0.108 0.043 0.621 12 S 0.100 0.009 0.023 0.037 0.052 0.101 0.053 0.625 13 T 0.030 0.010 0.019 0.041 0.062 0.121 0.029 0.689 14 S 0.035 0.021 0.012 0.026 0.045 0.112 0.037 0.713 15 R 0.126 0.046 0.014 0.039 0.046 0.104 0.092 0.534 16 P 0.071 0.032 0.013 0.037 0.049 0.106 0.061 0.630 17 A 0.043 0.018 0.011 0.029 0.044 0.109 0.050 0.695 18 L 0.130 0.050 0.012 0.027 0.037 0.113 0.085 0.544 19 E 0.196 0.071 0.007 0.012 0.020 0.111 0.088 0.495 20 E 0.030 0.043 0.020 0.069 0.111 0.127 0.052 0.549 21 D 0.006 0.020 0.047 0.080 0.315 0.087 0.060 0.384 22 V 0.004 0.006 0.056 0.288 0.418 0.039 0.065 0.125 23 I 0.004 0.007 0.095 0.301 0.356 0.025 0.077 0.133 24 Y 0.002 0.002 0.084 0.413 0.416 0.009 0.029 0.046 25 H 0.004 0.003 0.129 0.255 0.372 0.026 0.054 0.158 26 V 0.009 0.001 0.094 0.458 0.329 0.023 0.014 0.072 27 K 0.016 0.003 0.115 0.173 0.354 0.047 0.043 0.249 28 Y 0.089 0.005 0.036 0.102 0.157 0.098 0.055 0.457 29 D 0.024 0.004 0.043 0.099 0.131 0.107 0.032 0.560 30 D 0.016 0.003 0.021 0.038 0.066 0.099 0.032 0.724 31 Y 0.143 0.009 0.017 0.037 0.037 0.111 0.106 0.540 32 P 0.271 0.017 0.005 0.016 0.014 0.103 0.055 0.519 33 E 0.062 0.011 0.006 0.013 0.039 0.106 0.051 0.713 34 N 0.013 0.007 0.016 0.045 0.117 0.124 0.039 0.640 35 G 0.007 0.006 0.036 0.216 0.429 0.054 0.036 0.216 36 V 0.009 0.005 0.037 0.260 0.276 0.051 0.071 0.291 37 V 0.007 0.002 0.093 0.426 0.268 0.029 0.050 0.124 38 Q 0.004 0.001 0.061 0.180 0.456 0.043 0.031 0.223 39 M 0.016 0.002 0.091 0.238 0.180 0.075 0.025 0.372 40 N 0.261 0.038 0.059 0.062 0.058 0.063 0.174 0.285 41 S 0.177 0.035 0.016 0.009 0.022 0.082 0.051 0.609 42 R 0.046 0.035 0.029 0.052 0.040 0.122 0.028 0.648 43 D 0.026 0.074 0.037 0.035 0.092 0.114 0.051 0.571 44 V 0.030 0.161 0.018 0.055 0.048 0.114 0.048 0.526 45 R 0.140 0.413 0.013 0.044 0.046 0.057 0.092 0.196 46 A 0.075 0.148 0.018 0.021 0.039 0.090 0.279 0.331 47 R 0.054 0.248 0.030 0.038 0.076 0.087 0.150 0.317 48 A 0.060 0.201 0.033 0.057 0.110 0.078 0.115 0.347 49 R 0.036 0.128 0.066 0.070 0.133 0.076 0.108 0.385 50 T 0.021 0.049 0.087 0.175 0.259 0.054 0.090 0.264 51 I 0.026 0.025 0.087 0.118 0.171 0.085 0.067 0.421 52 I 0.047 0.016 0.123 0.153 0.138 0.089 0.045 0.389 53 K 0.136 0.039 0.036 0.029 0.050 0.065 0.130 0.515 54 W 0.264 0.015 0.014 0.012 0.017 0.092 0.050 0.537 55 Q 0.058 0.020 0.036 0.068 0.050 0.104 0.053 0.612 56 D 0.025 0.014 0.024 0.012 0.051 0.094 0.067 0.713 57 L 0.057 0.013 0.026 0.081 0.059 0.152 0.043 0.568 58 E 0.054 0.039 0.053 0.115 0.156 0.111 0.077 0.395 59 V 0.019 0.021 0.029 0.040 0.106 0.112 0.083 0.591 60 G 0.010 0.027 0.099 0.096 0.276 0.094 0.049 0.348 61 Q 0.003 0.016 0.235 0.140 0.354 0.041 0.069 0.142 62 V 0.002 0.006 0.448 0.114 0.148 0.028 0.097 0.156 63 V 0.007 0.008 0.317 0.255 0.251 0.029 0.049 0.084 64 M 0.022 0.004 0.383 0.110 0.259 0.027 0.082 0.114 65 L 0.016 0.004 0.197 0.203 0.155 0.059 0.070 0.296 66 N 0.005 0.003 0.142 0.155 0.262 0.136 0.030 0.269 67 Y 0.003 0.003 0.115 0.065 0.081 0.151 0.021 0.562 68 N 0.692 0.029 0.006 0.004 0.003 0.015 0.209 0.042 69 P 0.074 0.029 0.014 0.013 0.020 0.134 0.070 0.646 70 D 0.004 0.005 0.004 0.007 0.011 0.105 0.009 0.854 71 N 0.218 0.041 0.011 0.017 0.025 0.076 0.252 0.361 72 P 0.166 0.019 0.013 0.023 0.019 0.117 0.167 0.474 73 K 0.190 0.009 0.008 0.031 0.027 0.078 0.046 0.610 74 E 0.101 0.012 0.014 0.015 0.027 0.125 0.040 0.666 75 R 0.026 0.012 0.040 0.035 0.097 0.163 0.039 0.590 76 G 0.010 0.012 0.044 0.104 0.281 0.081 0.042 0.426 77 F 0.005 0.018 0.059 0.282 0.371 0.040 0.051 0.175 78 W 0.008 0.042 0.084 0.245 0.290 0.045 0.066 0.219 79 Y 0.008 0.118 0.051 0.280 0.312 0.028 0.074 0.129 80 D 0.008 0.068 0.034 0.141 0.351 0.018 0.275 0.106 81 A 0.007 0.109 0.037 0.299 0.369 0.019 0.073 0.087 82 E 0.015 0.191 0.051 0.292 0.280 0.021 0.057 0.093 83 I 0.035 0.228 0.048 0.172 0.187 0.030 0.074 0.225 84 S 0.049 0.248 0.028 0.112 0.251 0.032 0.046 0.234 85 R 0.073 0.033 0.059 0.118 0.163 0.055 0.175 0.324 86 K 0.129 0.018 0.026 0.068 0.069 0.068 0.143 0.480 87 R 0.153 0.007 0.012 0.028 0.028 0.083 0.028 0.661 88 E 0.018 0.003 0.015 0.012 0.031 0.071 0.016 0.833 89 T 0.023 0.002 0.015 0.016 0.031 0.108 0.038 0.766 90 R 0.018 0.003 0.037 0.040 0.044 0.107 0.035 0.716