# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.68773 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.217 0.106 0.079 0.133 0.115 0.091 0.109 0.071 0.041 0.025 0.013 2 K 0.182 0.157 0.106 0.176 0.118 0.085 0.083 0.045 0.027 0.015 0.008 3 A 0.097 0.084 0.052 0.094 0.095 0.101 0.146 0.107 0.102 0.070 0.050 4 P 0.218 0.127 0.055 0.132 0.116 0.078 0.104 0.071 0.049 0.031 0.018 5 S 0.220 0.205 0.098 0.168 0.099 0.063 0.060 0.037 0.025 0.017 0.008 6 R 0.199 0.154 0.066 0.177 0.127 0.088 0.082 0.051 0.029 0.017 0.009 7 D 0.288 0.185 0.055 0.136 0.088 0.067 0.070 0.050 0.030 0.020 0.010 8 E 0.131 0.111 0.055 0.153 0.138 0.117 0.121 0.081 0.049 0.029 0.016 9 P 0.189 0.118 0.070 0.142 0.114 0.089 0.105 0.074 0.048 0.034 0.017 10 C 0.056 0.058 0.044 0.101 0.103 0.149 0.181 0.110 0.099 0.068 0.032 11 S 0.142 0.163 0.086 0.171 0.125 0.088 0.096 0.059 0.037 0.022 0.011 12 S 0.174 0.131 0.064 0.145 0.113 0.092 0.108 0.073 0.050 0.033 0.017 13 T 0.246 0.154 0.063 0.147 0.110 0.076 0.084 0.055 0.034 0.021 0.011 14 S 0.254 0.217 0.071 0.161 0.096 0.061 0.061 0.039 0.021 0.013 0.006 15 R 0.142 0.136 0.060 0.153 0.133 0.119 0.117 0.067 0.039 0.023 0.011 16 P 0.410 0.166 0.072 0.126 0.080 0.046 0.048 0.028 0.014 0.007 0.003 17 A 0.193 0.148 0.073 0.143 0.105 0.094 0.106 0.060 0.038 0.027 0.011 18 L 0.065 0.222 0.069 0.146 0.114 0.109 0.116 0.067 0.046 0.033 0.013 19 E 0.333 0.237 0.072 0.151 0.088 0.047 0.035 0.020 0.009 0.005 0.002 20 E 0.486 0.142 0.076 0.125 0.061 0.041 0.036 0.019 0.008 0.004 0.001 21 D 0.133 0.150 0.090 0.242 0.147 0.086 0.077 0.041 0.019 0.010 0.004 22 V 0.003 0.005 0.007 0.013 0.026 0.071 0.145 0.138 0.224 0.218 0.148 23 I 0.018 0.047 0.108 0.195 0.207 0.161 0.111 0.070 0.041 0.029 0.012 24 Y 0.006 0.009 0.044 0.036 0.045 0.139 0.231 0.154 0.164 0.130 0.042 25 H 0.016 0.040 0.061 0.210 0.199 0.135 0.152 0.094 0.051 0.026 0.015 26 V 0.004 0.002 0.004 0.005 0.009 0.020 0.064 0.109 0.219 0.291 0.274 27 K 0.033 0.115 0.142 0.333 0.221 0.072 0.044 0.022 0.010 0.005 0.003 28 Y 0.006 0.010 0.014 0.020 0.034 0.070 0.164 0.166 0.191 0.194 0.130 29 D 0.187 0.165 0.103 0.203 0.147 0.076 0.060 0.030 0.016 0.008 0.005 30 D 0.498 0.191 0.076 0.108 0.046 0.026 0.030 0.014 0.007 0.004 0.002 31 Y 0.038 0.048 0.021 0.056 0.062 0.119 0.151 0.107 0.150 0.149 0.099 32 P 0.289 0.335 0.044 0.117 0.075 0.043 0.047 0.026 0.014 0.008 0.003 33 E 0.383 0.173 0.081 0.148 0.076 0.056 0.039 0.022 0.012 0.007 0.003 34 N 0.320 0.158 0.071 0.139 0.098 0.070 0.066 0.040 0.020 0.011 0.006 35 G 0.108 0.119 0.031 0.150 0.131 0.117 0.150 0.100 0.052 0.028 0.012 36 V 0.023 0.019 0.018 0.043 0.061 0.090 0.127 0.138 0.180 0.176 0.125 37 V 0.043 0.051 0.078 0.140 0.138 0.148 0.172 0.104 0.067 0.042 0.017 38 Q 0.037 0.105 0.133 0.293 0.183 0.095 0.079 0.040 0.020 0.010 0.005 39 M 0.009 0.005 0.006 0.009 0.018 0.033 0.087 0.115 0.200 0.240 0.278 40 N 0.126 0.264 0.086 0.249 0.147 0.049 0.038 0.022 0.011 0.006 0.003 41 S 0.152 0.153 0.077 0.123 0.098 0.097 0.120 0.070 0.052 0.038 0.021 42 R 0.388 0.230 0.070 0.139 0.074 0.041 0.031 0.014 0.007 0.003 0.002 43 D 0.583 0.208 0.036 0.087 0.035 0.018 0.017 0.009 0.004 0.002 0.001 44 V 0.034 0.031 0.021 0.037 0.046 0.071 0.119 0.122 0.193 0.175 0.150 45 R 0.039 0.085 0.067 0.184 0.188 0.154 0.137 0.075 0.041 0.020 0.010 46 A 0.074 0.059 0.143 0.137 0.114 0.122 0.131 0.094 0.063 0.039 0.023 47 R 0.027 0.039 0.067 0.131 0.172 0.127 0.181 0.138 0.066 0.033 0.021 48 A 0.011 0.012 0.022 0.044 0.056 0.049 0.150 0.215 0.191 0.167 0.084 49 R 0.022 0.031 0.108 0.158 0.163 0.154 0.153 0.090 0.063 0.041 0.017 50 T 0.055 0.102 0.318 0.225 0.126 0.067 0.059 0.028 0.012 0.006 0.003 51 I 0.024 0.028 0.065 0.098 0.128 0.107 0.189 0.154 0.097 0.067 0.042 52 I 0.014 0.010 0.017 0.018 0.031 0.058 0.139 0.134 0.214 0.214 0.151 53 K 0.063 0.232 0.284 0.257 0.100 0.030 0.019 0.008 0.004 0.002 0.001 54 W 0.035 0.024 0.056 0.075 0.110 0.164 0.215 0.126 0.091 0.070 0.036 55 Q 0.381 0.218 0.106 0.133 0.063 0.036 0.034 0.017 0.008 0.004 0.001 56 D 0.071 0.148 0.084 0.213 0.139 0.106 0.123 0.062 0.031 0.015 0.008 57 L 0.012 0.007 0.011 0.013 0.022 0.045 0.089 0.100 0.190 0.217 0.292 58 E 0.212 0.359 0.150 0.180 0.065 0.019 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 59 V 0.029 0.024 0.040 0.065 0.091 0.093 0.170 0.152 0.143 0.102 0.091 60 G 0.118 0.097 0.054 0.117 0.104 0.091 0.135 0.094 0.087 0.065 0.037 61 Q 0.035 0.068 0.075 0.174 0.123 0.143 0.153 0.091 0.076 0.043 0.020 62 V 0.015 0.024 0.045 0.076 0.093 0.134 0.183 0.163 0.121 0.094 0.052 63 V 0.002 0.005 0.010 0.021 0.031 0.047 0.119 0.173 0.230 0.212 0.150 64 M 0.003 0.005 0.012 0.021 0.037 0.039 0.094 0.170 0.218 0.229 0.173 65 L 0.004 0.007 0.019 0.030 0.041 0.055 0.108 0.138 0.215 0.230 0.154 66 N 0.006 0.007 0.017 0.040 0.073 0.086 0.167 0.186 0.179 0.141 0.097 67 Y 0.010 0.009 0.016 0.025 0.040 0.054 0.118 0.162 0.213 0.204 0.148 68 N 0.028 0.078 0.068 0.143 0.148 0.105 0.159 0.115 0.078 0.047 0.031 69 P 0.129 0.071 0.043 0.095 0.099 0.104 0.161 0.099 0.095 0.063 0.041 70 D 0.524 0.171 0.054 0.095 0.050 0.033 0.036 0.017 0.011 0.006 0.003 71 N 0.237 0.253 0.065 0.165 0.094 0.062 0.059 0.030 0.019 0.011 0.006 72 P 0.118 0.125 0.029 0.070 0.066 0.069 0.107 0.095 0.112 0.107 0.102 73 K 0.336 0.238 0.070 0.156 0.090 0.044 0.031 0.017 0.010 0.006 0.003 74 E 0.297 0.204 0.110 0.158 0.073 0.056 0.045 0.025 0.016 0.011 0.005 75 R 0.036 0.051 0.031 0.119 0.116 0.168 0.182 0.118 0.094 0.057 0.028 76 G 0.171 0.113 0.052 0.106 0.081 0.086 0.125 0.101 0.084 0.054 0.028 77 F 0.021 0.026 0.040 0.087 0.093 0.135 0.187 0.141 0.130 0.090 0.050 78 W 0.022 0.027 0.044 0.074 0.085 0.098 0.147 0.142 0.147 0.127 0.086 79 Y 0.009 0.014 0.018 0.041 0.069 0.090 0.179 0.196 0.179 0.131 0.074 80 D 0.020 0.031 0.048 0.094 0.122 0.104 0.171 0.159 0.122 0.083 0.048 81 A 0.028 0.013 0.029 0.047 0.063 0.089 0.181 0.167 0.173 0.127 0.082 82 E 0.079 0.106 0.113 0.222 0.172 0.097 0.112 0.051 0.028 0.012 0.007 83 I 0.009 0.009 0.020 0.021 0.037 0.040 0.125 0.161 0.211 0.195 0.173 84 S 0.046 0.062 0.128 0.183 0.169 0.123 0.141 0.067 0.044 0.027 0.011 85 R 0.077 0.161 0.378 0.201 0.080 0.043 0.034 0.013 0.007 0.003 0.001 86 K 0.074 0.089 0.143 0.172 0.150 0.118 0.129 0.070 0.031 0.017 0.008 87 R 0.206 0.153 0.137 0.136 0.086 0.071 0.099 0.057 0.030 0.018 0.006 88 E 0.169 0.149 0.231 0.194 0.104 0.058 0.051 0.026 0.011 0.005 0.002 89 T 0.134 0.215 0.260 0.146 0.085 0.056 0.054 0.027 0.012 0.007 0.003 90 R 0.205 0.161 0.135 0.164 0.119 0.072 0.075 0.040 0.017 0.008 0.004