# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.68773 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.041 0.021 0.012 0.015 0.020 0.038 0.006 0.847 2 K 0.066 0.025 0.019 0.023 0.040 0.077 0.014 0.737 3 A 0.172 0.028 0.032 0.035 0.049 0.092 0.011 0.580 4 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.992 5 S 0.032 0.009 0.017 0.023 0.043 0.221 0.007 0.647 6 R 0.314 0.014 0.021 0.013 0.020 0.062 0.018 0.538 7 D 0.142 0.026 0.024 0.020 0.029 0.178 0.021 0.560 8 E 0.296 0.013 0.042 0.035 0.038 0.156 0.015 0.404 9 P 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.984 10 C 0.034 0.008 0.036 0.058 0.156 0.118 0.005 0.584 11 S 0.124 0.021 0.034 0.050 0.070 0.105 0.011 0.585 12 S 0.104 0.031 0.034 0.063 0.094 0.095 0.010 0.569 13 T 0.092 0.025 0.032 0.044 0.066 0.142 0.012 0.586 14 S 0.124 0.020 0.020 0.019 0.030 0.158 0.029 0.600 15 R 0.212 0.021 0.035 0.037 0.054 0.176 0.015 0.449 16 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.995 17 A 0.022 0.010 0.015 0.027 0.069 0.215 0.004 0.638 18 L 0.196 0.030 0.019 0.029 0.051 0.105 0.012 0.557 19 E 0.104 0.059 0.020 0.046 0.071 0.089 0.010 0.600 20 E 0.085 0.040 0.026 0.051 0.058 0.112 0.013 0.613 21 D 0.202 0.048 0.041 0.072 0.085 0.097 0.024 0.431 22 V 0.108 0.031 0.111 0.191 0.216 0.058 0.013 0.272 23 I 0.011 0.006 0.169 0.316 0.339 0.026 0.003 0.129 24 Y 0.004 0.003 0.140 0.369 0.365 0.012 0.002 0.104 25 H 0.003 0.002 0.132 0.301 0.428 0.013 0.002 0.119 26 V 0.002 0.001 0.171 0.308 0.380 0.015 0.001 0.120 27 K 0.002 0.001 0.134 0.243 0.408 0.036 0.002 0.175 28 Y 0.008 0.003 0.091 0.160 0.374 0.059 0.003 0.303 29 D 0.006 0.005 0.038 0.070 0.149 0.279 0.004 0.448 30 D 0.046 0.004 0.012 0.020 0.046 0.197 0.023 0.652 31 Y 0.233 0.022 0.024 0.035 0.054 0.243 0.012 0.378 32 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.990 33 E 0.010 0.012 0.003 0.010 0.026 0.125 0.003 0.811 34 N 0.355 0.057 0.012 0.018 0.064 0.060 0.024 0.410 35 G 0.565 0.022 0.040 0.045 0.053 0.080 0.023 0.172 36 V 0.047 0.014 0.151 0.190 0.150 0.076 0.008 0.364 37 V 0.005 0.002 0.110 0.453 0.359 0.013 0.002 0.057 38 Q 0.006 0.007 0.085 0.154 0.257 0.039 0.003 0.448 39 M 0.008 0.006 0.367 0.160 0.286 0.031 0.002 0.141 40 N 0.005 0.007 0.092 0.206 0.221 0.164 0.004 0.300 41 S 0.028 0.010 0.107 0.062 0.189 0.055 0.012 0.538 42 R 0.023 0.009 0.029 0.023 0.034 0.377 0.011 0.494 43 D 0.141 0.007 0.021 0.013 0.019 0.411 0.033 0.355 44 V 0.141 0.101 0.047 0.020 0.048 0.132 0.012 0.498 45 R 0.045 0.085 0.046 0.062 0.119 0.232 0.004 0.407 46 A 0.003 0.015 0.003 0.004 0.009 0.031 0.001 0.935 47 R 0.035 0.232 0.019 0.031 0.108 0.094 0.006 0.475 48 A 0.117 0.516 0.017 0.028 0.065 0.050 0.009 0.197 49 R 0.048 0.668 0.036 0.042 0.048 0.029 0.009 0.119 50 T 0.100 0.566 0.024 0.048 0.057 0.023 0.025 0.155 51 I 0.105 0.486 0.031 0.055 0.104 0.011 0.018 0.190 52 I 0.055 0.308 0.108 0.171 0.143 0.036 0.017 0.162 53 K 0.027 0.117 0.071 0.116 0.109 0.099 0.018 0.443 54 W 0.054 0.098 0.141 0.094 0.228 0.041 0.015 0.329 55 Q 0.022 0.048 0.032 0.038 0.039 0.271 0.018 0.533 56 D 0.265 0.024 0.035 0.019 0.030 0.098 0.087 0.443 57 L 0.337 0.105 0.104 0.045 0.052 0.069 0.022 0.266 58 E 0.062 0.023 0.077 0.085 0.096 0.280 0.010 0.367 59 V 0.026 0.012 0.060 0.052 0.116 0.076 0.006 0.652 60 G 0.042 0.008 0.210 0.144 0.246 0.087 0.007 0.256 61 Q 0.066 0.007 0.162 0.128 0.094 0.113 0.010 0.418 62 V 0.018 0.008 0.484 0.070 0.114 0.057 0.004 0.245 63 V 0.009 0.003 0.681 0.100 0.104 0.025 0.001 0.077 64 M 0.002 0.002 0.694 0.073 0.122 0.023 0.001 0.082 65 L 0.002 0.001 0.685 0.112 0.145 0.015 0.001 0.039 66 N 0.003 0.003 0.410 0.096 0.233 0.032 0.002 0.220 67 Y 0.014 0.002 0.244 0.091 0.189 0.136 0.006 0.317 68 N 0.007 0.003 0.032 0.053 0.049 0.534 0.003 0.319 69 P 0.003 0.001 0.004 0.003 0.009 0.013 0.001 0.966 70 D 0.010 0.002 0.001 0.003 0.005 0.798 0.007 0.174 71 N 0.858 0.001 0.001 0.003 0.002 0.053 0.028 0.053 72 P 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.990 73 K 0.008 0.010 0.004 0.022 0.037 0.607 0.002 0.310 74 E 0.405 0.022 0.010 0.025 0.039 0.113 0.024 0.362 75 R 0.258 0.102 0.023 0.060 0.130 0.079 0.016 0.331 76 G 0.145 0.023 0.072 0.141 0.209 0.069 0.014 0.327 77 F 0.041 0.006 0.120 0.288 0.243 0.069 0.010 0.223 78 W 0.007 0.002 0.116 0.238 0.277 0.027 0.002 0.331 79 Y 0.002 0.001 0.099 0.390 0.435 0.013 0.001 0.058 80 D 0.004 0.003 0.147 0.163 0.292 0.070 0.002 0.320 81 A 0.005 0.003 0.129 0.210 0.450 0.022 0.002 0.178 82 E 0.007 0.004 0.112 0.257 0.403 0.071 0.003 0.144 83 I 0.016 0.009 0.069 0.224 0.320 0.057 0.006 0.299 84 S 0.008 0.020 0.061 0.257 0.501 0.034 0.002 0.115 85 R 0.017 0.059 0.023 0.103 0.178 0.112 0.007 0.502 86 K 0.047 0.092 0.045 0.099 0.269 0.110 0.014 0.325 87 R 0.068 0.134 0.026 0.074 0.143 0.093 0.020 0.442 88 E 0.102 0.124 0.021 0.050 0.082 0.135 0.028 0.458 89 T 0.126 0.149 0.027 0.046 0.079 0.126 0.026 0.422 90 R 0.084 0.156 0.035 0.038 0.083 0.063 0.013 0.527