# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.4855 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.088 0.073 0.146 0.279 0.013 0.092 0.022 0.030 0.029 0.020 0.036 0.041 0.067 0.005 0.020 0.041 2 K 0.073 0.140 0.230 0.347 0.006 0.026 0.011 0.009 0.023 0.009 0.024 0.024 0.028 0.004 0.006 0.041 3 A 0.077 0.036 0.203 0.380 0.012 0.172 0.012 0.006 0.008 0.006 0.014 0.030 0.029 0.002 0.004 0.011 4 P 0.024 0.119 0.220 0.335 0.019 0.116 0.010 0.012 0.004 0.005 0.074 0.018 0.031 0.003 0.003 0.010 5 S 0.016 0.094 0.042 0.322 0.023 0.274 0.010 0.017 0.009 0.006 0.056 0.086 0.031 0.005 0.005 0.005 6 R 0.015 0.160 0.122 0.260 0.012 0.091 0.015 0.029 0.016 0.006 0.124 0.052 0.063 0.005 0.014 0.016 7 D 0.031 0.169 0.176 0.366 0.004 0.029 0.012 0.009 0.027 0.005 0.016 0.066 0.039 0.003 0.011 0.037 8 E 0.060 0.028 0.381 0.343 0.010 0.046 0.021 0.003 0.006 0.004 0.014 0.012 0.038 0.003 0.004 0.028 9 P 0.027 0.057 0.338 0.407 0.016 0.066 0.013 0.009 0.002 0.002 0.018 0.008 0.021 0.003 0.003 0.011 10 C 0.014 0.097 0.068 0.513 0.023 0.176 0.010 0.014 0.007 0.007 0.022 0.017 0.018 0.003 0.003 0.009 11 S 0.019 0.142 0.063 0.350 0.012 0.221 0.007 0.021 0.011 0.008 0.073 0.028 0.030 0.002 0.005 0.009 12 S 0.023 0.125 0.079 0.182 0.013 0.226 0.014 0.011 0.016 0.011 0.149 0.092 0.039 0.004 0.004 0.011 13 T 0.029 0.209 0.148 0.208 0.005 0.077 0.010 0.016 0.009 0.003 0.103 0.116 0.042 0.003 0.011 0.012 14 S 0.018 0.146 0.288 0.362 0.002 0.022 0.006 0.005 0.012 0.002 0.015 0.041 0.035 0.002 0.008 0.036 15 R 0.054 0.027 0.329 0.350 0.006 0.093 0.012 0.003 0.004 0.004 0.017 0.015 0.063 0.002 0.003 0.019 16 P 0.033 0.079 0.192 0.340 0.015 0.159 0.009 0.008 0.003 0.003 0.077 0.016 0.053 0.002 0.002 0.009 17 A 0.014 0.151 0.055 0.458 0.020 0.133 0.007 0.013 0.006 0.003 0.043 0.051 0.031 0.003 0.003 0.007 18 L 0.013 0.099 0.077 0.231 0.021 0.212 0.010 0.038 0.007 0.007 0.097 0.061 0.105 0.002 0.009 0.010 19 E 0.018 0.098 0.087 0.106 0.021 0.247 0.021 0.021 0.021 0.009 0.152 0.048 0.105 0.014 0.006 0.026 20 E 0.039 0.203 0.116 0.251 0.001 0.045 0.005 0.031 0.010 0.002 0.081 0.087 0.082 0.001 0.036 0.009 21 D 0.022 0.274 0.228 0.251 0.001 0.010 0.002 0.001 0.032 0.002 0.001 0.020 0.031 0.001 0.003 0.123 22 V 0.072 0.003 0.414 0.428 0.001 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.019 0.001 0.001 0.004 23 I 0.002 0.122 0.579 0.283 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 24 Y 0.001 0.002 0.005 0.989 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 H 0.001 0.003 0.099 0.889 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 V 0.002 0.003 0.012 0.974 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 K 0.001 0.013 0.008 0.837 0.029 0.109 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 Y 0.001 0.012 0.002 0.173 0.061 0.690 0.001 0.017 0.001 0.001 0.038 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 29 D 0.001 0.469 0.004 0.099 0.006 0.065 0.001 0.075 0.018 0.007 0.198 0.052 0.003 0.001 0.002 0.001 30 D 0.025 0.191 0.028 0.232 0.003 0.042 0.005 0.013 0.135 0.014 0.047 0.198 0.029 0.002 0.006 0.030 31 Y 0.035 0.033 0.539 0.086 0.008 0.079 0.026 0.003 0.003 0.003 0.025 0.050 0.086 0.001 0.008 0.015 32 P 0.012 0.022 0.103 0.027 0.061 0.315 0.021 0.024 0.001 0.004 0.169 0.038 0.183 0.007 0.003 0.010 33 E 0.004 0.044 0.007 0.014 0.075 0.014 0.052 0.022 0.006 0.002 0.121 0.026 0.021 0.581 0.005 0.005 34 N 0.002 0.023 0.017 0.017 0.001 0.003 0.003 0.063 0.008 0.001 0.003 0.018 0.017 0.001 0.819 0.006 35 G 0.013 0.006 0.059 0.010 0.001 0.003 0.002 0.001 0.091 0.018 0.003 0.003 0.023 0.001 0.001 0.768 36 V 0.854 0.005 0.067 0.032 0.001 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 0.013 0.001 0.001 0.002 37 V 0.004 0.129 0.588 0.227 0.001 0.011 0.002 0.004 0.001 0.001 0.004 0.009 0.015 0.001 0.002 0.003 38 Q 0.003 0.011 0.044 0.872 0.013 0.030 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 0.007 39 M 0.007 0.041 0.201 0.722 0.005 0.010 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 40 N 0.002 0.012 0.013 0.150 0.025 0.761 0.002 0.004 0.002 0.011 0.004 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 41 S 0.003 0.021 0.003 0.018 0.013 0.323 0.003 0.010 0.001 0.001 0.578 0.008 0.013 0.003 0.001 0.001 42 R 0.001 0.261 0.004 0.023 0.001 0.010 0.002 0.014 0.008 0.001 0.060 0.595 0.009 0.001 0.010 0.001 43 D 0.026 0.095 0.133 0.101 0.001 0.006 0.007 0.001 0.082 0.003 0.005 0.053 0.073 0.001 0.013 0.402 44 V 0.042 0.005 0.871 0.057 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.011 45 R 0.009 0.002 0.165 0.037 0.011 0.733 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.030 0.001 0.001 0.001 46 A 0.001 0.032 0.001 0.039 0.001 0.092 0.001 0.004 0.001 0.001 0.798 0.004 0.028 0.001 0.001 0.001 47 R 0.001 0.124 0.001 0.042 0.001 0.013 0.001 0.001 0.007 0.001 0.004 0.789 0.017 0.001 0.001 0.001 48 A 0.008 0.006 0.070 0.066 0.001 0.046 0.005 0.002 0.001 0.001 0.051 0.030 0.701 0.001 0.005 0.006 49 R 0.003 0.048 0.313 0.054 0.001 0.025 0.014 0.002 0.001 0.001 0.024 0.059 0.438 0.004 0.003 0.011 50 T 0.006 0.020 0.016 0.179 0.001 0.032 0.005 0.003 0.001 0.001 0.041 0.026 0.653 0.002 0.007 0.010 51 I 0.009 0.077 0.145 0.187 0.009 0.023 0.041 0.001 0.007 0.001 0.009 0.016 0.298 0.025 0.004 0.149 52 I 0.015 0.060 0.265 0.483 0.004 0.011 0.014 0.005 0.001 0.001 0.002 0.007 0.101 0.002 0.016 0.015 53 K 0.002 0.005 0.026 0.025 0.024 0.799 0.007 0.005 0.001 0.008 0.006 0.002 0.075 0.004 0.001 0.009 54 W 0.003 0.013 0.002 0.006 0.007 0.035 0.005 0.010 0.001 0.001 0.868 0.004 0.028 0.016 0.001 0.001 55 Q 0.002 0.164 0.006 0.010 0.001 0.002 0.002 0.018 0.015 0.001 0.012 0.677 0.019 0.002 0.066 0.003 56 D 0.022 0.012 0.086 0.026 0.001 0.002 0.010 0.001 0.040 0.002 0.003 0.006 0.089 0.003 0.011 0.688 57 L 0.135 0.003 0.796 0.026 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.009 58 E 0.011 0.010 0.108 0.032 0.416 0.238 0.117 0.003 0.001 0.004 0.007 0.003 0.017 0.031 0.001 0.003 59 V 0.003 0.076 0.007 0.148 0.003 0.036 0.001 0.591 0.003 0.001 0.088 0.004 0.010 0.001 0.027 0.001 60 G 0.002 0.063 0.018 0.179 0.001 0.025 0.001 0.002 0.538 0.060 0.007 0.055 0.016 0.001 0.001 0.031 61 Q 0.419 0.079 0.134 0.327 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.010 0.015 0.001 0.001 0.005 62 V 0.004 0.003 0.557 0.421 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 63 V 0.001 0.014 0.147 0.817 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 64 M 0.001 0.004 0.002 0.980 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 L 0.001 0.007 0.015 0.903 0.032 0.025 0.001 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 66 N 0.003 0.052 0.013 0.595 0.060 0.223 0.003 0.012 0.004 0.005 0.010 0.003 0.009 0.002 0.001 0.004 67 Y 0.006 0.196 0.019 0.682 0.004 0.020 0.001 0.025 0.006 0.004 0.018 0.006 0.004 0.001 0.002 0.005 68 N 0.004 0.016 0.006 0.028 0.002 0.891 0.001 0.002 0.003 0.008 0.005 0.023 0.009 0.001 0.001 0.001 69 P 0.003 0.009 0.007 0.006 0.003 0.040 0.002 0.002 0.001 0.001 0.900 0.007 0.018 0.001 0.001 0.001 70 D 0.002 0.268 0.010 0.042 0.001 0.003 0.001 0.005 0.002 0.001 0.012 0.636 0.011 0.001 0.005 0.001 71 N 0.007 0.007 0.041 0.042 0.004 0.098 0.020 0.002 0.010 0.005 0.009 0.035 0.651 0.007 0.013 0.048 72 P 0.005 0.009 0.096 0.012 0.002 0.054 0.022 0.003 0.001 0.001 0.223 0.015 0.543 0.002 0.004 0.008 73 K 0.007 0.109 0.021 0.040 0.003 0.025 0.006 0.009 0.004 0.002 0.038 0.359 0.357 0.004 0.006 0.011 74 E 0.015 0.007 0.025 0.033 0.049 0.015 0.127 0.003 0.010 0.002 0.012 0.012 0.172 0.468 0.006 0.043 75 R 0.006 0.036 0.285 0.035 0.001 0.005 0.015 0.046 0.002 0.001 0.006 0.006 0.094 0.002 0.447 0.014 76 G 0.020 0.019 0.178 0.093 0.001 0.017 0.006 0.004 0.078 0.034 0.007 0.007 0.077 0.002 0.004 0.453 77 F 0.674 0.009 0.088 0.139 0.001 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.018 0.007 0.036 0.001 0.001 0.006 78 W 0.008 0.075 0.307 0.518 0.013 0.024 0.004 0.002 0.001 0.001 0.008 0.008 0.022 0.003 0.001 0.007 79 Y 0.004 0.017 0.036 0.733 0.004 0.163 0.001 0.007 0.001 0.001 0.004 0.005 0.022 0.001 0.002 0.001 80 D 0.002 0.344 0.045 0.408 0.002 0.131 0.001 0.003 0.005 0.003 0.018 0.009 0.022 0.001 0.001 0.004 81 A 0.010 0.015 0.028 0.764 0.001 0.018 0.001 0.004 0.001 0.001 0.135 0.007 0.014 0.001 0.001 0.001 82 E 0.007 0.030 0.279 0.481 0.007 0.072 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.048 0.060 0.001 0.001 0.002 83 I 0.003 0.024 0.030 0.626 0.015 0.118 0.007 0.002 0.001 0.001 0.029 0.008 0.131 0.002 0.001 0.005 84 S 0.002 0.204 0.036 0.499 0.016 0.096 0.007 0.008 0.002 0.001 0.013 0.030 0.078 0.002 0.002 0.005 85 R 0.008 0.054 0.044 0.282 0.029 0.294 0.017 0.025 0.007 0.008 0.042 0.018 0.140 0.010 0.006 0.015 86 K 0.012 0.145 0.127 0.167 0.017 0.076 0.025 0.032 0.009 0.006 0.174 0.036 0.123 0.012 0.019 0.019 87 R 0.022 0.101 0.089 0.169 0.008 0.074 0.016 0.027 0.017 0.007 0.073 0.103 0.209 0.009 0.029 0.046 88 E 0.048 0.090 0.185 0.163 0.013 0.057 0.027 0.009 0.018 0.007 0.049 0.057 0.182 0.017 0.012 0.066 89 T 0.040 0.054 0.167 0.111 0.049 0.143 0.077 0.013 0.005 0.005 0.045 0.061 0.176 0.020 0.015 0.020 90 R 0.015 0.123 0.133 0.112 0.034 0.080 0.047 0.063 0.008 0.006 0.120 0.049 0.124 0.025 0.031 0.030