# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.4855 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.013 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.029 0.134 0.723 2 K 0.033 0.017 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.054 0.109 0.741 3 A 0.138 0.021 0.009 0.001 0.010 0.004 0.002 0.002 0.004 0.005 0.007 0.001 0.003 0.003 0.002 0.001 0.045 0.140 0.101 0.501 4 P 0.078 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.036 0.099 0.742 5 S 0.098 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.040 0.107 0.722 6 R 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.015 0.110 0.797 7 D 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.028 0.099 0.811 8 E 0.040 0.007 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.012 0.009 0.011 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.119 0.098 0.135 0.555 9 P 0.021 0.005 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.065 0.138 0.699 10 C 0.039 0.007 0.002 0.001 0.006 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.004 0.002 0.075 0.092 0.131 0.626 11 S 0.111 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.060 0.069 0.113 0.624 12 S 0.079 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.043 0.122 0.698 13 T 0.015 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.019 0.125 0.775 14 S 0.028 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.025 0.111 0.783 15 R 0.107 0.027 0.001 0.001 0.002 0.004 0.004 0.003 0.006 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.067 0.122 0.589 16 P 0.043 0.017 0.002 0.001 0.006 0.005 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.042 0.052 0.127 0.688 17 A 0.047 0.009 0.003 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.046 0.051 0.111 0.711 18 L 0.243 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.038 0.058 0.089 0.548 19 E 0.110 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.060 0.141 0.622 20 E 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.281 0.035 0.143 0.522 21 D 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.425 0.073 0.082 0.398 22 V 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.004 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.743 0.080 0.024 0.127 23 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.006 0.005 0.005 0.725 0.044 0.030 0.170 24 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.003 0.945 0.014 0.004 0.023 25 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.834 0.027 0.014 0.108 26 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.853 0.026 0.021 0.076 27 K 0.023 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.579 0.073 0.057 0.250 28 Y 0.294 0.010 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.214 0.116 0.062 0.283 29 D 0.013 0.007 0.001 0.001 0.005 0.014 0.025 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.120 0.033 0.114 0.662 30 D 0.008 0.009 0.001 0.001 0.006 0.026 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.034 0.107 0.749 31 Y 0.097 0.013 0.032 0.001 0.045 0.004 0.001 0.001 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.204 0.072 0.475 32 P 0.574 0.003 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.070 0.033 0.301 33 E 0.053 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 0.077 0.849 34 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.005 0.120 0.832 35 G 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.072 0.015 0.002 0.001 0.001 0.005 0.003 0.346 0.067 0.055 0.404 36 V 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.224 0.192 0.003 0.004 0.006 0.005 0.004 0.055 0.048 0.041 0.353 37 V 0.005 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 0.005 0.001 0.002 0.007 0.004 0.021 0.067 0.007 0.009 0.574 0.040 0.029 0.216 38 Q 0.004 0.004 0.001 0.001 0.008 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.058 0.066 0.016 0.276 0.049 0.058 0.399 39 M 0.015 0.009 0.001 0.001 0.010 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.047 0.009 0.428 0.063 0.070 0.333 40 N 0.145 0.050 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.268 0.100 0.074 0.355 41 S 0.199 0.070 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.103 0.065 0.094 0.467 42 R 0.023 0.080 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.170 0.029 0.142 0.548 43 D 0.014 0.075 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.175 0.037 0.144 0.538 44 V 0.090 0.302 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.119 0.049 0.068 0.348 45 R 0.224 0.401 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.003 0.002 0.001 0.077 0.052 0.051 0.174 46 A 0.024 0.145 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.001 0.122 0.305 0.084 0.301 47 R 0.072 0.248 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.110 0.247 0.084 0.215 48 A 0.228 0.342 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.107 0.056 0.054 0.203 49 R 0.054 0.185 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.128 0.054 0.089 0.482 50 T 0.041 0.168 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.337 0.049 0.066 0.325 51 I 0.050 0.116 0.011 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.194 0.079 0.112 0.425 52 I 0.065 0.095 0.038 0.002 0.007 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.259 0.078 0.091 0.354 53 K 0.246 0.154 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.115 0.076 0.057 0.339 54 W 0.312 0.076 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.070 0.069 0.430 55 Q 0.074 0.024 0.006 0.001 0.005 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.167 0.046 0.102 0.563 56 D 0.016 0.007 0.003 0.001 0.010 0.003 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.112 0.026 0.098 0.717 57 L 0.034 0.006 0.004 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.202 0.052 0.132 0.549 58 E 0.264 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.192 0.100 0.071 0.344 59 V 0.036 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.097 0.049 0.123 0.682 60 G 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.345 0.029 0.131 0.481 61 Q 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.751 0.046 0.039 0.147 62 V 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.789 0.091 0.016 0.084 63 V 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.008 0.004 0.003 0.849 0.051 0.008 0.056 64 M 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.003 0.002 0.906 0.038 0.006 0.032 65 L 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.704 0.042 0.035 0.200 66 N 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.021 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.558 0.041 0.077 0.279 67 Y 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.302 0.022 0.169 0.500 68 N 0.564 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.110 0.060 0.222 69 P 0.025 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.053 0.163 0.695 70 D 0.013 0.019 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.019 0.128 0.784 71 N 0.269 0.093 0.007 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.128 0.078 0.391 72 P 0.260 0.046 0.016 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.155 0.115 0.380 73 K 0.284 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.023 0.037 0.098 0.528 74 E 0.034 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.032 0.016 0.116 0.786 75 R 0.015 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.138 0.035 0.161 0.616 76 G 0.012 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.014 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.212 0.089 0.113 0.502 77 F 0.027 0.083 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.009 0.001 0.002 0.006 0.004 0.003 0.384 0.097 0.060 0.310 78 W 0.018 0.102 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.004 0.003 0.397 0.074 0.068 0.319 79 Y 0.016 0.210 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.008 0.003 0.432 0.062 0.049 0.204 80 D 0.042 0.122 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.285 0.390 0.037 0.112 81 A 0.010 0.191 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.274 0.184 0.090 0.241 82 E 0.061 0.239 0.013 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.298 0.099 0.062 0.216 83 I 0.141 0.166 0.009 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.283 0.093 0.049 0.249 84 S 0.125 0.094 0.022 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.179 0.125 0.084 0.357 85 R 0.095 0.039 0.020 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.168 0.134 0.087 0.445 86 K 0.103 0.017 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.165 0.111 0.518 87 R 0.136 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.089 0.046 0.092 0.618 88 E 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.018 0.081 0.826 89 T 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.021 0.105 0.791 90 R 0.032 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.099 0.036 0.098 0.715