# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.4855 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.014 0.004 0.009 0.022 0.035 0.115 0.025 0.776 2 K 0.027 0.007 0.008 0.013 0.025 0.103 0.037 0.780 3 A 0.102 0.021 0.019 0.045 0.041 0.141 0.076 0.556 4 P 0.136 0.017 0.015 0.019 0.027 0.102 0.039 0.646 5 S 0.193 0.016 0.014 0.019 0.026 0.091 0.051 0.589 6 R 0.040 0.008 0.015 0.014 0.031 0.136 0.026 0.730 7 D 0.044 0.006 0.016 0.014 0.036 0.112 0.043 0.729 8 E 0.048 0.007 0.024 0.051 0.056 0.167 0.072 0.576 9 P 0.025 0.004 0.020 0.023 0.041 0.130 0.066 0.690 10 C 0.044 0.007 0.024 0.036 0.053 0.126 0.062 0.648 11 S 0.098 0.012 0.019 0.027 0.043 0.107 0.045 0.648 12 S 0.110 0.015 0.012 0.023 0.034 0.103 0.049 0.655 13 T 0.033 0.013 0.017 0.030 0.053 0.127 0.032 0.695 14 S 0.058 0.017 0.014 0.028 0.047 0.116 0.030 0.691 15 R 0.096 0.023 0.018 0.071 0.058 0.100 0.037 0.597 16 P 0.042 0.015 0.013 0.034 0.055 0.116 0.033 0.691 17 A 0.049 0.008 0.020 0.033 0.043 0.107 0.067 0.672 18 L 0.255 0.014 0.011 0.025 0.030 0.082 0.094 0.488 19 E 0.232 0.018 0.009 0.012 0.020 0.068 0.056 0.584 20 E 0.026 0.008 0.034 0.030 0.163 0.148 0.033 0.558 21 D 0.004 0.001 0.045 0.062 0.269 0.073 0.039 0.506 22 V 0.004 0.001 0.087 0.305 0.429 0.042 0.024 0.108 23 I 0.001 0.001 0.093 0.187 0.426 0.025 0.032 0.235 24 Y 0.001 0.001 0.106 0.469 0.355 0.012 0.010 0.047 25 H 0.002 0.001 0.196 0.224 0.364 0.026 0.025 0.162 26 V 0.004 0.001 0.125 0.373 0.274 0.030 0.026 0.168 27 K 0.068 0.005 0.118 0.169 0.206 0.058 0.041 0.336 28 Y 0.140 0.009 0.040 0.078 0.086 0.084 0.043 0.520 29 D 0.027 0.008 0.024 0.053 0.070 0.102 0.020 0.695 30 D 0.018 0.005 0.030 0.029 0.051 0.099 0.057 0.712 31 Y 0.152 0.009 0.029 0.050 0.037 0.135 0.089 0.499 32 P 0.744 0.006 0.007 0.007 0.006 0.029 0.026 0.175 33 E 0.084 0.006 0.006 0.007 0.019 0.094 0.013 0.770 34 N 0.004 0.002 0.014 0.008 0.063 0.075 0.009 0.824 35 G 0.016 0.006 0.047 0.183 0.333 0.083 0.044 0.288 36 V 0.007 0.003 0.053 0.249 0.236 0.056 0.043 0.351 37 V 0.006 0.004 0.098 0.297 0.299 0.035 0.039 0.221 38 Q 0.011 0.005 0.090 0.188 0.304 0.051 0.056 0.294 39 M 0.030 0.006 0.114 0.152 0.125 0.071 0.067 0.436 40 N 0.160 0.035 0.045 0.110 0.123 0.061 0.086 0.381 41 S 0.103 0.039 0.020 0.023 0.049 0.066 0.049 0.652 42 R 0.024 0.054 0.043 0.071 0.106 0.114 0.043 0.546 43 D 0.017 0.099 0.034 0.053 0.077 0.091 0.047 0.582 44 V 0.039 0.284 0.037 0.070 0.064 0.070 0.056 0.380 45 R 0.094 0.376 0.045 0.040 0.050 0.049 0.136 0.210 46 A 0.056 0.166 0.025 0.031 0.037 0.039 0.459 0.187 47 R 0.022 0.309 0.038 0.041 0.058 0.047 0.292 0.194 48 A 0.045 0.361 0.031 0.039 0.096 0.054 0.105 0.268 49 R 0.049 0.153 0.040 0.133 0.169 0.060 0.101 0.295 50 T 0.029 0.147 0.052 0.113 0.156 0.064 0.077 0.363 51 I 0.035 0.071 0.053 0.079 0.139 0.102 0.094 0.427 52 I 0.025 0.025 0.092 0.175 0.114 0.093 0.110 0.365 53 K 0.130 0.068 0.026 0.050 0.063 0.076 0.095 0.492 54 W 0.217 0.056 0.024 0.022 0.029 0.067 0.072 0.513 55 Q 0.044 0.044 0.027 0.066 0.085 0.093 0.049 0.593 56 D 0.008 0.013 0.033 0.024 0.078 0.088 0.063 0.692 57 L 0.028 0.016 0.070 0.100 0.094 0.148 0.106 0.439 58 E 0.278 0.040 0.057 0.081 0.076 0.074 0.125 0.270 59 V 0.038 0.038 0.032 0.029 0.064 0.107 0.051 0.641 60 G 0.004 0.013 0.128 0.046 0.196 0.117 0.047 0.449 61 Q 0.009 0.011 0.184 0.227 0.290 0.052 0.123 0.105 62 V 0.006 0.009 0.223 0.194 0.187 0.048 0.152 0.182 63 V 0.006 0.005 0.375 0.200 0.278 0.021 0.054 0.061 64 M 0.008 0.004 0.318 0.170 0.318 0.030 0.063 0.089 65 L 0.022 0.005 0.279 0.170 0.212 0.059 0.082 0.171 66 N 0.020 0.006 0.183 0.151 0.222 0.083 0.067 0.269 67 Y 0.031 0.004 0.043 0.038 0.070 0.126 0.034 0.654 68 N 0.333 0.017 0.030 0.027 0.035 0.138 0.091 0.330 69 P 0.039 0.009 0.011 0.012 0.017 0.184 0.027 0.699 70 D 0.031 0.007 0.005 0.005 0.009 0.084 0.012 0.847 71 N 0.300 0.043 0.009 0.017 0.019 0.106 0.108 0.398 72 P 0.115 0.028 0.014 0.015 0.024 0.139 0.060 0.605 73 K 0.190 0.022 0.015 0.022 0.045 0.099 0.055 0.551 74 E 0.037 0.009 0.013 0.023 0.040 0.106 0.037 0.736 75 R 0.015 0.012 0.055 0.063 0.249 0.146 0.044 0.416 76 G 0.009 0.014 0.067 0.088 0.273 0.072 0.044 0.434 77 F 0.009 0.022 0.110 0.328 0.337 0.041 0.020 0.133 78 W 0.005 0.037 0.140 0.177 0.328 0.035 0.033 0.247 79 Y 0.018 0.097 0.083 0.273 0.285 0.037 0.057 0.150 80 D 0.056 0.134 0.094 0.124 0.133 0.042 0.264 0.153 81 A 0.014 0.219 0.067 0.147 0.163 0.044 0.153 0.193 82 E 0.039 0.389 0.059 0.074 0.169 0.036 0.050 0.184 83 I 0.082 0.249 0.054 0.144 0.132 0.048 0.096 0.194 84 S 0.052 0.182 0.045 0.095 0.116 0.055 0.102 0.353 85 R 0.078 0.089 0.021 0.060 0.076 0.058 0.230 0.388 86 K 0.097 0.062 0.019 0.038 0.042 0.112 0.164 0.466 87 R 0.099 0.034 0.014 0.040 0.054 0.088 0.084 0.587 88 E 0.038 0.012 0.007 0.016 0.029 0.087 0.038 0.774 89 T 0.050 0.020 0.012 0.024 0.040 0.105 0.074 0.675 90 R 0.060 0.019 0.015 0.036 0.050 0.124 0.048 0.647