# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.4855 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.033 0.009 0.020 0.017 0.031 0.064 0.007 0.819 2 K 0.034 0.012 0.019 0.015 0.030 0.054 0.011 0.824 3 A 0.070 0.008 0.024 0.032 0.032 0.071 0.006 0.758 4 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 5 S 0.027 0.005 0.020 0.037 0.101 0.116 0.004 0.690 6 R 0.199 0.007 0.024 0.019 0.033 0.099 0.010 0.609 7 D 0.138 0.023 0.019 0.025 0.041 0.089 0.014 0.650 8 E 0.280 0.012 0.045 0.037 0.044 0.108 0.009 0.465 9 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.993 10 C 0.026 0.007 0.056 0.077 0.172 0.135 0.006 0.520 11 S 0.070 0.014 0.030 0.039 0.054 0.120 0.006 0.667 12 S 0.059 0.013 0.016 0.020 0.046 0.061 0.005 0.780 13 T 0.116 0.011 0.018 0.014 0.030 0.261 0.009 0.541 14 S 0.169 0.017 0.016 0.013 0.021 0.287 0.028 0.452 15 R 0.176 0.022 0.020 0.029 0.036 0.199 0.010 0.508 16 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 17 A 0.019 0.008 0.011 0.035 0.110 0.211 0.004 0.602 18 L 0.179 0.016 0.008 0.021 0.048 0.142 0.011 0.574 19 E 0.133 0.027 0.010 0.031 0.076 0.094 0.012 0.616 20 E 0.117 0.021 0.017 0.032 0.039 0.127 0.016 0.632 21 D 0.175 0.016 0.023 0.055 0.044 0.149 0.031 0.507 22 V 0.180 0.011 0.125 0.195 0.235 0.095 0.021 0.139 23 I 0.037 0.004 0.103 0.226 0.469 0.065 0.003 0.094 24 Y 0.003 0.001 0.127 0.420 0.409 0.009 0.001 0.031 25 H 0.002 0.001 0.097 0.338 0.438 0.010 0.001 0.113 26 V 0.001 0.001 0.185 0.345 0.396 0.009 0.001 0.064 27 K 0.002 0.001 0.089 0.280 0.454 0.031 0.001 0.141 28 Y 0.004 0.002 0.058 0.160 0.453 0.041 0.002 0.280 29 D 0.012 0.003 0.037 0.079 0.193 0.141 0.005 0.530 30 D 0.048 0.003 0.011 0.022 0.041 0.098 0.018 0.759 31 Y 0.321 0.006 0.017 0.036 0.043 0.175 0.016 0.386 32 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.997 33 E 0.008 0.004 0.015 0.040 0.113 0.175 0.007 0.637 34 N 0.192 0.012 0.025 0.038 0.038 0.116 0.025 0.553 35 G 0.479 0.010 0.050 0.067 0.071 0.087 0.025 0.211 36 V 0.119 0.004 0.108 0.080 0.148 0.112 0.003 0.426 37 V 0.008 0.003 0.138 0.423 0.344 0.022 0.002 0.061 38 Q 0.010 0.003 0.046 0.155 0.378 0.028 0.001 0.378 39 M 0.005 0.004 0.163 0.293 0.444 0.016 0.002 0.073 40 N 0.008 0.009 0.050 0.192 0.266 0.092 0.003 0.381 41 S 0.019 0.008 0.038 0.060 0.234 0.051 0.005 0.585 42 R 0.042 0.011 0.022 0.029 0.056 0.297 0.007 0.537 43 D 0.135 0.011 0.009 0.015 0.020 0.289 0.022 0.499 44 V 0.152 0.101 0.031 0.026 0.029 0.103 0.013 0.545 45 R 0.034 0.188 0.065 0.062 0.097 0.133 0.008 0.413 46 A 0.003 0.026 0.005 0.006 0.012 0.030 0.001 0.917 47 R 0.026 0.372 0.025 0.047 0.074 0.151 0.008 0.296 48 A 0.065 0.669 0.028 0.026 0.041 0.050 0.012 0.108 49 R 0.049 0.688 0.037 0.046 0.046 0.036 0.015 0.085 50 T 0.086 0.560 0.062 0.097 0.071 0.027 0.018 0.079 51 I 0.063 0.422 0.075 0.069 0.111 0.023 0.014 0.223 52 I 0.031 0.319 0.110 0.209 0.219 0.021 0.013 0.077 53 K 0.039 0.212 0.052 0.130 0.189 0.063 0.026 0.289 54 W 0.079 0.147 0.079 0.064 0.228 0.036 0.015 0.351 55 Q 0.063 0.113 0.028 0.076 0.104 0.166 0.024 0.427 56 D 0.153 0.045 0.008 0.017 0.021 0.060 0.039 0.657 57 L 0.411 0.079 0.075 0.058 0.063 0.050 0.041 0.223 58 E 0.135 0.040 0.054 0.113 0.112 0.217 0.032 0.297 59 V 0.023 0.014 0.062 0.052 0.074 0.044 0.011 0.721 60 G 0.026 0.026 0.173 0.235 0.214 0.090 0.012 0.223 61 Q 0.048 0.006 0.274 0.149 0.177 0.088 0.009 0.250 62 V 0.004 0.003 0.339 0.131 0.149 0.027 0.002 0.344 63 V 0.003 0.002 0.513 0.213 0.222 0.013 0.001 0.033 64 M 0.003 0.003 0.493 0.187 0.190 0.014 0.001 0.108 65 L 0.001 0.002 0.517 0.147 0.258 0.015 0.001 0.059 66 N 0.005 0.008 0.342 0.185 0.255 0.040 0.003 0.162 67 Y 0.026 0.008 0.365 0.096 0.221 0.067 0.011 0.205 68 N 0.030 0.003 0.032 0.054 0.097 0.347 0.008 0.429 69 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 70 D 0.010 0.003 0.005 0.008 0.022 0.569 0.007 0.377 71 N 0.381 0.006 0.003 0.006 0.006 0.352 0.015 0.230 72 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 73 K 0.012 0.010 0.012 0.038 0.104 0.393 0.005 0.426 74 E 0.276 0.027 0.017 0.020 0.026 0.208 0.018 0.409 75 R 0.139 0.134 0.020 0.061 0.089 0.066 0.017 0.474 76 G 0.226 0.057 0.069 0.174 0.128 0.049 0.043 0.254 77 F 0.193 0.010 0.180 0.111 0.132 0.092 0.019 0.264 78 W 0.016 0.003 0.045 0.159 0.192 0.039 0.003 0.543 79 Y 0.015 0.002 0.047 0.245 0.513 0.056 0.002 0.120 80 D 0.006 0.005 0.036 0.276 0.338 0.046 0.002 0.292 81 A 0.007 0.007 0.047 0.256 0.458 0.035 0.002 0.189 82 E 0.018 0.010 0.021 0.236 0.433 0.172 0.003 0.108 83 I 0.063 0.029 0.025 0.170 0.396 0.111 0.005 0.200 84 S 0.019 0.211 0.026 0.292 0.328 0.035 0.003 0.087 85 R 0.025 0.225 0.020 0.189 0.262 0.035 0.013 0.230 86 K 0.077 0.185 0.029 0.076 0.237 0.083 0.020 0.293 87 R 0.125 0.295 0.014 0.072 0.110 0.101 0.026 0.257 88 E 0.143 0.362 0.017 0.043 0.044 0.073 0.039 0.279 89 T 0.166 0.255 0.035 0.039 0.051 0.062 0.045 0.347 90 R 0.109 0.178 0.049 0.056 0.070 0.071 0.021 0.447